<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1995 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR956403.10	1	GATCCGGGGGCCCAGCCTTGACTTCCCAGGATCCCTGCCAGCAGGGACAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70596	GATCCGGGGGCCCAGCCTTGACTTCCCAGGATCCCTGCCAGCAGGGACAT	70645

CR956403.10	51	TTTAAAGAGTCTATCCAAGATGTGGGCTCTCCATTGTATTTCCATTTTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70646	TTTAAAGAGTCTATCCAAGATGTGGGCTCTCCATTGTATTTCCATTTTAT	70695

CR956403.10	101	GACATCTTTTTATATTCCAGAGGAGAAGGTTCTGAATAAAAATGAGCCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70696	GACATCTTTTTATATTCCAGAGGAGAAGGTTCTGAATAAAAATGAGCCAG	70745

CR956403.10	151	GCTTTTAGGGTGCCTTTTTATTATTAGCATTTGGTAAAAAAACAACCTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70746	GCTTTTAGGGTGCCTTTTTATTATTAGCATTTGGTAAAAAAACAACCTTA	70795

CR956403.10	201	ATGAGGTGTTAAAAGTCATCCTGCAGCCTATTGTGCGAGAGGCCAGGGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70796	ATGAGGTGTTAAAAGTCATCCTGCAGCCTATTGTGCGAGAGGCCAGGGAG	70845

CR956403.10	251	CTCATAAACTCCTGAAAAGCCACAGGGCAATTTCTGATCCTTGATACCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70846	CTCATAAACTCCTGAAAAGCCACAGGGCAATTTCTGATCCTTGATACCAC	70895

CR956403.10	301	CCCTTCCGGACAAAGCCTCCCAGGGCGCGCATCCTTCGTTCTGGGGCTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70896	CCCTTCCGGACAAAGCCTCCCAGGGCGCGCATCCTTCGTTCTGGGGCTTC	70945

CR956403.10	351	CGGCAATTTCCACGCCCTAGCTGCTTTAGCTACAAGCTGAATTAAACCTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70946	CGGCAATTTCCACGCCCTAGCTGCTTTAGCTACAAGCTGAATTAAACCTT	70995

CR956403.10	401	ATTAAACGTCTCGACAAGCTGCTCACTTCGGAGAAACTCTGCTGGGTCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	70996	ATTAAACGTCTCGACAAGCTGCTCACTTCGGAGAAACTCTGCTGGGTCCA	71045

CR956403.10	451	GGCGGCATAAAGGCAATTTTCCATTGAGTTTGGACAGAAAAGTCCTAGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71046	GGCGGCATAAAGGCAATTTTCCATTGAGTTTGGACAGAAAAGTCCTAGGG	71095

CR956403.10	501	CTGAAGGTTCACATTTTTCTCCTCACTAGTGAGGAACAGAATTGCAATAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71096	CTGAAGGTTCACATTTTTCTCCTCACTAGTGAGGAACAGAATTGCAATAG	71145

CR956403.10	551	TGCTAGAAAGAAAAAGAAGAAAAAAGCAACGACAACTTTTGCTTCTCAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71146	TGCTAGAAAGAAAAAGAAGAAAAAAGCAACGACAACTTTTGCTTCTCAGC	71195

CR956403.10	601	AGGGAGAAGAGTTCCTTGGCAAATAGATACAGAGGTATTTTACTAATAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71196	AGGGAGAAGAGTTCCTTGGCAAATAGATACAGAGGTATTTTACTAATAGT	71245

CR956403.10	651	AAAGATCTTCCTGAAATAAGCTTCATTTAAGGCTGAGGGTTTTTTTTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71246	AAAGATCTTCCTGAAATAAGCTTCATTTAAGGCTGAGGGTTTTTTTTTTC	71295

CR956403.10	701	TCTCCCCACAGACATGAAATCCATCAATGATGAAAAAAATCAGCCTCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71296	TCTCCCCACAGACATGAAATCCATCAATGATGAAAAAAATCAGCCTCTGG	71345

CR956403.10	751	GCTGGGATGGGAGAGACACCCCAGGTTTAATTTTGGAGGCTATAATGTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71346	GCTGGGATGGGAGAGACACCCCAGGTTTAATTTTGGAGGCTATAATGTGA	71395

CR956403.10	801	AGAAAAAGGAAAATAATTTAATCCTTCAGAGCATCCTCATTTGGAAATTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71396	AGAAAAAGGAAAATAATTTAATCCTTCAGAGCATCCTCATTTGGAAATTA	71445

CR956403.10	851	AAAAAAAAATTAATTTCCTTCTTTCTTTCTTTAAAACATATTTTTAAGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71446	AAAAAAAAATTAATTTCCTTCTTTCTTTCTTTAAAACATATTTTTAAGGA	71495

CR956403.10	901	TCCCGCGTTGCCTTGAGCTGTGGTGTAGGTCGCAGATGAGGCTCAAATCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71496	TCCCGCGTTGCCTTGAGCTGTGGTGTAGGTCGCAGATGAGGCTCAAATCT	71545

CR956403.10	951	GGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCAGCAGCTGTAGCTCCAATTTGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71546	GGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCAGCAGCTGTAGCTCCAATTTGAC	71595

CR956403.10	1001	CTCTAGCCTGAGAACCTCCATATGTCGTGGGTGTGGCCCTAAAAACCAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71596	CTCTAGCCTGAGAACCTCCATATGTCGTGGGTGTGGCCCTAAAAACCAAA	71645

CR956403.10	1051	AAAAAAAAAAAAAAAATTTATGTTCTTACCTGGGGCATATGGAGGTTCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71646	AAAAAAAAAAAAAAAATTTATGTTCTTACCTGGGGCATATGGAGGTTCCC	71695

