<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974434.12	1	GATCCTTCACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATGGAACCTGCATCCTCATGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42601	GATCCTTCACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATGGAACCTGCATCCTCATGG	42650

CR974434.12	51	ATACTAGTCAGGTTCTTAACACGGAGCCACAATGGGAACTCTGTAGCATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42651	ATACTAGTCAGGTTCTTAACACGGAGCCACAATGGGAACTCTGTAGCATC	42700

CR974434.12	101	CTGTCAAAAGGCAGGAGGGAACAAAGGACTGTCATCTGGAGGACAGGTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42701	CTGTCAAAAGGCAGGAGGGAACAAAGGACTGTCATCTGGAGGACAGGTCA	42750

CR974434.12	151	TCGGGGACCAGAGAAACGCCAGTGCTTTGAAATGTGCAAAGGAGTCAGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42751	TCGGGGACCAGAGAAACGCCAGTGCTTTGAAATGTGCAAAGGAGTCAGGG	42800

CR974434.12	201	GCAAAACCCATCCCAGAGAAAAACAGGGTGAAACAGAAGATGCAGAAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42801	GCAAAACCCATCCCAGAGAAAAACAGGGTGAAACAGAAGATGCAGAAAGA	42850

CR974434.12	251	ATGCAAACTGGAGAGTGCTGAGTTTATACGAAACTGATACACAGTGTTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42851	ATGCAAACTGGAGAGTGCTGAGTTTATACGAAACTGATACACAGTGTTGA	42900

CR974434.12	301	GTGGAAATGGGTGCTTTGGCTTTGGGGGCAGGAGAACTATAAATATGGAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42901	GTGGAAATGGGTGCTTTGGCTTTGGGGGCAGGAGAACTATAAATATGGAT	42950

CR974434.12	351	CCAAGGACAGTACCACTCAGAACCCGAAAAGTCTGGAAGGCTCAGCTGCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	42951	CCAAGGACAGTACCACTCAGAACCCGAAAAGTCTGGAAGGCTCAGCTGCG	43000

CR974434.12	401	AGCATCTTTCTGCAGGTGCTTTGACTGCTATGATGGAAGATGTTCGATGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43001	AGCATCTTTCTGCAGGTGCTTTGACTGCTATGATGGAAGATGTTCGATGC	43050

CR974434.12	451	TGAGAAGCAAGGATGCTGGACATGGAATCTGAAATCTGGAATTGAGAGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43051	TGAGAAGCAAGGATGCTGGACATGGAATCTGAAATCTGGAATTGAGAGCC	43100

CR974434.12	501	AGCTGGTTTCCTGTGGGCAGAGACGGGCCACTGTCCTCTCACTGCCCCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43101	AGCTGGTTTCCTGTGGGCAGAGACGGGCCACTGTCCTCTCACTGCCCCTG	43150

CR974434.12	551	TGTCTGTATCCTGGCGAGCATCGGGGCTGCCCTTTGACGCCATGGCTGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43151	TGTCTGTATCCTGGCGAGCATCGGGGCTGCCCTTTGACGCCATGGCTGTG	43200

CR974434.12	601	GGGGCTGCCTTAAAGTCCTGGGGCTGCACCAAAGCACCACAAAACGGCGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43201	GGGGCTGCCTTAAAGTCCTGGGGCTGCACCAAAGCACCACAAAACGGCGT	43250

CR974434.12	651	GGCTTCAAATACCGGAAATCTATCCTCTCACAGTTCTGGATGCCAGGAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43251	GGCTTCAAATACCGGAAATCTATCCTCTCACAGTTCTGGATGCCAGGAAT	43300

CR974434.12	701	TTGAAATCCAAGAGTCACAGGGCAGCACTCCCACCAAAAGCTCAGAGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43301	TTGAAATCCAAGAGTCACAGGGCAGCACTCCCACCAAAAGCTCAGAGGCA	43350

CR974434.12	751	GATGCTTCCTGGCCTCTTTCAGCTTCTGGTGGCCCCTTGGCTTGTGGCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43351	GATGCTTCCTGGCCTCTTTCAGCTTCTGGTGGCCCCTTGGCTTGTGGCTG	43400

CR974434.12	801	CAGCACTACGCTCCATGCTCTGTCCTCCCACCCCCATCCCCAACCCTCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43401	CAGCACTACGCTCCATGCTCTGTCCTCCCACCCCCATCCCCAACCCTCTA	43450

CR974434.12	851	TCTCTGTGTGTCCTCTTTTCTGCTTGTGGCTGCAGTCCTGTACTCCCTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43451	TCTCTGTGTGTCCTCTTTTCTGCTTGTGGCTGCAGTCCTGTACTCCCTGC	43500

CR974434.12	901	TCTATCTTTACTTCCCTTACCCCACCCTCAACCCCCGTTTCTATGTGTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43501	TCTATCTTTACTTCCCTTACCCCACCCTCAACCCCCGTTTCTATGTGTCC	43550

CR974434.12	951	CCTTTTCTTCTTATAAGGACACCAGTCACTGGACTGAGGAACACACTAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43551	CCTTTTCTTCTTATAAGGACACCAGTCACTGGACTGAGGAACACACTAAA	43600

CR974434.12	1001	TCAGGATGCTCTCATTTCAAGACCCTTAACTCAGGACATCTGCAAAAAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43601	TCAGGATGCTCTCATTTCAAGACCCTTAACTCAGGACATCTGCAAAAAAC	43650

CR974434.12	1051	CTACTTTATTATTTATTTATTCATTCATCTATTTATTTATTTATTTGTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43651	CTACTTTATTATTTATTTATTCATTCATCTATTTATTTATTTATTTGTTT	43700

