<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936364.7	1	AAGCTTGAGGTTGGAACTACACGCAGAGGAAGAGTTACCAGTGTGCAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	54729	AAGCTTGAGGTTGGAACTACACGCAGAGGAAGAGTTACCAGTGTGCAATA	54778

CR936364.7	51	ACATAAATTATATGCCATCATAATAGACGGATACAAGGAAGCAAAATCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	54779	ACATAAATTATATGCCATCATAATAGACGGATACAAGGAAGCAAAATCCA	54828

CR936364.7	101	AAGTAGCAATTGGCTTTTCATAAAATCCAGCCCTTGCCTCTAATACCTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	54829	AAGTAGCAATTGGCTTTTCATAAAATCCAGCCCTTGCCTCTAATACCTGC	54878

CR936364.7	151	AAGTTGTAAAGTTCACTAGTCATGCATTGAAAGAAAACAGTTGGATAACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	54879	AAGTTGTAAAGTTCACTAGTCATGCATTGAAAGAAAACAGTTGGATAACT	54928

CR936364.7	201	AAAATATTCAAAAGGAAAATAGGGGAAAAGGTGCAGTAACATAACTTTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	54929	AAAATATTCAAAAGGAAAATAGGGGAAAAGGTGCAGTAACATAACTTTCT	54978

CR936364.7	251	CCAAAACTTATGCACAGCACCATGCCTAAAGATACTAAAATTTGAACATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	54979	CCAAAACTTATGCACAGCACCATGCCTAAAGATACTAAAATTTGAACATG	55028

CR936364.7	301	CTTTCAATTTTTTGTATTAAAAGAAGTAAAAGAACAATAAAGATTAATCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55029	CTTTCAATTTTTTGTATTAAAAGAAGTAAAAGAACAATAAAGATTAATCA	55078

CR936364.7	351	AAAATTTAAGAACAATGATTGGAACTGCTCGAGAGAATGGAGAGGAACAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55079	AAAATTTAAGAACAATGATTGGAACTGCTCGAGAGAATGGAGAGGAACAC	55128

CR936364.7	401	TTGGAAATGTATAAAGACAATCTGTACCAACACTGTCACAAAGGAGGAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55129	TTGGAAATGTATAAAGACAATCTGTACCAACACTGTCACAAAGGAGGAGT	55178

CR936364.7	451	TCAATAGTTTCCTGAGTTAACAAGACAATACTCAGGCAGTGACGTGAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55179	TCAATAGTTTCCTGAGTTAACAAGACAATACTCAGGCAGTGACGTGAAAA	55228

CR936364.7	501	GAAGCTCCAGAATCGGGAAACCAGGCAGTGGAACCACTAGTAGATGGAGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55229	GAAGCTCCAGAATCGGGAAACCAGGCAGTGGAACCACTAGTAGATGGAGC	55278

CR936364.7	551	ATTGGTGATCATTGTACTAGGTTGAGAAAATTGGAGTGTTGGAGGTGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55279	ATTGGTGATCATTGTACTAGGTTGAGAAAATTGGAGTGTTGGAGGTGTCT	55328

CR936364.7	601	GTTGAGTAGGAGGATGAGTCCAGTTGTTGAATGGACCATGACCATAAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55329	GTTGAGTAGGAGGATGAGTCCAGTTGTTGAATGGACCATGACCATAAGTG	55378

CR936364.7	651	ATTGCACTATAACCAAGGAAGTTTGAACCATAGTTGAGCATTCCATGAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55379	ATTGCACTATAACCAAGGAAGTTTGAACCATAGTTGAGCATTCCATGAGG	55428

CR936364.7	701	ATTAGTATTGCAGGAATCAACACAATTAGGTAAAACCCCTGAGTAATTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55429	ATTAGTATTGCAGGAATCAACACAATTAGGTAAAACCCCTGAGTAATTAG	55478

CR936364.7	751	GAGGAATAGGTGCTTGAAACTGATGATTAAACCTATGCCAACAAATGGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55479	GAGGAATAGGTGCTTGAAACTGATGATTAAACCTATGCCAACAAATGGAG	55528

CR936364.7	801	GCTAGAAGACCAAATTTGAAGCAAACTAGGCATTGGACGTAGGAGTGAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55529	GCTAGAAGACCAAATTTGAAGCAAACTAGGCATTGGACGTAGGAGTGAGT	55578

CR936364.7	851	GGGGTTGAGTAAGGCAGCGTCTTCAACTATTTTCCTCTTAATTTGTCAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55579	GGGGTTGAGTAAGGCAGCGTCTTCAACTATTTTCCTCTTAATTTGTCAAG	55628

CR936364.7	901	AAGTGTCTCATGAGCAATAAGGAGGGATTCAACCTCATAAATGTCAATAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55629	AAGTGTCTCATGAGCAATAAGGAGGGATTCAACCTCATAAATGTCAATAG	55678

CR936364.7	951	TCTCAAATTTACTTTCAAGAACAGAAATAGCAGCACGACTGAATTTCTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55679	TCTCAAATTTACTTTCAAGAACAGAAATAGCAGCACGACTGAATTTCTGT	55728

