<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463852.10	1	AGACAGGACTATTTAAATTTACTAGATCTCCAGAATAAGAGATGCAGTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	186927	AGACAGGACTATTTAAATTTACTAGATCTCCAGAATAAGAGATGCAGTAA	186976

CU463852.10	51	AAGAAAACAGGGGGCTGTTGTTACTAAACCACTGGTAAAAATTCTAACAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	186977	AAGAAAACAGGGGGCTGTTGTTACTAAACCACTGGTAAAAATTCTAACAA	187026

CU463852.10	101	TTATCACATGACTGTAGTGACTGCTAATCCCCCAAGACTGGAAGGATATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187027	TTATCACATGACTGTAGTGACTGCTAATCCCCCAAGACTGGAAGGATATG	187076

CU463852.10	151	GCAAAAGAAATACTGGAACCTGTGTCACATTTTGAATGGTTCTCATGATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187077	GCAAAAGAAATACTGGAACCTGTGTCACATTTTGAATGGTTCTCATGATG	187126

CU463852.10	201	GGGAGAAGAGACAAAGGAGACAGAATGACAACACTGAACCAGGGGTAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187127	GGGAGAAGAGACAAAGGAGACAGAATGACAACACTGAACCAGGGGTAGAG	187176

CU463852.10	251	ATATTTCCAAAGACCAGCTGCTTGGTGAAAGTCATTTTGCTGAGACAGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187177	ATATTTCCAAAGACCAGCTGCTTGGTGAAAGTCATTTTGCTGAGACAGAG	187226

CU463852.10	301	GTGCAGGCTGTAGATGATGAAGAAACCTGGCATCATATCACTTGGCAGCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187227	GTGCAGGCTGTAGATGATGAAGAAACCTGGCATCATATCACTTGGCAGCC	187276

CU463852.10	351	TTAATTGCCTGGGACAAAGTCACAGAATCAGGGAAAAGAACCATTTCCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187277	TTAATTGCCTGGGACAAAGTCACAGAATCAGGGAAAAGAACCATTTCCTC	187326

CU463852.10	401	ATGTCATGAAAAGTCCAAAAGAAACATTCCCTGACATTTTAAGAAGGTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187327	ATGTCATGAAAAGTCCAAAAGAAACATTCCCTGACATTTTAAGAAGGTTG	187376

CU463852.10	451	ACTTCTGCTGTAGAAAGGAGTATATCAGATCATGGTACCAATCGAATCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187377	ACTTCTGCTGTAGAAAGGAGTATATCAGATCATGGTACCAATCGAATCTT	187426

CU463852.10	501	TAGAATGAAAGCTAGGAAATAATCAGACCATAGAGGGCAAAGTCAGCATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187427	TAGAATGAAAGCTAGGAAATAATCAGACCATAGAGGGCAAAGTCAGCATC	187476

CU463852.10	551	AATAGATGAGTGGATTAGATATACAGTTGATGTTAGACCTTGTTTGCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187477	AATAGATGAGTGGATTAGATATACAGTTGATGTTAGACCTTGTTTGCCTG	187526

CU463852.10	601	ATATGATCTTAATAAAAGAAGCTGCCACTAGAAGCCTTGAGACAACCCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187527	ATATGATCTTAATAAAAGAAGCTGCCACTAGAAGCCTTGAGACAACCCAA	187576

CU463852.10	651	AATTCAAAATGTTTTAATTGTAGTGAGCAGGTTTATCTCAGAATAAATTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187577	AATTCAAAATGTTTTAATTGTAGTGAGCAGGTTTATCTCAGAATAAATTG	187626

CU463852.10	701	CAGGGAAAATAAAATTAATCCCAAAAGGGAGCCTATGCCTTCTGGAATAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187627	CAGGGAAAATAAAATTAATCCCAAAAGGGAGCCTATGCCTTCTGGAATAT	187676

CU463852.10	751	GTAAAAGATGTGGCAAAGACTGACTGATATTTGGCTAGGAAATGTAGAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187677	GTAAAAGATGTGGCAAAGACTGACTGATATTTGGCTAGGAAATGTAGAGC	187726

CU463852.10	801	AACAGTAGACAAATAGGCAACACCTTACCAAAAAACTCCCAGGGGGGCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187727	AACAGTAGACAAATAGGCAACACCTTACCAAAAAACTCCCAGGGGGGCCT	187776

CU463852.10	851	CTTGCAGGCCTCAATGACAAGCAGGGAGAGTTCTCTTCCTCGGGACAATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187777	CTTGCAGGCCTCAATGACAAGCAGGGAGAGTTCTCTTCCTCGGGACAATT	187826

CU463852.10	901	AAACACCATTGCTCTAAAAACAGATGTTCTGAGATCAGACAAAAAGGCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187827	AAACACCATTGCTCTAAAAACAGATGTTCTGAGATCAGACAAAAAGGCTG	187876

CU463852.10	951	AGGCAAATTCTATAGACAACTCAAAAAACCTAAAAGGGAGCCAAAAAGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187877	AGGCAAATTCTATAGACAACTCAAAAAACCTAAAAGGGAGCCAAAAAGAA	187926

CU463852.10	1001	CATTTTGGCAAATTTCTATAGAGGATCAAAGCCCCAAGCCAAGAATACTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187927	CATTTTGGCAAATTTCTATAGAGGATCAAAGCCCCAAGCCAAGAATACTA	187976

CU463852.10	1051	GTAAACAATATTGAGATTGAAGGAATGGTCAACACTGGAGCAGATGTCAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	187977	GTAAACAATATTGAGATTGAAGGAATGGTCAACACTGGAGCAGATGTCAC	188026

