<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956638.22	1	CCTTTGTGTAGCTGACACCCAGCTCAAGGTACAGAACATTGCCAGCACCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102108	CCTTTGTGTAGCTGACACCCAGCTCAAGGTACAGAACATTGCCAGCACCC	102157

CR956638.22	51	CAGCAGGCGCCTTCCTCTCCCTCCTAGTCAATATCCCACCCAGTGGGGGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102158	CAGCAGGCGCCTTCCTCTCCCTCCTAGTCAATATCCCACCCAGTGGGGGC	102207

CR956638.22	101	CACCAGTCTTACCTCTGTCATCATAGATGAACTTTGGGGGTTACGGATGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102208	CACCAGTCTTACCTCTGTCATCATAGATGAACTTTGGGGGTTACGGATGT	102257

CR956638.22	151	TGTATTAGTCTGACTTCTCCAGAGAAACAGAGCCAGTAGGGTGCTTAAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102258	TGTATTAGTCTGACTTCTCCAGAGAAACAGAGCCAGTAGGGTGCTTAAAT	102307

CR956638.22	201	ATATTGGGAAAGATTTATTTTACAGGGATTGGCTTGTGTAGTTACGGAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102308	ATATTGGGAAAGATTTATTTTACAGGGATTGGCTTGTGTAGTTACGGAGG	102357

CR956638.22	251	TTGGCAAGTCTAAAATCTGCAGGGTGGACTGGCAGGCTGGAGACCAGGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102358	TTGGCAAGTCTAAAATCTGCAGGGTGGACTGGCAGGCTGGAGACCAGGGA	102407

CR956638.22	301	AGAGCTGATGTTGCAGTTGAAGTCTGAAGCATTCCTTCTTGCTCTGGGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102408	AGAGCTGATGTTGCAGTTGAAGTCTGAAGCATTCCTTCTTGCTCTGGGAG	102457

CR956638.22	351	GTCTTCTGGCCGCCAGTGGATTAGATGAGGCCCACCACATTATAGGGGGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102458	GTCTTCTGGCCGCCAGTGGATTAGATGAGGCCCACCACATTATAGGGGGC	102507

CR956638.22	401	TATCTGCCTTGCTCAAAATCCACTCATGGGGTTCCCGTCATGGCGCAGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102508	TATCTGCCTTGCTCAAAATCCACTCATGGGGTTCCCGTCATGGCGCAGCA	102557

CR956638.22	451	GAAATAAATCTGATTAAGAACCATGAGGTTAGCAGGTTTGATCCTTGGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102558	GAAATAAATCTGATTAAGAACCATGAGGTTAGCAGGTTTGATCCTTGGCC	102607

CR956638.22	501	TCATTCAGTGGGTTAAGGATCCAGTGTTGCTGGGAGTTGTGGTGAGGGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102608	TCATTCAGTGGGTTAAGGATCCAGTGTTGCTGGGAGTTGTGGTGAGGGTC	102657

CR956638.22	551	GCAGACATGGCTTGGATCTGGCATTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCTGGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102658	GCAGACATGGCTTGGATCTGGCATTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCTGGCA	102707

CR956638.22	601	GCTGTAGACTCCCTGGCCTGGGAGCCTCCATATGCCTTGGGTGCAGCCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102708	GCTGTAGACTCCCTGGCCTGGGAGCCTCCATATGCCTTGGGTGCAGCCCT	102757

CR956638.22	651	AAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAATCCAAAAAACTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102758	AAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAATCCAAAAAACTA	102807

CR956638.22	701	TTCATGTATAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102808	TTCATGTATAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAT	102857

CR956638.22	751	GTATTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTGAGGAAATTCCTGGGCCAGGGATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102858	GTATTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTGAGGAAATTCCTGGGCCAGGGATT	102907

CR956638.22	801	GAACCCACGCCATAGCGGTGACCTGAGCCACCACAGTGACAACACCAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102908	GAACCCACGCCATAGCGGTGACCTGAGCCACCACAGTGACAACACCAGAT	102957

CR956638.22	851	CCTTAACCTGCTCTGCCACAAGGGAACTCCTGATTTAAATGTTAATATCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	102958	CCTTAACCTGCTCTGCCACAAGGGAACTCCTGATTTAAATGTTAATATCC	103007

CR956638.22	901	AAAAACATGTCATGGAAACATCCAGAATAAACTTTGGCCACATATCTGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103008	AAAAACATGTCATGGAAACATCCAGAATAAACTTTGGCCACATATCTGGG	103057

CR956638.22	951	CGCCATGGCTCACCCAAGTTGATACATCAAATTAGTGGTCCTGCAAATGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103058	CGCCATGGCTCACCCAAGTTGATACATCAAATTAGTGGTCCTGCAAATGA	103107

CR956638.22	1001	TCTCTTTTGCGTCTGGCTTCCTTTGCCGAACATTATGGCTATGGGATTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103108	TCTCTTTTGCGTCTGGCTTCCTTTGCCGAACATTATGGCTATGGGATTCT	103157

CR956638.22	1051	TCCATGTGGTTCAGGAGCGGTAGTTCATTCTTCTTTGCTGTGTAATACCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103158	TCCATGTGGTTCAGGAGCGGTAGTTCATTCTTCTTTGCTGTGTAATACCC	103207

CR956638.22	1101	CACTGTGTTAGATACTAACATCATGTTGTTGATGGACATTTGGGTTGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103208	CACTGTGTTAGATACTAACATCATGTTGTTGATGGACATTTGGGTTGCTT	103257

