<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT963075.5	2000	AAGCTTGTGCCCTCCCTGTCTTGTCCGCAATGAGAACAACGATAAATGCA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1	AAGCTTGTGCCCTCCCTGTCTTGTCCGCAATGAGAACAACGATAAATGCA	50

C  CT963075.5	1950	TGAGGAAGAACAAAACCAATGACTTGAAGTGATATCATTGAACTAGTGCA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	51	TGAGGAAGAACAAAACCAATGACTTGAAGTGATATCATTGAACTAGTGCA	100

C  CT963075.5	1900	GAAAATTAGTATGACAGATTCAATCTAAAAACAAGTTTAGTGATCACAAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	101	GAAAATTAGTATGACAGATTCAATCTAAAAACAAGTTTAGTGATCACAAG	150

C  CT963075.5	1850	CATTTTTTGTTCCAATGGATTTGATTCCTTAACATGTCCAATCTAAAAGA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	151	CATTTTTTGTTCCAATGGATTTGATTCCTTAACATGTCCAATCTAAAAGA	200

C  CT963075.5	1800	CGAAAAACCAATTACCAAAGGCTTTAAAACTGACCCTGCCATAGCTTTGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	201	CGAAAAACCAATTACCAAAGGCTTTAAAACTGACCCTGCCATAGCTTTGA	250

C  CT963075.5	1750	TTTCCTACAGCACAGCTTCAAAAACATACAACCATAGATTTCCAAGAATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	251	TTTCCTACAGCACAGCTTCAAAAACATACAACCATAGATTTCCAAGAATT	300

C  CT963075.5	1700	TCTACTATCTTGCTATATTTTCCAAACCCCTCGAAAGAAAGCATCTATTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	301	TCTACTATCTTGCTATATTTTCCAAACCCCTCGAAAGAAAGCATCTATTA	350

C  CT963075.5	1650	CATAAAACATAGAAGAAATATTTTTCAAATTGAGTAGGAAAATCTTTACA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	351	CATAAAACATAGAAGAAATATTTTTCAAATTGAGTAGGAAAATCTTTACA	400

C  CT963075.5	1600	AAATTTTACAATTACAATCACTGAGGTTATAAAGATCCAAAAAACAGAAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	401	AAATTTTACAATTACAATCACTGAGGTTATAAAGATCCAAAAAACAGAAC	450

C  CT963075.5	1550	AATGACAAAGGGGTGGTACTCACGTTGATAATTGCTTATATTAGACACTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	451	AATGACAAAGGGGTGGTACTCACGTTGATAATTGCTTATATTAGACACTT	500

C  CT963075.5	1500	TATTCCAATAAAATATAATAGAATTTCATAAACAACGAGTGACATCTAGA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	501	TATTCCAATAAAATATAATAGAATTTCATAAACAACGAGTGACATCTAGA	550

C  CT963075.5	1450	AATGCATCATTGCTACCCAAATCATGAGATAATCGGTAATACGATTTAAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	551	AATGCATCATTGCTACCCAAATCATGAGATAATCGGTAATACGATTTAAC	600

C  CT963075.5	1400	ATGTTTGTGACCAACACAATTGTGTCAAATATCATATATTTGTTCATTCC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	601	ATGTTTGTGACCAACACAATTGTGTCAAATATCATATATTTGTTCATTCC	650

C  CT963075.5	1350	AGCAAGGCAATGCATTTAAGAGATTAATTGATAAACTTAGTTAAACATAG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	651	AGCAAGGCAATGCATTTAAGAGATTAATTGATAAACTTAGTTAAACATAG	700

C  CT963075.5	1300	GTACTGACTAAACAGCAAATACAATGAAAGGTTAATTTTAATTTCCTCTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	701	GTACTGACTAAACAGCAAATACAATGAAAGGTTAATTTTAATTTCCTCTT	750

C  CT963075.5	1250	GAAACTTGTACTTAAGTTTCAACAGTAGAACATGTAGGAAAAGCTAGTAC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	751	GAAACTTGTACTTAAGTTTCAACAGTAGAACATGTAGGAAAAGCTAGTAC	800

C  CT963075.5	1200	ATTTTGAATCAGAACATTGTACGCGTAGAAGAGGATCCTTTCTCCCTGTG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	801	ATTTTGAATCAGAACATTGTACGCGTAGAAGAGGATCCTTTCTCCCTGTG	850

C  CT963075.5	1150	TTCTTTCTCTCCTTGCTTGAAGGACTTCTTGTTTTTCTTTAGAAGCTTGG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	851	TTCTTTCTCTCCTTGCTTGAAGGACTTCTTGTTTTTCTTTAGAAGCTTGG	900

C  CT963075.5	1100	AAAGGTCTTTCAAAACCAAGTTCACCTCTTCAGAGTCGTCACTGTTATAC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	901	AAAGGTCTTTCAAAACCAAGTTCACCTCTTCAGAGTCGTCACTGTTATAC	950

C  CT963075.5	1050	ATTTCATCATTCTTGTCCAACCTATTTAACTCAGTCTCATGCTCTTCAAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	951	ATTTCATCATTCTTGTCCAACCTATTTAACTCAGTCTCATGCTCTTCAAG	1000

