<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956424.18	1	GGGTTTCTTCCCTCTCTGAGATGTCTTATACCTGGAGCTGTTACTGAGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125454	GGGTTTCTTCCCTCTCTGAGATGTCTTATACCTGGAGCTGTTACTGAGTG	125503

CR956424.18	51	GATGTTTGGAGGTGTTGAACTGAGTGTGTGCCTTGAGGGCCTGGTGCTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125504	GATGTTTGGAGGTGTTGAACTGAGTGTGTGCCTTGAGGGCCTGGTGCTTT	125553

CR956424.18	101	GGATTGCTATTGCATGTAGCATTTGCTTGTCTTTGTTCCACCAAGAGCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125554	GGATTGCTATTGCATGTAGCATTTGCTTGTCTTTGTTCCACCAAGAGCTG	125603

CR956424.18	151	TGCCAACAAAGTATTAATGTATTAATGATTTTAATCTAATAGGAAACATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125604	TGCCAACAAAGTATTAATGTATTAATGATTTTAATCTAATAGGAAACATA	125653

CR956424.18	201	CCTTTTAAATTTGGATTTTAGGATGGAGTTCATGTTATTAAGGAGACTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125654	CCTTTTAAATTTGGATTTTAGGATGGAGTTCATGTTATTAAGGAGACTAA	125703

CR956424.18	251	GGAAGAAGTAACTCCAGAACAACTGAAACTAATGAGAACTCAGGATGTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125704	GGAAGAAGTAACTCCAGAACAACTGAAACTAATGAGAACTCAGGATGTCA	125753

CR956424.18	301	AATACATAGAAATGAAAAGGGTTGCAGAAGCCAAGGTAACACCTGAAACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125754	AATACATAGAAATGAAAAGGGTTGCAGAAGCCAAGGTAACACCTGAAACT	125803

CR956424.18	351	CTTTATTTTGATGTATTTTTGTTGGTTGAGAAGAGAAATAGAAATCCATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125804	CTTTATTTTGATGTATTTTTGTTGGTTGAGAAGAGAAATAGAAATCCATT	125853

CR956424.18	401	GTCTTTAAGTTGTCAGTTGCTTTCTTCTGGCATTTCTAATCTTAAAGTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125854	GTCTTTAAGTTGTCAGTTGCTTTCTTCTGGCATTTCTAATCTTAAAGTAT	125903

CR956424.18	451	GCTTAGTTATGATAATGACTTAAAAAGATGGTCGGCATGGCGTTCCCGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125904	GCTTAGTTATGATAATGACTTAAAAAGATGGTCGGCATGGCGTTCCCGTC	125953

CR956424.18	501	GTGGCTCAGTGGAGTCGAATCTCACTAGCATCCACAAGGACGGAGGTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	125954	GTGGCTCAGTGGAGTCGAATCTCACTAGCATCCACAAGGACGGAGGTTTG	126003

CR956424.18	551	ATCCCTGGCCTCGCTCAGTGGGTTAAGGATCTGGTGTGGCCATGATCTGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126004	ATCCCTGGCCTCGCTCAGTGGGTTAAGGATCTGGTGTGGCCATGATCTGT	126053

CR956424.18	601	GGTGTAGGCTGCAGATGCGGCTCGGGTCTGGAGTTGCTATGGCTGTGGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126054	GGTGTAGGCTGCAGATGCGGCTCGGGTCTGGAGTTGCTATGGCTGTGGTG	126103

CR956424.18	651	TAGGCTGGTAGCTGTAGCTACAATTTGACCCCTAGCCTGGGAACCTCCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126104	TAGGCTGGTAGCTGTAGCTACAATTTGACCCCTAGCCTGGGAACCTCCAT	126153

CR956424.18	701	ATGCTGTGGGTGCAGCCCTAAAAAGACAAAAAAAAAAAGTGTGTGTGTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126154	ATGCTGTGGGTGCAGCCCTAAAAAGACAAAAAAAAAAAGTGTGTGTGTGT	126203

CR956424.18	751	GTGTGTGTATATATATATATATATATATGTATGTATATATATGTATATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126204	GTGTGTGTATATATATATATATATATATGTATGTATATATATGTATATAT	126253

CR956424.18	801	ATGTATGTATATGTATATATGGTCAGCATGGCAGAGTGGAAAGAGGTCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126254	ATGTATGTATATGTATATATGGTCAGCATGGCAGAGTGGAAAGAGGTCAA	126303

CR956424.18	851	GTTTGAGAATGAGACAGATGTAGGTTGAAATTCTGGCTCTCATTTGTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126304	GTTTGAGAATGAGACAGATGTAGGTTGAAATTCTGGCTCTCATTTGTTGG	126353

CR956424.18	901	CCCCATAGTTATGGACAGATTAAGCTCCCTTAGGCTGTTTACTCATTTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126354	CCCCATAGTTATGGACAGATTAAGCTCCCTTAGGCTGTTTACTCATTTCT	126403

CR956424.18	951	TCTTCTTCTTTTTTTTAATAGGTGTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126404	TCTTCTTCTTTTTTTTAATAGGTGTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT	126453

CR956424.18	1001	ATTTGTCTTTTGTCTTTTGAGGGGTGCACCCACACCATATGGAGGTTGCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126454	ATTTGTCTTTTGTCTTTTGAGGGGTGCACCCACACCATATGGAGGTTGCC	126503

CR956424.18	1051	AGGCTAGGGGTCTAATCGGAGCTGTTTCCACCGGCCTATGCCAGAGCCAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126504	AGGCTAGGGGTCTAATCGGAGCTGTTTCCACCGGCCTATGCCAGAGCCAC	126553

