<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009566.5	1	GTTGAGCCTCTCAACTAAAGACTAGGAATATTACAGAAGTCAGTGTCTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	175940	GTTGAGCCTCTCAACTAAAGACTAGGAATATTACAGAAGTCAGTGTCTAG	175989

CT009566.5	51	AACTTACCTGAACCATACTAAAGATGACTCACGTTACATATTTCTTGTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	175990	AACTTACCTGAACCATACTAAAGATGACTCACGTTACATATTTCTTGTTT	176039

CT009566.5	101	TTGCATCCATTGCACCTAGCTCTTCACTGCATCTTCTTATTTAACTGTCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176040	TTGCATCCATTGCACCTAGCTCTTCACTGCATCTTCTTATTTAACTGTCC	176089

CT009566.5	151	CAACATCCCTGTGAGCTGGGAGAGGTACTATCCTAATTTATGGATGACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176090	CAACATCCCTGTGAGCTGGGAGAGGTACTATCCTAATTTATGGATGACAA	176139

CT009566.5	201	AACTGAAGTTTAGAAAAAGTTAGGTAACCTGCTCAGGGGCACACAGCTAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176140	AACTGAAGTTTAGAAAAAGTTAGGTAACCTGCTCAGGGGCACACAGCTAG	176189

CT009566.5	251	TAAGTGGTAGAGACCTGATCTAAACCCACCACCCACCTGCTCCTCCAGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176190	TAAGTGGTAGAGACCTGATCTAAACCCACCACCCACCTGCTCCTCCAGCT	176239

CT009566.5	301	CCACTTCTGAATGATAGGCTATGCCTTTTACTCTCTCATAACCAACCACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176240	CCACTTCTGAATGATAGGCTATGCCTTTTACTCTCTCATAACCAACCACC	176289

CT009566.5	351	TGGAAAGTAAATGCACCCTCTTAGCAAATGTCTCTTGCCTAACTAAACAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176290	TGGAAAGTAAATGCACCCTCTTAGCAAATGTCTCTTGCCTAACTAAACAA	176339

CT009566.5	401	CAGATGTTGACAAGTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTTCTTTTTTTCCCTTCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176340	CAGATGTTGACAAGTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTTCTTTTTTTCCCTTCC	176389

CT009566.5	451	ATGCCTTTTTTAGTGGGATCCAGATCTCTGGTTTCTTGAAGTGATTTTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176390	ATGCCTTTTTTAGTGGGATCCAGATCTCTGGTTTCTTGAAGTGATTTTGC	176439

CT009566.5	501	TTATGTTATCACTTTGCAACAGGATCACTTAGTTACAGTAAGAAAAAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176440	TTATGTTATCACTTTGCAACAGGATCACTTAGTTACAGTAAGAAAAAAAT	176489

CT009566.5	551	AAACGAGCAGAAGAAACCCCACAGCTGGCACAGGAATTTGCAACTAGAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176490	AAACGAGCAGAAGAAACCCCACAGCTGGCACAGGAATTTGCAACTAGAGA	176539

CT009566.5	601	GGCTCTCAGTCTGCTGTCTGCTTTGCTCTCCTGGGCTCGGGTGATTCCGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176540	GGCTCTCAGTCTGCTGTCTGCTTTGCTCTCCTGGGCTCGGGTGATTCCGC	176589

CT009566.5	651	TGCTCAGCTCCAACATTTTCCCAACTCCCTAGTTTCCTTACAAAGCAGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176590	TGCTCAGCTCCAACATTTTCCCAACTCCCTAGTTTCCTTACAAAGCAGAG	176639

CT009566.5	701	TCAGGCACTGTATCACTTTCCAACATCAATAAAGCAGGTCTCATTTTCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176640	TCAGGCACTGTATCACTTTCCAACATCAATAAAGCAGGTCTCATTTTCCT	176689

CT009566.5	751	AAGTTGATGAGGCCCTGATAGATCTGATGACCTTTTGTTGGAATGTCATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176690	AAGTTGATGAGGCCCTGATAGATCTGATGACCTTTTGTTGGAATGTCATT	176739

CT009566.5	801	TACAAGTATGATTAAATTATTCTCCATGGCTGAACTGATACCTACAGCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176740	TACAAGTATGATTAAATTATTCTCCATGGCTGAACTGATACCTACAGCAG	176789

CT009566.5	851	ATATATCTTCCTCCAGAGGCAGCAGAAAAATCTACTGCTTTTACCATCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176790	ATATATCTTCCTCCAGAGGCAGCAGAAAAATCTACTGCTTTTACCATCTC	176839

CT009566.5	901	ATGCACTGCAGAGCTCTTTTGTAGGCATGTTACAGATTTTCAGTTTGGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176840	ATGCACTGCAGAGCTCTTTTGTAGGCATGTTACAGATTTTCAGTTTGGGG	176889

CT009566.5	951	CTGGAAAAGGTGACCCTGGTAATGATGACTTTTTTTTTCTAATCTTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176890	CTGGAAAAGGTGACCCTGGTAATGATGACTTTTTTTTTCTAATCTTTTTT	176939

CT009566.5	1001	AGCTGCTGTCATTTTTCTCCAATCTCATTAACCATATCTCTGTGACTACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176940	AGCTGCTGTCATTTTTCTCCAATCTCATTAACCATATCTCTGTGACTACA	176989

