<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX927138.5	1	GGCCACTGCATCCTGGATCTCCCGAAGCACTTCCTGGAAAAGAGGGCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12669	GGCCACTGCATCCTGGATCTCCCGAAGCACTTCCTGGAAAAGAGGGCCAG	12718

BX927138.5	51	CAAACACCAGGGCTGATGTGCAAAGACAGCAGGCCCCCACATCTTACTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12719	CAAACACCAGGGCTGATGTGCAAAGACAGCAGGCCCCCACATCTTACTCC	12768

BX927138.5	101	AGCCAGTGAGATGCTCCCTAGTCTACCTAAAAATACCAAACTGTTTCTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12769	AGCCAGTGAGATGCTCCCTAGTCTACCTAAAAATACCAAACTGTTTCTCT	12818

BX927138.5	151	CCCTCTTCCTTACTCTTCTTTCCAGAAGGAATAAGAGTGAAGGAGCAAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12819	CCCTCTTCCTTACTCTTCTTTCCAGAAGGAATAAGAGTGAAGGAGCAAGG	12868

BX927138.5	201	GAACAAAATATTATTGAGCTCTCAGTGTTAGGTAGTATAGGAGATACATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12869	GAACAAAATATTATTGAGCTCTCAGTGTTAGGTAGTATAGGAGATACATG	12918

BX927138.5	251	CAATTTTTTTAACCTTCATTTGAGGTAATTTTCCCATCCCCAGTGTCTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12919	CAATTTTTTTAACCTTCATTTGAGGTAATTTTCCCATCCCCAGTGTCTGA	12968

BX927138.5	301	ATCAGGAAAGAAGGGTAGTTTTCCCAAGGAGCCACAGATAGTTAAGAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	12969	ATCAGGAAAGAAGGGTAGTTTTCCCAAGGAGCCACAGATAGTTAAGAAAG	13018

BX927138.5	351	GTGGAGATGTAATTCCAAATGGATCAGAGGCCTAAACATAAGAGCTAACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13019	GTGGAGATGTAATTCCAAATGGATCAGAGGCCTAAACATAAGAGCTAACA	13068

BX927138.5	401	CTATAAAACTCCTAGGAAAATGTAGAAGAAAAGCCTCATGCCACTAGATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13069	CTATAAAACTCCTAGGAAAATGTAGAAGAAAAGCCTCATGCCACTAGATT	13118

BX927138.5	451	TGGCAGTGATTTCTTGGATATAACACCAAACGCACAGGCAACAAAAAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13119	TGGCAGTGATTTCTTGGATATAACACCAAACGCACAGGCAACAAAAAATA	13168

BX927138.5	501	GATAAATCAGACTTCATCAGAATTTAAAACGTTTGTGCATCAAAGAACTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13169	GATAAATCAGACTTCATCAGAATTTAAAACGTTTGTGCATCAAAGAACTC	13218

BX927138.5	551	TAGCAACAGAGTGAAAAAGCAACCATGAAATACAAGAAAATATTTGTGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13219	TAGCAACAGAGTGAAAAAGCAACCATGAAATACAAGAAAATATTTGTGAA	13268

BX927138.5	601	TCATATATCTGATAGGAAATTAATAGGCAAAACATATAGTGAACTCCCAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13269	TCATATATCTGATAGGAAATTAATAGGCAAAACATATAGTGAACTCCCAC	13318

BX927138.5	651	AACTTAAAAAAAAATCAGAAAATGGGCAAAGAACTTGCAGACATTCTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13319	AACTTAAAAAAAAATCAGAAAATGGGCAAAGAACTTGCAGACATTCTTTC	13368

BX927138.5	701	AAGAAAGAAACATAAGTGGCCAAAATCACACGAAAAGATGCTCAATATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13369	AAGAAAGAAACATAAGTGGCCAAAATCACACGAAAAGATGCTCAATATTT	13418

BX927138.5	751	ACTAATCATTAGGGAAATGCAAATCAAAACCACAATGAGATAATCCTAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13419	ACTAATCATTAGGGAAATGCAAATCAAAACCACAATGAGATAATCCTAAT	13468

BX927138.5	801	CACCTAATCACCATTAGAATGGCTATTAAAAAAAAAGACAACAGAAAGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13469	CACCTAATCACCATTAGAATGGCTATTAAAAAAAAAGACAACAGAAAGTG	13518

BX927138.5	851	GTGTTGATGAGGATGTGGAGAAATTGGAAACCTTATGCACTGCTGGTGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13519	GTGTTGATGAGGATGTGGAGAAATTGGAAACCTTATGCACTGCTGGTGGG	13568

BX927138.5	901	AATTTAAAATGGTGCTGCCGCTATGGAAAACTGTATGGTGGTTTGATACG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13569	AATTTAAAATGGTGCTGCCGCTATGGAAAACTGTATGGTGGTTTGATACG	13618

BX927138.5	951	ATCTGGCTGTGTCCCTACCCATATCTGATCTTGAATTCCCATGTGTTGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13619	ATCTGGCTGTGTCCCTACCCATATCTGATCTTGAATTCCCATGTGTTGTG	13668

