<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 700 bps

Full alignment

CR956409.5	1	AATTGATCGATGGTCCACCGAGGCCCTTTGGTTCCTCACTATGTCAGCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106213	AATTGATCGATGGTCCACCGAGGCCCTTTGGTTCCTCACTATGTCAGCAT	106262

CR956409.5	51	CGCTCATGAATTATGTGTCTCTGGGTTCTTCGTGAGTACGCGTCCCAGTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106263	CGCTCATGAATTATGTGTCTCTGGGTTCTTCGTGAGTACGCGTCCCAGTC	106312

CR956409.5	101	TCTCTGGTATAGTTACATGTAGTGAGGTCATTTATGTGATGACATTTCCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106313	TCTCTGGTATAGTTACATGTAGTGAGGTCATTTATGTGATGACATTTCCC	106362

CR956409.5	151	ACGTGCTGAAAGGAGAAGGGAGACGCTCGGCAGTGTTTAAAAAACATGAG	200
			|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
CT009506.5	106363	ACGTGCTGAAGGGAGAAGGGAGACGCTCGGCAGTGTTTAAAACACATGAG	106412

CR956409.5	201	CAGTTTGCTGGCACCAAGAAAATGAGCAAGGACCCAGAAAAATGCGACGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CT009506.5	106413	CAGTTTGCTGGCACCAAGAAAATGAGCAAGGGCCCAGAAAAATGCGACGT	106462

CR956409.5	251	GCCTTCCAACTCCTGCTCTCATACAATATGCCAGCGTAAACCCTAACGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106463	GCCTTCCAACTCCTGCTCTCATACAATATGCCAGCGTAAACCCTAACGAT	106512

CR956409.5	301	GATTTTATCTCAGAGTGGATTTGCCTTCCCTGCATCTCACCTTCTGCATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106513	GATTTTATCTCAGAGTGGATTTGCCTTCCCTGCATCTCACCTTCTGCATC	106562

CR956409.5	351	ATTTCTTGCTAAATTTAACTGAACACAAGTGGAGATCTTAATCCAGACCA	400
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
CT009506.5	106563	ATTTCTTGCTAAATTTAACTGAACACAAGTGGAGGTCTTAATCCAGACCA	106612

CR956409.5	401	TTTACTAACAGTCTGTATTTGGTGCATCACTGTAGATCATTTGGGCTCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106613	TTTACTAACAGTCTGTATTTGGTGCATCACTGTAGATCATTTGGGCTCAA	106662

CR956409.5	451	AATTAATTATTTAGTTTCTCTTTTCTAGTTTTTAAAAATGGCATTCGTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106663	AATTAATTATTTAGTTTCTCTTTTCTAGTTTTTAAAAATGGCATTCGTAA	106712

CR956409.5	501	GGATCTGTGTTGGTCAGCATATGCCAGAGAAATAGAATAGAAATAGAAAT	550
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
CT009506.5	106713	GGATCTGTGTTGGTCAGCATATGCCAGAGAAATAGAACC-----------	106751

CR956409.5	551	AGTAGGATGAGATGGTCGATGGAGAGATAGGTAGACAGACAGACAGACAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CT009506.5	106752	AGTAGGATGAGATGGTCGATGGAGAGATAGGTAGACAGACAGACAGACAT	106801

CR956409.5	601	ACATATTGATAGACAGACAGACCGGACTTATTTTAAGGAATTGGCTTACG	650
			||    ||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||| 
CT009506.5	106802	AC----TGATAGACAGAC----CGGACTTATTTTAGGGAATTGGCTTACA	106843

CR956409.5	651	TGATTATGAAGTCTGTTCAAGTTTGAAATATGTACAGCCATCCAGCAGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CT009506.5	106844	TGATTATGAAGTCTGTTCAAGTTTGAAATATGTACAGCCATTCAGCAGGC	106893