CT009566.5	1051	CCTTAAAGGGATATGTATTTATTTAAACTATTAGGTAGAATGGAATAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	176990	CCTTAAAGGGATATGTATTTATTTAAACTATTAGGTAGAATGGAATAAAT	177039

CT009566.5	1101	TTAAAGAATGCTAGTCAGATCTCTTGGATTTCTACATTTTCCTGGGAAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177040	TTAAAGAATGCTAGTCAGATCTCTTGGATTTCTACATTTTCCTGGGAAGT	177089

CT009566.5	1151	AAGAAATCTGACGTTTCTGGGCATTGCTGTTAACTTGCTATGGTAACTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177090	AAGAAATCTGACGTTTCTGGGCATTGCTGTTAACTTGCTATGGTAACTGT	177139

CT009566.5	1201	TGTATATGCATTATTTAATTTAATCTTGACAAGAACTTACGGAGTATAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177140	TGTATATGCATTATTTAATTTAATCTTGACAAGAACTTACGGAGTATAAT	177189

CT009566.5	1251	CTTTGCATTTAGCTTACATTTTGAAGGCCTCCAATGTGTTAAACACTGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177190	CTTTGCATTTAGCTTACATTTTGAAGGCCTCCAATGTGTTAAACACTGTT	177239

CT009566.5	1301	CAGATATCTTGGAAAGAGCAAGTCATGTCCTCCTCCAATTTATCTCTATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177240	CAGATATCTTGGAAAGAGCAAGTCATGTCCTCCTCCAATTTATCTCTATA	177289

CT009566.5	1351	TGAGGAAACCGAGGCAGAGATTAAGTAGGCTTTTCAGGTGTCCCTATCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177290	TGAGGAAACCGAGGCAGAGATTAAGTAGGCTTTTCAGGTGTCCCTATCTT	177339

CT009566.5	1401	GTGCCTGGAACATAATAGGTGGTCAATAAATGTTGAAAGTGTAGGAGTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177340	GTGCCTGGAACATAATAGGTGGTCAATAAATGTTGAAAGTGTAGGAGTTC	177389

CT009566.5	1451	CATCATGGCTCAGCGGTTAACAAATCCGACTAGTATCCATGAGGACGTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177390	CATCATGGCTCAGCGGTTAACAAATCCGACTAGTATCCATGAGGACGTGG	177439

CT009566.5	1501	GTTTGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTCAGGATCCGGCCTTGCTGTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177440	GTTTGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTCAGGATCCGGCCTTGCTGTGA	177489

CT009566.5	1551	GCTGTGGTGCAGGCTGCAGACAGGGCTCGGATCCCGCATTGCTGTGGCTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177490	GCTGTGGTGCAGGCTGCAGACAGGGCTCGGATCCCGCATTGCTGTGGCTG	177539

CT009566.5	1601	TGGCGTAGGCCAGCGGCTTCAGCTCCAATTGGACCTCTAGCCTGGGAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177540	TGGCGTAGGCCAGCGGCTTCAGCTCCAATTGGACCTCTAGCCTGGGAACC	177589

CT009566.5	1651	TCCACATGCCACGGGTGCGGGCTTAAAAAAGACAGAAAAAAAAAAAAGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177590	TCCACATGCCACGGGTGCGGGCTTAAAAAAGACAGAAAAAAAAAAAAGTG	177639

CT009566.5	1701	TTGAATGTATTAAACAGAATCAGGCCTGATCCAGGTCTGCCTGTTTCCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177640	TTGAATGTATTAAACAGAATCAGGCCTGATCCAGGTCTGCCTGTTTCCAC	177689

CT009566.5	1751	AGCCAGGCTTTGTTCTGGGCTATCTCTCCCTTTCTCCTCCCCCCACCCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177690	AGCCAGGCTTTGTTCTGGGCTATCTCTCCCTTTCTCCTCCCCCCACCCCA	177739

CT009566.5	1801	CAGGGTGTATGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177740	CAGGGTGTATGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA	177789

CT009566.5	1851	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGCTACCCAGCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177790	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGCTACCCAGCCA	177839

CT009566.5	1901	TAAGAAAGAAGGAAATCCTGCCATTTGCAAGAACATGGGTGAATCTTCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177840	TAAGAAAGAAGGAAATCCTGCCATTTGCAAGAACATGGGTGAATCTTCAA	177889

CT009566.5	1951	GGCATTATGCTAAGTGAAATAAGACAGAGAAACACAAACACTGTATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974458.2	177890	GGCATTATGCTAAGTGAAATAAGACAGAGAAACACAAACACTGTATGATC	177939

Overview

Query
CT009566.5 - 75808 bps
Hit
CR974458.2 - 177939 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198420001200011759401779391
283.742736452695427598167836684931
387.042464561461615071168528689901
479.762779963672437719-169274702611
581.743279421507616017169274702151
680.973199852809829082169274702611
784.62836613907339733169379700401
884.142405783540435981170523711021
986.412184402982730266-170656711041
1080.9646813355227453608178238795811
1184.362535912246623056-178806794061
128449211995395255150179588808121
1382.646211431913720279-181078822151
1493.332142705680557074-11011601014291
1591.82200270174461771511011601014281
1684.429342075269542902811190431211401
1782.2969318473677838624-11192771211401
1884.266311397146161601211197311211401
1989.3260423386333905511199171203461
2091.14438658390773973411203071209721
Short-link