<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388382.5	1	GGCCATTCCTTTCTGCCCATCCAGAGACACTCACAGTAGAAGGAAAGTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1584	GGCCATTCCTTTCTGCCCATCCAGAGACACTCACAGTAGAAGGAAAGTGG	1633

CR388382.5	51	TGATATGTCAGCTGTCCACTGTCAGAAGAAATATTCTTTTGGGGGCAAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1634	TGATATGTCAGCTGTCCACTGTCAGAAGAAATATTCTTTTGGGGGCAAGT	1683

CR388382.5	101	GGGAGACTGGGTCACAGAGTGGAGATGCCATTCCAGCCTTTCTGCCATAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1684	GGGAGACTGGGTCACAGAGTGGAGATGCCATTCCAGCCTTTCTGCCATAT	1733

CR388382.5	151	GGCCAGCTGTCTCCAAAGAGATTGGAGGTATCAGCCAGCCCAGGGCTTGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1734	GGCCAGCTGTCTCCAAAGAGATTGGAGGTATCAGCCAGCCCAGGGCTTGC	1783

CR388382.5	201	CCATCAGCAAGCAGGAGAGTGTGGGGGCTCAGATAAGGTCCTTGTGCCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1784	CCATCAGCAAGCAGGAGAGTGTGGGGGCTCAGATAAGGTCCTTGTGCCAG	1833

CR388382.5	251	GGTGTACACTGCACCAGCAACTTCAATGGTGATGCCTCAACTGGCCTGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1834	GGTGTACACTGCACCAGCAACTTCAATGGTGATGCCTCAACTGGCCTGCT	1883

CR388382.5	301	GCAGGCCTCAAAAGAGGCTGGAATATTCCCTATGATGGGGAGGAGAAAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1884	GCAGGCCTCAAAAGAGGCTGGAATATTCCCTATGATGGGGAGGAGAAAGA	1933

CR388382.5	351	AAACTACTAACGGCCAGAATTTATTTACAATGACGGTACAACTTACATTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1934	AAACTACTAACGGCCAGAATTTATTTACAATGACGGTACAACTTACATTG	1983

CR388382.5	401	ATACAAGCAATTTGGCCAGAATTTATTTACAATGACGGTACAACTTACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	1984	ATACAAGCAATTTGGCCAGAATTTATTTACAATGACGGTACAACTTACAT	2033

CR388382.5	451	TGATACAAGCAATTTAAAAGTATGATCTTATTTCTGTGTCTGCTCTGCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2034	TGATACAAGCAATTTAAAAGTATGATCTTATTTCTGTGTCTGCTCTGCAA	2083

CR388382.5	501	CATCAGTGCTATTAGGATCTCCATTTCATAAATGAGAAAGCTGAGGCCCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2084	CATCAGTGCTATTAGGATCTCCATTTCATAAATGAGAAAGCTGAGGCCCA	2133

CR388382.5	551	GCCAGGTTATTCAGCTTGCCCTAGGCACACAAGTAAGAAGGTGAGTGACC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2134	GCCAGGTTATTCAGCTTGCCCTAGGCACACAAGTAAGAAGGTGAGTGACC	2183

CR388382.5	601	ATAAATAATTTGCTGTCAGATCTGTCTTCCGAGCAATGCTATTCAACATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2184	ATAAATAATTTGCTGTCAGATCTGTCTTCCGAGCAATGCTATTCAACATA	2233

CR388382.5	651	AACGCAAAGTGAGCCACATATGCAATTTAAAATTTCCTAGTGGCCATATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2234	AACGCAAAGTGAGCCACATATGCAATTTAAAATTTCCTAGTGGCCATATA	2283

CR388382.5	701	AAAATAGTCTAAACAGGTGAAAGTAATTTTAATGATGTTATTTTATTTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2284	AAAATAGTCTAAACAGGTGAAAGTAATTTTAATGATGTTATTTTATTTAG	2333

CR388382.5	751	TCCTATATTTCCAAACTATTATCATTTCAATATGTGATCCATATAAAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2334	TCCTATATTTCCAAACTATTATCATTTCAATATGTGATCCATATAAAAAG	2383

CR388382.5	801	TCATTAATAAGATATTTTACATTTTTAAATTTGTGAAAAGCCTTTGAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2384	TCATTAATAAGATATTTTACATTTTTAAATTTGTGAAAAGCCTTTGAAAT	2433

CR388382.5	851	CCGGTGTGTTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2434	CCGGTGTGTTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT	2483

CR388382.5	901	GGGAGGCCTAGGATCACGAGGTCAGGAAATCTAGACCATCCTGGTTAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2484	GGGAGGCCTAGGATCACGAGGTCAGGAAATCTAGACCATCCTGGTTAACA	2533

CR388382.5	951	CGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCTGGCGTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2534	CGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCTGGCGTGC	2583

CR388382.5	1001	TGGCCGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2584	TGGCCGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATG	2633

