<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956361.4	1	ATGGATCAGGACACCAAGATGAGTGAAGTGCTGTTTAAAACACATGGATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193517	ATGGATCAGGACACCAAGATGAGTGAAGTGCTGTTTAAAACACATGGATG	193566

CR956361.4	51	TCTCCTCTCCAGTGCTTTTCCTGCCACATCCTCTATCTTTTTCTGAAAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193567	TCTCCTCTCCAGTGCTTTTCCTGCCACATCCTCTATCTTTTTCTGAAAAC	193616

CR956361.4	101	AAAGACTCTGAATTATCTTTGCCCCTTATTATAACTTGAGTTTGTTCTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193617	AAAGACTCTGAATTATCTTTGCCCCTTATTATAACTTGAGTTTGTTCTGT	193666

CR956361.4	151	TCTTCCTCGGTCTGAGGTCAAAGCCATCGTCCTGGAAATTCCTTTATATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193667	TCTTCCTCGGTCTGAGGTCAAAGCCATCGTCCTGGAAATTCCTTTATATT	193716

CR956361.4	201	CTTGGTCCAAGGCTAAGCTTCGAGTGATACAAACCCAGAAATACAACTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193717	CTTGGTCCAAGGCTAAGCTTCGAGTGATACAAACCCAGAAATACAACTAA	193766

CR956361.4	251	TGCTTCTCTTTTCCCTGTTCAAGGCAATTGAAAGTTTTTCATAATCAAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193767	TGCTTCTCTTTTCCCTGTTCAAGGCAATTGAAAGTTTTTCATAATCAAGG	193816

CR956361.4	301	TGCTCATACAGGCTTCAGATATTTTCCCCAAGCAGAGGAACTGAGATGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193817	TGCTCATACAGGCTTCAGATATTTTCCCCAAGCAGAGGAACTGAGATGAA	193866

CR956361.4	351	ACCAAGTTTGGGAATCTCTGCAGGTCTAGGGACCCCACCCCAAAATGGGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193867	ACCAAGTTTGGGAATCTCTGCAGGTCTAGGGACCCCACCCCAAAATGGGC	193916

CR956361.4	401	TCCAGAGTCTGCTTATTATACAGATGAAAAGAATGAAGCACAAAGAAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193917	TCCAGAGTCTGCTTATTATACAGATGAAAAGAATGAAGCACAAAGAAGAA	193966

CR956361.4	451	AATGATTTTCTCAAAGCAGATGCAGTCTTTGATTCTCAATCCTTTACCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	193967	AATGATTTTCTCAAAGCAGATGCAGTCTTTGATTCTCAATCCTTTACCCC	194016

CR956361.4	501	AGACAACTTCAAGACAGAGAAAGGCACATGACATTTAAATCCGCCATAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194017	AGACAACTTCAAGACAGAGAAAGGCACATGACATTTAAATCCGCCATAAT	194066

CR956361.4	551	ACCCTGTCCCATGACGCCTAATGACCTGGCCACACTGGCAGTTTATATCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194067	ACCCTGTCCCATGACGCCTAATGACCTGGCCACACTGGCAGTTTATATCA	194116

CR956361.4	601	CCTTATCTCTAGAGTCACCACGTCCTTGGAGTTCCCGCTGTGGCGAAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194117	CCTTATCTCTAGAGTCACCACGTCCTTGGAGTTCCCGCTGTGGCGAAGTG	194166

CR956361.4	651	GGTTAAGAATTTGACTATAGGAATTCCCATTGCAGCTCAGTGGGTTAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194167	GGTTAAGAATTTGACTATAGGAATTCCCATTGCAGCTCAGTGGGTTAAGA	194216

CR956361.4	701	GCCCAACATAGTATCCGTGAGGATTTGGGTTCAACCCCTGGCCTCACTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194217	GCCCAACATAGTATCCGTGAGGATTTGGGTTCAACCCCTGGCCTCACTCA	194266

CR956361.4	751	GCGGGTTAAGGATCCACCATTGCCGTGAGCTGTGGTGTAGGTTACAGACG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194267	GCGGGTTAAGGATCCACCATTGCCGTGAGCTGTGGTGTAGGTTACAGACG	194316

CR956361.4	801	AAGCTCAGATCTGGTGTCGCTGTGACTGTGGCATCGGCCAGCAACTGCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194317	AAGCTCAGATCTGGTGTCGCTGTGACTGTGGCATCGGCCAGCAACTGCCA	194366

CR956361.4	851	CTCAGATTCAACCCTTAGCATGAGAACTTCCATATGCTGAAGGTGCAGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194367	CTCAGATTCAACCCTTAGCATGAGAACTTCCATATGCTGAAGGTGCAGCC	194416

CR956361.4	901	CTAAAAAGACAATAAAAAGAATGTGACTGCAGTGGCTGGGGTCACTGCGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194417	CTAAAAAGACAATAAAAAGAATGTGACTGCAGTGGCTGGGGTCACTGCGG	194466

CR956361.4	951	ATGTGCGGTTTCAATCCCCAGCCCTGCACAGTGGATTAAGAACGCCGTGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194467	ATGTGCGGTTTCAATCCCCAGCCCTGCACAGTGGATTAAGAACGCCGTGG	194516

CR956361.4	1001	TCTCAGCCATGGCTTGGATTCGATCCCTGGCCTGAGAACGTCCATATGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194517	TCTCAGCCATGGCTTGGATTCGATCCCTGGCCTGAGAACGTCCATATGCT	194566

CR956361.4	1051	GCTGCCGGTGTAGCCGTTAAAAAAAAAAATAGAGTTACCGTGTTCTTATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194567	GCTGCCGGTGTAGCCGTTAAAAAAAAAAATAGAGTTACCGTGTTCTTATA	194616

