<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1982 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

C  CR974432.6	159182	AAGCTTTCTGAATTGTTGGCACCCATCTCCGAGCAGATCCAAGAAGTAAT	159133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82445	AAGCTTTCTGAATTGTTGGCACCCATCTCCGAGCAGATCCAAGAAGTAAT	82494

C  CR974432.6	159132	AACCTTTCGGGAGAAGAACCGAGGCAGCAAGTTGTTCAATCACCTGTCAG	159083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82495	AACCTTTCGGGAGAAGAACCGAGGCAGCAAGTTGTTCAATCACCTGTCAG	82544

C  CR974432.6	159082	CTGTCAGTGAAAGCATCCAGGCCCTGGGTTGGGTGGCTATGGTGAGCAGC	159033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82545	CTGTCAGTGAAAGCATCCAGGCCCTGGGTTGGGTGGCTATGGTGAGCAGC	82594

C  CR974432.6	159032	ACCGTTTCCAGGGGAGGGAAGGGGCAGAATGAAGGAGGTAAGGAGATGTG	158983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82595	ACCGTTTCCAGGGGAGGGAAGGGGCAGAATGAAGGAGGTAAGGAGATGTG	82644

C  CR974432.6	158982	GCTGGAGAAGCGCTGAGTCACTGACAGCTTCTCTTTTTCTAGGCTCCCAA	158933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82645	GCTGGAGAAGCGCTGAGTCACTGACAGCTTCTCTTTTTCTAGGCTCCCAA	82694

C  CR974432.6	158932	GCCTGGTCCCTATGTGAAGGAAATGAATGATGCTGCCATGTTTTATACAA	158883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82695	GCCTGGTCCCTATGTGAAGGAAATGAATGATGCTGCCATGTTTTATACAA	82744

C  CR974432.6	158882	ACCGAGTCCTCAAGGAGTACAAAGATGTGTAAGTCTAGCCTGTCCTCGGG	158833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82745	ACCGAGTCCTCAAGGAGTACAAAGATGTGTAAGTCTAGCCTGTCCTCGGG	82794

C  CR974432.6	158832	GGTAAAGGACAAACCTAGCTGGTTATTTACTGGAGTAGTGCTTTTGGTTA	158783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82795	GGTAAAGGACAAACCTAGCTGGTTATTTACTGGAGTAGTGCTTTTGGTTA	82844

C  CR974432.6	158782	AATTAAGGCTGCCTTTGGCTGCCATGTTGGTTTTCTTATCTCAGGGCTGC	158733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82845	AATTAAGGCTGCCTTTGGCTGCCATGTTGGTTTTCTTATCTCAGGGCTGC	82894

C  CR974432.6	158732	TTTTTGGAAAGTTTGATAGATATTGGCTCATAGAAGCTGTATTTGGAAGT	158683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82895	TTTTTGGAAAGTTTGATAGATATTGGCTCATAGAAGCTGTATTTGGAAGT	82944

C  CR974432.6	158682	TCCCATCGTGGCTCAGCAGAAATGAATCTAACTAGCATCCATGAGGACGC	158633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82945	TCCCATCGTGGCTCAGCAGAAATGAATCTAACTAGCATCCATGAGGACGC	82994

C  CR974432.6	158632	AGGTTCCATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCCGACATTACCAT	158583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	82995	AGGTTCCATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCCGACATTACCAT	83044

C  CR974432.6	158582	GAGCTGTGGCATAGGTCGCAGGTGCAGCTCGGATCTGATGTTGCTGTGGC	158533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83045	GAGCTGTGGCATAGGTCGCAGGTGCAGCTCGGATCTGATGTTGCTGTGGC	83094

C  CR974432.6	158532	TGTGGTGCAGCTCCAATTTGCCACCTAGCCTGGGAACCTCCATGTGCCAC	158483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83095	TGTGGTGCAGCTCCAATTTGCCACCTAGCCTGGGAACCTCCATGTGCCAC	83144

C  CR974432.6	158482	GGGTGCGGCCCTAAAATAAAATTTTTTAAAAAGACCAAAAAGTTCCCATC	158433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83145	GGGTGCGGCCCTAAAATAAAATTTTTTAAAAAGACCAAAAAGTTCCCATC	83194

C  CR974432.6	158432	ATGGCGCAGTGGTTAACGAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGCGGGTTC	158383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83195	ATGGCGCAGTGGTTAACGAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGCGGGTTC	83244

C  CR974432.6	158382	GGTCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAACGATCCAGCGTTGCCGTGAGCTG	158333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83245	GGTCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAACGATCCAGCGTTGCCGTGAGCTG	83294

