<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CT009566.5 1 GTTGAGCCTCTCAACTAAAGACTAGGAATATTACAGAAGTCAGTGTCTAG 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 175940 GTTGAGCCTCTCAACTAAAGACTAGGAATATTACAGAAGTCAGTGTCTAG 175989 CT009566.5 51 AACTTACCTGAACCATACTAAAGATGACTCACGTTACATATTTCTTGTTT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 175990 AACTTACCTGAACCATACTAAAGATGACTCACGTTACATATTTCTTGTTT 176039 CT009566.5 101 TTGCATCCATTGCACCTAGCTCTTCACTGCATCTTCTTATTTAACTGTCC 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176040 TTGCATCCATTGCACCTAGCTCTTCACTGCATCTTCTTATTTAACTGTCC 176089 CT009566.5 151 CAACATCCCTGTGAGCTGGGAGAGGTACTATCCTAATTTATGGATGACAA 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176090 CAACATCCCTGTGAGCTGGGAGAGGTACTATCCTAATTTATGGATGACAA 176139 CT009566.5 201 AACTGAAGTTTAGAAAAAGTTAGGTAACCTGCTCAGGGGCACACAGCTAG 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176140 AACTGAAGTTTAGAAAAAGTTAGGTAACCTGCTCAGGGGCACACAGCTAG 176189 CT009566.5 251 TAAGTGGTAGAGACCTGATCTAAACCCACCACCCACCTGCTCCTCCAGCT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176190 TAAGTGGTAGAGACCTGATCTAAACCCACCACCCACCTGCTCCTCCAGCT 176239 CT009566.5 301 CCACTTCTGAATGATAGGCTATGCCTTTTACTCTCTCATAACCAACCACC 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176240 CCACTTCTGAATGATAGGCTATGCCTTTTACTCTCTCATAACCAACCACC 176289 CT009566.5 351 TGGAAAGTAAATGCACCCTCTTAGCAAATGTCTCTTGCCTAACTAAACAA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176290 TGGAAAGTAAATGCACCCTCTTAGCAAATGTCTCTTGCCTAACTAAACAA 176339 CT009566.5 401 CAGATGTTGACAAGTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTTCTTTTTTTCCCTTCC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176340 CAGATGTTGACAAGTCTTTCTTTCTTTCTCTCTTTCTTTTTTTCCCTTCC 176389 CT009566.5 451 ATGCCTTTTTTAGTGGGATCCAGATCTCTGGTTTCTTGAAGTGATTTTGC 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176390 ATGCCTTTTTTAGTGGGATCCAGATCTCTGGTTTCTTGAAGTGATTTTGC 176439 CT009566.5 501 TTATGTTATCACTTTGCAACAGGATCACTTAGTTACAGTAAGAAAAAAAT 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176440 TTATGTTATCACTTTGCAACAGGATCACTTAGTTACAGTAAGAAAAAAAT 176489 CT009566.5 551 AAACGAGCAGAAGAAACCCCACAGCTGGCACAGGAATTTGCAACTAGAGA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176490 AAACGAGCAGAAGAAACCCCACAGCTGGCACAGGAATTTGCAACTAGAGA 176539 CT009566.5 601 GGCTCTCAGTCTGCTGTCTGCTTTGCTCTCCTGGGCTCGGGTGATTCCGC 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176540 GGCTCTCAGTCTGCTGTCTGCTTTGCTCTCCTGGGCTCGGGTGATTCCGC 176589 CT009566.5 651 TGCTCAGCTCCAACATTTTCCCAACTCCCTAGTTTCCTTACAAAGCAGAG 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176590 TGCTCAGCTCCAACATTTTCCCAACTCCCTAGTTTCCTTACAAAGCAGAG 176639 CT009566.5 701 TCAGGCACTGTATCACTTTCCAACATCAATAAAGCAGGTCTCATTTTCCT 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176640 TCAGGCACTGTATCACTTTCCAACATCAATAAAGCAGGTCTCATTTTCCT 176689 CT009566.5 751 AAGTTGATGAGGCCCTGATAGATCTGATGACCTTTTGTTGGAATGTCATT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176690 AAGTTGATGAGGCCCTGATAGATCTGATGACCTTTTGTTGGAATGTCATT 