<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1994 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

CR956650.4	1	GATCATGTGGTGCTGGCACATTCTCTGCTCTTGGGCAGAAACCTTGTTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84220	GATCATGTGGTGCTGGCACATTCTCTGCTCTTGGGCAGAAACCTTGTTGG	84269

CR956650.4	51	TGATGATGTCTAGGCCTTCATAAACCTAGGGGAAAGAAAATTAGCATGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84270	TGATGATGTCTAGGCCTTCATAAACCTAGGGGAAAGAAAATTAGCATGAG	84319

CR956650.4	101	AAAGTATTCTACCTCCTTAAGATGTACACATGACGGGTAGAAATGGTGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84320	AAAGTATTCTACCTCCTTAAGATGTACACATGACGGGTAGAAATGGTGAT	84369

CR956650.4	151	CTGTTGGTCCCTGCAGCCAAACACTTGACTGACCCAAAGCACCAGAGTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84370	CTGTTGGTCCCTGCAGCCAAACACTTGACTGACCCAAAGCACCAGAGTAA	84419

CR956650.4	201	ATGTGTTCTAACCAGAGCACAGCCTGACGAAGAGAAGAAAACAGAACACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84420	ATGTGTTCTAACCAGAGCACAGCCTGACGAAGAGAAGAAAACAGAACACT	84469

CR956650.4	251	GGCTTTCTTAGCAAATAGTGGCGACTCAGACTTAAAGACAAAAAGTGTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84470	GGCTTTCTTAGCAAATAGTGGCGACTCAGACTTAAAGACAAAAAGTGTAT	84519

CR956650.4	301	GTACATCAGTGTCCCAAATAAGAACTAATTCTGCAGGATTAACTGGAGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84520	GTACATCAGTGTCCCAAATAAGAACTAATTCTGCAGGATTAACTGGAGGT	84569

CR956650.4	351	TCTTTGGCCTGAACTTCAAGCATTTTAAAATAGACAGGTTGTTTTATTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84570	TCTTTGGCCTGAACTTCAAGCATTTTAAAATAGACAGGTTGTTTTATTTA	84619

CR956650.4	401	TTCTACTTATCACAAGTCTCCAGGAAGGTAATATTCTGCATTGCTCATAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR974588.18	84620	TTCTACTTATCACAAGTCTCCAGGAAGGTAATATTTTGCATTGCTCATAG	84669

CR956650.4	451	TTCTACTTCAAATGCTTAGCTATTTCTTGGATTTAAATGGCTCTGAAAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84670	TTCTACTTCAAATGCTTAGCTATTTCTTGGATTTAAATGGCTCTGAAAGG	84719

CR956650.4	501	TTTTATAATCTGTATAAGGTTGGCTCCATTTGTGGAGAAGTAGTCTACCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84720	TTTTATAATCTGTATAAGGTTGGCTCCATTTGTGGAGAAGTAGTCTACCT	84769

CR956650.4	551	ACAAAGTTATGTATAAAGCACATATACACACTTGAAGTCAGAACCTCTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84770	ACAAAGTTATGTATAAAGCACATATACACACTTGAAGTCAGAACCTCTAA	84819

CR956650.4	601	TACTGCTGAACTCTGGTAGAAACATTGTGCCAAATTACTGCTTCATGGGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84820	TACTGCTGAACTCTGGTAGAAACATTGTGCCAAATTACTGCTTCATGGGG	84869

CR956650.4	651	TCAGCACGTACAGTCTAAATACTCAAAGGCAATATCCTGTTCGTAAGCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84870	TCAGCACGTACAGTCTAAATACTCAAAGGCAATATCCTGTTCGTAAGCTC	84919

CR956650.4	701	TTGATCTGCCAATTCCACTAAAAAGTTCAAGTGTACTTCTTCTAAATGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84920	TTGATCTGCCAATTCCACTAAAAAGTTCAAGTGTACTTCTTCTAAATGCA	84969

CR956650.4	751	AGGTCTCAGATGGAGAACAGATCTGAAAATACTAGTTTGAAAATAGGGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	84970	AGGTCTCAGATGGAGAACAGATCTGAAAATACTAGTTTGAAAATAGGGAT	85019

CR956650.4	801	GAATGCTTTGAGATTAAATGTTCTCTCTGTAATCACTGATTCTACAGGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85020	GAATGCTTTGAGATTAAATGTTCTCTCTGTAATCACTGATTCTACAGGGA	85069

