<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 771 bps / non-identical: 683 bps

Full alignment

C  AC174307.20	26294	TGACTGGTGCTAGTCACA-CCCCAAAAAAATAAGTTACACCTAAATTTAT	26246
			|||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	24798	TGACTGGTGCTAGTCACATCCTAAAAAAAATAAGTTACACCTAAATTTAT	24847

C  AC174307.20	26245	TTAAAATTTTACAATAATACCAAAATTGCCTTCTTCATGTAAATTTTTAA	26196
			|||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
  CT009488.4	24848	TTAAAATTTTACAATAATACCAAAATTGCTCTCTTCATGTAAATTTTTAA	24897

C  AC174307.20	26195	AAACCCATCTTTTATGATCATTCTGAACCCTTACCCCCTTTCATCCACAA	26146
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	24898	AAATCCATCTTTTATGATCATTCTGAACCCTTACCCCCTTTCATCCACAA	24947

C  AC174307.20	26145	ATCACCATAGATGCGCAACCAATATATAAATCAATATCTTTGTTATTGAT	26096
			||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||
  CT009488.4	24948	ATCACCATAGATGTGCAACCAATATCTGAATCAACATCTTTGTTATTGAT	24997

C  AC174307.20	26095	CTGTACTATATTCATAAAGGTTAGTGAATTTCATGAATTTCATTTTCGAT	26046
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	24998	CTGTACTATATTCATAAAGGTTAGTGAATTTCATGAATTTCATTTTCGAT	25047

C  AC174307.20	26045	GAGTTTCTATTTGTTTATTGTTTGTTTTGGTATGAGATATGCCTGTCAAT	25996
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  CT009488.4	25048	GAGTTTCTATTTGTTTATTGTTTGTTTTGGTATGAGATATGCATGTCAAT	25097

C  AC174307.20	25995	TTGATTTTAAGTGAGAGGTTAGTGTAAATTAAGTTTACGTGTATGTATAT	25946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	25098	TTGATTTTAAGTGAGAGGTTAGTGTAAATTAAGTTTACGTGTATGTATAT	25147

C  AC174307.20	25945	AAAAGGGGTTAATGTAGTTTACGTATGTAGGTTAATGTAAATTC-AAGCT	25897
			||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
  CT009488.4	25148	AAAAGGGGTTAGTGTAGTTTACGTATGTAGGTTAATGTAAATTCAAAGTT	25197

C  AC174307.20	25896	TACGTATGTTCAATTTAGGTTAGTGTAAATTCAGTTTACTTACGTTCAAT	25847
			|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
  CT009488.4	25198	TATGTATGTTCAATTTAGGTTAGTGTAAATTCAGTTTACTTAC-------	25240

C  AC174307.20	25846	CTAGGTTAATGTAAATTTAGTTTACGTATGTATATAAGAGGTTAGTGTAA	25797
			    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	25241	----GTTAATGTAAATTTAGTTTACGTATGTATATAAGAGGTTAGTGTAA	25286

C  AC174307.20	25796	ATTCAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGTAACTTCAGTTTACTTA	25747
			||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
  CT009488.4	25287	ATTAAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTACTTA	25336

C  AC174307.20	25746	--------CGTTCAATCTAGGTTAATGTAAATTAACTTTACTTATGTTCA	25705
			        |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
  CT009488.4	25337	CGTTAAATCGTTAAATCTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTACTTAAGTTCA	25386

C  AC174307.20	25704	ATCTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGT	25655
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  CT009488.4	25387	ATCTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTACTTACGTTAAATCTAGGTTAATGT	25436

C  AC174307.20	25654	AAATTAAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGTAAATTAAGTTT--G	25607
			||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   
  CT009488.4	25437	AAATTAAGTTTACTTACGTTCAATCCAGGTTAATGTAAATTAAGTTTACT	25486

C  AC174307.20	25606	TAAATTCAGTTTACTTACGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTAT	25557
			||  ||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  
  CT009488.4	25487	TATGTTCA----ACTTATGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTGC	25532