CU463852.10	1101	CATTATCTCTCCAAAACCGTGGCCTGCAAGTTGTCTACTTCAAGAAGTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188027	CATTATCTCTCCAAAACCGTGGCCTGCAAGTTGTCTACTTCAAGAAGTAG	188076

CU463852.10	1151	ACATCAAATTTCAAGGAGTTGGGACTTTATCTCAAATAAAACAAAGCACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188077	ACATCAAATTTCAAGGAGTTGGGACTTTATCTCAAATAAAACAAAGCACA	188126

CU463852.10	1201	AGATGGCTTAAACATATAGGACCTGAAGGTCAGATAGGAAAATTAAGGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188127	AGATGGCTTAAACATATAGGACCTGAAGGTCAGATAGGAAAATTAAGGCC	188176

CU463852.10	1251	ATATTTGGCTGATATAGCCATTAACTTATGGGGAAGAGATATGTTACAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188177	ATATTTGGCTGATATAGCCATTAACTTATGGGGAAGAGATATGTTACAGC	188226

CU463852.10	1301	AGTGGAAAACACAAATTCATACCCCCTCCGTTTCAGAGGCGGGTAACAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188227	AGTGGAAAACACAAATTCATACCCCCTCCGTTTCAGAGGCGGGTAACAAA	188276

CU463852.10	1351	ACTGGTCAGGCTCCTAATAAAAAAATCAAATTAGCTGAGGAAAAATTTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188277	ACTGGTCAGGCTCCTAATAAAAAAATCAAATTAGCTGAGGAAAAATTTCA	188326

CU463852.10	1401	AAGGCAGTTACAGACTGTCCAGGATGTCCATAAATAAGATACAGCAGGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188327	AAGGCAGTTACAGACTGTCCAGGATGTCCATAAATAAGATACAGCAGGAG	188376

CU463852.10	1451	CTGACAATTTAGCTTTACCTCAAGGAGCCACTGATGATAAGACACCAACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188377	CTGACAATTTAGCTTTACCTCAAGGAGCCACTGATGATAAGACACCAACA	188426

CU463852.10	1501	GCTTTATCACTAAGGTGATTGACAGACTAACCCAAAACTACAGGCAATAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188427	GCTTTATCACTAAGGTGATTGACAGACTAACCCAAAACTACAGGCAATAG	188476

CU463852.10	1551	AACAACTTGTCCAGGCTCAGCATATAGAGGAGTACATCAGCTCTTGGAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188477	AACAACTTGTCCAGGCTCAGCATATAGAGGAGTACATCAGCTCTTGGAAT	188526

CU463852.10	1601	TCTCCAGTATTTATCATTAAAAAAAGACTGGCAAATGGAGGATGTTGACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188527	TCTCCAGTATTTATCATTAAAAAAAGACTGGCAAATGGAGGATGTTGACA	188576

CU463852.10	1651	CATCTCAGAGCAATTAATAAGATTATTCTGCTGATGGATTCCTTGCAGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188577	CATCTCAGAGCAATTAATAAGATTATTCTGCTGATGGATTCCTTGCAGCC	188626

CU463852.10	1701	TGGAATCCCGCTGTCTTCCTCATTGCCTAAGGAATGGTCTATCATAGTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188627	TGGAATCCCGCTGTCTTCCTCATTGCCTAAGGAATGGTCTATCATAGTGA	188676

CU463852.10	1751	TCAATCTAAAAGATTGCTTTTACAATTCCTCTACATGAACATGATAAGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188677	TCAATCTAAAAGATTGCTTTTACAATTCCTCTACATGAACATGATAAGGA	188726

CU463852.10	1801	AAGAATTGCTTTGTCAGTGCCTACCTCCAATAGAAGTTGTCCAATACAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188727	AAGAATTGCTTTGTCAGTGCCTACCTCCAATAGAAGTTGTCCAATACAAA	188776

CU463852.10	1851	GATATCATTGGAAAGTCCTGCTATAGGGAATGTTAAATAACCCTACCTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188777	GATATCATTGGAAAGTCCTGCTATAGGGAATGTTAAATAACCCTACCTTG	188826

CU463852.10	1901	TTTCTATATTTTGTACAACAGTCATTAGAGATGATTAGTAAACAATTTCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188827	TTTCTATATTTTGTACAACAGTCATTAGAGATGATTAGTAAACAATTTCC	188876

CU463852.10	1951	CCAATCCATTATTATTTATCATTATATAGATGGCATCCTACTGGCTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974567.10	188877	CCAATCCATTATTATTTATCATTATATAGATGGCATCCTACTGGCTGATC	188926

Overview

Query
CU463852.10 - 93120 bps
Hit
CR974567.10 - 188926 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194820001200011869271889261
295.965075993720637804119061196551
396.4351459484099002119068196551
490.4812491834841210245134964368131
590.55146421503721439363134964371211
690.61325348743937044243134964398481
791146921149083292945135002371221
890.5794514567758279037137427388791
991.526859996899369991-140024410261
1089.163410534422745279140024410591
1186.3478515224258844109-188565900861
1289.5676712174130842524-190098913141
1383.3653011873487536061-192515937281
1488.36631081348873596711006961017981
1587.81516846258272667211607091615611
1678.837672710629333811627071654411
1785.614952835103781321211660131688241
1886.947331245277722901611666471678861
1980.895561618139021551911697451713351
2089.617621181168651804511724871736701
2186.989941709249642667211846711863831
Short-link