<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

CR956421.19	1	ACTCCCCCAGTCTTCATCTGTCCTACAAAGACACTCATTCAAATTTGACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115539	ACTCCCCCAGTCTTCATCTGTCCTACAAAGACACTCATTCAAATTTGACT	115588

CR956421.19	51	TCAAAAATCTTTTGAGATATTTGAAGACAGAGATGAAGCTTTATTCTCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115589	TCAAAAATCTTTTGAGATATTTGAAGACAGAGATGAAGCTTTATTCTCCC	115638

CR956421.19	101	CCCTTTCTTTATGTTAACCACCACAAATATAGGTCTTCGGAAATGTAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115639	CCCTTTCTTTATGTTAACCACCACAAATATAGGTCTTCGGAAATGTAAAT	115688

CR956421.19	151	ATGTTACAGTAAATGCTACCATTCACTGTGTAGTGACCTATTTCAATATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115689	ATGTTACAGTAAATGCTACCATTCACTGTGTAGTGACCTATTTCAATATA	115738

CR956421.19	201	GTAATAGGAAGTTTGAAAAGCAGATCAATATCTAAATTTTAATGAATAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115739	GTAATAGGAAGTTTGAAAAGCAGATCAATATCTAAATTTTAATGAATAAT	115788

CR956421.19	251	TCTAGAAGAGTTCATTGGGAACCTGGTTTAGGATTCTTCTATAAACAGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115789	TCTAGAAGAGTTCATTGGGAACCTGGTTTAGGATTCTTCTATAAACAGAA	115838

CR956421.19	301	ATCAGGGAATGGGTTTCCTAGTTGATTGCCTTCCTGCTTTTTGAGATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115839	ATCAGGGAATGGGTTTCCTAGTTGATTGCCTTCCTGCTTTTTGAGATTTT	115888

CR956421.19	351	CTTGTTTAAATCAAGCCACAGATTAAAAAAAGCCTTAACTGAGGTGACTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115889	CTTGTTTAAATCAAGCCACAGATTAAAAAAAGCCTTAACTGAGGTGACTA	115938

CR956421.19	401	CTGGCATCTTACAAAGAGAGTTCATGCAAGTAGCTTGGAAATTCCCAAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115939	CTGGCATCTTACAAAGAGAGTTCATGCAAGTAGCTTGGAAATTCCCAAGT	115988

CR956421.19	451	GTATGTAAATTAACCCTATGTGACTCATCTGGACTTCATTCATTTATTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	115989	GTATGTAAATTAACCCTATGTGACTCATCTGGACTTCATTCATTTATTAA	116038

CR956421.19	501	ACAATAATTCACTATATGTTCACTTTGTGTTCACTACTTTACTATATGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116039	ACAATAATTCACTATATGTTCACTTTGTGTTCACTACTTTACTATATGCA	116088

CR956421.19	551	GTAATTAAACTGGGGATCAAGACATGGTTTCTACTTCCAAGGAGCTTATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116089	GTAATTAAACTGGGGATCAAGACATGGTTTCTACTTCCAAGGAGCTTATA	116138

CR956421.19	601	GTCTAGTAGAGGACACAGAGATGCAAAGAGCATAAAATACAACATGACAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116139	GTCTAGTAGAGGACACAGAGATGCAAAGAGCATAAAATACAACATGACAA	116188

CR956421.19	651	GTCTGCAAAGGGGATATCATTGAAAAAGACACGAACTAAACTATTGGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CR974426.13	116189	GTCTGCAAAGGGGATATCATTGAAAAAGACATGAACTAAACTATTGGAGT	116238

CR956421.19	701	AAACTATGTCTTCTCTGAGAAAGAGACATCTGTGCTGAGATTTGAAGCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116239	AAACTATGTCTTCTCTGAGAAAGAGACATCTGTGCTGAGATTTGAAGCAC	116288

CR956421.19	751	AAAATGCAATTTGGCAACATGAGGGTTATTGTGTATTTCTAGCAGAAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116289	AAAATGCAATTTGGCAACATGAGGGTTATTGTGTATTTCTAGCAGAAGAA	116338

CR956421.19	801	ATAGTCTATGCAAAAGCCTTGGGGGGAAGTCACAATGCCGCTAAAGAACT	850
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116339	AGAGTCTATGCAAAAGCCTTGGGGGGAAGTCACAATGCCGCTAAAGAACT	116388