176739 CT009566.5 801 TACAAGTATGATTAAATTATTCTCCATGGCTGAACTGATACCTACAGCAG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176740 TACAAGTATGATTAAATTATTCTCCATGGCTGAACTGATACCTACAGCAG 176789 CT009566.5 851 ATATATCTTCCTCCAGAGGCAGCAGAAAAATCTACTGCTTTTACCATCTC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176790 ATATATCTTCCTCCAGAGGCAGCAGAAAAATCTACTGCTTTTACCATCTC 176839 CT009566.5 901 ATGCACTGCAGAGCTCTTTTGTAGGCATGTTACAGATTTTCAGTTTGGGG 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176840 ATGCACTGCAGAGCTCTTTTGTAGGCATGTTACAGATTTTCAGTTTGGGG 176889 CT009566.5 951 CTGGAAAAGGTGACCCTGGTAATGATGACTTTTTTTTTCTAATCTTTTTT 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176890 CTGGAAAAGGTGACCCTGGTAATGATGACTTTTTTTTTCTAATCTTTTTT 176939 CT009566.5 1001 AGCTGCTGTCATTTTTCTCCAATCTCATTAACCATATCTCTGTGACTACA 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176940 AGCTGCTGTCATTTTTCTCCAATCTCATTAACCATATCTCTGTGACTACA 176989 CT009566.5 1051 CCTTAAAGGGATATGTATTTATTTAAACTATTAGGTAGAATGGAATAAAT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 176990 CCTTAAAGGGATATGTATTTATTTAAACTATTAGGTAGAATGGAATAAAT 177039 CT009566.5 1101 TTAAAGAATGCTAGTCAGATCTCTTGGATTTCTACATTTTCCTGGGAAGT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177040 TTAAAGAATGCTAGTCAGATCTCTTGGATTTCTACATTTTCCTGGGAAGT 177089 CT009566.5 1151 AAGAAATCTGACGTTTCTGGGCATTGCTGTTAACTTGCTATGGTAACTGT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177090 AAGAAATCTGACGTTTCTGGGCATTGCTGTTAACTTGCTATGGTAACTGT 177139 CT009566.5 1201 TGTATATGCATTATTTAATTTAATCTTGACAAGAACTTACGGAGTATAAT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177140 TGTATATGCATTATTTAATTTAATCTTGACAAGAACTTACGGAGTATAAT 177189 CT009566.5 1251 CTTTGCATTTAGCTTACATTTTGAAGGCCTCCAATGTGTTAAACACTGTT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177190 CTTTGCATTTAGCTTACATTTTGAAGGCCTCCAATGTGTTAAACACTGTT 177239 CT009566.5 1301 CAGATATCTTGGAAAGAGCAAGTCATGTCCTCCTCCAATTTATCTCTATA 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177240 CAGATATCTTGGAAAGAGCAAGTCATGTCCTCCTCCAATTTATCTCTATA 177289 CT009566.5 1351 TGAGGAAACCGAGGCAGAGATTAAGTAGGCTTTTCAGGTGTCCCTATCTT 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177290 TGAGGAAACCGAGGCAGAGATTAAGTAGGCTTTTCAGGTGTCCCTATCTT 177339 CT009566.5 1401 GTGCCTGGAACATAATAGGTGGTCAATAAATGTTGAAAGTGTAGGAGTTC 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177340 GTGCCTGGAACATAATAGGTGGTCAATAAATGTTGAAAGTGTAGGAGTTC 177389 CT009566.5 1451 CATCATGGCTCAGCGGTTAACAAATCCGACTAGTATCCATGAGGACGTGG 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177390 CATCATGGCTCAGCGGTTAACAAATCCGACTAGTATCCATGAGGACGTGG 177439 CT009566.5 1501 GTTTGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTCAGGATCCGGCCTTGCTGTGA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177440 GTTTGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTCAGGATCCGGCCTTGCTGTGA 177489 CT009566.5 1551 GCTGTGGTGCAGGCTGCAGACAGGGCTCGGATCCCGCATTGCTGTGGCTG 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177490 GCTGTGGTGCAGGCTGCAGACAGGGCTCGGATCCCGCATTGCTGTGGCTG 