<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR956396.6	175108	GATCTTTTGCAGAAAGCAATCAAGTGGCCAGTTGAGGAAGATTACCTAAG	175059
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	29898	GATCTTTTGCAGAAAGCAATCAAGTGGCCAGTTGAGGAAGATTACCTAAG	29947

C  CR956396.6	175058	CAATTTTATCCATAAGCTTTTCTTAATAGCTAATTTCAAAACCTGTTGTA	175009
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	29948	CAATTTTATCCATAAGCTTTTCTTAATAGCTAATTTCAAAACCTGTTGTA	29997

C  CR956396.6	175008	CAGTATCACTACTCCTCCCATAAAAACCCCTATTTTGAAATATCTTTGCT	174959
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	29998	CAGTATCACTACTCCTCCCATAAAAACCCCTATTTTGAAATATCTTTGCT	30047

C  CR956396.6	174958	ATTCAATTTAGAGTATTTACCTAGAACAAGCAACAATGGTTCTCAACAAT	174909
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30048	ATTCAATTTAGAGTATTTACCTAGAACAAGCAACAATGGTTCTCAACAAT	30097

C  CR956396.6	174908	GTAAGTGCAACATTTATAAACAATATAAAATTGCATTTAATGTACTAAAG	174859
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30098	GTAAGTGCAACATTTATAAACAATATAAAATTGCATTTAATGTACTAAAG	30147

C  CR956396.6	174858	AATAAAGTGATAAAGCAGAGGGTATTTGTACTTTTTCCTCTGATTTTCAG	174809
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30148	AATAAAGTGATAAAGCAGAGGGTATTTGTACTTTTTCCTCTGATTTTCAG	30197

C  CR956396.6	174808	GTCAAATATTCATAGTGTAAGAGGAAACTGCAACATAAACTGGGGACATC	174759
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30198	GTCAAATATTCATAGTGTAAGAGGAAACTGCAACATAAACTGGGGACATC	30247

C  CR956396.6	174758	CTACAAATGTTTGTACATGTATATAAAAATAGAGAAAATTACAAAGCAAT	174709
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30248	CTACAAATGTTTGTACATGTATATAAAAATAGAGAAAATTACAAAGCAAT	30297

C  CR956396.6	174708	ATAAAATATAAGATAGTAAGGTAGAGATTATAGACAAACACAATAAAGAT	174659
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30298	ATAAAATATAAGATAGTAAGGTAGAGATTATAGACAAACACAATAAAGAT	30347

C  CR956396.6	174658	AACACAGTCAAGGATGAAACTACTGATGAAACTCCCAAGACGAAAGTTTT	174609
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30348	AACACAGTCAAGGATGAAACTACTGATGAAACTCCCAAGACGAAAGTTTT	30397

C  CR956396.6	174608	GTACAATGGTTTGGCGGAAGGTTTCAGTCTGAATTAAAACACAGGAGAAG	174559
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30398	GTACAATGGTTTGGCGGAAGGTTTCAGTCTGAATTAAAACACAGGAGAAG	30447

C  CR956396.6	174558	CAGCCATTTTCAATGTGTAGAGAAGAACATTAAAGTATGGAGGAGTTGGG	174509
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30448	CAGCCATTTTCAATGTGTAGAGAAGAACATTAAAGTATGGAGGAGTTGGG	30497

C  CR956396.6	174508	AATGAACAAAGGCATTGAGAAGACAGAAGGAACAGAAAAATGACATGTGA	174459
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30498	AATGAACAAAGGCATTGAGAAGACAGAAGGAACAGAAAAATGACATGTGA	30547

C  CR956396.6	174458	AAGCATCATGAAAAACAACTTAAAAAGGAGGTACAGGCCATGAAGTGAAT	174409
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30548	AAGCATCATGAAAAACAACTTAAAAAGGAGGTACAGGCCATGAAGTGAAT	30597

C  CR956396.6	174408	AAATGACATTAACATTTATTCAACCATTCAGATCAAAATCTAAGGTGTCA	174359
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30598	AAATGACATTAACATTTATTCAACCATTCAGATCAAAATCTAAGGTGTCA	30647

