<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR925759.7	1	AAGCTTAAGGCCAGCTCTTATCTCTCCCCTCTCCCAACGTCCCCCACGCC	50
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	1995	AAGCTTGAGGCCAGCTCTTATCTCTCCCCTCTCCCAACGTCCCCCACGCC	2044

CR925759.7	51	TCCCAGATTTCTTTTCTCTTAGGGTCATGCCTGGGGATTGCGGATTCGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2045	TCCCAGATTTCTTTTCTCTTAGGGTCATGCCTGGGGATTGCGGATTCGGA	2094

CR925759.7	101	GCAAGAAGGGACCAGGGAGACAATCTGGTCCCCTTCTCCACTTAAGGCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2095	GCAAGAAGGGACCAGGGAGACAATCTGGTCCCCTTCTCCACTTAAGGCCT	2144

CR925759.7	151	GGGGAGATGAATGACTTGGCCAAGGTCATCACGGCAGTAAATAGCAGGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2145	GGGGAGATGAATGACTTGGCCAAGGTCATCACGGCAGTAAATAGCAGGGG	2194

CR925759.7	201	CAGGATTTGAACCCAGGCCTCATGTCTCTAGGTCAGGCCCTCATTTCACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2195	CAGGATTTGAACCCAGGCCTCATGTCTCTAGGTCAGGCCCTCATTTCACC	2244

CR925759.7	251	ACAGCAGCCAGTGACTGTTCCTTGTGCTCCTCCCACAGTAAACTCCTGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2245	ACAGCAGCCAGTGACTGTTCCTTGTGCTCCTCCCACAGTAAACTCCTGAG	2294

CR925759.7	301	TCTCTAACCAGTGTGGACATCAGTCACACTGATGTCTAGGCTCCAGCCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2295	TCTCTAACCAGTGTGGACATCAGTCACACTGATGTCTAGGCTCCAGCCAG	2344

CR925759.7	351	AAACCTTAGTTGTGCTGTTCTGGACCTGGTTGTGCTCTGTGGACTGTGGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2345	AAACCTTAGTTGTGCTGTTCTGGACCTGGTTGTGCTCTGTGGACTGTGGG	2394

CR925759.7	401	AGGTCGTGAACCATAGGAGTACTGGGCTCTCAGCCTCTCTTCCCCACCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2395	AGGTCGTGAACCATAGGAGTACTGGGCTCTCAGCCTCTCTTCCCCACCTC	2444

CR925759.7	451	TTGCCCTGCTTTGCCACTTTATCCCCTCCTTGGGACTCTCTTTACCCATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2445	TTGCCCTGCTTTGCCACTTTATCCCCTCCTTGGGACTCTCTTTACCCATC	2494

CR925759.7	501	TGTAGCACAGAGTGCATGGACCAACGGTCACTCACTCCCTTCGGGCTCCA	550
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2495	TGTAGCACAGGGTGCATGGACCAACGGTCACTCACTCCCTTCGGGCTCCA	2544

CR925759.7	551	AGTCCGTTTCCCCAGGATCCAGGCAGTCCCTTAGGGGCCAGAAGCCTCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2545	AGTCCGTTTCCCCAGGATCCAGGCAGTCCCTTAGGGGCCAGAAGCCTCTG	2594

CR925759.7	601	AGTTTTCCCTGGAGCCTGTCCTGAGTGCTCAGGGGCTCTCCTGGAAGGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2595	AGTTTTCCCTGGAGCCTGTCCTGAGTGCTCAGGGGCTCTCCTGGAAGGCA	2644

CR925759.7	651	GCATGTGCTTGGACCCTGAGGCCCATCAAGCTTGTTCTGTTGGTGTGGGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2645	GCATGTGCTTGGACCCTGAGGCCCATCAAGCTTGTTCTGTTGGTGTGGGG	2694