CR956424.18	1101	AGCAACGTCAGATCTGAGCCACATCTGCAATCTACACCACAGCTCACGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126554	AGCAACGTCAGATCTGAGCCACATCTGCAATCTACACCACAGCTCACGGC	126603

CR956424.18	1151	AACTCCAGATCCTTAACCCGCTGAATGAGGCCAGGGACTGAACCCGCAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126604	AACTCCAGATCCTTAACCCGCTGAATGAGGCCAGGGACTGAACCCGCAAC	126653

CR956424.18	1201	CTCATGGTTCCTAGTCGGATTCGTTAACCACAGAGCCACGACGGAACTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126654	CTCATGGTTCCTAGTCGGATTCGTTAACCACAGAGCCACGACGGAACTCC	126703

CR956424.18	1251	TGTTTCCTCGTTTCTGTCTCATAGGATTGTTGTAGGGGTTAAATGAGTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126704	TGTTTCCTCGTTTCTGTCTCATAGGATTGTTGTAGGGGTTAAATGAGTTC	126753

CR956424.18	1301	TGTGCAGTGCCTAGCCCAGTACCTGACTTGGTGCTTGATAAATTTTAGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126754	TGTGCAGTGCCTAGCCCAGTACCTGACTTGGTGCTTGATAAATTTTAGTG	126803

CR956424.18	1351	GTCCTTTCTTTTAAAAGAATGAAGCAAATTCTTTGCTGGCTGGTGATAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126804	GTCCTTTCTTTTAAAAGAATGAAGCAAATTCTTTGCTGGCTGGTGATAAT	126853

CR956424.18	1401	GATGTGAAATGGTTTAAACTTTTGCAAATTCATTTCTGATACCCTAGAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126854	GATGTGAAATGGTTTAAACTTTTGCAAATTCATTTCTGATACCCTAGAGA	126903

CR956424.18	1451	ACCCCATATATAAAATAAGACCATATTCTGTATTCTAGAAAATCGAAAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126904	ACCCCATATATAAAATAAGACCATATTCTGTATTCTAGAAAATCGAAAGA	126953

CR956424.18	1501	CTAAAATCAGAGCTCCATCTGCTGGATTTCCAGGGGAAGCAACAGAATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	126954	CTAAAATCAGAGCTCCATCTGCTGGATTTCCAGGGGAAGCAACAGAATAA	127003

CR956424.18	1551	GCATGTGTTCTTTTTTGACACCAAAAAGGAAGGTATGAGATGTTTGAAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127004	GCATGTGTTCTTTTTTGACACCAAAAAGGAAGGTATGAGATGTTTGAAGG	127053

CR956424.18	1601	TTTCTGGGACAGTCTAGCAAGCACATCAGTCTGTGTTGTTTGGTGTTAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127054	TTTCTGGGACAGTCTAGCAAGCACATCAGTCTGTGTTGTTTGGTGTTAAA	127103

CR956424.18	1651	GACAGCGCCTTAAGGATTGTCTTGACTTTTAGTTGAACAGTTTGATATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127104	GACAGCGCCTTAAGGATTGTCTTGACTTTTAGTTGAACAGTTTGATATTG	127153

CR956424.18	1701	CAACTCACCTGCGAACAGCCCCAGAACTAGTCGACAGAGTCTTCAACAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127154	CAACTCACCTGCGAACAGCCCCAGAACTAGTCGACAGAGTCTTCAACAGA	127203

CR956424.18	1751	CCCACAATAGAGACTTTGCAGAAGCAGAAAGTGAAAGGAGTTAACCATAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127204	CCCACAATAGAGACTTTGCAGAAGCAGAAAGTGAAAGGAGTTAACCATAA	127253

CR956424.18	1801	GAATCGACTTAAGGTAATTTTCTCCATTTTTTCTTTTTTCCAGGTCTGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127254	GAATCGACTTAAGGTAATTTTCTCCATTTTTTCTTTTTTCCAGGTCTGAG	127303

CR956424.18	1851	TTTAGAGGAATCTGTGTCCTCCCATCCCCCCACTGCATTTAATAATATTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127304	TTTAGAGGAATCTGTGTCCTCCCATCCCCCCACTGCATTTAATAATATTT	127353

CR956424.18	1901	GTGGGAAACTTACTACATTTTCACAGAGAAGGAGAAAGAAGATTTGGTGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127354	GTGGGAAACTTACTACATTTTCACAGAGAAGGAGAAAGAAGATTTGGTGC	127403

CR956424.18	1951	TGAGAATGGAGGTGGAGGAGGGTTCCTTAGTTTTTCCAGTTTCTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956649.3	127404	TGAGAATGGAGGTGGAGGAGGGTTCCTTAGTTTTTCCAGTTTCTAAGCTT	127453

Overview

Query
CR956424.18 - 118731 bps
Hit
CR956649.3 - 127453 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196920001200011254541274531
290.191892778201782293-15538271
3922212994679647094-149403497021
491.672032788201582292-149403496781
595.72222257109551109807-149403496591
693.42262919387494164149403496901
791.232062879387394159-155607558911
892.132162934680947101155607558981
991.93213286109523109808155607558911
1094.742042478204882294155646558921
1193.22302969387294167-166496667891
1292.812212874680947095166497667881
1393.4225292109517109808166501667881
1493.831942438205182293166546667881
1593.262322969387294167181356816521
1694.152312924680447095-181357816461
1793.082122748202082293-181357816301
1894.91242297109512109808-181357816511
1995.962112468204882293195812960581
2095.12032449387294115-195815960591
2195.92072434685347095195815960581
2297.54219243109566109808195815960581
Short-link