<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956380.6	1	AGCCAACAGCCCCCACACTCCAGCCGCCCTCGCAGGCCTGGGAGTGGCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	55886	AGCCAACAGCCCCCACACTCCAGCCGCCCTCGCAGGCCTGGGAGTGGCAG	55935

CR956380.6	51	GATCCGGCCCCGCAGGGCTCTCCTGAGCCATGTGATCAGATTTCCTCGTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	55936	GATCCGGCCCCGCAGGGCTCTCCTGAGCCATGTGATCAGATTTCCTCGTC	55985

CR956380.6	101	TGGTTCACTTGCTGCACTCCGATCCTTCCCAGCAATCTGATCTCCATGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	55986	TGGTTCACTTGCTGCACTCCGATCCTTCCCAGCAATCTGATCTCCATGCT	56035

CR956380.6	151	TCTTGTCCTAACCTCCTTGCAGGGACCGTGCCCAGCTTGCTTGCTCACCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56036	TCTTGTCCTAACCTCCTTGCAGGGACCGTGCCCAGCTTGCTTGCTCACCC	56085

CR956380.6	201	AGCACCAGGGACAGTGCCAGGCATCTGGAAGGAGCCTGATGATTGCAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56086	AGCACCAGGGACAGTGCCAGGCATCTGGAAGGAGCCTGATGATTGCAGAG	56135

CR956380.6	251	TCCGTGGGGGCATCTCTGCTGGGTTCTTTGTCTGCTGCTCTCTCTTGCGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56136	TCCGTGGGGGCATCTCTGCTGGGTTCTTTGTCTGCTGCTCTCTCTTGCGG	56185

CR956380.6	301	CCTTTCTGTTGGAGCCGCCTGCTCATGCAAGCTGAGTGGCAGGATGCCGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56186	CCTTTCTGTTGGAGCCGCCTGCTCATGCAAGCTGAGTGGCAGGATGCCGG	56235

CR956380.6	351	GCTTCCCTGCAGTCCTGGAAGGATGAGAGAAAACCGCCAGCTCCGCTGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56236	GCTTCCCTGCAGTCCTGGAAGGATGAGAGAAAACCGCCAGCTCCGCTGCA	56285

CR956380.6	401	GGCCGTGGCCAGAAGGCACATCCATCACTGTTTCAACCCCCGACCTCCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56286	GGCCGTGGCCAGAAGGCACATCCATCACTGTTTCAACCCCCGACCTCCCC	56335

CR956380.6	451	GGCTCTCTGCAGACTCCCTGTGCTGCTCCTAGGCTCTCCGCCCTTCTGCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56336	GGCTCTCTGCAGACTCCCTGTGCTGCTCCTAGGCTCTCCGCCCTTCTGCT	56385

CR956380.6	501	TGTCTGCAAGATGGGGCCACACGTGGGATGGCTCCTGTGCCTGCCCTCCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56386	TGTCTGCAAGATGGGGCCACACGTGGGATGGCTCCTGTGCCTGCCCTCCT	56435

CR956380.6	551	GTCAGAGCTTGGGGTGGAATCCCAGCTGTGTAACCTCAGGAAAAGCAGGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56436	GTCAGAGCTTGGGGTGGAATCCCAGCTGTGTAACCTCAGGAAAAGCAGGC	56485

CR956380.6	601	GATGTCTCTGGGCCTCAGTTTCCTCTTTTGCAAACGGGGCTCAGTGCAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56486	GATGTCTCTGGGCCTCAGTTTCCTCTTTTGCAAACGGGGCTCAGTGCAGT	56535

CR956380.6	651	CCTGCCTTCCTGGGCTGTGCTGAGCCTTGAGTAAGACCATGTGTGAAGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56536	CCTGCCTTCCTGGGCTGTGCTGAGCCTTGAGTAAGACCATGTGTGAAGAG	56585

