<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR974564.11	1	GCCCACCAAGAGCATCTGCTCTGAGCTCTGGGCTGCCTCTCCCACCGGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118696	GCCCACCAAGAGCATCTGCTCTGAGCTCTGGGCTGCCTCTCCCACCGGGA	118745

CR974564.11	51	GTCAGGGTATTGGTCTCTTTCAAGGAGATGAGAAGCTGTCCGCTCAGAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118746	GTCAGGGTATTGGTCTCTTTCAAGGAGATGAGAAGCTGTCCGCTCAGAGG	118795

CR974564.11	101	GTGGAGGACACCTAGGACTGCCAAGAGCTTTGTACCTTTCAGCACTGTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118796	GTGGAGGACACCTAGGACTGCCAAGAGCTTTGTACCTTTCAGCACTGTGA	118845

CR974564.11	151	AGGCTCACAGCGGTCCCTCTCAGGTCCTAGGTTGACTCCAGGTAGATCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118846	AGGCTCACAGCGGTCCCTCTCAGGTCCTAGGTTGACTCCAGGTAGATCTT	118895

CR974564.11	201	ACTGAGGATTCTGGGGATCTTAATCAAGAGTCAGTGACGTGGTCCTAAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118896	ACTGAGGATTCTGGGGATCTTAATCAAGAGTCAGTGACGTGGTCCTAAGG	118945

CR974564.11	251	GTGGGAATTTCAGGCCAGGGATGCTGACAGGGCAAGGCCACTGAGGGCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118946	GTGGGAATTTCAGGCCAGGGATGCTGACAGGGCAAGGCCACTGAGGGCCA	118995

CR974564.11	301	AGAGAGGGGTCTGGATGCAAGTAGACCAGTATTGTCAGTCATTCCTTAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	118996	AGAGAGGGGTCTGGATGCAAGTAGACCAGTATTGTCAGTCATTCCTTAAA	119045

CR974564.11	351	TCACATCTGGACTGTCTCTGCTGGCCCACCCCCAGGTACGGCACAGATAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119046	TCACATCTGGACTGTCTCTGCTGGCCCACCCCCAGGTACGGCACAGATAG	119095

CR974564.11	401	GAAACGGAGATGAGATTCATGAAGGAACAGCAGTGTATTTTTTTCACCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119096	GAAACGGAGATGAGATTCATGAAGGAACAGCAGTGTATTTTTTTCACCTG	119145

CR974564.11	451	GTCCATGTACTATGATAGAATTTGTAGCCTTGCTAAAATAAAAGTGAGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119146	GTCCATGTACTATGATAGAATTTGTAGCCTTGCTAAAATAAAAGTGAGTT	119195

CR974564.11	501	TCTGGAGGGCTGGGTCGCAAGCTTTTTGCTTTTCCTTCCGTTCTTCTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119196	TCTGGAGGGCTGGGTCGCAAGCTTTTTGCTTTTCCTTCCGTTCTTCTTCT	119245

CR974564.11	551	TCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTCATCTGCCACATATGGAAGTTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119246	TCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTCATCTGCCACATATGGAAGTTCT	119295

CR974564.11	601	TGAACTTGCGCTGCCACAGAGACAGCACTGGATCCTCAGCCTGCTGTGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119296	TGAACTTGCGCTGCCACAGAGACAGCACTGGATCCTCAGCCTGCTGTGCC	119345

CR974564.11	651	ACAGAGAGAACTCTTCCTTTTTTTTTTTTTAAATTGAAGTATAGTTGATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119346	ACAGAGAGAACTCTTCCTTTTTTTTTTTTTAAATTGAAGTATAGTTGATT	119395

CR974564.11	701	AACAATGCTGTGTTAGTTTCAGGTGTACAGCAAAGTGATTGAGTTATACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119396	AACAATGCTGTGTTAGTTTCAGGTGTACAGCAAAGTGATTGAGTTATACA	119445