CR936364.7	1001	GGTAAACCTTCTAGAATAACATCTAGATGTTGATTACTAGGGACTGGATC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55729	GGTAAACCTTCTAGAATAACATCTAGATGTTGATTACTAGGGACTGGATC	55778

CR936364.7	1051	ACCAATTGAAGCCAAATTATCAATAAGATTGCGCATTAGAAGGAGATATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55779	ACCAATTGAAGCCAAATTATCAATAAGATTGCGCATTAGAAGGAGATATT	55828

CR936364.7	1101	CTAGTACCATACGATTTTCCAGCAGTGTACATCGCAACTCAACGTGAAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55829	CTAGTACCATACGATTTTCCAGCAGTGTACATCGCAACTCAACGTGAAGT	55878

CR936364.7	1151	TGCTTTGCTTTGGCATGCTTTTTCTTGTGAAAATAGGCCAGAAGTTTTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55879	TGCTTTGCTTTGGCATGCTTTTTCTTGTGAAAATAGGCCAGAAGTTTTCC	55928

CR936364.7	1201	CACAGCTCGTAAGCATGAGTGCATCTAATAACCCTCGCAATAATTTCGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55929	CACAGCTCGTAAGCATGAGTGCATCTAATAACCCTCGCAATAATTTCGCT	55978

CR936364.7	1251	GGAGAGTGGATTGAAGCCACAACAATAGCATATGGTCTTTCTGACGCCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	55979	GGAGAGTGGATTGAAGCCACAACAATAGCATATGGTCTTTCTGACGCCAT	56028

CR936364.7	1301	TGACGAAACAATGGATTCATCGTTCACTATGCATGATCTTCTGCAATGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56029	TGACGAAACAATGGATTCATCGTTCACTATGCATGATCTTCTGCAATGAG	56078

CR936364.7	1351	AAAACGCGGCGGAATCGACGTCGAGATTGTGAGCGTTGATGTACAGTTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56079	AAAACGCGGCGGAATCGACGTCGAGATTGTGAGCGTTGATGTACAGTTCA	56128

CR936364.7	1401	ACTTGTCACCAAACGAGAAATTTTTTTCTTGTTCGGCTTCTATAAAATCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56129	ACTTGTCACCAAACGAGAAATTTTTTTCTTGTTCGGCTTCTATAAAATCT	56178

CR936364.7	1451	TCAATGCAAAAACAAGTGTAGATCGAGTCAATTGTTCATTATCAAGAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56179	TCAATGCAAAAACAAGTGTAGATCGAGTCAATTGTTCATTATCAAGAAAA	56228

CR936364.7	1501	GAACCAAGAGGAATAGCAGTTCAGGTCACTGGAGGTATTGTTCCAATCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56229	GAACCAAGAGGAATAGCAGTTCAGGTCACTGGAGGTATTGTTCCAATCAC	56278

CR936364.7	1551	TAGCGTTCGCGGCGGAGATGCTATTGGTGACGCCCTGGATTAATGGCTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56279	TAGCGTTCGCGGCGGAGATGCTATTGGTGACGCCCTGGATTAATGGCTAA	56328

CR936364.7	1601	GCTGATACCATTTAAAATTTAGAAAGAATTCATAACTTTTGATCTAAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56329	GCTGATACCATTTAAAATTTAGAAAGAATTCATAACTTTTGATCTAAAAT	56378

CR936364.7	1651	TTTGTTTTCTTTGATAATGAAAATTCTATTACAATCAAGCCGATAGAACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56379	TTTGTTTTCTTTGATAATGAAAATTCTATTACAATCAAGCCGATAGAACC	56428

CR936364.7	1701	AGGAACTGGACACCTGACTGGTCTAGTCAGCTTATTCCTAAATTAATTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56429	AGGAACTGGACACCTGACTGGTCTAGTCAGCTTATTCCTAAATTAATTAA	56478

CR936364.7	1751	ACCGGTCTATATTCGGTTGGACCGGTAAGATTGAGGCCTGTCCGGTTTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56479	ACCGGTCTATATTCGGTTGGACCGGTAAGATTGAGGCCTGTCCGGTTTGA	56528

CR936364.7	1801	TGAGCGCGCATTATAATTAAAAAATTAATTTGGCAAATGTTGCTTTAGGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56529	TGAGCGCGCATTATAATTAAAAAATTAATTTGGCAAATGTTGCTTTAGGC	56578

CR936364.7	1851	AGAGGGAATTGTACCCCCAGTTCACAACCTACATAGAGTGTTGATTGAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56579	AGAGGGAATTGTACCCCCAGTTCACAACCTACATAGAGTGTTGATTGAAC	56628

CR936364.7	1901	CATTGAGCCAAGAGTTGTTCTTGTTAAGTGATATGCTTTTAAGTATATAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56629	CATTGAGCCAAGAGTTGTTCTTGTTAAGTGATATGCTTTTAAGTATATAT	56678

CR936364.7	1951	AATAACTATTCAATTTGTTATTTCGTATTTTTTTAGTGCAATTCACAACC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009521.5	56679	AATAACTATTCAATTTGTTATTTCGTATTTTTTTAGTGCAATTCACAACC	56728

Overview

Query
CR936364.7 - 119364 bps
Hit
CT009521.5 - 56728 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001951200012000154729567281
293.284415669336693931-118981195451
393.743814881995220439-119051195451
Short-link