C  CR956396.6	174358	TCAATGACACTACCTCTTTTACGTTCTGTAGCTAAATTATCACCAATTCC	174309
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30648	TCAATGACACTACCTCTTTTACGTTCTGTAGCTAAATTATCACCAATTCC	30697

C  CR956396.6	174308	TGTTAACTACACCACCTATATGTATCTTGGATCACTTTTCACCTCTAGCT	174259
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30698	TGTTAACTACACCACCTATATGTATCTTGGATCACTTTTCACCTCTAGCT	30747

C  CR956396.6	174258	CCCCAGTAATACCACCTATTGCTCAGATTAACCCTCTCACCTGAACTGCC	174209
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30748	CCCCAGTAATACCACCTATTGCTCAGATTAACCCTCTCACCTGAACTGCC	30797

C  CR956396.6	174208	TCTGAGGTCTCCTAGGTCCTCTCCTTGTCCCCATCTCCTTATCCCTTTCT	174159
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30798	TCTGAGGTCTCCTAGGTCCTCTCCTTGTCCCCATCTCCTTATCCCTTTCT	30847

C  CR956396.6	174158	TGCTCTCACTAGAAATCAATTCTCTGCCAGTTTGGCCTGTTTAAAATGTA	174109
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30848	TGCTCTCACTAGAAATCAATTCTCTGCCAGTTTGGCCTGTTTAAAATGTA	30897

C  CR956396.6	174108	AATCAGGTCATTCTACCCTGTCACTGAAAAACCTTCCAGCAGATTGCCAG	174059
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30898	AATCAGGTCATTCTACCCTGTCACTGAAAAACCTTCCAGCAGATTGCCAG	30947

C  CR956396.6	174058	TGCTCTCAGAATAAAGCCTAGAAGCTTGAACATGACGTGTATTGATTTGG	174009
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30948	TGCTCTCAGAATAAAGCCTAGAAGCTTGAACATGACGTGTATTGATTTGG	30997

C  CR956396.6	174008	CGCTTCCCTATATTTCTAGTTTGACGTTGTAACCCGCCAGCCTTGTGTGA	173959
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	30998	CGCTTCCCTATATTTCTAGTTTGACGTTGTAACCCGCCAGCCTTGTGTGA	31047

C  CR956396.6	173958	GCCTTCTGTCCTGCCAGGAAGGCCCCCTCTTGGTTCCTCAGGTGCATCCT	173909
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31048	GCCTTCTGTCCTGCCAGGAAGGCCCCCTCTTGGTTCCTCAGGTGCATCCT	31097

C  CR956396.6	173908	GCTCTCTGCCTCTCTTTAGCTCCAGGCAAGCCCAACTGTAATGTTCACAG	173859
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31098	GCTCTCTGCCTCTCTTTAGCTCCAGGCAAGCCCAACTGTAATGTTCACAG	31147

C  CR956396.6	173858	GGATGTCATCTTTGAGGAATTCTTTCCTCAATCCCCTCAGGATAAGCGAG	173809
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31148	GGATGTCATCTTTGAGGAATTCTTTCCTCAATCCCCTCAGGATAAGCGAG	31197

C  CR956396.6	173808	GTGTCCTTACAAACTCAGAGCCACTGGTACTTCTTTACCAAGGTACTTTG	173759
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31198	GTGTCCTTACAAACTCAGAGCCACTGGTACTTCTTTACCAAGGTACTTTG	31247

C  CR956396.6	173758	ATGGTTTTTTGTTATCTTTTAAATGGTGGCTTCCCATATTAAACTGTAAG	173709
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31248	ATGGTTTTTTGTTATCTTTTAAATGGTGGCTTCCCATATTAAACTGTAAG	31297

C  CR956396.6	173708	TCCCACTGGTGAGGGACTCTATCTTTTTTGTATCCCACCATTCCCCAGGG	173659
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31298	TCCCACTGGTGAGGGACTCTATCTTTTTTGTATCCCACCATTCCCCAGGG	31347