C  CR974432.6	158332	TGTGGTGTAGGTTGCAGACTCGGCTCGGATCCCGAGTTGCTGTGGCTGTG	158283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83295	TGTGGTGTAGGTTGCAGACTCGGCTCGGATCCCGAGTTGCTGTGGCTGTG	83344

C  CR974432.6	158282	GTATAGGCTGGCGGCTACAGCTCCGATTGGACCCCTAGCCTGGGAACCTC	158233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83345	GTATAGGCTGGCGGCTACAGCTCCGATTGGACCCCTAGCCTGGGAACCTC	83394

C  CR974432.6	158232	CATATGTCGGGGGAGCAGCCCAAAGAAATAGCAAAAAGAC----------	158193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
  CR974452.4	83395	CATATGTCGGGGGAGCAGCCCAAAGAAATAGCAAAAAGACAAAAAAAAAA	83444

C  CR974432.6	158192	--------AAAAAAAAAAAGACCCCCCCCCAAAGAAAAAAAGACGGAAGC	158151
			        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83445	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCCCCCCCCAAAGAAAAAAAGACGGAAGC	83494

C  CR974432.6	158150	TGAATTTGCAAGAAGGAAGTGTTTCTGCTTCCTCTTCTGCTTTTTCTTCA	158101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83495	TGAATTTGCAAGAAGGAAGTGTTTCTGCTTCCTCTTCTGCTTTTTCTTCA	83544

C  CR974432.6	158100	GGGTTTGTAAAGACATTTTGAGTCTTCTAATCCTTATCCTTCCAGGTTTA	158051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83545	GGGTTTGTAAAGACATTTTGAGTCTTCTAATCCTTATCCTTCCAGGTTTA	83594

C  CR974432.6	158050	GGAGGTTTTGCTGGAGGTAATAATAGACTAATACCCTTTTATTTGCCTAT	158001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  CR974452.4	83595	GGAGGTTTTGCTGGAGGTAATAATAGACTAATACCCTTTTACTTGCCTAT	83644

C  CR974432.6	158000	GTAGACAAGATTTTGTTTCTTTGTTGAAAACTTCTAACTGGCACAGTGGC	157951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83645	GTAGACAAGATTTTGTTTCTTTGTTGAAAACTTCTAACTGGCACAGTGGC	83694

C  CR974432.6	157950	AGAAGTTTCAATAAAATTTACTAGAAAATAACCCTGACTATTCATGTGGT	157901
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83695	AGAAGGTTCAATAAAATTTACTAGAAAATAACCCTGACTATTCATGTGGT	83744

C  CR974432.6	157900	CAGATAAAGTGAGAGGAGGGCTGCTGACCAATGTGGGTATTGCATAAGGG	157851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83745	CAGATAAAGTGAGAGGAGGGCTGCTGACCAATGTGGGTATTGCATAAGGG	83794

C  CR974432.6	157850	GAGTCACTGTATATCCAACCACAAATGTCCACCAGTGCTGACTTCTCCAT	157801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83795	GAGTCACTGTATATCCAACCACAAATGTCCACCAGTGCTGACTTCTCCAT	83844

C  CR974432.6	157800	GGCTGGTTTTGAGCGTGAGTGACTGTAGGCAGCTGTTACTCAGCTGCGTA	157751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83845	GGCTGGTTTTGAGCGTGAGTGACTGTAGGCAGCTGTTACTCAGCTGCGTA	83894

C  CR974432.6	157750	ACTGTCCAAACCCTTCTTTTCTTCCGTCCGTCATTAGTTAACTCACGTCT	157701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83895	ACTGTCCAAACCCTTCTTTTCTTCCGTCCGTCATTAGTTAACTCACGTCT	83944

C  CR974432.6	157700	GTTGAGTAACTGCTTTGTGAAGGAATAAGCCTTCATGTGGGTGAAATATG	157651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83945	GTTGAGTAACTGCTTTGTGAAGGAATAAGCCTTCATGTGGGTGAAATATG	83994

C  CR974432.6	157650	TCCCAGAACACCGGGCAGCTCCCTGAATTCTTCTAGCAACCTGGAATTAA	157601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83995	TCCCAGAACACCGGGCAGCTCCCTGAATTCTTCTAGCAACCTGGAATTAA	84044

C  CR974432.6	157600	GCATCACAGTGTTTTGTTATACCTCACCATTGTACTCCACAATTTACAGT	157551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84045	GCATCACAGTGTTTTGTTATACCTCACCATTGTACTCCACAATTTACAGT	84094