CR974564.11	751	CACACATATTCTTTTGAAATTCTTTTTCCTTATAGGTTATTACAAAATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119446	CACACATATTCTTTTGAAATTCTTTTTCCTTATAGGTTATTACAAAATAT	119495

CR974564.11	801	TGAGTAGAGTTCCCTGTGCTTCAATAGGTCCTTATTGGTGACCCATTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119496	TGAGTAGAGTTCCCTGTGCTTCAATAGGTCCTTATTGGTGACCCATTTTT	119545

CR974564.11	851	TTTTTTTTCCTTTTTGGCTGGACCCAAGGCATGTACAAGTTCCCGGGCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119546	TTTTTTTTCCTTTTTGGCTGGACCCAAGGCATGTACAAGTTCCCGGGCCA	119595

CR974564.11	901	AGATTCAGACCTGAGCCACAGCAGTGACAATGCCAGATCCTTAACTCTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119596	AGATTCAGACCTGAGCCACAGCAGTGACAATGCCAGATCCTTAACTCTGC	119645

CR974564.11	951	AGCACCAGGAAAATCCAAGTAATCTATTTTATATATGGTGATGTGTATAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119646	AGCACCAGGAAAATCCAAGTAATCTATTTTATATATGGTGATGTGTATAT	119695

CR974564.11	1001	ATTTATTCCTTTCTCCTAATTTATCCCTTCCCCACCCTCTTTAGTAACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119696	ATTTATTCCTTTCTCCTAATTTATCCCTTCCCCACCCTCTTTAGTAACTG	119745

CR974564.11	1051	TAAGTTTGTTTTCTATGTTTGTGGGTATATTTCTGCTTTGTAAATAAGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119746	TAAGTTTGTTTTCTATGTTTGTGGGTATATTTCTGCTTTGTAAATAAGTT	119795

CR974564.11	1101	CATTCATATATTTTTTCAGATCCCATCTATAAGTGATATCATATGATATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119796	CATTCATATATTTTTTCAGATCCCATCTATAAGTGATATCATATGATATT	119845

CR974564.11	1151	TGTCTTTCTGTGTCTGACTTCATATGACAATCTCTAGGTCCATCCGTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119846	TGTCTTTCTGTGTCTGACTTCATATGACAATCTCTAGGTCCATCCGTGTT	119895

CR974564.11	1201	GCTGCAAATGGCATTATTTCATTCGTTTTTATCACTAATTTTTATTTGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119896	GCTGCAAATGGCATTATTTCATTCGTTTTTATCACTAATTTTTATTTGCT	119945

CR974564.11	1251	TTTCATTTTTAAGAAGAATGAACATATTTTCTTTTGTAATGGAAAATAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119946	TTTCATTTTTAAGAAGAATGAACATATTTTCTTTTGTAATGGAAAATAAA	119995

CR974564.11	1301	ACATTTGTAAAAAAAGAGGTACTTCATACTTGTCATTTAAAACAGCATAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	119996	ACATTTGTAAAAAAAGAGGTACTTCATACTTGTCATTTAAAACAGCATAG	120045

CR974564.11	1351	AAGGAATTCCCTTGTGGTGTATCAGGTTAAAGATGCTGTGTTTTACTGCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120046	AAGGAATTCCCTTGTGGTGTATCAGGTTAAAGATGCTGTGTTTTACTGCA	120095

CR974564.11	1401	GCGACTCTGGTCGCTGCTGTGCCACAGGTTCAATCCCTGGCCCAGGAACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120096	GCGACTCTGGTCGCTGCTGTGCCACAGGTTCAATCCCTGGCCCAGGAACT	120145

CR974564.11	1451	TCCACATGCTGGGGGCACAGCCAGAGAGAAAGAAAAAAAGGGAGAAAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120146	TCCACATGCTGGGGGCACAGCCAGAGAGAAAGAAAAAAAGGGAGAAAGGA	120195

