<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956371.3	1	CTGCCGATCCCACTGCTCCACAGTGGGAGCTCCTGGACTGTCTATGTTCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162669	CTGCCGATCCCACTGCTCCACAGTGGGAGCTCCTGGACTGTCTATGTTCG	162718

CR956371.3	51	TCTCACTGATCCGACCTTTGTATGCTTCTCTGTAAACACATCAATGAGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162719	TCTCACTGATCCGACCTTTGTATGCTTCTCTGTAAACACATCAATGAGGT	162768

CR956371.3	101	GGAAGACGGCGTGCACCAGACGCCAGAGCACCACACCCCTGCTTCTAAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162769	GGAAGACGGCGTGCACCAGACGCCAGAGCACCACACCCCTGCTTCTAAAG	162818

CR956371.3	151	CCCCCAAATCCCGAATTCCAAAGCACTTTCAGCTCTAAGGGTTTGGATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162819	CCCCCAAATCCCGAATTCCAAAGCACTTTCAGCTCTAAGGGTTTGGATGA	162868

CR956371.3	201	GAGAGGCTAATGTGTGTTCTTTCTCATTCTGAAGCTGAGGAATAGAGAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162869	GAGAGGCTAATGTGTGTTCTTTCTCATTCTGAAGCTGAGGAATAGAGAGC	162918

CR956371.3	251	TGGCGTATGAAATAACAATGCTAGTGGGTGGCAGAGCCCAGATCTGAATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162919	TGGCGTATGAAATAACAATGCTAGTGGGTGGCAGAGCCCAGATCTGAATC	162968

CR956371.3	301	CAGGAATCAGACCCTTGTGTCTATAACCACCAGGCTCTCTTAGCAGAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	162969	CAGGAATCAGACCCTTGTGTCTATAACCACCAGGCTCTCTTAGCAGAGGG	163018

CR956371.3	351	GGTTGTTGACTGGATGAATTAAGGGGTATGAGACGCTGACTGGGCCTTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163019	GGTTGTTGACTGGATGAATTAAGGGGTATGAGACGCTGACTGGGCCTTGT	163068

CR956371.3	401	TCCCACTCCTGGGCTGGTTTCCTGCTGCTGGGGAGATGCCTGCCTTTCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163069	TCCCACTCCTGGGCTGGTTTCCTGCTGCTGGGGAGATGCCTGCCTTTCCT	163118

CR956371.3	451	CTGTCAGAACATCTTCTCAGGCCAAGTGCTGCAGTTATAAATGTGCGTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163119	CTGTCAGAACATCTTCTCAGGCCAAGTGCTGCAGTTATAAATGTGCGTGT	163168

CR956371.3	501	AACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCATACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163169	AACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCATACC	163218

CR956371.3	551	CCCCCACACACCCCCCCCCAGAAAGGAGCAACATACTATTACATTTCCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163219	CCCCCACACACCCCCCCCCAGAAAGGAGCAACATACTATTACATTTCCTG	163268

CR956371.3	601	GAGCTTTGTAGCTGCCTGTTGTTTTCAGCAATCTCATCCGTATGAATCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163269	GAGCTTTGTAGCTGCCTGTTGTTTTCAGCAATCTCATCCGTATGAATCAG	163318

CR956371.3	651	GTGACAAAACCCACTAGTAACCAGGCAGGGGAAAGAAAACAGATGCTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163319	GTGACAAAACCCACTAGTAACCAGGCAGGGGAAAGAAAACAGATGCTTTT	163368

CR956371.3	701	CCAGCCAGGCAGGATTGAGCTGAGCAGTTTGTCACTGTGGTTAAACTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163369	CCAGCCAGGCAGGATTGAGCTGAGCAGTTTGTCACTGTGGTTAAACTCTG	163418

CR956371.3	751	CCTCCATCAAGGCACAGCCCCTTGTAAAAAATTGTTACTGTTCTCTCTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163419	CCTCCATCAAGGCACAGCCCCTTGTAAAAAATTGTTACTGTTCTCTCTCT	163468

CR956371.3	801	CTGGCTTTGGGAGTTGCTGTCCCCAACACTCAAAGCCACAGCTAGCAGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163469	CTGGCTTTGGGAGTTGCTGTCCCCAACACTCAAAGCCACAGCTAGCAGGA	163518

CR956371.3	851	AAAGTGTCATTTGTCTGCAGGGTACGAAGACGGGCACAGGGCCCTGGGGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163519	AAAGTGTCATTTGTCTGCAGGGTACGAAGACGGGCACAGGGCCCTGGGGT	163568

CR956371.3	901	AGAGCAATGCTGTTTCCGAAAGCTTCAAGGCATTATTTCCTCCAGTCAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163569	AGAGCAATGCTGTTTCCGAAAGCTTCAAGGCATTATTTCCTCCAGTCAAG	163618

CR956371.3	951	AGGGGAAGCGAACCTCCTCTCGCGTGCTTCACAGCTTCCTTAAGAAGTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163619	AGGGGAAGCGAACCTCCTCTCGCGTGCTTCACAGCTTCCTTAAGAAGTTG	163668

CR956371.3	1001	CCTCTAGGAAGCAATGGAAAATTGACATGGTTGTAAGTGGGCACGAGTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163669	CCTCTAGGAAGCAATGGAAAATTGACATGGTTGTAAGTGGGCACGAGTGT	163718

CR956371.3	1051	CCTTAAAAAAGCTCAAAGGAGCGAGATGGGCTATGGCGTGGCCAGCGGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163719	CCTTAAAAAAGCTCAAAGGAGCGAGATGGGCTATGGCGTGGCCAGCGGCC	163768