CR956409.5	701	TGGAAATTCTAGGCTGACATATCTTAAGTCTTGAGGTGGAATTTCTTTTG	750
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
CT009506.5	106894	TGGAAATTCTAGGCTGACATATCTTAAGTCTTGAGGTGAAATTTCTTTTG	106943

CR956409.5	751	CAAGGAAACCTCAGTTTCCCTCTTATCCTTTCAACTGACAGAATGAAGTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	106944	CAAGGAAACCTCAGTTTCCCTCTTATCCTTTCAACTGACAGAATGAAGTC	106993

CR956409.5	801	CACTCAGATCATCAAAGAGAATCCTTTACTTGAAGTCAGCTGATTAGAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CT009506.5	106994	CACTCAGATCATCAAAGAGAATCCTTTACTTGAAGTCAGCTGATTGGAAA	107043

CR956409.5	851	GGTTAACCACATCTACAGAATACCCTCCTGGCAATGCTTAGCTTAATCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107044	GGTTAACCACATCTACAGAATACCCTCCTGGCAATGCTTAGCTTAATCTT	107093

CR956409.5	901	TCATTGAATAACTGGGAACTATAGCACAGCCAAGCTGACACATAAAACAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107094	TCATTGAATAACTGGGAACTATAGCACAGCCAAGCTGACACATAAAACAG	107143

CR956409.5	951	TTAACCATGACAGAAGGGGGACTTGGAATTAACTATCTGACTCCAGAGGT	1000
			||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CT009506.5	107144	TTAACTATGACAGAAGGGGGACTTGGAATTAACTATCTGACTCCAGAGAT	107193

CR956409.5	1001	CGGACTTTGAACTGTTGTGCTGTATCAACTCCAAGTATTTCAAAAGAGAA	1050
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107194	TGGACTTTGAACTGTTGTGCTGTATCAACTCCAAGTATTTCAAAAGAGAA	107243

CR956409.5	1051	TTTGTTGAGTCATATATCTAGATAATGAAGGGATGCCTCCGGCTTCAGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107244	TTTGTTGAGTCATATATCTAGATAATGAAGGGATGCCTCCGGCTTCAGGC	107293

CR956409.5	1101	ATGGCTGGATCCAGGACTCAACGGATGTGATTAGACCTTCATCTCTTGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107294	ATGGCTGGATCCAGGACTCAACGGATGTGATTAGACCTTCATCTCTTGCT	107343

CR956409.5	1151	CCATCTGCTTTGTCTTCATCTCAAGAAGGTCTTCTTCAAATGACAGCTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107344	CCATCTGCTTTGTCTTCATCTCAAGAAGGTCTTCTTCAAATGACAGCTCT	107393

CR956409.5	1201	ATATTCATATTATCTGAGCTGAGTAACTGCAGAAGGAGAAGAGAGGAGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107394	ATATTCATATTATCTGAGCTGAGTAACTGCAGAAGGAGAAGAGAGGAGAA	107443

CR956409.5	1251	CTTCCCTTTCTTGGTAGTTCAAACAGAAGTTCTGGGAATGATTCTGAGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107444	CTTCCCTTTCTTGGTAGTTCAAACAGAAGTTCTGGGAATGATTCTGAGAT	107493

CR956409.5	1301	AGTTTCTTGAGTCATGCACTCACCCCTTAACCAATTCACAAGTTCAGGAG	1350
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
CT009506.5	107494	AGTTTCTTGAGTCATGCACTCACCCCTTAACCAATTCACAAGTTTAGGAG	107543

CR956409.5	1351	AATGGAATGTACTGATGGACCAGGTCTAGGTCCTTGTTCTACATGGGAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107544	AATGGAATGTACTGATGGACCAGGTCTAGGTCCTTGTTCTACATGGGAGG	107593

CR956409.5	1401	TGAGCAGTGATGCACTGGCACCATCTGAATCATAGAATGAGTGTGGAAGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107594	TGAGCAGTGATGCACTGGCACCATCTGAATCATAGAATGAGTGTGGAAGC	107643