C  CR974432.6	157550	TGAGGAAATTAGGTTTTATGTTAAATAGTCATAAGGAGAGAGGAGACTTG	157501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84095	TGAGGAAATTAGGTTTTATGTTAAATAGTCATAAGGAGAGAGGAGACTTG	84144

C  CR974432.6	157500	AACTAGAGTGCAGTGCTATTTCTGTAAATTAATATGATTATTTCCTCCTA	157451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84145	AACTAGAGTGCAGTGCTATTTCTGTAAATTAATATGATTATTTCCTCCTA	84194

C  CR974432.6	157450	AAGGGAAGTTTTTTATTTTTTTGTTATTTTGGGGGAGGGCATATTTTGAC	157401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84195	AAGGGAAGTTTTTTATTTTTTTGTTATTTTGGGGGAGGGCATATTTTGAC	84244

C  CR974432.6	157400	ATAAGGCACTTGAGTTGTGTGAGGTCCTGGCAATCCACAGTGATGCTCGA	157351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84245	ATAAGGCACTTGAGTTGTGTGAGGTCCTGGCAATCCACAGTGATGCTCGA	84294

C  CR974432.6	157350	GAGATCTCTCTACCATGGCTTCATACACAGAATGTTTGCTTTTAGCAGTT	157301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84295	GAGATCTCTCTACCATGGCTTCATACACAGAATGTTTGCTTTTAGCAGTT	84344

C  CR974432.6	157300	TTAGATATTAGGTTCTGCCTAAGGTCTAGTTTGGAAAAACAGTTTTGCTA	157251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84345	TTAGATATTAGGTTCTGCCTAAGGTCTAGTTTGGAAAAACAGTTTTGCTA	84394

C  CR974432.6	157250	CTTTTAAAAAGTTCAAGGAATCCTGCTATGAGAGATAAAGATATAATCTG	157201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	84395	CTTTTAAAAAGTTCAAGGAATCCTGCTATGAGAGATAAAGATATAATCTG	84444

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

C  CR974432.6	158232	CATATGTCGGGGGAGCAGCCCAAAGAAATAGCAAAAAGAC----------	158193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
  CR974452.4	83395	CATATGTCGGGGGAGCAGCCCAAAGAAATAGCAAAAAGACAAAAAAAAAA	83444

C  CR974432.6	158192	--------AAAAAAAAAAAGACCCCCCCCCAAAGAAAAAAAGACGGAAGC	158151
			        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83445	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCCCCCCCCAAAGAAAAAAAGACGGAAGC	83494

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CR974432.6	158050	GGAGGTTTTGCTGGAGGTAATAATAGACTAATACCCTTTTATTTGCCTAT	158001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  CR974452.4	83595	GGAGGTTTTGCTGGAGGTAATAATAGACTAATACCCTTTTACTTGCCTAT	83644

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR974432.6	157950	AGAAGTTTCAATAAAATTTACTAGAAAATAACCCTGACTATTCATGTGGT	157901
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974452.4	83695	AGAAGGTTCAATAAAATTTACTAGAAAATAACCCTGACTATTCATGTGGT	83744

skip 700 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR974432.6 - 159182 bps
Hit
CR974452.4 - 84444 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1982 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
19919101982157201159182-182445844441
293.77242310101208101517112758130621
391.1129142273197740-112759131741
494.33241297136455136751112761130601
595.66255298103719104016-112764130621
697.312692972107421370112765130621
796.94261292122069122360112769130621
894.52382893017830466-112772130621
995.78243282121009121290112780130631
1094.68236282117934118215-112781130621
1183.13258563140735141297112790133401
1295.8424828974347722-135395356831
1395.84249290122071122360135396356831
1496.5253287136465136751135396356811
1595.522492903017630465-135396356851
1695.14243291103719104009-135396356831
1796.18252289101230101518135397356841
1895.04238282117934118215-135402356831
1983.82242504101226101729138224387301
2094.12236292122069122360138225385131
2194.79240287117922118208166941672281
2295.34235282122082122363-166950672281
2395.67237281103718103998166952672281
2496.28235270101248101517-166953672211
2595.97236275136477136751-166955672271
2694.832422903017730466179211795001
2794.65244297101222101518-179211795091
2894.2624129674347729179212795071
2994.59244296103719104014179212795071
3096.42246279117934118212179212794901
3193.922382962107521370-179212795071
3295.21246292122069122360-179212795031
3395.58248292136460136751-179214795071
Short-link