<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT868737.2	1	CTTTTCTTCTCAAGAAGGATTTATTTGATTACAATCATAGAAGTATTTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120558	CTTTTCTTCTCAAGAAGGATTTATTTGATTACAATCATAGAAGTATTTAG	120607

CT868737.2	51	CGCAGAAACGTATTACAAAGAATGAATTCTACCTTAAAGTTGAGATTTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120608	CGCAGAAACGTATTACAAAGAATGAATTCTACCTTAAAGTTGAGATTTTA	120657

CT868737.2	101	AGTATTGCACTCCAAGTGTGATTTTAGTCTCAGATTTATTGTTGAATTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120658	AGTATTGCACTCCAAGTGTGATTTTAGTCTCAGATTTATTGTTGAATTCA	120707

CT868737.2	151	CTCTTAAGGGAGTTTAATGAATTCAACTAAGTATGTACTATGCAATCACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120708	CTCTTAAGGGAGTTTAATGAATTCAACTAAGTATGTACTATGCAATCACT	120757

CT868737.2	201	TTCAATTCAACTATGGGAATGTAATCAAACATAAGTTATTGTAGTTTGTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120758	TTCAATTCAACTATGGGAATGTAATCAAACATAAGTTATTGTAGTTTGTA	120807

CT868737.2	251	GTGACAAAAGCTCTAAATTCTAGCTTCAGATTGATAACAATTCTAGAAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120808	GTGACAAAAGCTCTAAATTCTAGCTTCAGATTGATAACAATTCTAGAAGC	120857

CT868737.2	301	AAAATCAATTTTACTCGAGCACAAGCAAGGGGGGTTGGATAGCTCAACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120858	AAAATCAATTTTACTCGAGCACAAGCAAGGGGGGTTGGATAGCTCAACTG	120907

CT868737.2	351	GTTTGAGCTAAGAGTTAAGTAGTCGGAAGCCTAGGATTCAAGTCCTCACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120908	GTTTGAGCTAAGAGTTAAGTAGTCGGAAGCCTAGGATTCAAGTCCTCACA	120957

CT868737.2	401	AGGAAATAAAAAAACTAACACAACAATTAACATACTAACATTTATCATTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	120958	AGGAAATAAAAAAACTAACACAACAATTAACATACTAACATTTATCATTA	121007

CT868737.2	451	AAAAAATGTCAAAATCAATTTCACATCTCTAGAATAAATTTTGCCACATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121008	AAAAAATGTCAAAATCAATTTCACATCTCTAGAATAAATTTTGCCACATC	121057

CT868737.2	501	CAAAACTAAACCAAACATAAACTAAACTAAACTCACAATAAAAGTTTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121058	CAAAACTAAACCAAACATAAACTAAACTAAACTCACAATAAAAGTTTCAA	121107

CT868737.2	551	AATCAATTTTTACAACCTTAGTATGAAAGAAACACTTAACAGAACAAGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121108	AATCAATTTTTACAACCTTAGTATGAAAGAAACACTTAACAGAACAAGTG	121157

CT868737.2	601	ATCGACATGCAAACAGACACAAAAGAACAAAAACAATGACAAAGAGACTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121158	ATCGACATGCAAACAGACACAAAAGAACAAAAACAATGACAAAGAGACTT	121207

CT868737.2	651	TGTAGCACATGAACATTTAAATATCATTTTATAAAATTAATAATAACATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121208	TGTAGCACATGAACATTTAAATATCATTTTATAAAATTAATAATAACATT	121257

CT868737.2	701	TGATTGACATGCATGCATAATAGTACAAAACAAGCCAGAAAAAACACTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121258	TGATTGACATGCATGCATAATAGTACAAAACAAGCCAGAAAAAACACTAG	121307

CT868737.2	751	TATTTGAGACATAAACATATATAGGCAGAAAAACAAGTCAAAAAGAAAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121308	TATTTGAGACATAAACATATATAGGCAGAAAAACAAGTCAAAAAGAAAGA	121357

CT868737.2	801	GATAAAAATAAACATACTATTTGAGTGTCATGAATGGGTGAGGGAAGGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121358	GATAAAAATAAACATACTATTTGAGTGTCATGAATGGGTGAGGGAAGGAT	121407

CT868737.2	851	GGCTTTCATAAAATGTTTAGAATCTTTCTCCGGCGCCGGTGGCCGGACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121408	GGCTTTCATAAAATGTTTAGAATCTTTCTCCGGCGCCGGTGGCCGGACAG	121457

CT868737.2	901	AGCTTCTCCGGCGAGCCTGCATTGTTTGTTCACTTGTGCAAATAATAATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121458	AGCTTCTCCGGCGAGCCTGCATTGTTTGTTCACTTGTGCAAATAATAATA	121507

CT868737.2	951	AAGTGAAATGAGTTTCAAAGGTTACTTCACATTCTAAATATATAGTATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121508	AAGTGAAATGAGTTTCAAAGGTTACTTCACATTCTAAATATATAGTATTT	121557

CT868737.2	1001	TATTTATTATTCTATAAAGAAAAGTCAATTATATAGTATTTTATTTATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121558	TATTTATTATTCTATAAAGAAAAGTCAATTATATAGTATTTTATTTATCA	121607

CT868737.2	1051	ATGAATCTTCTATTTTTTATACTATTTTTGACATAATCTTTTGATTGATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121608	ATGAATCTTCTATTTTTTATACTATTTTTGACATAATCTTTTGATTGATA	121657

