<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

CT009690.15	1	ATATTCTAAAAATCATTGAATTGTATACTTTTAAGGGTGAAATTTATGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	150733	ATATTCTAAAAATCATTGAATTGTATACTTTTAAGGGTGAAATTTATGGT	150782

CT009690.15	51	ATGTGGATAAGGTCTTAATAACACCTGAAGGTAACTTTTTTTTTTAAAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	150783	ATGTGGATAAGGTCTTAATAACACCTGAAGGTAACTTTTTTTTTTAAAGA	150832

CT009690.15	101	TAGCTCAGCAAATGAGGGGCAGGGCCACAGCCAAGGAGACAAGCCCTCGA	150
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	150833	TAGCTCAGCAAATGAGGAGCAGGGCCACAGCCAAGGAGACAAGCCCTCGA	150882

CT009690.15	151	TAAAGTATCATGGTGAAATGAAGAGTTTTCTGGAGTATGTTCCTCTGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	150883	TAAAGTATCATGGTGAAATGAAGAGTTTTCTGGAGTATGTTCCTCTGTTT	150932

CT009690.15	201	TATCAGGGCGGTTTGTCAAAGAGCTGAAGGGGCTGTGTGTGCTAAACCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
CR974479.17	150933	TATCAGGGCGGTTTGTCAAAGAGCTGAAGGGGCCGTGTGTGCTAAACCCA	150982

CT009690.15	251	TCACTGGGCTACAGCACTGTGCCCTGCTGGGTGAAAGGAGTTCTATTTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	150983	TCACTGGGCTACAGCACTGTGCCCTGCTGGGTGAAAGGAGTTCTATTTGT	151032

CT009690.15	301	GTCTTGGGAATCTGAGACCCTCTCTGGACTTTAGATTCCTCAGCAGGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151033	GTCTTGGGAATCTGAGACCCTCTCTGGACTTTAGATTCCTCAGCAGGGCA	151082

CT009690.15	351	ATGGGGATAGGACTGGTGTCTCTGAACTTCTACTCAACACTCCTTTCTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151083	ATGGGGATAGGACTGGTGTCTCTGAACTTCTACTCAACACTCCTTTCTTC	151132

CT009690.15	401	ACTTGTCTCCATGGGTACTTTTTGCTTCTAACAACACTGGTTTTATCTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151133	ACTTGTCTCCATGGGTACTTTTTGCTTCTAACAACACTGGTTTTATCTTC	151182

CT009690.15	451	CTTGATGACTTCTAAAGGTGGAAGGCTTGCACACTGTGAAGTGAACTTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151183	CTTGATGACTTCTAAAGGTGGAAGGCTTGCACACTGTGAAGTGAACTTCT	151232

CT009690.15	501	ACACTTTCTCATTTATTTTTAGTTTTGGGGGAATATTTCAAGATCCTTAG	550
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR974479.17	151233	ACACTTTCTCATTTATTTTTAGTTTTGGGGGAATATTTCAAGATCCTTGG	151282

CT009690.15	551	TTTTATAACTGTGTCTTAAAGGGATTCCTCTTTAACATGTTTGAAAAATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151283	TTTTATAACTGTGTCTTAAAGGGATTCCTCTTTAACATGTTTGAAAAATG	151332

CT009690.15	601	TTAAAGTTTTAGTCTCCACTGATATTTTACTGTCCTGTTTCTGCCTCTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151333	TTAAAGTTTTAGTCTCCACTGATATTTTACTGTCCTGTTTCTGCCTCTCA	151382

CT009690.15	651	GGTGTTTATTCTTCAGGAAGGCAGATCAAGATTCACTGCCTTTTGCTCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151383	GGTGTTTATTCTTCAGGAAGGCAGATCAAGATTCACTGCCTTTTGCTCTC	151432

CT009690.15	701	TATGGCTCTCATGAAGAAGGTCACACATTAGGAGGTTGGGAGGACTCCGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151433	TATGGCTCTCATGAAGAAGGTCACACATTAGGAGGTTGGGAGGACTCCGT	151482

CT009690.15	751	TATTGTATTTATTCTTGGACATGCTGCCTCCTTTAGGAAAGCTAACTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151483	TATTGTATTTATTCTTGGACATGCTGCCTCCTTTAGGAAAGCTAACTTCA	151532

CT009690.15	801	TCACCCAAGAATCTATCCTCAGAACTTCCAGGGCACATCAAATAATCCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151533	TCACCCAAGAATCTATCCTCAGAACTTCCAGGGCACATCAAATAATCCTT	151582

