<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT955980.4	2000	GATCACACAATACCTTATTGATTATATTTTGGATGAAAATTTGGAGGTGA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1	GATCACACAATACCTTATTGATTATATTTTGGATGAAAATTTGGAGGTGA	50

C  CT955980.4	1950	TTGCTCAGAGTGACTTTGGTGTCGATATAAGTAATGTGTGAGTATATTTC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	51	TTGCTCAGAGTGACTTTGGTGTCGATATAAGTAATGTGTGAGTATATTTC	100

C  CT955980.4	1900	TATGTGTAATTTAAATTAATTTCTACAGTAGACTAGTAGAACTATTGCTC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	101	TATGTGTAATTTAAATTAATTTCTACAGTAGACTAGTAGAACTATTGCTC	150

C  CT955980.4	1850	AAATACCTACCTAATAACCAAAGAAAAAAAATTTTTTAGAAGTTCATTAT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	151	AAATACCTACCTAATAACCAAAGAAAAAAAATTTTTTAGAAGTTCATTAT	200

C  CT955980.4	1800	TCGGATCGAACCCACAACAATTATTTTTCGTTAAGACGCTGTACCTACTA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	201	TCGGATCGAACCCACAACAATTATTTTTCGTTAAGACGCTGTACCTACTA	250

C  CT955980.4	1750	CTGCGCTACAAAGGTCCCATTATAATGATATTTTGACTTTATTTTATTTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	251	CTGCGCTACAAAGGTCCCATTATAATGATATTTTGACTTTATTTTATTTC	300

C  CT955980.4	1700	CATAGAGTATTAGCCGCTGTCTCTCCTAATGAAAGCTTAAAAGCAATAAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	301	CATAGAGTATTAGCCGCTGTCTCTCCTAATGAAAGCTTAAAAGCAATAAT	350

C  CT955980.4	1650	AAGAGAAGAAAAGGATGACGTAGACAGTTCAAAGAAGAAATTCTTCCTCG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	351	AAGAGAAGAAAAGGATGACGTAGACAGTTCAAAGAAGAAATTCTTCCTCG	400

C  CT955980.4	1600	AAGTCTGGTCTAAGAGCTCTTTGAAGCATTCTATTGATCTTACGTCTTTG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	401	AAGTCTGGTCTAAGAGCTCTTTGAAGCATTCTATTGATCTTACGTCTTTG	450

C  CT955980.4	1550	GATATACACGGAGACGTCTATGCGGATGGTAAGAATTTCTGTCTTATAAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	451	GATATACACGGAGACGTCTATGCGGATGGTAAGAATTTCTGTCTTATAAA	500

C  CT955980.4	1500	ATATTTTTTTCTGTATCACGCTGTGGCCCGCATGTAGCAGAGTAGGCACC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	501	ATATTTTTTTCTGTATCACGCTGTGGCCCGCATGTAGCAGAGTAGGCACC	550

C  CT955980.4	1450	CCCCACTTTCCCCCGAATTTCATGTGGAGTGACATAGGTACAGACAGCGC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	551	CCCCACTTTCCCCCGAATTTCATGTGGAGTGACATAGGTACAGACAGCGC	600

C  CT955980.4	1400	GAAGAAATGAAAATAATAAATCTTTAATTTCCTCTCTCTGAGTGGGAATC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	601	GAAGAAATGAAAATAATAAATCTTTAATTTCCTCTCTCTGAGTGGGAATC	650

C  CT955980.4	1350	GCACCCACAACTTGTCGCGTGTACTTTTTGGCATCTCTACTCAATCAATT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	651	GCACCCACAACTTGTCGCGTGTACTTTTTGGCATCTCTACTCAATCAATT	700

C  CT955980.4	1300	CATACCTAAGTTCGTAATTCTTACCTTTAGTATATCAAACAGAATTTTAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	701	CATACCTAAGTTCGTAATTCTTACCTTTAGTATATCAAACAGAATTTTAA	750

C  CT955980.4	1250	TTTTCACTATTATGATTTTAAGCTGAATTTGGTAGCTTGGACTGGTCGTC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	751	TTTTCACTATTATGATTTTAAGCTGAATTTGGTAGCTTGGACTGGTCGTC	800

C  CT955980.4	1200	AGATGGAAAACAATTAGTTTATGTAGCTGAGAAGAAGATAAAGAAGTCTG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	801	AGATGGAAAACAATTAGTTTATGTAGCTGAGAAGAAGATAAAGAAGTCTG	850

C  CT955980.4	1150	AGCCGTTTATTAAAAGGAAACCAGAGGGAGAAAAGAGTGACGCCGATAAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	851	AGCCGTTTATTAAAAGGAAACCAGAGGGAGAAAAGAGTGACGCCGATAAT	900

C  CT955980.4	1100	AAGCCTGTACCGGTATGTTATATTCCTTTTATAAGTTTCATGCTGTATGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	901	AAGCCTGTACCGGTATGTTATATTCCTTTTATAAGTTTCATGCTGTATGA	950

C  CT955980.4	1050	AGGAATAGAGGGAATCTGGAAGCCAAGTGTGAGGACACTTCGTTCTTGTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	951	AGGAATAGAGGGAATCTGGAAGCCAAGTGTGAGGACACTTCGTTCTTGTT	1000

C  CT955980.4	1000	ATGACACTTACGTTGTTCACTTTTCACTGAATTATTAAGATTATTGCATT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1001	ATGACACTTACGTTGTTCACTTTTCACTGAATTATTAAGATTATTGCATT	1050

C  CT955980.4	950	GTGAGTTAAGTGAAAGAACTCAACGCCTCTTCTTGCCTCGTAATCAAAGC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1051	GTGAGTTAAGTGAAAGAACTCAACGCCTCTTCTTGCCTCGTAATCAAAGC	1100