C  CR956396.6	173658	CCTAGACAAGAGTCTGAAATAATAAATATTTGCTAAATGTTAAGGGAAGG	173609
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31348	CCTAGACAAGAGTCTGAAATAATAAATATTTGCTAAATGTTAAGGGAAGG	31397

C  CR956396.6	173608	AGACACAGGAAGATATTGCCACCAAAAGATTCACAGGACATACAGACACC	173559
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31398	AGACACAGGAAGATATTGCCACCAAAAGATTCACAGGACATACAGACACC	31447

C  CR956396.6	173558	CAGGTCACTAAATAAAATCTAGAAGAGCACTTTCACTTCTGTAGTTTCCG	173509
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31448	CAGGTCACTAAATAAAATCTAGAAGAGCACTTTCACTTCTGTAGTTTCCG	31497

C  CR956396.6	173508	ACGATACTCATCAGAGCCCTGAGATTCAACAAGGTGCCTCAAAGAAAAGG	173459
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31498	ACGATACTCATCAGAGCCCTGAGATTCAACAAGGTGCCTCAAAGAAAAGG	31547

C  CR956396.6	173458	AGAAGGCCCAGCCAGCAAGATGTTGGTCTCATCCACCACCACATTCTGCC	173409
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31548	AGAAGGCCCAGCCAGCAAGATGTTGGTCTCATCCACCACCACATTCTGCC	31597

C  CR956396.6	173408	TTTGTTCCAACCAAATCAGCTTCACTTTTACACATTTTTTACATAGTATG	173359
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31598	TTTGTTCCAACCAAATCAGCTTCACTTTTACACATTTTTTACATAGTATG	31647

C  CR956396.6	173358	TCTTCACATAACACTTCCTTTTGGCGGGGGTTGGGAGGGGAGGGTTTGAA	173309
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31648	TCTTCACATAACACTTCCTTTTGGCGGGGGTTGGGAGGGGAGGGTTTGAA	31697

C  CR956396.6	173308	AACCGCTGTGCTAAATAATTTTCAAATCCTAACCTGCAGTTGATTCATTC	173259
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31698	AACCGCTGTGCTAAATAATTTTCAAATCCTAACCTGCAGTTGATTCATTC	31747

C  CR956396.6	173258	ACATAAGATCCTTTCCTCCAGCCATCTCTCCCAACAGCCTAACACACTGA	173209
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31748	ACATAAGATCCTTTCCTCCAGCCATCTCTCCCAACAGCCTAACACACTGA	31797

C  CR956396.6	173208	GAGAAACCACCCTAGTACCCTGGCTAAAACTTCAGATCATCTTAAGTCTC	173159
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31798	GAGAAACCACCCTAGTACCCTGGCTAAAACTTCAGATCATCTTAAGTCTC	31847

C  CR956396.6	173158	TGCTTCCTGGATTCCTCCACACATAGTCACTCACCAGATCCTGGTATTCT	173109
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974581.7	31848	TGCTTCCTGGATTCCTCCACACATAGTCACTCACCAGATCCTGGTATTCT	31897

Overview

Query
CR956396.6 - 175108 bps
Hit
CR974581.7 - 31897 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019642000173109175108-129898318971
292.91216280152932153211113030133111
389.611872908081781106-113031133091
493.642262848170381986-113031133131
595.05232281154316154596-113031133131
694.242112592692727185113031132901
791.821992684372743994-113032133001
892.591852438914789389-113032132741
992.37208274122135122408-113032133061
1092.17200268128565128832-113032132991
1192.66197259131466131724-113032132901
1291.12185258161917162174-113032132901
1392.922172822719027471113032133131
1493.43205260130335130594113032132901
1593.292102682718827455129556298231
1692.89206266122144122409-129557298231
1793.08203261130334130594129557298161
1890.61872656266362927-129558298231
1994.362172658172181985-129558298231
2091.041942688912289389-129558298251
2192.85205265128568128832-129558298231
2292.8202264131461131724-129558298211
2392.4199265154331154595-129558298201
2492.71992592692827186129558298171
2590.591862664264542910129558298231
2692.42201265152934153198129558298211
Short-link