CR974434.12	1101	TTAGGGCCACACCTGCAGCATATGGAAATTCCCTGGCTAGGGGTTGAATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43701	TTAGGGCCACACCTGCAGCATATGGAAATTCCCTGGCTAGGGGTTGAATC	43750

CR974434.12	1151	GGATCTGCAGCTGCCAGCCTATGCCACAGACACGGCAATGCCAGATCCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43751	GGATCTGCAGCTGCCAGCCTATGCCACAGACACGGCAATGCCAGATCCAA	43800

CR974434.12	1201	GCCGCATCTGTGACCTACACTGCAGCTCAGGGCAACACCAGGTCCTTAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43801	GCCGCATCTGTGACCTACACTGCAGCTCAGGGCAACACCAGGTCCTTAAC	43850

CR974434.12	1251	CCAGTGAGCGAGGCCAGGGATCAGACCCAAATCCTCAGGGATATTAACCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43851	CCAGTGAGCGAGGCCAGGGATCAGACCCAAATCCTCAGGGATATTAACCA	43900

CR974434.12	1301	GATCAAGTTCTTCTAAACCAAGGTCCACTTCTAAACCAAGTCACATTCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43901	GATCAAGTTCTTCTAAACCAAGGTCCACTTCTAAACCAAGTCACATTCTG	43950

CR974434.12	1351	AGGTCCCGGGTGTGGAGACAGCTCTCCACCCACCACAGGTGCCCAATGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	43951	AGGTCCCGGGTGTGGAGACAGCTCTCCACCCACCACAGGTGCCCAATGGC	44000

CR974434.12	1401	AATAAAGCAAGAACCCTGAATAAATTTCAAAAAAAAAAATTTTTTTCTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44001	AATAAAGCAAGAACCCTGAATAAATTTCAAAAAAAAAAATTTTTTTCTTT	44050

CR974434.12	1451	AGGGCCACATCCACAGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTCAAATAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44051	AGGGCCACATCCACAGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTCAAATAGG	44100

CR974434.12	1501	AGCTGCCGGCCTACACCATAGCCACAGCAACGTCAGATCAGAGCGTATCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44101	AGCTGCCGGCCTACACCATAGCCACAGCAACGTCAGATCAGAGCGTATCT	44150

CR974434.12	1551	GCAACCTACACCACAGCTCACAGCAATGCCAGATCCCCAACCCACTGAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44151	GCAACCTACACCACAGCTCACAGCAATGCCAGATCCCCAACCCACTGAGC	44200

CR974434.12	1601	AAGGCCAGGAATCGAACCTGCAACCTCATGGTTCCTAGTAAGATTCACTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44201	AAGGCCAGGAATCGAACCTGCAACCTCATGGTTCCTAGTAAGATTCACTT	44250

CR974434.12	1651	CCACTGAAGGAACTCCATAAATTTCAAATATTTGACATGTGCTTCTCCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44251	CCACTGAAGGAACTCCATAAATTTCAAATATTTGACATGTGCTTCTCCTT	44300

CR974434.12	1701	TTCTGGTCCTTAAAAGGCCACTCTCCCCATAGTGCCTCACCCACAGGATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44301	TTCTGGTCCTTAAAAGGCCACTCTCCCCATAGTGCCTCACCCACAGGATA	44350

CR974434.12	1751	AAGTCCAGTCCCCCAGCTGGCACTTCTCCTGGTCTCTGTTGCTGGAGTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44351	AAGTCCAGTCCCCCAGCTGGCACTTCTCCTGGTCTCTGTTGCTGGAGTTT	44400

CR974434.12	1801	TCTCACGCTGTCTACATCCTCCACCCTGTATTCCTGGCCAACCGGTTCCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44401	TCTCACGCTGTCTACATCCTCCACCCTGTATTCCTGGCCAACCGGTTCCC	44450

CR974434.12	1851	TCTGAATCATTATAACCCCACTGAAACCCCTTCAGGAGACCTGAAGACTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44451	TCTGAATCATTATAACCCCACTGAAACCCCTTCAGGAGACCTGAAGACTA	44500

CR974434.12	1901	ATTCTTCCTGCTCTGAACCAGATACTTTTGCCAGATACTCTTTCCTCCTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44501	ATTCTTCCTGCTCTGAACCAGATACTTTTGCCAGATACTCTTTCCTCCTT	44550

CR974434.12	1951	CCGAAGGCAGCTCATCAGCCTTCAGCCTCCCTGCAATTAAGCCATCTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974564.11	44551	CCGAAGGCAGCTCATCAGCCTTCAGCCTCCCTGCAATTAAGCCATCTTTT	44600

Overview

Query
CR974434.12 - 186072 bps
Hit
CR974564.11 - 44600 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001994200012000142601446001
286.4316028273892741731717174501
387.861692761792731795481717174501
485.71150267118419118685-1718574501
589.921752581298101300671719374501
687.06151255180084180338-1719774511
788.9816825449772500251719774501
890.91802561683011685561719874501
991.251742408785488093-1721374521
1084.911322632419524457-121336216001
1186.73234420162229162648121338217591
1284.43134256164477164732-129258295141
1386.64138232145220145451-136628368591
1487.1132217159602159818-136628368441
1585.771342383972139958136629368671
1689.08150229180087180315-136631368591
1786.4613522972227450136631368591
1886.9136233156126156358136631368591
1986.03132229179318179546136631368591
2085.08136248104157104404137085373321
2183.96133270132044132313-141103413701
2286.36163284179284179567141107413921
2384.73138265118419118683-141109413701
2486.26152263145218145480-141109413701
2584.3513726371907452141109413701
2686.921412384978950026141135413711
2786.92141238168320168557141135413711
2887.51372258785688080-141147413701
Short-link