CR956371.3	1101	GACACTGTTGATTAAAGCACAGTCGTAGGCGGGTGAACACGAGATGATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163769	GACACTGTTGATTAAAGCACAGTCGTAGGCGGGTGAACACGAGATGATTT	163818

CR956371.3	1151	CCTCTTTGTTTAAAAAACGGGCATGTATCGGGAGTTCCCGTCATGGCGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163819	CCTCTTTGTTTAAAAAACGGGCATGTATCGGGAGTTCCCGTCATGGCGCA	163868

CR956371.3	1201	GCGGAAACAAACCCCGCCAGGAGCCACGAGGTTGAGGGTTCGATCCCTGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163869	GCGGAAACAAACCCCGCCAGGAGCCACGAGGTTGAGGGTTCGATCCCTGG	163918

CR956371.3	1251	CCTCACTCAGTGGTTTAAGGATCCGGCATTGCCTTGAACAGTGGTAGAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163919	CCTCACTCAGTGGTTTAAGGATCCGGCATTGCCTTGAACAGTGGTAGAGG	163968

CR956371.3	1301	TTGCAGACTCAGCTGGGATCCCTTGTTGCTGTAGCTGTGGTGTAGGCTGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	163969	TTGCAGACTCAGCTGGGATCCCTTGTTGCTGTAGCTGTGGTGTAGGCTGG	164018

CR956371.3	1351	CAGCTACAGCTCCAATTCGACCCCTCGCCTGGGAACCTCCATATTCTGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164019	CAGCTACAGCTCCAATTCGACCCCTCGCCTGGGAACCTCCATATTCTGTG	164068

CR956371.3	1401	GGTGCGGCCCCCCCAAAAAAAGCAAAAAAAAAAAAGGCATCTATCTACAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164069	GGTGCGGCCCCCCCAAAAAAAGCAAAAAAAAAAAAGGCATCTATCTACAT	164118

CR956371.3	1451	GTGTGTGGGTGTGTGTGTATGTGTGTGAAAACAGAAAAAGATAAGAATAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164119	GTGTGTGGGTGTGTGTGTATGTGTGTGAAAACAGAAAAAGATAAGAATAC	164168

CR956371.3	1501	ACTCTCAGCCTTAACACAGGAAGTAAGTGAGAAACAGGTGGGGGTGGAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164169	ACTCTCAGCCTTAACACAGGAAGTAAGTGAGAAACAGGTGGGGGTGGAGG	164218

CR956371.3	1551	AAAGCGTGTGTGGCAGAGAGGGAGGGCAGTTTTCTATTTTCAATCATTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164219	AAAGCGTGTGTGGCAGAGAGGGAGGGCAGTTTTCTATTTTCAATCATTAT	164268

CR956371.3	1601	ACACTGCGGTATTCTTCCATGGCTTGTGCAATCAAAAAATAAATAAACAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164269	ACACTGCGGTATTCTTCCATGGCTTGTGCAATCAAAAAATAAATAAACAT	164318

CR956371.3	1651	GAAAAAAATTAACATGCAAAACCAAATGAACACACAAACCCTAACCCCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164319	GAAAAAAATTAACATGCAAAACCAAATGAACACACAAACCCTAACCCCCC	164368

CR956371.3	1701	CAAGGCACTGCTTCAAAATAAACAGAACTCCCTTAACTTCTAAGAATCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164369	CAAGGCACTGCTTCAAAATAAACAGAACTCCCTTAACTTCTAAGAATCTG	164418

CR956371.3	1751	GAGGCTCCAGGCACAGAAGGACGTCCTGGTTTGGGGCAGCCCTAGTTCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164419	GAGGCTCCAGGCACAGAAGGACGTCCTGGTTTGGGGCAGCCCTAGTTCAC	164468

CR956371.3	1801	TCATTCTGGAAGCTGACGCGGAATGCCACCGCATCCCCGGAACAAGGCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164469	TCATTCTGGAAGCTGACGCGGAATGCCACCGCATCCCCGGAACAAGGCAG	164518

CR956371.3	1851	ACTCCTTAACATGGTTATTAAAACGAGCCTGCTGAACAAAAGGGAAATGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164519	ACTCCTTAACATGGTTATTAAAACGAGCCTGCTGAACAAAAGGGAAATGT	164568

CR956371.3	1901	TCAATTCCTTCCTCGCTCTCTCATACGCTGCTTGAAGTTATTAACACTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164569	TCAATTCCTTCCTCGCTCTCTCATACGCTGCTTGAAGTTATTAACACTTA	164618

CR956371.3	1951	AAAAAAAAAAGAGAGAAAGAAATAGGAATCATCCAAAATGATTGATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974566.12	164619	AAAAAAAAAAGAGAGAAAGAAATAGGAATCATCCAAAATGATTGATGATC	164668

Overview

Query
CR956371.3 - 3996 bps
Hit
CR974566.12 - 164668 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200011626691646681
286.6915526426012864-133520337821
384.4113226526002864-137357376191
484.2713826625992864-156122563881
583.5113927922762554161315615931
684.1510520326592861163257634581
784.2113926625992864169253695181
883.0228359222742865-172436730241
981.925257222912862172437730051
108410020126002800-175083752821
1182.8912226526002864184134843961
1282.110022826292856187389876171
1384.8413726626002865-196109963721
1483.8712326625992864196537968151
1586.5112521526002814-11051481053621
1687.8316526426002863-11053951056571
1785.171452632292255411059001061621
1886.81831442676281911159451160881
1986.368715426142767-11278311279841
2084.8914928022752554-11358481361251
2183.251022162601281611509451511591
2281.5810022811811408-11608981611251
2383.110622025992818-11609081611261
Short-link