CR956650.4	851	GCACAAAATGAACAAATAATAAGTTCCATAGAGCCCACAAAGATGTTAAG	900
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85070	GCACAAAATGAACAAATAGTAAGTTCCATAGAGCCCACAAAGATGTTAAG	85119

CR956650.4	901	AGCATTTTTTATCTCACATTTCCCTTTACTTACATGGGTGTCAAATAAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85120	AGCATTTTTTATCTCACATTTCCCTTTACTTACATGGGTGTCAAATAAGT	85169

CR956650.4	951	ACGGTACAGTATAATGGTTAGGAGGAAGGACCCTGGCGCCAGGCTGCCTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85170	ACGGTACAGTATAATGGTTAGGAGGAAGGACCCTGGCGCCAGGCTGCCTC	85219

CR956650.4	1001	AGATCAATTCCTAGCTCTGCAACTTCCTAGTTATTTGTACTTGGAGTAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85220	AGATCAATTCCTAGCTCTGCAACTTCCTAGTTATTTGTACTTGGAGTAGT	85269

CR956650.4	1051	CAGTTGCTAACCTTTTCGTACCTTAATACCTCATCAGTAAAATGATGATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85270	CAGTTGCTAACCTTTTCGTACCTTAATACCTCATCAGTAAAATGATGATA	85319

CR956650.4	1101	AAATCTAACTCATATGGTTGTGTAAATTTAATGAGTTAATATATGTAAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85320	AAATCTAACTCATATGGTTGTGTAAATTTAATGAGTTAATATATGTAAAG	85369

CR956650.4	1151	AACTTGGTTTTTTTTT-TTTT-TTTT-TTTT-TTTTTTTTTTGCCTGGCA	1196
			||||||| |||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||
CR974588.18	85370	AACTTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTGCCTGGCA	85419

CR956650.4	1197	CATTGTAAATACTATATAAGGGTCATTATATTACTACCATGAATATGATC	1246
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85420	CATTGTAAATACTATATAAGGGTCATTATATTACTACCATGAATATGATC	85469

CR956650.4	1247	ACAACAACACAAGGAGAATGGGAAATAATTTTAGCGTCACTAACACTCTG	1296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85470	ACAACAACACAAGGAGAATGGGAAATAATTTTAGCGTCACTAACACTCTG	85519

CR956650.4	1297	AAGATTCAGTGCTCCTAGCCACTAAGATTATTTACCCAACAAAGATTTAA	1346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85520	AAGATTCAGTGCTCCTAGCCACTAAGATTATTTACCCAACAAAGATTTAA	85569

CR956650.4	1347	GCTATCATCAAGAGAAAAGAAAACTATTAATCAGTAAACAGGACACAGAA	1396
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85570	GCTATCATCAAGAGAAAAGAAAACTATTAATCAGTAAACAGGACACAGAA	85619

CR956650.4	1397	AAAATATAATCAGAGCAACAGAGAAAGAACCAGCTCTGCCTTTAACTCAT	1446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85620	AAAATATAATCAGAGCAACAGAGAAAGAACCAGCTCTGCCTTTAACTCAT	85669

CR956650.4	1447	CCATCCATGCCTGACAATAGAACAGCATTCTTACACCTAAATACTGCTGA	1496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85670	CCATCCATGCCTGACAATAGAACAGCATTCTTACACCTAAATACTGCTGA	85719

CR956650.4	1497	AATCTTAAATTACAGGGTGTTCTTTTCTTTGTAGCTTGAACAAGACTTCC	1546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85720	AATCTTAAATTACAGGGTGTTCTTTTCTTTGTAGCTTGAACAAGACTTCC	85769

CR956650.4	1547	TTCAGATGTTATAAGTGCAGTAGGGTATACTGTAT-ACTTGGGACTTGTG	1595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR974588.18	85770	TTCAGATGTTATAAGTGCAGTAGGGTATACTGTATCACTTGGGACTTGTG	85819

CR956650.4	1596	TGCAAAATAGGAAAACTAAAGGATGAAAAAATTAGTAATTGTGTGTTCCT	1645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85820	TGCAAAATAGGAAAACTAAAGGATGAAAAAATTAGTAATTGTGTGTTCCT	85869