CR925759.7	701	AAATACTCCCAGAGGTTGCCCCCCCATTGGTACTGGTCCTGGGCTATTTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2695	AAATACTCCCAGAGGTTGCCCCCCCATTGGTACTGGTCCTGGGCTATTTC	2744

CR925759.7	751	TAGGGTTCCAGAGGCCTGAGACATACAGGTCTCTTGGGGTACCTCACTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2745	TAGGGTTCCAGAGGCCTGAGACATACAGGTCTCTTGGGGTACCTCACTGA	2794

CR925759.7	801	ATAAGGGAGCACCATAAAGTCAGCACCTTCAGCCGGTCTGGAAGTCTTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2795	ATAAGGGAGCACCATAAAGTCAGCACCTTCAGCCGGTCTGGAAGTCTTGG	2844

CR925759.7	851	TTGGGGCTAGGGCTGGGGTTTCCAGTCCTCGTAAAAGAAGCAGGGTGCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2845	TTGGGGCTAGGGCTGGGGTTTCCAGTCCTCGTAAAAGAAGCAGGGTGCTG	2894

CR925759.7	901	TGGTGCCAGGGAAGCCATGTTCCTGCTCCGCCTGCCACCACTGTCTGCAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2895	TGGTGCCAGGGAAGCCATGTTCCTGCTCCGCCTGCCACCACTGTCTGCAC	2944

CR925759.7	951	CACACCCCTGGCTTGGGGCAACCTGTCTACCAGATTAACTTGGCTTTTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2945	CACACCCCTGGCTTGGGGCAACCTGTCTACCAGATTAACTTGGCTTTTAA	2994

CR925759.7	1001	AAAACATTGGATCACAGACCTTCCATTTGGCCTCATAAAATCCACTCTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2995	AAAACATTGGATCACAGACCTTCCATTTGGCCTCATAAAATCCACTCTGT	3044

CR925759.7	1051	TCCCGGCTTTCCCCAGGCTCCTGACTCAGGGAACAGAGGGAATGTCACCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3045	TCCCGGCTTTCCCCAGGCTCCTGACTCAGGGAACAGAGGGAATGTCACCA	3094

CR925759.7	1101	TCAATGAGGGCACCCCCCTGGCCCAGCCCTGGGTACCTGGAGACTTTGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3095	TCAATGAGGGCACCCCCCTGGCCCAGCCCTGGGTACCTGGAGACTTTGGA	3144

CR925759.7	1151	CATTCTGGGCACTGCCTTCCTTCCAAGGTCAGGGGGGGAGTTCAGAGAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3145	CATTCTGGGCACTGCCTTCCTTCCAAGGTCAGGGGGGGAGTTCAGAGAGC	3194

CR925759.7	1201	TGACCAGTGTCCACTTTGTGGGGGGTGGTCCAGCCTGAGTGACTCTCACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3195	TGACCAGTGTCCACTTTGTGGGGGGTGGTCCAGCCTGAGTGACTCTCACA	3244

CR925759.7	1251	CTGTCCAGAGTCCAGATAGTGAGGTCTGGGCAGATTAGGAAGAAACTAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3245	CTGTCCAGAGTCCAGATAGTGAGGTCTGGGCAGATTAGGAAGAAACTAGA	3294

CR925759.7	1301	AGCATCTAGCCTGGAGAAAAATGGGGGATAGAGCACCTGAGAGTTGTGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3295	AGCATCTAGCCTGGAGAAAAATGGGGGATAGAGCACCTGAGAGTTGTGCT	3344

CR925759.7	1351	CAAGGCCTGTCTTGTGGAAGAAATGTTAATCTGCTGGGAGGATGCTTCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3345	CAAGGCCTGTCTTGTGGAAGAAATGTTAATCTGCTGGGAGGATGCTTCCT	3394