CT009690.15	851	TTCTAAGGTTCCCCAGCTCTCTCTGCATTGATCGCCTTGTGCCCATGCCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151583	TTCTAAGGTTCCCCAGCTCTCTCTGCATTGATCGCCTTGTGCCCATGCCT	151632

CT009690.15	901	CAGCCTTCGAAATGGGCCATCTTTACCATGGCATCCAGCACAGGGCCCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151633	CAGCCTTCGAAATGGGCCATCTTTACCATGGCATCCAGCACAGGGCCCCA	151682

CT009690.15	951	AACAAAGAAACAAGCATCAGAGCATGACTTACCATGGTGCTTTCACACAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151683	AACAAAGAAACAAGCATCAGAGCATGACTTACCATGGTGCTTTCACACAA	151732

CT009690.15	1001	CTTGCTATGAGTCAGTGGGCAAATGCTTTACTGCTCCCCATTTCTGAGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151733	CTTGCTATGAGTCAGTGGGCAAATGCTTTACTGCTCCCCATTTCTGAGGC	151782

CT009690.15	1051	CTTCCTATATCACATGGCCACAACAAACACAGTGTGCCCTATCTCTTCTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151783	CTTCCTATATCACATGGCCACAACAAACACAGTGTGCCCTATCTCTTCTA	151832

CT009690.15	1101	TTTCAGTGCTTAGGAAAGACTAGTTGAGGTTCTTCCTTGCCAAATATTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151833	TTTCAGTGCTTAGGAAAGACTAGTTGAGGTTCTTCCTTGCCAAATATTTG	151882

CT009690.15	1151	CCATCCATTTGCAGTACAGCAAATCACAGTATTCTACTTTTCTTCCTTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151883	CCATCCATTTGCAGTACAGCAAATCACAGTATTCTACTTTTCTTCCTTGC	151932

CT009690.15	1201	CTGGCTTCCATTGTTCTAACACTAAAAATCTTTGTAAAGAATGTTAACAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151933	CTGGCTTCCATTGTTCTAACACTAAAAATCTTTGTAAAGAATGTTAACAG	151982

CT009690.15	1251	GGAAAATTCACATCTCTTGTAGGAGTGTATCTGCAGTTACTGAGAGTGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	151983	GGAAAATTCACATCTCTTGTAGGAGTGTATCTGCAGTTACTGAGAGTGGC	152032

CT009690.15	1301	TATTTTGAATACTCTGTGTGACTAAAACCTCTAAAATGATATTTTAACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152033	TATTTTGAATACTCTGTGTGACTAAAACCTCTAAAATGATATTTTAACAA	152082

CT009690.15	1351	ATACCACAAATGAGTAAGTCCAGTAGAGTGGAAGTTTGTATCATCTCTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152083	ATACCACAAATGAGTAAGTCCAGTAGAGTGGAAGTTTGTATCATCTCTGG	152132

CT009690.15	1401	TAAGAGGCAGGCCCCTCTTTCATAAAGATGACTATTCCCTTGGTGCCCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152133	TAAGAGGCAGGCCCCTCTTTCATAAAGATGACTATTCCCTTGGTGCCCCA	152182

CT009690.15	1451	CCTCCCAGCCCTTTGCTTTTTCCTGCACAGACCTCTGTCACAGTATCTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152183	CCTCCCAGCCCTTTGCTTTTTCCTGCACAGACCTCTGTCACAGTATCTGT	152232

CT009690.15	1501	AAATGTTGGGTTACACTTACTTTGCTTCTTCAATTAATAGGATTGATTGA	1550
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152233	AAATGTTGGGTTACACTTACTTTCCTTCTTCAATTAATAGGATTGATTGA	152282

CT009690.15	1551	GACTTATTTCTGTATCTGTAGCACAAAGTATAGGGTGGGTGCTCAGTAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152283	GACTTATTTCTGTATCTGTAGCACAAAGTATAGGGTGGGTGCTCAGTAAA	152332

CT009690.15	1601	ATGACAATTACAATACAAATTACTATTACAATAAAAATCTCCCATTAACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152333	ATGACAATTACAATACAAATTACTATTACAATAAAAATCTCCCATTAACA	152382

CT009690.15	1651	CTCTTTACTTCATGTTTTTAAAAACTCTATTGTTAGGGAGAGGGAGGGAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152383	CTCTTTACTTCATGTTTTTAAAAACTCTATTGTTAGGGAGAGGGAGGGAG	152432

