<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463839.5	1	TTCTCCTGTGGGGGCTGTAGGGGTGGTAACTTCAACAGAAGCCTTGGGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190086	TTCTCCTGTGGGGGCTGTAGGGGTGGTAACTTCAACAGAAGCCTTGGGTC	190135

CU463839.5	51	CAGGAGACATGAGGGAACACCTACTGTCCCATGTAGGTGAATTATCACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190136	CAGGAGACATGAGGGAACACCTACTGTCCCATGTAGGTGAATTATCACCA	190185

CU463839.5	101	TCAGGTTCTACCGGGGTTCAGACCTCAGCTCAACTGGAGACTAGGATGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190186	TCAGGTTCTACCGGGGTTCAGACCTCAGCTCAACTGGAGACTAGGATGTC	190235

CU463839.5	151	TGTCCCACACCAGGTCACATTTCAACAGTAAGGTAGTTCTTCAAGGGAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190236	TGTCCCACACCAGGTCACATTTCAACAGTAAGGTAGTTCTTCAAGGGAGG	190285

CU463839.5	201	AACACAGACACAGAAGCAATCCATGGAGGACTGCTGATTACTGGTTGCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190286	AACACAGACACAGAAGCAATCCATGGAGGACTGCTGATTACTGGTTGCTC	190335

CU463839.5	251	ATCCTGCTTTCATATATAATTCAAGAGCACCTACCTTTACAGACTTGTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190336	ATCCTGCTTTCATATATAATTCAAGAGCACCTACCTTTACAGACTTGTCT	190385

CU463839.5	301	AGAGGCAACCTGATAAAGGCATATTCTCCATAGAATTTCCTTTTCCTGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190386	AGAGGCAACCTGATAAAGGCATATTCTCCATAGAATTTCCTTTTCCTGTT	190435

CU463839.5	351	TAAAGAAAGCTGGTGTTAAATTGACAAAATCCAAAGCAACAGGCATGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190436	TAAAGAAAGCTGGTGTTAAATTGACAAAATCCAAAGCAACAGGCATGGCA	190485

CU463839.5	401	TGGTCTGAATAAAAATGTCCTCTACACGCTCAAGTGTTTTCTCAATTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190486	TGGTCTGAATAAAAATGTCCTCTACACGCTCAAGTGTTTTCTCAATTTGT	190535

CU463839.5	451	CCCTAGCTGCTCAGCCTTAGGTGAAGCTATGAAACTTCCTGATGTGGAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190536	CCCTAGCTGCTCAGCCTTAGGTGAAGCTATGAAACTTCCTGATGTGGAGC	190585

CU463839.5	501	AGAGATCACAACTCTCCTAAGACTCCTAATAAGGAGTCACCTGACCTGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190586	AGAGATCACAACTCTCCTAAGACTCCTAATAAGGAGTCACCTGACCTGTC	190635

CU463839.5	551	CCTCACCCATACTCTAGATGGCATTTCACCTACCTCTTGCATGCCCAGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190636	CCTCACCCATACTCTAGATGGCATTTCACCTACCTCTTGCATGCCCAGAA	190685

CU463839.5	601	TCAACACTGTCCCTTCTGACTCTGGAAGAGTGTCTTGTATTATTTTTACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190686	TCAACACTGTCCCTTCTGACTCTGGAAGAGTGTCTTGTATTATTTTTACC	190735

CU463839.5	651	ACACAACTCATGCTGCCCAAAGTTGGTTTGCAGTTTTAGCTTGTTTATAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190736	ACACAACTCATGCTGCCCAAAGTTGGTTTGCAGTTTTAGCTTGTTTATAG	190785

CU463839.5	701	TTTTGTGATGGTTTGTACACCCTGAGGGATGGAGTCCCCTTATTTAGCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190786	TTTTGTGATGGTTTGTACACCCTGAGGGATGGAGTCCCCTTATTTAGCCA	190835

CU463839.5	751	TGTTAGGTCCTTACCCTTCAAATTTCCACATTCAATGTTTGGATGCTTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190836	TGTTAGGTCCTTACCCTTCAAATTTCCACATTCAATGTTTGGATGCTTGG	190885

CU463839.5	801	TGCTGGCCAGGATAACCATGAGCAGCAGGAGGAGAGCCCTGTGTTCAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190886	TGCTGGCCAGGATAACCATGAGCAGCAGGAGGAGAGCCCTGTGTTCAAAA	190935

CU463839.5	851	GTTTGCATCCTGCTAGTGAGTGCAGACTGACTCTACTTGTATGTGTTCAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190936	GTTTGCATCCTGCTAGTGAGTGCAGACTGACTCTACTTGTATGTGTTCAC	190985

CU463839.5	901	TTTATATTCTTGATACAGAGGAGTCTGATTGTCTTCTCTAACAATTCCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	190986	TTTATATTCTTGATACAGAGGAGTCTGATTGTCTTCTCTAACAATTCCCA	191035

CU463839.5	951	AAGGTAGTGATAAACTGTTTGGTTTGGGGCATGGAAAGATGAACTCCTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191036	AAGGTAGTGATAAACTGTTTGGTTTGGGGCATGGAAAGATGAACTCCTAT	191085

CU463839.5	1001	AAGAGCAGTCCCTAGGGCCCTGCTTCACCAGCTCAGATCTAGCTCTGATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191086	AAGAGCAGTCCCTAGGGCCCTGCTTCACCAGCTCAGATCTAGCTCTGATG	191135

CU463839.5	1051	CTTGAGATCTGAGGTGCAGTGTGTGGTAAGACAAGTTGTTTACACTGATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191136	CTTGAGATCTGAGGTGCAGTGTGTGGTAAGACAAGTTGTTTACACTGATG	191185