C  AC174307.20	25556	TTATGTTCAATTTACGTTAATGTAAATTTAGTT	25524
			|||||||||||||| ||||||||||||||||||
  CT009488.4	25533	TTATGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTTAGTT	25565

Compact alignment

C  AC174307.20	26294	TGACTGGTGCTAGTCACA-CCCCAAAAAAATAAGTTACACCTAAATTTAT	26246
			|||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	24798	TGACTGGTGCTAGTCACATCCTAAAAAAAATAAGTTACACCTAAATTTAT	24847

C  AC174307.20	26245	TTAAAATTTTACAATAATACCAAAATTGCCTTCTTCATGTAAATTTTTAA	26196
			|||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
  CT009488.4	24848	TTAAAATTTTACAATAATACCAAAATTGCTCTCTTCATGTAAATTTTTAA	24897

C  AC174307.20	26195	AAACCCATCTTTTATGATCATTCTGAACCCTTACCCCCTTTCATCCACAA	26146
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	24898	AAATCCATCTTTTATGATCATTCTGAACCCTTACCCCCTTTCATCCACAA	24947

C  AC174307.20	26145	ATCACCATAGATGCGCAACCAATATATAAATCAATATCTTTGTTATTGAT	26096
			||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||
  CT009488.4	24948	ATCACCATAGATGTGCAACCAATATCTGAATCAACATCTTTGTTATTGAT	24997

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC174307.20	26045	GAGTTTCTATTTGTTTATTGTTTGTTTTGGTATGAGATATGCCTGTCAAT	25996
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  CT009488.4	25048	GAGTTTCTATTTGTTTATTGTTTGTTTTGGTATGAGATATGCATGTCAAT	25097

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC174307.20	25945	AAAAGGGGTTAATGTAGTTTACGTATGTAGGTTAATGTAAATTC-AAGCT	25897
			||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
  CT009488.4	25148	AAAAGGGGTTAGTGTAGTTTACGTATGTAGGTTAATGTAAATTCAAAGTT	25197

C  AC174307.20	25896	TACGTATGTTCAATTTAGGTTAGTGTAAATTCAGTTTACTTACGTTCAAT	25847
			|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
  CT009488.4	25198	TATGTATGTTCAATTTAGGTTAGTGTAAATTCAGTTTACTTAC-------	25240

C  AC174307.20	25846	CTAGGTTAATGTAAATTTAGTTTACGTATGTATATAAGAGGTTAGTGTAA	25797
			    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009488.4	25241	----GTTAATGTAAATTTAGTTTACGTATGTATATAAGAGGTTAGTGTAA	25286

C  AC174307.20	25796	ATTCAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGTAACTTCAGTTTACTTA	25747
			||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
  CT009488.4	25287	ATTAAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTACTTA	25336

C  AC174307.20	25746	--------CGTTCAATCTAGGTTAATGTAAATTAACTTTACTTATGTTCA	25705
			        |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
  CT009488.4	25337	CGTTAAATCGTTAAATCTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTACTTAAGTTCA	25386

C  AC174307.20	25704	ATCTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGT	25655
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  CT009488.4	25387	ATCTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTACTTACGTTAAATCTAGGTTAATGT	25436

C  AC174307.20	25654	AAATTAAGTTTACTTACGTTCAATCTAGGTTAATGTAAATTAAGTTT--G	25607
			||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   
  CT009488.4	25437	AAATTAAGTTTACTTACGTTCAATCCAGGTTAATGTAAATTAAGTTTACT	25486

C  AC174307.20	25606	TAAATTCAGTTTACTTACGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTAT	25557
			||  ||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  
  CT009488.4	25487	TATGTTCA----ACTTATGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTAAGTTTGC	25532

C  AC174307.20	25556	TTATGTTCAATTTACGTTAATGTAAATTTAGTT	25524
			|||||||||||||| ||||||||||||||||||
  CT009488.4	25533	TTATGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTTAGTT	25565

Overview

Query
AC174307.20 - 105871 bps
Hit
CT009488.4 - 119377 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 771 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
192.845557712552426294-124798255651
285.381502602544125700-125582258411
Short-link