CR956409.5	1451	TGGTTCCAGAAGAAAAATCAGGGTGTCTAAATCTGAAGAGGAAATGAAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107644	TGGTTCCAGAAGAAAAATCAGGGTGTCTAAATCTGAAGAGGAAATGAAGT	107693

CR956409.5	1501	TGAGCAGGCAAGAAAAATAGGTGTCACCCCTAATTTTTGCCAGGGCAGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107694	TGAGCAGGCAAGAAAAATAGGTGTCACCCCTAATTTTTGCCAGGGCAGGT	107743

CR956409.5	1551	TCAAAATATCTTACTTCATATTTTCAAATTTCTTAGCAGGTGTCAAAAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107744	TCAAAATATCTTACTTCATATTTTCAAATTTCTTAGCAGGTGTCAAAAGA	107793

CR956409.5	1601	GCCTTCTCCATCTGAACCCAATTCTGTCTCCAGCCTCATTGTCCCCCCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107794	GCCTTCTCCATCTGAACCCAATTCTGTCTCCAGCCTCATTGTCCCCCCTT	107843

CR956409.5	1651	CTTGAAGTTTGCTGCTGTCCCTGTGACTTCCTTTCTCATCGTTCCCTATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107844	CTTGAAGTTTGCTGCTGTCCCTGTGACTTCCTTTCTCATCGTTCCCTATC	107893

CR956409.5	1701	AGGCTCTGCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTCCCTAGGAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
CT009506.5	107894	AGGCTCTGCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTT-TTTTTCCCTAGGAATA	107942

CR956409.5	1751	AAACACGTTTAATATTTGTCAGGACCTGCTGTGCCTTCTTACTTGCACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107943	AAACACGTTTAATATTTGTCAGGACCTGCTGTGCCTTCTTACTTGCACAT	107992

CR956409.5	1801	GCCCTTGCCCCCACCAAGAATGTTTTGCCCAGACGTGTCATCGCCTTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107993	GCCCTTGCCCCCACCAAGAATGTTTTGCCCAGACGTGTCATCGCCTTTTT	108042

CR956409.5	1851	GCAAACCCCGGCTCACATTTCACTTCTTTAGTGACCGCTGCACCACCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	108043	GCAAACCCCGGCTCACATTTCACTTCTTTAGTGACCGCTGCACCACCCTT	108092

CR956409.5	1901	GCATTCCTTGATGGGATCCTTCCTTTATTAATGACTCATAAGCACCTGTT	1950
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	108093	GTATTCCTTGATGGGATCCTTCCTTTATTAATGACTCATAAGCACCTGTT	108142

CR956409.5	1951	ACGTTCCATGCCCTGGGAAATGTTGAGGGCACTGGGGAGTCAGGTAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	108143	ACGTTCCATGCCCTGGGAAATGTTGAGGGCACTGGGGAGTCAGGTAGATC	108192

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

CR956409.5	151	ACGTGCTGAAAGGAGAAGGGAGACGCTCGGCAGTGTTTAAAAAACATGAG	200
			|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
CT009506.5	106363	ACGTGCTGAAGGGAGAAGGGAGACGCTCGGCAGTGTTTAAAACACATGAG	106412

CR956409.5	201	CAGTTTGCTGGCACCAAGAAAATGAGCAAGGACCCAGAAAAATGCGACGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CT009506.5	106413	CAGTTTGCTGGCACCAAGAAAATGAGCAAGGGCCCAGAAAAATGCGACGT	106462

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956409.5	351	ATTTCTTGCTAAATTTAACTGAACACAAGTGGAGATCTTAATCCAGACCA	400
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
CT009506.5	106563	ATTTCTTGCTAAATTTAACTGAACACAAGTGGAGGTCTTAATCCAGACCA	106612

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956409.5	501	GGATCTGTGTTGGTCAGCATATGCCAGAGAAATAGAATAGAAATAGAAAT	550
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
CT009506.5	106713	GGATCTGTGTTGGTCAGCATATGCCAGAGAAATAGAACC-----------	106751