CT009690.15	1701	TGGGAGGGATCGGGAGCTTGGGGTTATCAGATACAACTTAGAATAGATTT	1750
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CR974479.17	152433	TGGGAGGGATCGGGAGCTTGGGGTTATCAGATACAATTTAGAATAGATTT	152482

CT009690.15	1751	ACAAGGAGATCCTGCTGAGTAGCATTGAGAACTATGTCTAGATACTCATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152483	ACAAGGAGATCCTGCTGAGTAGCATTGAGAACTATGTCTAGATACTCATG	152532

CT009690.15	1801	TTGCAACAAAACAAAGGGTGGGGAAAAAAATGTATACATGTAAGGATAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
CR974479.17	152533	TTGCAACAAAACAAAGGGTGGGGAAAAA--TGTATACATGTAAGGATAAC	152580

CT009690.15	1851	TTGACCCCTTGCTGTACAGTGGGAAAATAAAAGAAAAAATAAATAAAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152581	TTGACCCCTTGCTGTACAGTGGGAAAATAAAAGAAAAAATAAATAAAAAT	152630

CT009690.15	1901	AAATAAAAACTCTATTGTTAGGCACATATATGTATTATAATTGTGTTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152631	AAATAAAAACTCTATTGTTAGGCACATATATGTATTATAATTGTGTTTTC	152680

CT009690.15	1951	TTGATAAATTGACACTTTTATTACTGTTGTCAGGCTGAAGAAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152681	TTGATAAATTGACACTTTTATTACTGTTGTCAGGCTGAAGAAACAAGCTT	152730

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

CT009690.15	101	TAGCTCAGCAAATGAGGGGCAGGGCCACAGCCAAGGAGACAAGCCCTCGA	150
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	150833	TAGCTCAGCAAATGAGGAGCAGGGCCACAGCCAAGGAGACAAGCCCTCGA	150882

skip 50 bps 100% identity alignment

CT009690.15	201	TATCAGGGCGGTTTGTCAAAGAGCTGAAGGGGCTGTGTGTGCTAAACCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
CR974479.17	150933	TATCAGGGCGGTTTGTCAAAGAGCTGAAGGGGCCGTGTGTGCTAAACCCA	150982

skip 250 bps 100% identity alignment

CT009690.15	501	ACACTTTCTCATTTATTTTTAGTTTTGGGGGAATATTTCAAGATCCTTAG	550
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR974479.17	151233	ACACTTTCTCATTTATTTTTAGTTTTGGGGGAATATTTCAAGATCCTTGG	151282

skip 950 bps 100% identity alignment

CT009690.15	1501	AAATGTTGGGTTACACTTACTTTGCTTCTTCAATTAATAGGATTGATTGA	1550
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
CR974479.17	152233	AAATGTTGGGTTACACTTACTTTCCTTCTTCAATTAATAGGATTGATTGA	152282

skip 150 bps 100% identity alignment

CT009690.15	1701	TGGGAGGGATCGGGAGCTTGGGGTTATCAGATACAACTTAGAATAGATTT	1750
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CR974479.17	152433	TGGGAGGGATCGGGAGCTTGGGGTTATCAGATACAATTTAGAATAGATTT	152482

skip 50 bps 100% identity alignment

CT009690.15	1801	TTGCAACAAAACAAAGGGTGGGGAAAAAAATGTATACATGTAAGGATAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
CR974479.17	152533	TTGCAACAAAACAAAGGGTGGGGAAAAA--TGTATACATGTAAGGATAAC	152580

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009690.15 - 94949 bps
Hit
CR974479.17 - 152730 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.65194320001200011507331527301
294.162382913502835318111437117271
395.522482916968969979111437117261
496.122472848024680529111437117191
595.442412869405194336111437117211
693.42162722598626257136328366001
796.312132442601526258-142746429891
895.092352819405094330142746430301
995.852492913502835318142747430351
1094.562382906968969978142747430401
1195.142392848024680529142747430341
1293.042142756968969963183480837521
1393.412162758024680520183480837521
1484.9551110558262783681-183843848981
1590.632613944149541888184664850581
1695.5245291350263531611346421349301
1796.24251289696886997611346431349351
1896.87252283802468052811346441349301
1996.5247282940519433211346441349291
2097.122182433502835270-11494341496761
2196.712152436968969931-11494341496761
2297.142202458024480488-11494341496781
2396.762192479404794293-11494341496801
Short-link