CR956638.22	1151	CCAGTTTGGGCCTATTATGAGTAAAACTGCCATGAATATTTTTGTATATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103258	CCAGTTTGGGCCTATTATGAGTAAAACTGCCATGAATATTTTTGTATATA	103307

CR956638.22	1201	TTTGGTGGAGATAAATGCTCATTTCTGGAGTTGTGGGATTGCTGGGTCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103308	TTTGGTGGAGATAAATGCTCATTTCTGGAGTTGTGGGATTGCTGGGTCAC	103357

CR956638.22	1251	AGAGCGTATGTATGTTTTACTTAGTGGACACTGACAGGTTGCCACAGTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103358	AGAGCGTATGTATGTTTTACTTAGTGGACACTGACAGGTTGCCACAGTGA	103407

CR956638.22	1301	TACATCAGTTTACTTTCCCACCAGCACCGTGTGAGCACTCTAGTTCCGTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103408	TACATCAGTTTACTTTCCCACCAGCACCGTGTGAGCACTCTAGTTCCGTC	103457

CR956638.22	1351	GTGCCTCGTGTGCAGTGGACATCGTCCGTCTTTTCTGCTTCAGCCATTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103458	GTGCCTCGTGTGCAGTGGACATCGTCCGTCTTTTCTGCTTCAGCCATTCT	103507

CR956638.22	1401	GGCAGGTGTAGATGGGTGTCTCATTGTGGTTTTAATTAAGCCTTTATTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103508	GGCAGGTGTAGATGGGTGTCTCATTGTGGTTTTAATTAAGCCTTTATTTT	103557

CR956638.22	1451	AAAAAAACACAAAAAACCAAGAATAGACACCCACACAACTTGGGGAGTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103558	AAAAAAACACAAAAAACCAAGAATAGACACCCACACAACTTGGGGAGTTT	103607

CR956638.22	1501	TTTTTTTTTTTTAATTAATGTGATCTTGTGTATCAGTTTTCAGAAAGGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103608	TTTTTTTTTTTTAATTAATGTGATCTTGTGTATCAGTTTTCAGAAAGGAC	103657

CR956638.22	1551	ACAAGCATCTTCCTTACCCCTCCTGTGTCAGGCACTGTTCTGGGGCCTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103658	ACAAGCATCTTCCTTACCCCTCCTGTGTCAGGCACTGTTCTGGGGCCTTT	103707

CR956638.22	1601	CGAGATCTCGTGTCATCCTCAGGACAACCCCTACAAGATGCAGACAGCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103708	CGAGATCTCGTGTCATCCTCAGGACAACCCCTACAAGATGCAGACAGCCC	103757

CR956638.22	1651	CGGGGGTGGAATAGGCCAGGCACCACGCCCATCCTCAGAGACCTGAGCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103758	CGGGGGTGGAATAGGCCAGGCACCACGCCCATCCTCAGAGACCTGAGCAT	103807

CR956638.22	1701	GCAAATGAGATGTCAGGTTCTCACTCCCTGGGGAGCTGATGCAGCAATTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103808	GCAAATGAGATGTCAGGTTCTCACTCCCTGGGGAGCTGATGCAGCAATTG	103857

CR956638.22	1751	CTTCTGTGACTGGCGTGGTGCGAATGTGACAGATGTTCCCGGAGAGAGAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103858	CTTCTGTGACTGGCGTGGTGCGAATGTGACAGATGTTCCCGGAGAGAGAC	103907

CR956638.22	1801	AACTGCTTTTGATGGGAGCCACTGCCGGAGTCAGCCGGGTCTCAGGTACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103908	AACTGCTTTTGATGGGAGCCACTGCCGGAGTCAGCCGGGTCTCAGGTACC	103957

CR956638.22	1851	CGTGTTGTATTTCCCGTCAGACTGCCTTTGGAGCGCACAGGTTGCAGATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	103958	CGTGTTGTATTTCCCGTCAGACTGCCTTTGGAGCGCACAGGTTGCAGATA	104007

CR956638.22	1901	CGGGGAGCAGAGGCTGCTCCCGTTTCCACAAGGACCTGTGTCCTGGTGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	104008	CGGGGAGCAGAGGCTGCTCCCGTTTCCACAAGGACCTGTGTCCTGGTGGA	104057

CR956638.22	1951	TCGATGCTGCCTCAGCTCTGTGGACTCTGGGTCTTCTGGACTTCTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974569.7	104058	TCGATGCTGCCTCAGCTCTGTGGACTCTGGGTCTTCTGGACTTCTGGATC	104107

Overview

Query
CR956638.22 - 94293 bps
Hit
CR974569.7 - 104107 bps
Total alignments
30
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199320001200011021081041071
29018627068458687271290331721
390.5318626476537916-1290631691
491.291912651386414128-1290731701
591.32072939215992451-119547198451
695.182422876846268748-119556198451
793.12262943438434677119556198451
894.1423629176267916119557198461
993.062262883222432511-119559198461
1096.272092411388814128119605198451
1193.332002558942689680-120877211311
1296.082212551387414128120877211311
1392.161912554511645370120877211311
1493.091862449215992402-120886211311
1595.472032433222532467-120889211311
1697.132162446846168704-120889211321
1795.8820624376737915120889211311
1895.472032433443534677120889211311
1992.862082668942589690127865281301
2090.641912676846268728127866281321
2191.6720527776517927-151195514701
2293.892122631386614128-151207514681
2392.591862433443534677-151207514491
2492.221952584511345370-151207514631
2593.831952436846268704151207514491
2693.892132628942689687151207514681
2791.221892609215992418151207514681
2893.022012591387014128-192295925521
2989.161892854508745371195654959391
3092.452002641386514128195674959381
Short-link