CR974564.11	1501	AGGAAGGAAGGAAGGAAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120196	AGGAAGGAAGGAAGGAAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGGA	120245

CR974564.11	1551	AGAAAGAAAGACCGTGTGGGTCCTTAGTAGCAAAGCTGCAGACGTCCATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120246	AGAAAGAAAGACCGTGTGGGTCCTTAGTAGCAAAGCTGCAGACGTCCATG	120295

CR974564.11	1601	GAATTCCCATTGTGGCTCAGCGGTAATGAACCTGACTAGTATCCACGAGG	1650
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120296	GAATTCCCACTGTGGCTCAGCGGTAATGAACCTGACTAGTATCCACGAGG	120345

CR974564.11	1651	ATGCGGGTTTGATCCCTGGCCTCACTCAGTGGGTTAAGGATTAGGCGTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120346	ATGCGGGTTTGATCCCTGGCCTCACTCAGTGGGTTAAGGATTAGGCGTTG	120395

CR974564.11	1701	CTGTGGCTGTGGCATAGGCTGGGAGCTGCAGCTCCAATTGGACCCCTAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120396	CTGTGGCTGTGGCATAGGCTGGGAGCTGCAGCTCCAATTGGACCCCTAGA	120445

CR974564.11	1751	CTGGGAACTTCCATATGCTACAGGTGCAGCCCTAAAAAGAAAAAAGAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120446	CTGGGAACTTCCATATGCTACAGGTGCAGCCCTAAAAAGAAAAAAGAAAA	120495

CR974564.11	1801	AAAAAAGCATAGGTAATTCCCACCTCCAACAAGAAATCTGAAATCTGATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120496	AAAAAAGCATAGGTAATTCCCACCTCCAACAAGAAATCTGAAATCTGATG	120545

CR974564.11	1851	ATCATTTTTGTAATATTCGAAAATAACCACCTTTATTTGAATCAGTCAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120546	ATCATTTTTGTAATATTCGAAAATAACCACCTTTATTTGAATCAGTCAAT	120595

CR974564.11	1901	ACCAATCAAGACTGGGAAACAAATTTATAAGTGGTTCAGATTCAAGAGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120596	ACCAATCAAGACTGGGAAACAAATTTATAAGTGGTTCAGATTCAAGAGGA	120645

CR974564.11	1951	AAACACTCAGCAAGATCTTCATTAAAAGGCATTTTGCATTATTAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120646	AAACACTCAGCAAGATCTTCATTAAAAGGCATTTTGCATTATTAAAGCTT	120695

Compact alignment

skip 1600 bps 100% identity alignment

CR974564.11	1601	GAATTCCCATTGTGGCTCAGCGGTAATGAACCTGACTAGTATCCACGAGG	1650
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974468.5	120296	GAATTCCCACTGTGGCTCAGCGGTAATGAACCTGACTAGTATCCACGAGG	120345

skip 350 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR974564.11 - 44600 bps
Hit
CR974468.5 - 120695 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95197620001200011186961206951
286.5115927471777450-1235126241
386.0312822737108373341237726051
485.291432634110941371122349226131
586.091302293663136859122381226101
686.9717931071617470125923262291
784.531372634110941371125948262121
889.521512293663136859125981262091
990.5917625571977451-128151284051
1085.221402624110941370-128152284151
1185.221242313662936859157481577101
1285.981242223662936850-159865600851
1387.441262082507225279-159889600951
1488.6615323872137450167230674671
1588.611502364113541370167231674671
1683.951342664111141376181767820341
1785.411282403706737306182044822831
1887.771402293663136859187963881911
1987.831392294114441372187966881951
2086.611292242929129514187971881941
2185.8715527671757450-11138691141441
2283.141272627189745011175471178071
2385.021252273710837334-11175551177811
Short-link