CT868737.2	1101	TACTCAATAAAAAATAATTAAAAGAAGAAGAAAGTAAAGGAGTATAGAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121658	TACTCAATAAAAAATAATTAAAAGAAGAAGAAAGTAAAGGAGTATAGAAA	121707

CT868737.2	1151	TGAGGAAGAAGAAGAAAAAAGATTGAATTCAATTCAGACTCTCACAATTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121708	TGAGGAAGAAGAAGAAAAAAGATTGAATTCAATTCAGACTCTCACAATTT	121757

CT868737.2	1201	TTTAAGGGGTTAATTAAGTCTTTGACATAAAATACTTCAATTAATCTCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121758	TTTAAGGGGTTAATTAAGTCTTTGACATAAAATACTTCAATTAATCTCTG	121807

CT868737.2	1251	AAATTTTCATACTATAGACAAATTAGTCTTTAACTTAATATATCAGAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121808	AAATTTTCATACTATAGACAAATTAGTCTTTAACTTAATATATCAGAGAA	121857

CT868737.2	1301	AATAATTTGTCCCCAATATAAAAATGACATGATTAATTTGAGTTTATTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121858	AATAATTTGTCCCCAATATAAAAATGACATGATTAATTTGAGTTTATTTT	121907

CT868737.2	1351	TTTTGTTAAGGACTGTTTTGACCCACAAGAATTGAATCTACATTGAAGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121908	TTTTGTTAAGGACTGTTTTGACCCACAAGAATTGAATCTACATTGAAGAA	121957

CT868737.2	1401	TAAATGGATAAGGTAATTCTTTTTTGACTTGAACAAAATATAGTATCACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	121958	TAAATGGATAAGGTAATTCTTTTTTGACTTGAACAAAATATAGTATCACA	122007

CT868737.2	1451	TTTTTTTCAGGCCTTTTTTCCTTATAACATTCATTTTATAGAAGTCATTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122008	TTTTTTTCAGGCCTTTTTTCCTTATAACATTCATTTTATAGAAGTCATTA	122057

CT868737.2	1501	TTATGTGGTATTTATATTTATAGGTAGAATGGCTCAGTCAAACTCATGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122058	TTATGTGGTATTTATATTTATAGGTAGAATGGCTCAGTCAAACTCATGTG	122107

CT868737.2	1551	ATAATTATTCCTTCTTTTTCTATGTTTCACAAAACATAGAAAAATTTAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122108	ATAATTATTCCTTCTTTTTCTATGTTTCACAAAACATAGAAAAATTTAAA	122157

CT868737.2	1601	TGAGAATAAAATTAAATGATATTAATTGATGTGACTGATTTATTTTTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122158	TGAGAATAAAATTAAATGATATTAATTGATGTGACTGATTTATTTTTATT	122207

CT868737.2	1651	TTTATTTTTCCATCTTATATGAATGTGTCTAAATCTTTTTGATTTGAGGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122208	TTTATTTTTCCATCTTATATGAATGTGTCTAAATCTTTTTGATTTGAGGT	122257

CT868737.2	1701	TGTGACTATATTAGACTTTCTCTTGAAAACAATGCTTTTATCTCCATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122258	TGTGACTATATTAGACTTTCTCTTGAAAACAATGCTTTTATCTCCATTTA	122307

CT868737.2	1751	ATCATTGTCACTATCCAAATATGCTTTTATCTATAGATCCTAAACTATTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122308	ATCATTGTCACTATCCAAATATGCTTTTATCTATAGATCCTAAACTATTT	122357

CT868737.2	1801	GGCATGTTGATTTAACTCATTCTTTTTAAGACTGATATCATATTTGTTGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122358	GGCATGTTGATTTAACTCATTCTTTTTAAGACTGATATCATATTTGTTGT	122407

CT868737.2	1851	CAACAAACTCAGCCATTCCATTTAGATGCCATTTTATAGTAGCTAAGTTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122408	CAACAAACTCAGCCATTCCATTTAGATGCCATTTTATAGTAGCTAAGTTC	122457

CT868737.2	1901	TACACAAGAGCAGGGAATTCTTTTCCATGCTCACTCTTCCACTAAACTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122458	TACACAAGAGCAGGGAATTCTTTTCCATGCTCACTCTTCCACTAAACTCA	122507

CT868737.2	1951	CAACCTATGTATACCAATCAGGCCAAATGTAGTAGCTCTAGCTCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009492.5	122508	CAACCTATGTATACCAATCAGGCCAAATGTAGTAGCTCTAGCTCAAGCTT	122557

Overview

Query
CT868737.2 - 64883 bps
Hit
CT009492.5 - 122557 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100185820001200011205581225571
292.13264421330113742146848472901
310033371400514041147776478121
484.781713351079911133194893952271
586.31863401205512394196064964061
687.832093451205512399-11011941015381
781.561303521162511976-11016411019981
886.961973422913325411081611085051
989.2504794116251241811090131098271
101008152869815771027411134281221251
1190.985728287393822011142961151261
1288.7858988305840211152061153031
1381.58351148480859311153751154881
1494.4219024767692211160211162711
1594.421902479382962811160211162711
1690.945738312445327511192441200711
1783.823268105651063211194751195421
1886.57188335107991113311197161200501
1985.19168324120711239411197461200691
2088.7859983355345211201561202531
2181.58321143524363711203311204441
2294.341902514170442011212331214791
Short-link