C  CT963075.5	1000	CTCTCTGAACAATGAAACTAAGAGCATAGTTGGGAAATCTATTGATTTCG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1001	CTCTCTGAACAATGAAACTAAGAGCATAGTTGGGAAATCTATTGATTTCG	1050

C  CT963075.5	950	TTATAGCTCTGACCTTGTGCCGCCATTTCTTACTCAAACATCTCAAAACT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1051	TTATAGCTCTGACCTTGTGCCGCCATTTCTTACTCAAACATCTCAAAACT	1100

C  CT963075.5	900	TTGCTAACCAAATCTTCATTAGGAATCTTTTTACCCAACGAAGCAAGATG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1101	TTGCTAACCAAATCTTCATTAGGAATCTTTTTACCCAACGAAGCAAGATG	1150

C  CT963075.5	850	ATTAACAACATCATAAAACCGCATTTGCATATCATGTATGTTCTCACCAG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1151	ATTAACAACATCATAAAACCGCATTTGCATATCATGTATGTTCTCACCAG	1200

C  CT963075.5	800	GTTTCATACAAAACCGTTCATATTCACCGGTTAGATATCCGATCCTTGCC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1201	GTTTCATACAAAACCGTTCATATTCACCGGTTAGATATCCGATCCTTGCC	1250

C  CT963075.5	750	ATTTTAACTTCACCGGTTCCCTCATGAATATTTTGCAAAGTATTCCACAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1251	ATTTTAACTTCACCGGTTCCCTCATGAATATTTTGCAAAGTATTCCACAT	1300

C  CT963075.5	700	TTCTCGGGCAGTCTCACAATACATGACATTAGAAAACTCATCATTACATA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1301	TTCTCGGGCAGTCTCACAATACATGACATTAGAAAACTCATCATTACATA	1350

C  CT963075.5	650	AAGCACAAGATATCAAGTGTTTTGCCCTCGAATCAGGGTGAACCTTTTTC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1351	AAGCACAAGATATCAAGTGTTTTGCCCTCGAATCAGGGTGAACCTTTTTC	1400

C  CT963075.5	600	TTATCATCATCCGTCCATTCGGTTTTAGATTTCGGTTTGGTGAAACCATT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1401	TTATCATCATCCGTCCATTCGGTTTTAGATTTCGGTTTGGTGAAACCATT	1450

C  CT963075.5	550	AACAATATGAGTGGGAAAAAAAGGACCATGTTCTATGGCCTTCCAAGCAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1451	AACAATATGAGTGGGAAAAAAAGGACCATGTTCTATGGCCTTCCAAGCAT	1500

C  CT963075.5	500	CAAAATCAGTACCCTGAACAAATATTTGCATTCTATGTTTCCAAATGTAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1501	CAAAATCAGTACCCTGAACAAATATTTGCATTCTATGTTTCCAAATGTAA	1550

C  CT963075.5	450	TATTTTTTACCGTCGAAAAAAGGGGGTCGAGTGCCAAAATCATCATCATC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1551	TATTTTTTACCGTCGAAAAAAGGGGGTCGAGTGCCAAAATCATCATCATC	1600

C  CT963075.5	400	AGAATCAAAACTGTTATTTGAGGCCATTATAAATCTGCAACAATAATATT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1601	AGAATCAAAACTGTTATTTGAGGCCATTATAAATCTGCAACAATAATATT	1650

C  CT963075.5	350	GAAAAATAACCCTAAAATTAGCAACATGGATTTTTCAACTTGTTCAAAAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1651	GAAAAATAACCCTAAAATTAGCAACATGGATTTTTCAACTTGTTCAAAAA	1700

C  CT963075.5	300	AAAAACCTACAAATTTTTCAAAAAATATTACAAAAAAATAACTATAGTAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1701	AAAAACCTACAAATTTTTCAAAAAATATTACAAAAAAATAACTATAGTAA	1750

C  CT963075.5	250	ACTAATTACATAACAACAATTTAAATATTGAAAAAGCTAGAAAGCAGAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1751	ACTAATTACATAACAACAATTTAAATATTGAAAAAGCTAGAAAGCAGAAA	1800

C  CT963075.5	200	ACAACGATACCTGAGTGGAGAAATTTGAAGACGACGAGAGAAGCAAGGGT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1801	ACAACGATACCTGAGTGGAGAAATTTGAAGACGACGAGAGAAGCAAGGGT	1850

C  CT963075.5	150	TAACAAATTTTTAAGTTAGGTGTTACGAACCAGTTATTAGAGTCAATGAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1851	TAACAAATTTTTAAGTTAGGTGTTACGAACCAGTTATTAGAGTCAATGAA	1900

C  CT963075.5	100	CGAAGAGAATTTAAAACATTTATTAGGTGTGATGATTTGACTAAAATGTG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1901	CGAAGAGAATTTAAAACATTTATTAGGTGTGATGATTTGACTAAAATGTG	1950

C  CT963075.5	50	ACCGTTATAGCTTGTTATTAGTTTAACATTTTTTTTTAATGAAAAGAGGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009478.9	1951	ACCGTTATAGCTTGTTATTAGTTTAACATTTTTTTTTAATGAAAAGAGGA	2000

Overview

Query
CT963075.5 - 75163 bps
Hit
CT009478.9 - 121373 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001908200012000-1120001
282.94451287158171708-117939180671
Short-link