<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463836.8	1	CTGTGGGGTCTGAACTCAGTCAGAGAAGATGCACTTGACCCTCAAGAGAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178396	CTGTGGGGTCTGAACTCAGTCAGAGAAGATGCACTTGACCCTCAAGAGAC	178445

CU463836.8	51	TAGAGGCGCCAGCGAATTTGGAGGTCTGGTGGGGTCATAGTTGAGGGGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178446	TAGAGGCGCCAGCGAATTTGGAGGTCTGGTGGGGTCATAGTTGAGGGGTG	178495

CU463836.8	101	GGGACATCTTCATGGAGACAGGGGGTGGGGAGGAGGTATGGAATGTGAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178496	GGGACATCTTCATGGAGACAGGGGGTGGGGAGGAGGTATGGAATGTGAAA	178545

CU463836.8	151	CAGATGGAGGGTGGACTGGGAGGGGAATAAAATCTGGAGAAGCAAGCAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178546	CAGATGGAGGGTGGACTGGGAGGGGAATAAAATCTGGAGAAGCAAGCAAG	178595

CU463836.8	201	CAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGAAAAGAAAGAAAGAGAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178596	CAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGAAAAGAAAGAAAGAGAGA	178645

CU463836.8	251	GGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178646	GGGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	178695

CU463836.8	301	GGAAGGAAGGAAGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAAGGAGGAAAGAAGGAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178696	GGAAGGAAGGAAGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAAGGAGGAAAGAAGGAAAG	178745

CU463836.8	351	AAGGAAGGAAGAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178746	AAGGAAGGAAGAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAAGA	178795

CU463836.8	401	AGGAAGAGAGGAGAAGGAAGAGAAGAGAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178796	AGGAAGAGAGGAGAAGGAAGAGAAGAGAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGAAT	178845

CU463836.8	451	TAATGAACTCCAAGTCTAAAGTCTCTTAGTTAAAGAGAAAGAGCTCAAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178846	TAATGAACTCCAAGTCTAAAGTCTCTTAGTTAAAGAGAAAGAGCTCAAGA	178895

CU463836.8	501	AATTGTCTCTTTTCCTAATCCTCTGCTGCTATCAGCAGGAGGTAATTGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178896	AATTGTCTCTTTTCCTAATCCTCTGCTGCTATCAGCAGGAGGTAATTGCC	178945

CU463836.8	551	AGAAGCCATCTGTTTGGCCCCCAGAACAGTAAGAGAAAGTTAATAGCCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178946	AGAAGCCATCTGTTTGGCCCCCAGAACAGTAAGAGAAAGTTAATAGCCAG	178995

CU463836.8	601	GGGTCATTAGCCTCTGGTCCACCTATCTAAGCCCCACTTCAGTACCTGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	178996	GGGTCATTAGCCTCTGGTCCACCTATCTAAGCCCCACTTCAGTACCTGAA	179045

CU463836.8	651	TGGAGGGGCGGGACCCCTACAAATACCTATCACAGAATGAAGAAAGTCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179046	TGGAGGGGCGGGACCCCTACAAATACCTATCACAGAATGAAGAAAGTCTA	179095

CU463836.8	701	TAAAATGGAAATCCATTACCAACTTTATATTAGACAGAGAATGATACAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179096	TAAAATGGAAATCCATTACCAACTTTATATTAGACAGAGAATGATACAAA	179145

CU463836.8	751	GCATATATAACATTAACCTTCTAATTGTGCAATCAAGGATCAAGTTAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179146	GCATATATAACATTAACCTTCTAATTGTGCAATCAAGGATCAAGTTAGTG	179195

CU463836.8	801	AGCTGAACAGGAAGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACATAAAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179196	AGCTGAACAGGAAGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACATAAAATA	179245

CU463836.8	851	CTTACACCCAACCATTGGATTGAAGTCAGGGAGCCCTGTGGTTGAATTAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179246	CTTACACCCAACCATTGGATTGAAGTCAGGGAGCCCTGTGGTTGAATTAG	179295

CU463836.8	901	GGGAATGACTGAAGAAGCAGAAAGGGGTAGGGAAACCCACAGGGAGCTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179296	GGGAATGACTGAAGAAGCAGAAAGGGGTAGGGAAACCCACAGGGAGCTGA	179345

CU463836.8	951	TTACTGAGACTGAGCCATCCACCAGGAGCATAGGGTAGGTCAGAAGACCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179346	TTACTGAGACTGAGCCATCCACCAGGAGCATAGGGTAGGTCAGAAGACCC	179395

CU463836.8	1001	TGGCACATATGTCAAAGAGGTCTGCCTGTTCTGGTCTCAGTGGGAGAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179396	TGGCACATATGTCAAAGAGGTCTGCCTGTTCTGGTCTCAGTGGGAGAAGA	179445

CU463836.8	1051	TGCTCTTAATCCTTGAGAGAGAGACTTGACACCCCAGGAAAGTGGGATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179446	TGCTCTTAATCCTTGAGAGAGAGACTTGACACCCCAGGAAAGTGGGATTT	179495

CU463836.8	1101	CTGATGAGGGTCCTGTACCCTCTCAGAGGCAAGTGGGGGAGGAGTGGGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179496	CTGATGAGGGTCCTGTACCCTCTCAGAGGCAAGTGGGGGAGGAGTGGGAT	179545