C  CT955980.4	900	AAGAAGAAGAAAATAAGTAATTAAATATTTTATTCCCCCGAGTGGGAATC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1101	AAGAAGAAGAAAATAAGTAATTAAATATTTTATTCCCCCGAGTGGGAATC	1150

C  CT955980.4	850	GAACTGACGCGAGCCCACAACTGACGCGTTTACAGTCGCACGCTTGTGGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1151	GAACTGACGCGAGCCCACAACTGACGCGTTTACAGTCGCACGCTTGTGGA	1200

C  CT955980.4	800	CATAAGCACTGCGCCACGACGATCTAAACCTTACATTAACAATCAATTTA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1201	CATAAGCACTGCGCCACGACGATCTAAACCTTACATTAACAATCAATTTA	1250

C  CT955980.4	750	CCGATTGAGATTTGAAATCACTACACTTAATTAAGTGTATAAATATTATT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1251	CCGATTGAGATTTGAAATCACTACACTTAATTAAGTGTATAAATATTATT	1300

C  CT955980.4	700	TTAAATATTATATTAATAAGCAAATTTTGTAGGGTAAAGAGCACACTTAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1301	TTAAATATTATATTAATAAGCAAATTTTGTAGGGTAAAGAGCACACTTAC	1350

C  CT955980.4	650	AGGCAAGACTGGGGGGACCAATTAGCAGGAAAGTATCAGACTGTCATAGT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1351	AGGCAAGACTGGGGGGACCAATTAGCAGGAAAGTATCAGACTGTCATAGT	1400

C  CT955980.4	600	CGTATGTAATGTTGAAGAAGAAAAATTCACCGTTTTGAAAAATATCCCTG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1401	CGTATGTAATGTTGAAGAAGAAAAATTCACCGTTTTGAAAAATATCCCTG	1450

C  CT955980.4	550	ATTGTTGGTGTCCGGGACAGGTAAGAATAAGCATTGTAATTTATGTTATT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1451	ATTGTTGGTGTCCGGGACAGGTAAGAATAAGCATTGTAATTTATGTTATT	1500

C  CT955980.4	500	TTTTTATTTTAGACAATGGCGTCGATAAAATGATTAGTTGATGCCAGTCG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1501	TTTTTATTTTAGACAATGGCGTCGATAAAATGATTAGTTGATGCCAGTCG	1550

C  CT955980.4	450	TGGTGCAAGAGCACAAATGTCCGACTGTAAACACGACTGGTTGTGGCTTC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1551	TGGTGCAAGAGCACAAATGTCCGACTGTAAACACGACTGGTTGTGGCTTC	1600

C  CT955980.4	400	GATTACCATTTGAGGAAATGAAATAATTAATATTTTAATTTCCTCGCTCT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1601	GATTACCATTTGAGGAAATGAAATAATTAATATTTTAATTTCCTCGCTCT	1650

C  CT955980.4	350	GGTAACGAGACAAAGTGTGGCGTTGAGTTCCGCAACATGTGCCCTAATGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1651	GGTAACGAGACAAAGTGTGGCGTTGAGTTCCGCAACATGTGCCCTAATGG	1700

C  CT955980.4	300	GAATGGATAGTCTTAACACTAGGCAGGTTCCTTCTGCCTACCTTACTATG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1701	GAATGGATAGTCTTAACACTAGGCAGGTTCCTTCTGCCTACCTTACTATG	1750

C  CT955980.4	250	TGCGGGATACAGCGGGAAGCTAAAAAAAAATAATTGATAATATTTAAAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1751	TGCGGGATACAGCGGGAAGCTAAAAAAAAATAATTGATAATATTTAAAAA	1800

C  CT955980.4	200	CGTAAATTGTCTTCTGTATAGGTCCGTTTTTCCCCATCCGGTGATAGTGT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1801	CGTAAATTGTCTTCTGTATAGGTCCGTTTTTCCCCATCCGGTGATAGTGT	1850

C  CT955980.4	150	CGTGGGGCTCGCGTTTGACATATCTGGTGTGAGGAGGCCAGCTACCTGTA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1851	CGTGGGGCTCGCGTTTGACATATCTGGTGTGAGGAGGCCAGCTACCTGTA	1900

C  CT955980.4	100	CACACCGAGCCAGTTATATATTCTGTGCATCTCTTACTGGAAAATTGAGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1901	CACACCGAGCCAGTTATATATTCTGTGCATCTCTTACTGGAAAATTGAGT	1950

C  CT955980.4	50	GAGTTTTATTGTTTTTTCATTTATTAGATTTTTTCTGCTTTACACAAATA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974474.4	1951	GAGTTTTATTGTTTTTTCATTTATTAGATTTTTTCTGCTTTACACAAATA	2000

Overview

Query
CT955980.4 - 118137 bps
Hit
CR974474.4 - 118026 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001948200012000-1120001
293.5724534461028613711762679671
393.542312942446324756154399546921
493.732393035951959821154399547011
594.742493049064990952154399547021
691.172233229063390954163124634511
796.091972304909549324163135633641
890.762123075951559821163135634481
992.81233305112010112314-163138634431
1093.252413112445624766-169258695681
1195.472603095951259820-169260695681
1289.771942964909249387-169266695681
1396.042613039064190943-169267695691
1489.62192296112019112314169274695621
1593.522283166143261747169577699001
1695.722413046106861371169597699001
1796.123003616107261432-170366707261
1895.543063776143261808-170366707461
1991.736249802256823547185286862281
2095.47179292163322561185315862281
2196.235847184550146218-185505862201
Short-link