CR388382.5	1051	GTGTGAACCCGGGAGGAGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCTACTGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2634	GTGTGAACCCGGGAGGAGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCTACTGC	2683

CR388382.5	1101	ACTCCATCCCGGGAGACAGAGCGAGACTCCATTTCAAAAAAAAAAAAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2684	ACTCCATCCCGGGAGACAGAGCGAGACTCCATTTCAAAAAAAAAAAAAAA	2733

CR388382.5	1151	GAAAAGAAAAAAGAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAGAAATCCGGTATGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2734	GAAAAGAAAAAAGAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAGAAATCCGGTATGTA	2783

CR388382.5	1201	TTTTACATATACAGCATGCCGCCATTCAGACCGGCCACATTTCAGTGCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2784	TTTTACATATACAGCATGCCGCCATTCAGACCGGCCACATTTCAGTGCTC	2833

CR388382.5	1251	AGTAGACACATGTGGCTGGTGGCTCCTGTATTGGACAAACTAGTTCCTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2834	AGTAGACACATGTGGCTGGTGGCTCCTGTATTGGACAAACTAGTTCCTGG	2883

CR388382.5	1301	GCTGCACTCGTGGCAGGAAGAGCAGAGATTGGATGGGAAGGGGAGGTAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2884	GCTGCACTCGTGGCAGGAAGAGCAGAGATTGGATGGGAAGGGGAGGTAAT	2933

CR388382.5	1351	AAAGTGATTAGAGTAAAAAGGGAGCAACCACAAGGGGCTAGGCTGATCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2934	AAAGTGATTAGAGTAAAAAGGGAGCAACCACAAGGGGCTAGGCTGATCAC	2983

CR388382.5	1401	CCAGTGGGAGAATGGGGGAAGGCCTGGTTTTATCCACAGATGTGTGCATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	2984	CCAGTGGGAGAATGGGGGAAGGCCTGGTTTTATCCACAGATGTGTGCATG	3033

CR388382.5	1451	GGTGAAGGACCGTGGCTGCAGATCTTGGTCTTGGCATGAGGTGTGGGAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3034	GGTGAAGGACCGTGGCTGCAGATCTTGGTCTTGGCATGAGGTGTGGGAGG	3083

CR388382.5	1501	AGCGTAGGGCTTTAAGCCAGGAGACTGGGATCGTCCTTAACGTGATACTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3084	AGCGTAGGGCTTTAAGCCAGGAGACTGGGATCGTCCTTAACGTGATACTT	3133

CR388382.5	1551	TCTAGCTTTGTGACCTTTGGAAAGTCACTTTACATTTGGAAAGTCAGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3134	TCTAGCTTTGTGACCTTTGGAAAGTCACTTTACATTTGGAAAGTCAGTTT	3183

CR388382.5	1601	ACATTTCTTTCTCTGTAAAATGAAGGTAATAATGTTTGCCTAGAGGGTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3184	ACATTTCTTTCTCTGTAAAATGAAGGTAATAATGTTTGCCTAGAGGGTTA	3233

CR388382.5	1651	TTAAAATTGAATGTAGTAATATAAAAATACTAAACCCTAGATAAATGTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3234	TTAAAATTGAATGTAGTAATATAAAAATACTAAACCCTAGATAAATGTGG	3283

CR388382.5	1701	TTGAAACTGATTATCTGACTAATCGTTTTCTAATGTGTATCAACATAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3284	TTGAAACTGATTATCTGACTAATCGTTTTCTAATGTGTATCAACATAAAT	3333

CR388382.5	1751	CATTTGCATTATGGTTTCTTGCCTTCTCCCCGCTACAGTAAAAATAAATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3334	CATTTGCATTATGGTTTCTTGCCTTCTCCCCGCTACAGTAAAAATAAATA	3383

CR388382.5	1801	AATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAATAGTCCAGTGTTACCCGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3384	AATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAATAGTCCAGTGTTACCCGAA	3433

CR388382.5	1851	CCCCAAAGGGGACTGTTGTGCCAGGTGGTGGGGGATTTGGGACCGTAGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3434	CCCCAAAGGGGACTGTTGTGCCAGGTGGTGGGGGATTTGGGACCGTAGGA	3483

CR388382.5	1901	GGGGCCACCATGGGCAGATGTGGTGAGGGAGGAAAGGAGAGCAGAAGAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3484	GGGGCCACCATGGGCAGATGTGGTGAGGGAGGAAAGGAGAGCAGAAGAGG	3533

CR388382.5	1951	GGACCCGATGAGCAATCCTTACACCCTACCTGCAGTGTCGAAACAGCGTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009499.2	3534	GGACCCGATGAGCAATCCTTACACCCTACCTGCAGTGTCGAAACAGCGTC	3583

Overview

Query
CR388382.5 - 109067 bps
Hit
CT009499.2 - 3583 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link