CU463836.8	1151	GAGGAAATGTGGGAGGGAGGACAGACAGGGGTGGGGCAATGACTGGATTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179546	GAGGAAATGTGGGAGGGAGGACAGACAGGGGTGGGGCAATGACTGGATTG	179595

CU463836.8	1201	TAAATAAATAAAATAGTTTAAATTAAAAAAAGAGAGAGAGAGACATGGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179596	TAAATAAATAAAATAGTTTAAATTAAAAAAAGAGAGAGAGAGACATGGAT	179645

CU463836.8	1251	ACATAGCCAACAGTGATCACCTTTGTTAAGTAAATGTCTCCACGTGACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179646	ACATAGCCAACAGTGATCACCTTTGTTAAGTAAATGTCTCCACGTGACAA	179695

CU463836.8	1301	AAGGTTTCCTACTTGTTACCAGACATTTTTAAAACACCCTCATTCATACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179696	AAGGTTTCCTACTTGTTACCAGACATTTTTAAAACACCCTCATTCATACT	179745

CU463836.8	1351	TTTTTATTAAAAATTTTTCTTTAGTTTAAAAAAATAGTGGCCAATGATAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179746	TTTTTATTAAAAATTTTTCTTTAGTTTAAAAAAATAGTGGCCAATGATAG	179795

CU463836.8	1401	TTGAAACAGAGTTTCACATCTGTATCCTGGTAAAGAATTGTTTTGTGATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179796	TTGAAACAGAGTTTCACATCTGTATCCTGGTAAAGAATTGTTTTGTGATT	179845

CU463836.8	1451	CTATTTTGCCCCAGTCAGAATAGCTATCAAAAAACATATGACAACCGATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179846	CTATTTTGCCCCAGTCAGAATAGCTATCAAAAAACATATGACAACCGATG	179895

CU463836.8	1501	TTATGATGCTATTGTAAAATGGTACAGACAATATGGAAATTGTTATGGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179896	TTATGATGCTATTGTAAAATGGTACAGACAATATGGAAATTGTTATGGAA	179945

CU463836.8	1551	CATTCTCAAAAACTAAAATTAGACCTACTCTATGACTCAAGCATAAATCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179946	CATTCTCAAAAACTAAAATTAGACCTACTCTATGACTCAAGCATAAATCT	179995

CU463836.8	1601	CTTAGGCACATGTTAGAAGAGTTTAAGGTAACATACAAGATAATTCCATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	179996	CTTAGGCACATGTTAGAAGAGTTTAAGGTAACATACAAGATAATTCCATG	180045

CU463836.8	1651	TTTTGTTTGTTTTTTGCTACACTTTTAAAAATAGCTATAAAATAGAGCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180046	TTTTGTTTGTTTTTTGCTACACTTTTAAAAATAGCTATAAAATAGAGCCA	180095

CU463836.8	1701	GTTTAGATTCCACCAATAGATGAGTGTTAGTGTGGTACATGCACACAGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180096	GTTTAGATTCCACCAATAGATGAGTGTTAGTGTGGTACATGCACACAGCA	180145

CU463836.8	1751	GAATACACACAGCAGAATACACACGGCAGAATTATTACTTGAAATAAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180146	GAATACACACAGCAGAATACACACGGCAGAATTATTACTTGAAATAAAAT	180195

CU463836.8	1801	CGCAGCATTTGTAGAAATGTGGATAGAACCAGGAATCATCATACTAAGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180196	CGCAGCATTTGTAGAAATGTGGATAGAACCAGGAATCATCATACTAAGTG	180245

CU463836.8	1851	AAATCAGATTCAGTAAAACAAATTCTAAGTTTTGTCTCATTTGTATAATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180246	AAATCAGATTCAGTAAAACAAATTCTAAGTTTTGTCTCATTTGTATAATT	180295

CU463836.8	1901	TCTCAATCCCCCACTACTCTCTCTGTCTTTATCTCTGTCTCTCTCTCACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180296	TCTCAATCCCCCACTACTCTCTCTGTCTTTATCTCTGTCTCTCTCTCACA	180345

CU463836.8	1951	CATACACACACAAACACACACTGCATAGACATGAAACTAGAAAGAAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974427.5	180346	CATACACACACAAACACACACTGCATAGACATGAAACTAGAAAGAAGATC	180395

Overview

Query
CU463836.8 - 112012 bps
Hit
CR974427.5 - 180395 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193820001200011783961803951
289.52152824533323235684-1182642961
389.81551244481388838311184542961
489.95154924356432766761-1185142961
592.633714583621816676316702112911
691.8441165829311223695016722125821
793.42411754388051885955-16723121631
886.33242847153178736501125047297111
987.33256546808057185250-125071296921
1087.21186534416332466764125467288771
1193.96302939493214036088-180629845821
1293292339538096784919180629845811
1394.23274535296323566763-181053845831
1493.17168622063112233327-184579868041
1592.49165122216220264422-184579868031
1691.8161622368373885973184581868221
1792.89403454493112236570-11307391362231
1893.3241155438805188595511307811362221
1993.26345845626220266763-11316541362221
2086.25153830018130484304-11712061742161
Short-link