CU463839.5	1101	ATTGCTCTCCTGGCCATGATCACAATGTTCTTCTGAGTCAATATGAAAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191186	ATTGCTCTCCTGGCCATGATCACAATGTTCTTCTGAGTCAATATGAAAAG	191235

CU463839.5	1151	CTATTGAGTCAGTAAGCCTCAACAGTTACAATATCAAGATGTTTACAATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191236	CTATTGAGTCAGTAAGCCTCAACAGTTACAATATCAAGATGTTTACAATG	191285

CU463839.5	1201	GCTGAAATAAGAGAATGGTTCTCAGAGCAACTTATAATTGTGTGGATTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191286	GCTGAAATAAGAGAATGGTTCTCAGAGCAACTTATAATTGTGTGGATTGT	191335

CU463839.5	1251	GTCAACCTAACTTCAACACACTTAAAATTCAAATTTTGAGACATTTGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191336	GTCAACCTAACTTCAACACACTTAAAATTCAAATTTTGAGACATTTGCTT	191385

CU463839.5	1301	CATTGAACGTATTAACAAATTGCATATAAAGAAAATGCTTACAAAAAGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191386	CATTGAACGTATTAACAAATTGCATATAAAGAAAATGCTTACAAAAAGTA	191435

CU463839.5	1351	ACAACTGTTTTCCAAAATTCAATAATGAGGTGAAAATAATTTCTGCCTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191436	ACAACTGTTTTCCAAAATTCAATAATGAGGTGAAAATAATTTCTGCCTGT	191485

CU463839.5	1401	ATTTATCCTCATATTTCCCAGTAAACATACTTGGGATTTAAAAAAAAAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191486	ATTTATCCTCATATTTCCCAGTAAACATACTTGGGATTTAAAAAAAAAGT	191535

CU463839.5	1451	CTTTTATTCACTTTATATCCCAATCACTGCCCGCAACCCACAGTACCCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191536	CTTTTATTCACTTTATATCCCAATCACTGCCCGCAACCCACAGTACCCCT	191585

CU463839.5	1501	CATACAATCTCTGCCCTATTTCCCTCCATGTCTCCTTTGGAATGGTGGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191586	CATACAATCTCTGCCCTATTTCCCTCCATGTCTCCTTTGGAATGGTGGAA	191635

CU463839.5	1551	AACCCTCCTCAGTTTACCCCCACCCTGGCAACAAGACTGTGCAGGGCTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191636	AACCCTCCTCAGTTTACCCCCACCCTGGCAACAAGACTGTGCAGGGCTTG	191685

CU463839.5	1601	GTGTATCCTCTTCCACTGAGTCCAGAAAGGGCATTCTAATTAGGGAAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191686	GTGTATCCTCTTCCACTGAGTCCAGAAAGGGCATTCTAATTAGGGAAATA	191735

CU463839.5	1651	TATTCCACAGACAGGCAAGAGCTTTAGGGATAGCCCTTTCTTGAGTTGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191736	TATTCCACAGACAGGCAAGAGCTTTAGGGATAGCCCTTTCTTGAGTTGTT	191785

CU463839.5	1701	GAAGGACCCACAAGAAGACAGAGTTCCACATCTGCTACATAGGTGTAGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191786	GAAGGACCCACAAGAAGACAGAGTTCCACATCTGCTACATAGGTGTAGGA	191835

CU463839.5	1751	GCATAGGCCTAGCCTGATTATCTAGCCTTTTGTTAGTGGCTCAGTCTCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191836	GCATAGGCCTAGCCTGATTATCTAGCCTTTTGTTAGTGGCTCAGTCTCTT	191885

CU463839.5	1801	AGATCCCCCAGATGTCTAGGCTAGTTGACTCTGTTGGTCTTCCTGCAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191886	AGATCCCCCAGATGTCTAGGCTAGTTGACTCTGTTGGTCTTCCTGCAGAG	191935

CU463839.5	1851	TTCCTATCCCCTTCAGAGACCTCAGTTCCTCACACAGCACTTCCATAAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191936	TTCCTATCCCCTTCAGAGACCTCAGTTCCTCACACAGCACTTCCATAAGA	191985

CU463839.5	1901	TTCCCTGAGCACCATCCAAGGCTTGGCTGTGGGTCTGTCTCTGAATCTGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	191986	TTCCCTGAGCACCATCCAAGGCTTGGCTGTGGGTCTGTCTCTGAATCTGC	192035

CU463839.5	1951	TTCAGTCAGCTTCTGGATGGAGTTTCTCAGAGGACAGTTATGCTAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974472.7	192036	TTCAGTCAGCTTCTGGATGGAGTTTCTCAGAGGACAGTTATGCTAGGATC	192085

Overview

Query
CU463839.5 - 89064 bps
Hit
CR974472.7 - 192085 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198620001200011900861920851
286.0917053197707910275121893250841
385.19159531905891862107121896250891
485.24141828334158944421-122220250711
585.46133225255192654450-125433279481
686.98227142145627060483129719338891
788.692507417944698647129745338891
887.7208837484319546942-130158338901
993.9441745387482110207172755781421
1086.32282852904166546954-172801781291
1191.4371053565673762092172814781921
1289.32129220271384015866-176148781861
1388.78173227932790830700-11361311389201
1497.2447295409486910277-11501461555541
1591.63375453685672662093-11501561555531
1690.9214032030138371586611501601522081
1786.2228395349416064695411501771555551
1896.661564178684981028311753981771891
1997.1716101803847510277-11866831884861
2091.47127217806031462093-11866931884861
Short-link