CR925759.7	1401	GGCAATGACAGTTGTCCTAGTGGGGAAGAGGCTACCTTGGGAGGTGGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3395	GGCAATGACAGTTGTCCTAGTGGGGAAGAGGCTACCTTGGGAGGTGGTGA	3444

CR925759.7	1451	ACTCCCCATCCCTAGAGGGAGTCCAGCAGAGACCTGATAATCACTTGTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3445	ACTCCCCATCCCTAGAGGGAGTCCAGCAGAGACCTGATAATCACTTGTCA	3494

CR925759.7	1501	GAGAGGCAACGGGGACATGGCCCCCAAGGCCTCTCCTGAGGCACTCATGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3495	GAGAGGCAACGGGGACATGGCCCCCAAGGCCTCTCCTGAGGCACTCATGG	3544

CR925759.7	1551	TATGACATGTCCTAAAAAGGTTGCGACATGAGGCAGCCTGGTGGGTTCAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3545	TATGACATGTCCTAAAAAGGTTGCGACATGAGGCAGCCTGGTGGGTTCAG	3594

CR925759.7	1601	TGAAAATAGGGCTGACAGCAGAGTCCTGGGCAAGGCCCCCCACACTGCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3595	TGAAAATAGGGCTGACAGCAGAGTCCTGGGCAAGGCCCCCCACACTGCCT	3644

CR925759.7	1651	CCTCACCTGCCCCTGCCAACTCTCTAAGGTCAGATTCAGGGGCACCTGCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3645	CCTCACCTGCCCCTGCCAACTCTCTAAGGTCAGATTCAGGGGCACCTGCT	3694

CR925759.7	1701	CCCAGAGGCCTCTCCCCACCCCTAACTGTCTGTCCCAACTCTCTCAGAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3695	CCCAGAGGCCTCTCCCCACCCCTAACTGTCTGTCCCAACTCTCTCAGAAG	3744

CR925759.7	1751	GTCCCAAGCTTCTGGTCTATGATCGACCCAACAAGCTGATCTCTATGAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3745	GTCCCAAGCTTCTGGTCTATGATCGACCCAACAAGCTGATCTCTATGAGT	3794

CR925759.7	1801	GGGGTATGTGTGTGGAGCATGTTTAAGTGTGTGACTGTGTATGTGTGTGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3795	GGGGTATGTGTGTGGAGCATGTTTAAGTGTGTGACTGTGTATGTGTGTGT	3844

CR925759.7	1851	GTGTGCATGTACATGAGTGTCATTGTGTGTATATGTGTGTGTGTAAGTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3845	GTGTGCATGTACATGAGTGTCATTGTGTGTATATGTGTGTGTGTAAGTGG	3894

CR925759.7	1901	ATGTGTTTGTAAGTGAGAGTGTGTATGGGAGTGAATGTAAGTTTGTGAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3895	ATGTGTTTGTAAGTGAGAGTGTGTATGGGAGTGAATGTAAGTTTGTGAGG	3944

CR925759.7	1951	GTCAATGTGTGTATTTGAGTGTGTGTGTATATATGGTTGTGTAAGCATTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	3945	GTCAATGTGTGTATTTGAGTGTGTGTGTATATATGGTTGTGTAAGCATTT	3994

Compact alignment

CR925759.7	1	AAGCTTAAGGCCAGCTCTTATCTCTCCCCTCTCCCAACGTCCCCCACGCC	50
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	1995	AAGCTTGAGGCCAGCTCTTATCTCTCCCCTCTCCCAACGTCCCCCACGCC	2044

skip 450 bps 100% identity alignment

CR925759.7	501	TGTAGCACAGAGTGCATGGACCAACGGTCACTCACTCCCTTCGGGCTCCA	550
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT008508.1	2495	TGTAGCACAGGGTGCATGGACCAACGGTCACTCACTCCCTTCGGGCTCCA	2544

skip 1450 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR925759.7 - 146757 bps
Hit
CT008508.1 - 3994 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link