BX927138.5	1001	GGAGGGACTGGGTAGGAGGTAATTGAATCATGAGGGCAAGTCTTTCCCAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13669	GGAGGGACTGGGTAGGAGGTAATTGAATCATGAGGGCAAGTCTTTCCCAT	13718

BX927138.5	1051	GCTGTTCTTGTGATATTGAATAAGTCTCACGAGATATAATGGTTTTAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13719	GCTGTTCTTGTGATATTGAATAAGTCTCACGAGATATAATGGTTTTAAAA	13768

BX927138.5	1101	AGGGGAATTCCCCTGCACAAGCTGTCTTTTCTCTTGTCTGCTGCCATGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13769	AGGGGAATTCCCCTGCACAAGCTGTCTTTTCTCTTGTCTGCTGCCATGTG	13818

BX927138.5	1151	AAATGTGTCTTTCACCTTCCGCCATGATTTGAGGTCTTCCCAGCCACATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13819	AAATGTGTCTTTCACCTTCCGCCATGATTTGAGGTCTTCCCAGCCACATG	13868

BX927138.5	1201	GAACTGTAAGTCCAATAAACCTCTTTCTTTTGTAAATTGCCCAATCTTGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13869	GAACTGTAAGTCCAATAAACCTCTTTCTTTTGTAAATTGCCCAATCTTGG	13918

BX927138.5	1251	GTATGTCTTTATCAGCAGCGTAAAAATGGACTAATACATGGTTCCTCAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13919	GTATGTCTTTATCAGCAGCGTAAAAATGGACTAATACATGGTTCCTCAAA	13968

BX927138.5	1301	AATTGTTAAATAGAATTGCCATATGATCCAGCAGCTCCACTTCTAAGTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	13969	AATTGTTAAATAGAATTGCCATATGATCCAGCAGCTCCACTTCTAAGTAT	14018

BX927138.5	1351	ATACCCAAAAGAACCAAAAGCAGGGTTTCAAACAGGTGTACACTCATGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14019	ATACCCAAAAGAACCAAAAGCAGGGTTTCAAACAGGTGTACACTCATGTC	14068

BX927138.5	1401	CACAGCAGCATAATTCACAACAGCCAAAAGGTGGAAACAACGCAAATGTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14069	CACAGCAGCATAATTCACAACAGCCAAAAGGTGGAAACAACGCAAATGTC	14118

BX927138.5	1451	CATTGACAGATGAATGGATAATCAAAATGTGATATATGCACACAACAGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14119	CATTGACAGATGAATGGATAATCAAAATGTGATATATGCACACAACAGAA	14168

BX927138.5	1501	TATTATTCAGCCTTAAAAGGGAGGAAATTCTAACACATGCTACAATATGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14169	TATTATTCAGCCTTAAAAGGGAGGAAATTCTAACACATGCTACAATATGG	14218

BX927138.5	1551	ATGAGGCCTGAAGACATTACGCTAAGTAAAATATGCCAGTCACAAAAAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14219	ATGAGGCCTGAAGACATTACGCTAAGTAAAATATGCCAGTCACAAAAAGA	14268

BX927138.5	1601	CAAATACTGTATGGTTCCACTTACGTACCGCACCGGGAGTCATCACAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14269	CAAATACTGTATGGTTCCACTTACGTACCGCACCGGGAGTCATCACAATT	14318

BX927138.5	1651	CATGGAGACAGAAGGTACAATGGAGGTTGCCAGCGGCCAGGGGTTGGGGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14319	CATGGAGACAGAAGGTACAATGGAGGTTGCCAGCGGCCAGGGGTTGGGGG	14368

BX927138.5	1701	TAGTAGGCAGTTACTATTTAGTGGGTACAGAGTTTCATTTTAGGAAGATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14369	TAGTAGGCAGTTACTATTTAGTGGGTACAGAGTTTCATTTTAGGAAGATG	14418

BX927138.5	1751	AAAAAAGTTCTGGAGATGGATGGTGATGATGGCTACCCAATAACAATGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14419	AAAAAAGTTCTGGAGATGGATGGTGATGATGGCTACCCAATAACAATGTG	14468

BX927138.5	1801	GGTTTCCTAAATGTCACTGAACTGTACACTTCAAATGGTTGAAATGGTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14469	GGTTTCCTAAATGTCACTGAACTGTACACTTCAAATGGTTGAAATGGTAA	14518

BX927138.5	1851	ATTTTATGTTATGTATGTTTTACCACAATATAAGAGAAAAAGAGAAGGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14519	ATTTTATGTTATGTATGTTTTACCACAATATAAGAGAAAAAGAGAAGGTG	14568

BX927138.5	1901	GAGCTGACATTCAGACTTAGGACTTCCTGATGACGCCTCCTTTCCCTATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14569	GAGCTGACATTCAGACTTAGGACTTCCTGATGACGCCTCCTTTCCCTATG	14618

BX927138.5	1951	CTGCATCCAGACTTCTTCTGCTGATTTTAAAGGGAAAATCTCCCTGCCTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009500.4	14619	CTGCATCCAGACTTCTTCTGCTGATTTTAAAGGGAAAATCTCCCTGCCTA	14668

Overview

Query
BX927138.5 - 110856 bps
Hit
CT009500.4 - 14668 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link