177539 CT009566.5 1601 TGGCGTAGGCCAGCGGCTTCAGCTCCAATTGGACCTCTAGCCTGGGAACC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177540 TGGCGTAGGCCAGCGGCTTCAGCTCCAATTGGACCTCTAGCCTGGGAACC 177589 CT009566.5 1651 TCCACATGCCACGGGTGCGGGCTTAAAAAAGACAGAAAAAAAAAAAAGTG 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177590 TCCACATGCCACGGGTGCGGGCTTAAAAAAGACAGAAAAAAAAAAAAGTG 177639 CT009566.5 1701 TTGAATGTATTAAACAGAATCAGGCCTGATCCAGGTCTGCCTGTTTCCAC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177640 TTGAATGTATTAAACAGAATCAGGCCTGATCCAGGTCTGCCTGTTTCCAC 177689 CT009566.5 1751 AGCCAGGCTTTGTTCTGGGCTATCTCTCCCTTTCTCCTCCCCCCACCCCA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177690 AGCCAGGCTTTGTTCTGGGCTATCTCTCCCTTTCTCCTCCCCCCACCCCA 177739 CT009566.5 1801 CAGGGTGTATGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177740 CAGGGTGTATGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA 177789 CT009566.5 1851 GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGCTACCCAGCCA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177790 GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGCTACCCAGCCA 177839 CT009566.5 1901 TAAGAAAGAAGGAAATCCTGCCATTTGCAAGAACATGGGTGAATCTTCAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177840 TAAGAAAGAAGGAAATCCTGCCATTTGCAAGAACATGGGTGAATCTTCAA 177889 CT009566.5 1951 GGCATTATGCTAAGTGAAATAAGACAGAGAAACACAAACACTGTATGATC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR974458.2 177890 GGCATTATGCTAAGTGAAATAAGACAGAGAAACACAAACACTGTATGATC 177939
Overview
- Query
- CT009566.5 - 75808 bps
- Hit
- CR974458.2 - 177939 bps
- Total alignments
- 20
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1984 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 175940 | 177939 | 1 |
| 2 | 83.74 | 273 | 645 | 26954 | 27598 | 1 | 67836 | 68493 | 1 |
| 3 | 87.04 | 246 | 456 | 14616 | 15071 | 1 | 68528 | 68990 | 1 |
| 4 | 79.76 | 277 | 996 | 36724 | 37719 | -1 | 69274 | 70261 | 1 |
| 5 | 81.74 | 327 | 942 | 15076 | 16017 | 1 | 69274 | 70215 | 1 |
| 6 | 80.97 | 319 | 985 | 28098 | 29082 | 1 | 69274 | 70261 | 1 |
| 7 | 84.6 | 283 | 661 | 39073 | 39733 | 1 | 69379 | 70040 | 1 |
| 8 | 84.14 | 240 | 578 | 35404 | 35981 | 1 | 70523 | 71102 | 1 |
| 9 | 86.41 | 218 | 440 | 29827 | 30266 | -1 | 70656 | 71104 | 1 |
| 10 | 80.96 | 468 | 1335 | 52274 | 53608 | 1 | 78238 | 79581 | 1 |
| 11 | 84.36 | 253 | 591 | 22466 | 23056 | -1 | 78806 | 79406 | 1 |
| 12 | 84 | 492 | 1199 | 53952 | 55150 | 1 | 79588 | 80812 | 1 |
| 13 | 82.6 | 462 | 1143 | 19137 | 20279 | -1 | 81078 | 82215 | 1 |
| 14 | 93.33 | 214 | 270 | 56805 | 57074 | -1 | 101160 | 101429 | 1 |
| 15 | 91.82 | 200 | 270 | 17446 | 17715 | 1 | 101160 | 101428 | 1 |
| 16 | 84.42 | 934 | 2075 | 26954 | 29028 | 1 | 119043 | 121140 | 1 |
| 17 | 82.29 | 693 | 1847 | 36778 | 38624 | -1 | 119277 | 121140 | 1 |
| 18 | 84.26 | 631 | 1397 | 14616 | 16012 | 1 | 119731 | 121140 | 1 |
| 19 | 89.3 | 260 | 423 | 38633 | 39055 | 1 | 119917 | 120346 | 1 |
| 20 | 91.14 | 438 | 658 | 39077 | 39734 | 1 | 120307 | 120972 | 1 |