CR956409.5	551	AGTAGGATGAGATGGTCGATGGAGAGATAGGTAGACAGACAGACAGACAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CT009506.5	106752	AGTAGGATGAGATGGTCGATGGAGAGATAGGTAGACAGACAGACAGACAT	106801

CR956409.5	601	ACATATTGATAGACAGACAGACCGGACTTATTTTAAGGAATTGGCTTACG	650
			||    ||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||| 
CT009506.5	106802	AC----TGATAGACAGAC----CGGACTTATTTTAGGGAATTGGCTTACA	106843

CR956409.5	651	TGATTATGAAGTCTGTTCAAGTTTGAAATATGTACAGCCATCCAGCAGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CT009506.5	106844	TGATTATGAAGTCTGTTCAAGTTTGAAATATGTACAGCCATTCAGCAGGC	106893

CR956409.5	701	TGGAAATTCTAGGCTGACATATCTTAAGTCTTGAGGTGGAATTTCTTTTG	750
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
CT009506.5	106894	TGGAAATTCTAGGCTGACATATCTTAAGTCTTGAGGTGAAATTTCTTTTG	106943

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956409.5	801	CACTCAGATCATCAAAGAGAATCCTTTACTTGAAGTCAGCTGATTAGAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CT009506.5	106994	CACTCAGATCATCAAAGAGAATCCTTTACTTGAAGTCAGCTGATTGGAAA	107043

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956409.5	951	TTAACCATGACAGAAGGGGGACTTGGAATTAACTATCTGACTCCAGAGGT	1000
			||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CT009506.5	107144	TTAACTATGACAGAAGGGGGACTTGGAATTAACTATCTGACTCCAGAGAT	107193

CR956409.5	1001	CGGACTTTGAACTGTTGTGCTGTATCAACTCCAAGTATTTCAAAAGAGAA	1050
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	107194	TGGACTTTGAACTGTTGTGCTGTATCAACTCCAAGTATTTCAAAAGAGAA	107243

skip 250 bps 100% identity alignment

CR956409.5	1301	AGTTTCTTGAGTCATGCACTCACCCCTTAACCAATTCACAAGTTCAGGAG	1350
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
CT009506.5	107494	AGTTTCTTGAGTCATGCACTCACCCCTTAACCAATTCACAAGTTTAGGAG	107543

skip 350 bps 100% identity alignment

CR956409.5	1701	AGGCTCTGCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTCCCTAGGAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
CT009506.5	107894	AGGCTCTGCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTT-TTTTTCCCTAGGAATA	107942

skip 150 bps 100% identity alignment

CR956409.5	1901	GCATTCCTTGATGGGATCCTTCCTTTATTAATGACTCATAAGCACCTGTT	1950
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009506.5	108093	GTATTCCTTGATGGGATCCTTCCTTTATTAATGACTCATAAGCACCTGTT	108142

skip 50 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956409.5 - 129264 bps
Hit
CT009506.5 - 108192 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
198.13184820001200011062131081921
291.61942623303533296-1418544461
394.261972441271741274171418744301
492.591842434526745509-1418844301
589.661782615481055070-1418844481
690.571882659413594399-1418844521
789.66178261123339123599-1418844481
889.2217927066601668701418844561
990.3418827078758790271418844561
1088.3917026685891861561418844541
1191.441892571258281260841419044461
1290.62112971214061217021826785641
1390.41882693303033298152605528751
1490.311802585002950286-152613528701
1589.53174258123342123599152613528701
1690.951732434526745509152628528701
1792.542242953299933293183205834991
1893.59222281125828126108-183217834971
1991.872122834522745509183217834991
2089.221912936658866880-183218835141
2188.881782764682347098183223835011
2296.59234264127175127438-183236834991
2394.241942447875879001-183257834991
2491.421732461930519550183257835011
2593.471912455482855072183257835011
2694.651982439415794399183257834991
2792.41176237123363123599183263834991
Short-link