<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956384.6	1	TTCAGCAAATACTGATTGCTCACTCTGTCTCAGGCTCTGTTCTGGGCTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202662	TTCAGCAAATACTGATTGCTCACTCTGTCTCAGGCTCTGTTCTGGGCTTT	202711

CR956384.6	51	GGAAATAGAGCAAGAAAGCAGGCGACAGAAACATCCCTGCCCTCAAGGCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202712	GGAAATAGAGCAAGAAAGCAGGCGACAGAAACATCCCTGCCCTCAAGGCG	202761

CR956384.6	101	TCTTCATTCTAGTTGGGGCAGTGGGTGAAAACACGGAAAGGAAATGCCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202762	TCTTCATTCTAGTTGGGGCAGTGGGTGAAAACACGGAAAGGAAATGCCTT	202811

CR956384.6	151	ACTTCTTGAACCCTGAAATGCAGCCCCCTCCCCATTTTAACATCTTTGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202812	ACTTCTTGAACCCTGAAATGCAGCCCCCTCCCCATTTTAACATCTTTGGA	202861

CR956384.6	201	ACAGGGGTTCATTTTGTAGCCCAGGGAGCTGCTATCCTATGTTTGCTGTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202862	ACAGGGGTTCATTTTGTAGCCCAGGGAGCTGCTATCCTATGTTTGCTGTC	202911

CR956384.6	251	GGGGCAGCGTTGTGGCGACGTGGTTGTCTTTGCATGTTCACGTGTAAACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202912	GGGGCAGCGTTGTGGCGACGTGGTTGTCTTTGCATGTTCACGTGTAAACA	202961

CR956384.6	301	TCATCAGAGTCATTCAGGCAGCCCTCACTGCTGCTGAATTATGTGCACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	202962	TCATCAGAGTCATTCAGGCAGCCCTCACTGCTGCTGAATTATGTGCACTG	203011

CR956384.6	351	TCGGAACTACATGTGTGGAATTAATTTCCGTTTTAAATGTCTTAACACTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203012	TCGGAACTACATGTGTGGAATTAATTTCCGTTTTAAATGTCTTAACACTG	203061

CR956384.6	401	TGTCGGATTCTGCGTTGCTATTATGTACGCAAAAGGGGATGAGAATAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203062	TGTCGGATTCTGCGTTGCTATTATGTACGCAAAAGGGGATGAGAATAGAA	203111

CR956384.6	451	CAGCAGGGCATTTTTGATGTTAGCGAAGCCAGTGCTTGTCCTCTGAGTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203112	CAGCAGGGCATTTTTGATGTTAGCGAAGCCAGTGCTTGTCCTCTGAGTGA	203161

CR956384.6	501	TAACCACCATTCCATTTTTTCTTGTAAAGCAACCTTCCCGTGCTTAATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203162	TAACCACCATTCCATTTTTTCTTGTAAAGCAACCTTCCCGTGCTTAATGA	203211

CR956384.6	551	GCCCTCGGCAAGGAAAATGCAACTGTATTGTGTTTGATTATTGAAATAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203212	GCCCTCGGCAAGGAAAATGCAACTGTATTGTGTTTGATTATTGAAATAAC	203261

CR956384.6	601	CGCAGAAGGCTCTCCTGCCGTCAGCTCATCAGCGCCAGTAAAGGCAAGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203262	CGCAGAAGGCTCTCCTGCCGTCAGCTCATCAGCGCCAGTAAAGGCAAGAG	203311

CR956384.6	651	AAATGGCCAAACCTCCTTAGGAAGATGAAAGAAATTTTCAACACTGAGCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203312	AAATGGCCAAACCTCCTTAGGAAGATGAAAGAAATTTTCAACACTGAGCG	203361

CR956384.6	701	CTGGGTGTCACTGATTTTGTAATGGATTCAGGACTATTGTTAAGGCATCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203362	CTGGGTGTCACTGATTTTGTAATGGATTCAGGACTATTGTTAAGGCATCA	203411

CR956384.6	751	TGTCGTTTAATTGGCAATATTTATTTTCATTTTTAGTGGTACCTAAACGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203412	TGTCGTTTAATTGGCAATATTTATTTTCATTTTTAGTGGTACCTAAACGA	203461

CR956384.6	801	ATGGTGGGTCTCACGGCAATGGCATCTTCGATGTCCTGAGAAATGGTGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203462	ATGGTGGGTCTCACGGCAATGGCATCTTCGATGTCCTGAGAAATGGTGGT	203511

CR956384.6	851	GTGACCGATGGCGGGCGAGTCAACACAACTTCTTGCATAAGGGGTTAGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203512	GTGACCGATGGCGGGCGAGTCAACACAACTTCTTGCATAAGGGGTTAGGA	203561

CR956384.6	901	GTTGGGGATATTGTGATTTTAAAAGTCTGATTGGAGAGGACCTCGTTAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203562	GTTGGGGATATTGTGATTTTAAAAGTCTGATTGGAGAGGACCTCGTTAGC	203611

CR956384.6	951	ATTTTAAGTGATGGTGTAGTCATTATTCCAATATTAAGGCCAAAGACTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203612	ATTTTAAGTGATGGTGTAGTCATTATTCCAATATTAAGGCCAAAGACTAG	203661

CR956384.6	1001	TTTATTTGTTCTAGAGAACCTTGCCACTCAAATCGTGCTCAGTGGGACCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203662	TTTATTTGTTCTAGAGAACCTTGCCACTCAAATCGTGCTCAGTGGGACCA	203711

CR956384.6	1051	GCCTTTATAATTTTAGAGACAGCCGATGCTGCCTTGGAAAGCAGTGGATC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203712	GCCTTTATAATTTTAGAGACAGCCGATGCTGCCTTGGAAAGCAGTGGATC	203761