CR956421.19	851	GAAAGGGATGGAGAAGATAAAATTCATTCAGGAGAGTGGGGAGAGTTGAG	900
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116389	GAAAGGGATGGAGAAAATAAAATTCATTCAGGAGAGTGGGGAGAGTTGAG	116438

CR956421.19	901	GCTGGAGAGCTATGCAGGGGGTCAGGTCCTGTAAGGTGTTTGAGTAGTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116439	GCTGGAGAGCTATGCAGGGGGTCAGGTCCTGTAAGGTGTTTGAGTAGTGT	116488

CR956421.19	951	GAAGATATTGGGGCAATGTGTAGCCACAGAAGAGATGTATGCAAAGGAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116489	GAAGATATTGGGGCAATGTGTAGCCACAGAAGAGATGTATGCAAAGGAGC	116538

CR956421.19	1001	GCAATAGATTTAATTTTCTAAAATATCTCCCAGGCTGCTGCAGAATATTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116539	GCAATAGATTTAATTTTCTAAAATATCTCCCAGGCTGCTGCAGAATATTG	116588

CR956421.19	1051	AAATGACAAAAAATTTTGTTGATATGGCAATATGGGGTGGCTTTGGATTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116589	AAATGACAAAAAATTTTGTTGATATGGCAATATGGGGTGGCTTTGGATTA	116638

CR956421.19	1101	GTGAGGGAGAAATTGAGGGTGGCTTCCAGATAAAGAGCATAGGAAGAGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116639	GTGAGGGAGAAATTGAGGGTGGCTTCCAGATAAAGAGCATAGGAAGAGCA	116688

CR956421.19	1151	TTTGATGAGCATTACTTCTTTTTTGTTCTGATTACCTATGGGACATCCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116689	TTTGATGAGCATTACTTCTTTTTTGTTCTGATTACCTATGGGACATCCAA	116738

CR956421.19	1201	GAGGAGATATGCATAGAAAACTGGATTTATGGGTTTGTTTCTCAAGAGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116739	GAGGAGATATGCATAGAAAACTGGATTTATGGGTTTGTTTCTCAAGAGAA	116788

CR956421.19	1251	AAATCTAGGCTGGAGGTTTAGATTTGTAAATCATCTACTTATGTGTATCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116789	AAATCTAGGCTGGAGGTTTAGATTTGTAAATCATCTACTTATGTGTATCT	116838

CR956421.19	1301	GTAATTTTCAACATTGATGGGGTACAATATATATTAGAACTTCCTGGGAG	1350
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116839	GTAATTTTCAACATTGATGGGGTGCAATATATATTAGAACTTCCTGGGAG	116888

CR956421.19	1351	AATCTTCTAAATTCTCACAGCACATTTCAGGGTCTGATATCTACTTCAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116889	AATCTTCTAAATTCTCACAGCACATTTCAGGGTCTGATATCTACTTCAAT	116938

CR956421.19	1401	GCCCACCAGGAGATATTTTTTTCCTACTTTGTCCCTAGTTTCCAATTAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116939	GCCCACCAGGAGATATTTTTTTCCTACTTTGTCCCTAGTTTCCAATTAAA	116988

CR956421.19	1451	AGGCTTGTTCTGTAGGACCACTGCTACTGATGGGTCCTCAGCTGTGTCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116989	AGGCTTGTTCTGTAGGACCACTGCTACTGATGGGTCCTCAGCTGTGTCAG	117038

CR956421.19	1501	GGCAGGAGAAAAATGGTTGAAATGGTGAGAGTATTATCCACTGATGGATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117039	GGCAGGAGAAAAATGGTTGAAATGGTGAGAGTATTATCCACTGATGGATA	117088

CR956421.19	1551	ATCCAAATGATTATCCAGGGAGAGAGTACAGAATGAGAAGAGTGCCCAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117089	ATCCAAATGATTATCCAGGGAGAGAGTACAGAATGAGAAGAGTGCCCAGG	117138

CR956421.19	1601	GCAACACTCTGAAGACCCTGATATTTTCAGATTCCTCCACAAAGTTTAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117139	GCAACACTCTGAAGACCCTGATATTTTCAGATTCCTCCACAAAGTTTAGT	117188