CR956380.6	701	CATCTGTCTCCATCTGTGTCTTGATGACCTATCATCTCCAACAGGGGACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56586	CATCTGTCTCCATCTGTGTCTTGATGACCTATCATCTCCAACAGGGGACA	56635

CR956380.6	751	CACCATCCCCCCTTTGGTAATGGGAACACGGGGGACTTTCCTGTCCCTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56636	CACCATCCCCCCTTTGGTAATGGGAACACGGGGGACTTTCCTGTCCCTCA	56685

CR956380.6	801	GCCTCCTGAACTGTCCTCTTTCAGCCTTGAAACAGCCCTAAGGAGTAACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56686	GCCTCCTGAACTGTCCTCTTTCAGCCTTGAAACAGCCCTAAGGAGTAACT	56735

CR956380.6	851	GCTCTTATTTTCCTTGTTGACCCAGGAGGAAGATGAGCCCCCCCCTCCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56736	GCTCTTATTTTCCTTGTTGACCCAGGAGGAAGATGAGCCCCCCCCTCCAA	56785

CR956380.6	901	GGGACTTGCCCAAGGGCACTGGATTTGTTTTCCGTTGCTGCTGTGGCAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56786	GGGACTTGCCCAAGGGCACTGGATTTGTTTTCCGTTGCTGCTGTGGCAAA	56835

CR956380.6	951	TTGCCACACGTTTAGCAGCTGAAAGCTACACGCATTTGTCATCGCATCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56836	TTGCCACACGTTTAGCAGCTGAAAGCTACACGCATTTGTCATCGCATCAT	56885

CR956380.6	1001	CTGTTGGCATTTGCTCTGGGACTTGCCCCACCCGCCACACATGCCAAGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56886	CTGTTGGCATTTGCTCTGGGACTTGCCCCACCCGCCACACATGCCAAGGG	56935

CR956380.6	1051	CCATGGCCACCGGTGGGCTGGGTTCTCGCCTAGAGGCTCTGGGGGCGGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56936	CCATGGCCACCGGTGGGCTGGGTTCTCGCCTAGAGGCTCTGGGGGCGGTC	56985

CR956380.6	1101	CTGCTTCCAAGCTCATTTGGGCTGTTGCGGAATCCTGTCCTCGGGGCACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	56986	CTGCTTCCAAGCTCATTTGGGCTGTTGCGGAATCCTGTCCTCGGGGCACT	57035

CR956380.6	1151	GAGGTCCTGTTGTCTTATGCGCTGTGGGCTGAGGACCGTCTCGCTGAGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57036	GAGGTCCTGTTGTCTTATGCGCTGTGGGCTGAGGACCGTCTCGCTGAGGT	57085

CR956380.6	1201	CACCCACAGCCCCTGGCTCATGCCCCTCTAAGGTGGCTGAGGCCCGCTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57086	CACCCACAGCCCCTGGCTCATGCCCCTCTAAGGTGGCTGAGGCCCGCTCA	57135

CR956380.6	1251	TGCTCTCAGCCTCTTTCCCACCCCTTCTCCTTTCTCTCCTGTCCTCTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57136	TGCTCTCAGCCTCTTTCCCACCCCTTCTCCTTTCTCTCCTGTCCTCTTTT	57185

CR956380.6	1301	TGCTTTTAAGGGCTTTTTAAGTGATTGCATTGGCCTCACCTGGATAATCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57186	TGCTTTTAAGGGCTTTTTAAGTGATTGCATTGGCCTCACCTGGATAATCC	57235

CR956380.6	1351	AGAATACTGTCTCTTTGAAGTCTGTCGACTAGTAATTTTTTTTTTTTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57236	AGAATACTGTCTCTTTGAAGTCTGTCGACTAGTAATTTTTTTTTTTTTTT	57285