CR956403.10	1101	AGGCTAGGGGTCGAATCGGAGCTACAGCTGCCAGCCACAGCCACAGCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71696	AGGCTAGGGGTCGAATCGGAGCTACAGCTGCCAGCCACAGCCACAGCCAC	71745

CR956403.10	1151	AGCAATGCCACATCTGAGCCACGTCTGTGACCTACACCACAGCTCACAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71746	AGCAATGCCACATCTGAGCCACGTCTGTGACCTACACCACAGCTCACAGC	71795

CR956403.10	1201	AACACCAGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATCAAACCGGCAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71796	AACACCAGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATCAAACCGGCAAC	71845

CR956403.10	1251	CTCATGGTTCCTAGTCGGGTTCTTAACCCACTATGCCACAACTACATCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71846	CTCATGGTTCCTAGTCGGGTTCTTAACCCACTATGCCACAACTACATCAT	71895

CR956403.10	1301	TAAAAAAAAAAAAAAAATCTGCATGTCACAATATATATCGACCCTTCCTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71896	TAAAAAAAAAAAAAAAATCTGCATGTCACAATATATATCGACCCTTCCTC	71945

CR956403.10	1351	GCTTTACTGAGTTAAATCTTATAAATGGTCAATAACGCTGTATTATATCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71946	GCTTTACTGAGTTAAATCTTATAAATGGTCAATAACGCTGTATTATATCC	71995

CR956403.10	1401	TTCTAAGAGACTGGATCCTAAGTGTTCTTACCACACACACAAAAGAAAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	71996	TTCTAAGAGACTGGATCCTAAGTGTTCTTACCACACACACAAAAGAAAAG	72045

CR956403.10	1451	TATGTGGCATGACAGACCTATTAGCCAAGGCTATGACGGTAGTCATGTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72046	TATGTGGCATGACAGACCTATTAGCCAAGGCTATGACGGTAGTCATGTTG	72095

CR956403.10	1501	CAACATGTAATTGTATCGAATAAGCATTTAGACACCTTCAACTTACACAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72096	CAACATGTAATTGTATCGAATAAGCATTTAGACACCTTCAACTTACACAA	72145

CR956403.10	1551	TGTTATGTGTCAATTATATTTCAGGTTTTAAAAACATCTCATAATTGAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72146	TGTTATGTGTCAATTATATTTCAGGTTTTAAAAACATCTCATAATTGAAT	72195

CR956403.10	1601	CTTAGATTGATATTTTTCCATCGCTGTTAGGTTGGAATGTCAGCATTTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72196	CTTAGATTGATATTTTTCCATCGCTGTTAGGTTGGAATGTCAGCATTTCA	72245

CR956403.10	1651	CATCATCCCTGTTTGATTTTCATAGTTCCTTTTAACAGAATACAATTTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72246	CATCATCCCTGTTTGATTTTCATAGTTCCTTTTAACAGAATACAATTTAT	72295

CR956403.10	1701	ATTTAACGTGAAAACATATTTATATTTCCCTTAAGAGAAATATGAAGAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72296	ATTTAACGTGAAAACATATTTATATTTCCCTTAAGAGAAATATGAAGAAA	72345

CR956403.10	1751	AAGAAAAGTGTGCGACATTTTGTTATGCAAGATTTTACGGTGTTTTCAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72346	AAGAAAAGTGTGCGACATTTTGTTATGCAAGATTTTACGGTGTTTTCAAA	72395

CR956403.10	1801	ATCTGACTAAGTAATTCACACATGAAATTATGTTTGTTTCCTAGGTCCCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72396	ATCTGACTAAGTAATTCACACATGAAATTATGTTTGTTTCCTAGGTCCCC	72445

CR956403.10	1851	TGGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-----GGT	1895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||
CR974579.12	72446	TGGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGT	72495

CR956403.10	1896	CTTTTTGCTTTTTCTAGGGCCGCTCCTGCAGCATATGGAGGTTCCCAGGC	1945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72496	CTTTTTGCTTTTTCTAGGGCCGCTCCTGCAGCATATGGAGGTTCCCAGGC	72545

CR956403.10	1946	TAGGGGTCTAATCGGAGCTGTAGCTGCCAGCCTACACCAGAACCACAGCA	1995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974579.12	72546	TAGGGGTCTAATCGGAGCTGTAGCTGCCAGCCTACACCAGAACCACAGCA	72595

Compact alignment

skip 1850 bps 100% identity alignment

CR956403.10	1851	TGGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-----GGT	1895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||
CR974579.12	72446	TGGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGT	72495

skip 100 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956403.10 - 58692 bps
Hit
CR974579.12 - 72595 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1995 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.751955199511995170596725951
289.7219228214356146371539656771
394.2223429440054298-125696259891
493.562312925601956310-125696259901
591.552042811435714637-125706259891
691.21982815244952729125706259891
794.6119524243254566-125749259891
890.651982782649526772-129230295071
991.7619426243254586-138256385221
1090.151912755245552729145229455021
1194.012252811435414634145862461451
1292.8320526589349198-145864461281
1392.12002674174542011-145864461291
1492.942182835244852730-145864461461
1592.7321027640054280145865461391
1692.5521528443254608145865461461
1792.522142805602056299145865461451
1889.7919428443254608-157481577641
1989.61912805245352732157489577671
2090.411932711435614626-157495577651
2190.9419326589359199-160327605911
2292.0222230940054313-161832621321
2390.6721030043254624-161833621321
2493.452292925602056311-161843621321
2592.992142825244952730161849621331
26942282821435614637-161851621331
2791.619426289379198161872621331
2892.371982614175142011161872621331
Short-link