CR956384.6	1101	CGAATGGAAGCTCTTTGGAAGGCTGAAGAAGGCGTCTACTTGCTTCAGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203762	CGAATGGAAGCTCTTTGGAAGGCTGAAGAAGGCGTCTACTTGCTTCAGGG	203811

CR956384.6	1151	AAACTGGCGTGAAAAGGATGTCTTTGGTCCACATTTTGTTGAGTTGAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203812	AAACTGGCGTGAAAAGGATGTCTTTGGTCCACATTTTGTTGAGTTGAAAC	203861

CR956384.6	1201	ATTGTCTCAGTGACTTGACATCCACCTGAACATCCAAAGATCTCATCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203862	ATTGTCTCAGTGACTTGACATCCACCTGAACATCCAAAGATCTCATCAAA	203911

CR956384.6	1251	GTTTCATCTACTGCAGTTTTTACATCACGTTGGGTTTTATATATTGAATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203912	GTTTCATCTACTGCAGTTTTTACATCACGTTGGGTTTTATATATTGAATG	203961

CR956384.6	1301	CTTGTAAAGGCATTTCTTTTCTATACATTATTTTCGTGGTCTACCTATAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	203962	CTTGTAAAGGCATTTCTTTTCTATACATTATTTTCGTGGTCTACCTATAA	204011

CR956384.6	1351	CATTTTTGCTTGAGGAGTTTTACTCTTGACTGTGGTCCAGTATTAACTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204012	CATTTTTGCTTGAGGAGTTTTACTCTTGACTGTGGTCCAGTATTAACTGC	204061

CR956384.6	1401	ATCTTAAAGTGGCAGTTGTCTGTAAACACACCGTATGGAGAATACCGTAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204062	ATCTTAAAGTGGCAGTTGTCTGTAAACACACCGTATGGAGAATACCGTAG	204111

CR956384.6	1451	CCTTAATATTAGTTGCTAATTTTTTTTCTCTGTTTATAAAAATATGTAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204112	CCTTAATATTAGTTGCTAATTTTTTTTCTCTGTTTATAAAAATATGTAAC	204161

CR956384.6	1501	AATAAGTAACATTCCACCAGGTAGGCAAATCGGGTAGGTATGATATTTCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204162	AATAAGTAACATTCCACCAGGTAGGCAAATCGGGTAGGTATGATATTTCG	204211

CR956384.6	1551	AGGGCTTCCTCTTGTCAATATTACAGCAAGCGTCTCCCCTTGTCACCTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204212	AGGGCTTCCTCTTGTCAATATTACAGCAAGCGTCTCCCCTTGTCACCTTC	204261

CR956384.6	1601	ACTGACTCCGAGGGCAAGTGTGGTTCTCACTGCCTGTGTTGCTCAACTAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204262	ACTGACTCCGAGGGCAAGTGTGGTTCTCACTGCCTGTGTTGCTCAACTAG	204311

CR956384.6	1651	ACCTCAAGATCCTTGCAGTCAAGGGCTACTTCTGACACGTCGTCATGCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204312	ACCTCAAGATCCTTGCAGTCAAGGGCTACTTCTGACACGTCGTCATGCAG	204361

CR956384.6	1701	GTGTAGTTAGCGGTCAGTAACTATTACCAAGTAATGAGTAGGTGAGTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204362	GTGTAGTTAGCGGTCAGTAACTATTACCAAGTAATGAGTAGGTGAGTAAA	204411

CR956384.6	1751	CATGGGGTTTGAGAATCTCAACCCGATAGTAAATTGCTCTCCAAAACCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204412	CATGGGGTTTGAGAATCTCAACCCGATAGTAAATTGCTCTCCAAAACCTC	204461

CR956384.6	1801	CTGGGAAATTGTTCTACTTAGTGTACCTTCTCTGACCTCTCGGAGGCGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204462	CTGGGAAATTGTTCTACTTAGTGTACCTTCTCTGACCTCTCGGAGGCGTG	204511

CR956384.6	1851	ATCTTTCCACAACAGTCACACTGACAGTATAATGATAGCTGCAATTTATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204512	ATCTTTCCACAACAGTCACACTGACAGTATAATGATAGCTGCAATTTATC	204561

CR956384.6	1901	CAGCATCTCTTAAGCCCCAGGTACCTCATTGGTAGCTTTATTTTATGCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204562	CAGCATCTCTTAAGCCCCAGGTACCTCATTGGTAGCTTTATTTTATGCAC	204611

CR956384.6	1951	TCCGGACAAAATACTCATTAAGAGAAGAATTATCGGGGAGAGCAATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974477.12	204612	TCCGGACAAAATACTCATTAAGAGAAGAATTATCGGGGAGAGCAATGATC	204661

Overview

Query
CR956384.6 - 71546 bps
Hit
CR974477.12 - 204661 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198320001200012026622046611
294.022292852366123945-119450197331
390.141962856667766961-119450197331
491.251902626582866089119471197331
592.582152856667166955-121182214641
691.272002772366123937-121183214571
787.641652666582466089124546248121
890.592012872365923945126076263621
990.272063026667766978126078263751
1089.181682616582966089128440286981
1188.251632616582966089136068363311
1287.321692772366123937-151884521591
1388.591692626582866089151897521591
1490.571712446667666919-151917521601
1592.021972642366123924-11019671022291
1693.831932436667766919-11019871022291
1789.663865983448335080-11319461325441
1889.16191286666756696011591941594791
1988.111612626582866089-11591961594641
2093.31217278236612393811591961594791
2189.54172260658346609311790161792731
Short-link