CR956650.4	1646	CTCCTTTTCCCACAGCTTTTAGTTGGCTCTGTTGTAGCCTAGATTCCAAA	1695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85870	CTCCTTTTCCCACAGCTTTTAGTTGGCTCTGTTGTAGCCTAGATTCCAAA	85919

CR956650.4	1696	TGACCAGTGTTAAAGAATGTACATAGTAACAACTTGATTTTGCCAACAGA	1745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85920	TGACCAGTGTTAAAGAATGTACATAGTAACAACTTGATTTTGCCAACAGA	85969

CR956650.4	1746	GGATTTCTGACCTCTGTAAGTGGATTCTTTTTTTTTTTTTTT-GCAAGTT	1794
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
CR974588.18	85970	GGATTTCTGACCTCTGTAAGTGGATTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCAAGTT	86019

CR956650.4	1795	TCTTATTTTATTGAACATTGAAAATAAAGTCTTCTTTCAATGCCTACACA	1844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	86020	TCTTATTTTATTGAACATTGAAAATAAAGTCTTCTTTCAATGCCTACACA	86069

CR956650.4	1845	CTTATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTTAGGGCCGCACCCTTG	1894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	86070	CTTATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTTAGGGCCGCACCCTTG	86119

CR956650.4	1895	GCATGTGGAGGTTCCCAGGCCAGGGGTCTAATTGGAGCTGTAGCCGATAG	1944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	86120	GCATGTGGAGGTTCCCAGGCCAGGGGTCTAATTGGAGCTGTAGCCGATAG	86169

CR956650.4	1945	CCTATGCCACAGCCATAGCAATGCAGGATTGGAGCCTCGTCCACAACCTA	1994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	86170	CCTATGCCACAGCCATAGCAATGCAGGATTGGAGCCTCGTCCACAACCTA	86219

Compact alignment

skip 400 bps 100% identity alignment

CR956650.4	401	TTCTACTTATCACAAGTCTCCAGGAAGGTAATATTCTGCATTGCTCATAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR974588.18	84620	TTCTACTTATCACAAGTCTCCAGGAAGGTAATATTTTGCATTGCTCATAG	84669

skip 400 bps 100% identity alignment

CR956650.4	851	GCACAAAATGAACAAATAATAAGTTCCATAGAGCCCACAAAGATGTTAAG	900
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CR974588.18	85070	GCACAAAATGAACAAATAGTAAGTTCCATAGAGCCCACAAAGATGTTAAG	85119

skip 250 bps 100% identity alignment

CR956650.4	1151	AACTTGGTTTTTTTTT-TTTT-TTTT-TTTT-TTTTTTTTTTGCCTGGCA	1196
			||||||| |||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||
CR974588.18	85370	AACTTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTGCCTGGCA	85419

skip 350 bps 100% identity alignment

CR956650.4	1547	TTCAGATGTTATAAGTGCAGTAGGGTATACTGTAT-ACTTGGGACTTGTG	1595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR974588.18	85770	TTCAGATGTTATAAGTGCAGTAGGGTATACTGTATCACTTGGGACTTGTG	85819

skip 150 bps 100% identity alignment

CR956650.4	1746	GGATTTCTGACCTCTGTAAGTGGATTCTTTTTTTTTTTTTTT-GCAAGTT	1794
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
CR974588.18	85970	GGATTTCTGACCTCTGTAAGTGGATTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCAAGTT	86019

skip 200 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956650.4 - 165704 bps
Hit
CR974588.18 - 86219 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1994 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.551913199411994184220862191
295.8925329370667358-138039383301
392.572062702918829457-138039383071
494.48237288127175127462-138039383281
591.58215294129998130291-138039383351
690.942102964953749832138039383361
792.17201269117588117856138039383061
895.2228273158729159001138039383091
991.782062802918929468-168148684271
1093.332122694953649804168158684271
1192.76210277158728159004168158684331
1291.3220728670737358-168159684461
1391.312002754656946843-168159684341
1492.23210285127178127462-168159684411
1592.57205268107996108263168159684271
1692.7206274117588117861168159684321
1794.462242712918829458-177418776881
1892.47212278129046129323-177418776961
1993.922242804953649815177418776971
2093.23220280158728159007177418776981
2193.3821327270877358-177419776901
2293.142162764656846843-177419776951
2392.52213281127182127462-177419776991
2493.23209267152798153064-177419776841
2592.64208271107996108266177419776901
2694.5225274117588117861177419776911
2793.9821426581008364-177431776961
Short-link