CR956361.4	1101	GTCTCCTCCTACTATAGTAGATTTCAGTATACTTTTAAAAATAGAAAGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194617	GTCTCCTCCTACTATAGTAGATTTCAGTATACTTTTAAAAATAGAAAGAG	194666

CR956361.4	1151	GAGTGGTGTCAGGAAGTGGATTCACTGTTAATGGTGAAGCCTCAAATTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194667	GAGTGGTGTCAGGAAGTGGATTCACTGTTAATGGTGAAGCCTCAAATTCA	194716

CR956361.4	1201	GAAACATTAAGGGGAATTATTCCAATGAGAGAAATAGAGCCCTGATACCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194717	GAAACATTAAGGGGAATTATTCCAATGAGAGAAATAGAGCCCTGATACCA	194766

CR956361.4	1251	TTTCTAATCTATCAACCACAGTATTACTTGGGCAAGTCGTTGCCAAAAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194767	TTTCTAATCTATCAACCACAGTATTACTTGGGCAAGTCGTTGCCAAAAGG	194816

CR956361.4	1301	TAGCAGCTCCAATAATTTAGTTTGAATCTAGGCTCCATCACTTATTAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194817	TAGCAGCTCCAATAATTTAGTTTGAATCTAGGCTCCATCACTTATTAACT	194866

CR956361.4	1351	GTGTGACCTTGAGCAAGATTTAACTAGTCCAAGCCCCAGTTTACTTGCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194867	GTGTGACCTTGAGCAAGATTTAACTAGTCCAAGCCCCAGTTTACTTGCCT	194916

CR956361.4	1401	GTCAAGTGGAGACAGCAATAGCATCTACTTCCTAAGGCTCTGGTGAAGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194917	GTCAAGTGGAGACAGCAATAGCATCTACTTCCTAAGGCTCTGGTGAAGCT	194966

CR956361.4	1451	TAAATGTTATAATTAGATCCATGCCTGACACACTGAAAACATTAAGTAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	194967	TAAATGTTATAATTAGATCCATGCCTGACACACTGAAAACATTAAGTAAA	195016

CR956361.4	1501	TGTTGGCTGTAATTATCACGTGACCTATTTGAACAGCAGTCAACTCTGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195017	TGTTGGCTGTAATTATCACGTGACCTATTTGAACAGCAGTCAACTCTGGA	195066

CR956361.4	1551	TTGTCCACCGTAGAATTTAATGGCCTCTTACATATATATTAAAGGATTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195067	TTGTCCACCGTAGAATTTAATGGCCTCTTACATATATATTAAAGGATTGG	195116

CR956361.4	1601	CTATGAAATTATACAAAATGTCAAACCTAATTCTTGTTCTTTCCTTTCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195117	CTATGAAATTATACAAAATGTCAAACCTAATTCTTGTTCTTTCCTTTCTA	195166

CR956361.4	1651	GACAGGCAAGCAAGAGAAAAAAAAAATATAGCCATGAAAGGGCTTCTTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195167	GACAGGCAAGCAAGAGAAAAAAAAAATATAGCCATGAAAGGGCTTCTTAG	195216

CR956361.4	1701	ATGGATGGGGATGGGACTGTTTCTCCAACCTCTTTCCACCACAGTCCCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195217	ATGGATGGGGATGGGACTGTTTCTCCAACCTCTTTCCACCACAGTCCCAT	195266

CR956361.4	1751	CATGGCAATCCTCTTCCTTAGATGTCTTGTTCACACAAAATCTATAACTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195267	CATGGCAATCCTCTTCCTTAGATGTCTTGTTCACACAAAATCTATAACTT	195316

CR956361.4	1801	CACCCTTTCCCTTCCAATCAGAAGAGTGTTCATACTTTCATCTTGACAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195317	CACCCTTTCCCTTCCAATCAGAAGAGTGTTCATACTTTCATCTTGACAAA	195366

CR956361.4	1851	TATTTATTGAGAATTCACCATATTCCGAGTATTCTGCTATGCAAGGGGAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195367	TATTTATTGAGAATTCACCATATTCCGAGTATTCTGCTATGCAAGGGGAC	195416

CR956361.4	1901	ACCAATAGTGAATAAGTAAGCTCTCATGGCTCTTACATGTAGAGGAAAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195417	ACCAATAGTGAATAAGTAAGCTCTCATGGCTCTTACATGTAGAGGAAAGG	195466

CR956361.4	1951	AGGCAGGCAACTAGCAAATGAACAAAAATACACAAGACCATTTCTAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974445.7	195467	AGGCAGGCAACTAGCAAATGAACAAAAATACACAAGACCATTTCTAGATC	195516

Overview

Query
CR956361.4 - 122522 bps
Hit
CR974445.7 - 195516 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198220001200011935171955161
289.091772674083141097-145127453921
383.8913126377838045145127453931
493.942152641594516208145127453901
586.261172102999530204145127453371
691.191892608810888367145127453871
790.22184266106048106313145127453921
887.411602644083541098161162614231
986.971572618810788367-161163614231
1087.76145237106047106283-161187614231
1190.71190268106046106313-11036641039321
1288.81173268408314109811036641039311
1392.512052671594216208-11036671039331
1490.081802618810788367-11036701039311
1591.3116122911860611883411037021039311
1685.441122116942569635-11037151039271
1785.72117216579015811611037151039311
1887.12169291118556118846-11538791541731
1987.271602694083241100-11538891541551
2091.26190263881068836811538901541521
2184.531342627782804311538911541551
2293.03212273159441621611538911541631
2388.8117727710604710632311538911541671
2487.361141916290063090-11539171541061
Short-link