CR956380.6	1401	TAACAAGTGTGGTAACTGAATGCTTTTATTTTTTAACTACAAATTTGGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57286	TAACAAGTGTGGTAACTGAATGCTTTTATTTTTTAACTACAAATTTGGGG	57335

CR956380.6	1451	GCTGCACCCACAGCATGCAAAAATACCCAGGCCAGGGACTGAACCCTTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57336	GCTGCACCCACAGCATGCAAAAATACCCAGGCCAGGGACTGAACCCTTGC	57385

CR956380.6	1501	CAGAGCAGTGACAACGCAGGATCCTTAACCAACTAGGCCACCAAGGTCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57386	CAGAGCAGTGACAACGCAGGATCCTTAACCAACTAGGCCACCAAGGTCTG	57435

CR956380.6	1551	CCCTGTTGATCGGTAATCTTATGCAAAGTCCCTTTTGCAGCCTTCCTAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57436	CCCTGTTGATCGGTAATCTTATGCAAAGTCCCTTTTGCAGCCTTCCTAGA	57485

CR956380.6	1601	CTGACGTTTAACTGGATAACTAGGGGTCAGGGATCTTGTAGGAGGCTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57486	CTGACGTTTAACTGGATAACTAGGGGTCAGGGATCTTGTAGGAGGCTGTT	57535

CR956380.6	1651	GCTTTCGAATCCTGCCTTCCACAATCACCCAGGAAGGAAGGGGTGGCGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57536	GCTTTCGAATCCTGCCTTCCACAATCACCCAGGAAGGAAGGGGTGGCGTA	57585

CR956380.6	1701	GGATTCAAGCTCTGGCCTGGGACCCTGGAACCCATGCTGCCTTCTGTCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57586	GGATTCAAGCTCTGGCCTGGGACCCTGGAACCCATGCTGCCTTCTGTCAC	57635

CR956380.6	1751	CCAGAGTGTGTCTGTCCTCTCAAGTTCATGTTAAGAGCATGGCTACCCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57636	CCAGAGTGTGTCTGTCCTCTCAAGTTCATGTTAAGAGCATGGCTACCCAT	57685

CR956380.6	1801	TGCGGTAGATACTGTAGCTCCCTCTTGGTGCCGATCCCCAAACTCCCCCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57686	TGCGGTAGATACTGTAGCTCCCTCTTGGTGCCGATCCCCAAACTCCCCCC	57735

CR956380.6	1851	TCCTTCTCATAGGCCTTTGGCTTATTCTAGGATGAAGGGTTGGAGTTTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57736	TCCTTCTCATAGGCCTTTGGCTTATTCTAGGATGAAGGGTTGGAGTTTGG	57785

CR956380.6	1901	CCACATGCTTTTCTTCCCCGGTGGACTCCACACTCCCATGTGGAGGCAAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57786	CCACATGCTTTTCTTCCCCGGTGGACTCCACACTCCCATGTGGAGGCAAC	57835

CR956380.6	1951	CTGGCAGGGCCCTGCCTCCGCATCACATTTCAGCTCATCATAGCTGATC	1999
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974448.6	57836	CTGGCAGGGCCCTGCCTCCGCATCACATTTCAGCTCATCATAGCTGATC	57884

Overview

Query
CR956380.6 - 91578 bps
Hit
CR974448.6 - 57884 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001975199911999155886578841
279.48802383665936896113591138241
381.498722042914510-113609138241
480.19782132192522137-122592228081
581.339822592069430122592228161
676.77521926310563296-122593227901
783.12711541840418557122645227981
883651533994540097-123718238701
985.3342754679646870123727238011
1080.42872344844248675125218254571
1182.94811703496235131-125242254111
1278.17541754787848052134173343461
1391.55507143364406-138992390621
1493.922082645833058593139586398481
1593.872092613997340233-139588398481
1694.6519724348345076139588398301
1780.2691962446224657140489406901
1880681942188822081140491406901
1986.8716327542914565142962432351
2075.884517043384507151320514891
Short-link