CR956421.19	1651	GGCACTTCACCTCTATACTGCTGGGGCTATGTGTAGCCTCAGGGGGCATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117189	GGCACTTCACCTCTATACTGCTGGGGCTATGTGTAGCCTCAGGGGGCATC	117238

CR956421.19	1701	CAGAAGAGGTTATTTTCAGAGCAACAGAAGGTCAGACTCAGTTCTTACTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117239	CAGAAGAGGTTATTTTCAGAGCAACAGAAGGTCAGACTCAGTTCTTACTG	117288

CR956421.19	1751	CCTTTGAGTCAGTCCTGGAGTGGCCTCACTAGCAAGTGAGTTTGGATTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117289	CCTTTGAGTCAGTCCTGGAGTGGCCTCACTAGCAAGTGAGTTTGGATTTA	117338

CR956421.19	1801	GTTTTAGTCCCATTAACTTCTGCTTTAAACATTTTTTTTTTGTCTTTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117339	GTTTTAGTCCCATTAACTTCTGCTTTAAACATTTTTTTTTTGTCTTTTTG	117388

CR956421.19	1851	CTATTTCTTGGGCCGCTCCCGCAGTATATGGAGGTTTCCAGGCTAGGGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117389	CTATTTCTTGGGCCGCTCCCGCAGTATATGGAGGTTTCCAGGCTAGGGGT	117438

CR956421.19	1901	CGAATCAGAACTGTAGCCACCTGCCCATACCAGAGCCACAGCAACGCGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	117439	CGAATCAGAACTGTAGCCACCTGCCCATACCAGAGCCACAGCAACGCGGG	117488

CR956421.19	1951	ATCCAAGCCGCGTCTGCAACCTACACCACAGCTCATGGCAACACCGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||
CR974426.13	117489	ATCCAAGCCGCGTCTGCAACCTACACCACAGTTCACGGCAACGCCGGATC	117538

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

CR956421.19	651	GTCTGCAAAGGGGATATCATTGAAAAAGACACGAACTAAACTATTGGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CR974426.13	116189	GTCTGCAAAGGGGATATCATTGAAAAAGACATGAACTAAACTATTGGAGT	116238

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956421.19	801	ATAGTCTATGCAAAAGCCTTGGGGGGAAGTCACAATGCCGCTAAAGAACT	850
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116339	AGAGTCTATGCAAAAGCCTTGGGGGGAAGTCACAATGCCGCTAAAGAACT	116388

CR956421.19	851	GAAAGGGATGGAGAAGATAAAATTCATTCAGGAGAGTGGGGAGAGTTGAG	900
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116389	GAAAGGGATGGAGAAAATAAAATTCATTCAGGAGAGTGGGGAGAGTTGAG	116438

skip 400 bps 100% identity alignment

CR956421.19	1301	GTAATTTTCAACATTGATGGGGTACAATATATATTAGAACTTCCTGGGAG	1350
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
CR974426.13	116839	GTAATTTTCAACATTGATGGGGTGCAATATATATTAGAACTTCCTGGGAG	116888

skip 600 bps 100% identity alignment

CR956421.19	1951	ATCCAAGCCGCGTCTGCAACCTACACCACAGCTCATGGCAACACCGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||
CR974426.13	117489	ATCCAAGCCGCGTCTGCAACCTACACCACAGTTCACGGCAACGCCGGATC	117538

Overview

Query
CR956421.19 - 127959 bps
Hit
CR974426.13 - 117538 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.65194620001200011155391175381
289.71842727381874089-1715674271
388.5217627079610798791715674251
491.051762471897419220-1718074251
585.781993986699967396-118945193451
685.592985666622666791-119090196511
793.682162707579676065122114223821
893.4920826118322092-122115223751
992.422022641897319236122116223791
1090.64191267114777115043122116223821
1191.891922587211372370-122117223751
1293.962162657961579879-122117223811
1390.871882627382074081122117223791
1492.61198257120544120800-122120223761
1589.91832677579976065-161034613001
1689.471802657961579879161035613001
1792.422102787579976076-171349716251
1891.7205277114778115054-171349716251
1989.591812687381874085-171359716271
2092.452032657961579879171361716251
2192.021982631897419236-171363716251
2290.46185262120544120805171366716271
2393.0520325918322090171367716251
2490.811852607211372372171367716271
2577.175952547635906613611087811113131
Short-link