<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974569.7	1	GTGTGCGATCAACTCTCTTAGCACAAACCAAGATGCTGGTAATCCCCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180044	GTGTGCGATCAACTCTCTTAGCACAAACCAAGATGCTGGTAATCCCCTCT	180093

CR974569.7	51	GCTCCGCTTTTTGTTTTATTTTATTTTATATTTCGCAATTTGGGGGAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180094	GCTCCGCTTTTTGTTTTATTTTATTTTATATTTCGCAATTTGGGGGAAAT	180143

CR974569.7	101	TTGCCAAGTGTACCCTTGTTCCTGGCAAATCAAAGTTTTATCTGCCCATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180144	TTGCCAAGTGTACCCTTGTTCCTGGCAAATCAAAGTTTTATCTGCCCATC	180193

CR974569.7	151	TGAGTCAGGACTCTTAATTTTATTCATTCTTTCAAGACTTATTTAATTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180194	TGAGTCAGGACTCTTAATTTTATTCATTCTTTCAAGACTTATTTAATTCT	180243

CR974569.7	201	ACCTTGTCTTAGCCTCCTGGGGCTGCCGTCACTATGTACCAGGTGGCCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180244	ACCTTGTCTTAGCCTCCTGGGGCTGCCGTCACTATGTACCAGGTGGCCCA	180293

CR974569.7	251	ACACCACAGACGTTTATTCACTCACGGTTCTGGGGCTCGAAGTCCAAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180294	ACACCACAGACGTTTATTCACTCACGGTTCTGGGGCTCGAAGTCCAAAAT	180343

CR974569.7	301	CAGCATCAGCAGGGCCGCGTTCTCTCTGAAGGCTCTGGGGAGGGTCTGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180344	CAGCATCAGCAGGGCCGCGTTCTCTCTGAAGGCTCTGGGGAGGGTCTGTC	180393

CR974569.7	351	CCAGGTCCTTCTCGTAGCTTCAGGTGCTTGCTGGAAACTCCTGGTGGCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180394	CCAGGTCCTTCTCGTAGCTTCAGGTGCTTGCTGGAAACTCCTGGTGGCCT	180443

CR974569.7	401	TTGGCTTGTAGATGCATCCTTCCGGTGTGTGCCACTGTTGTCACTCGGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180444	TTGGCTTGTAGATGCATCCTTCCGGTGTGTGCCACTGTTGTCACTCGGCT	180493

CR974569.7	451	TCTCCTCTGTCGCTGTCATCACCTGGCCATCTCCTCCCTGGGTTTCTCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180494	TCTCCTCTGTCGCTGTCATCACCTGGCCATCTCCTCCCTGGGTTTCTCTC	180543

CR974569.7	501	CCTCTCCTTTACTTAGGAGGATACCAGTTGGATGCAGGGCCCACCCTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180544	CCTCTCCTTTACTTAGGAGGATACCAGTTGGATGCAGGGCCCACCCTTCT	180593

CR974569.7	551	CCAGTGAGAAACCCAGAGAGAAACCCAGGGAGGAGATGGCCAGGTGATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180594	CCAGTGAGAAACCCAGAGAGAAACCCAGGGAGGAGATGGCCAGGTGATGG	180643

CR974569.7	601	GACCCCAGCTTAGCTGACGTCATCACGGCATCATTACATCACTGCATCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180644	GACCCCAGCTTAGCTGACGTCATCACGGCATCATTACATCACTGCATCTG	180693

CR974569.7	651	CCAAGAACCTACTCCCAGGTAAGGTCAGAGTTACAAGTACTGGGAGTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180694	CCAAGAACCTACTCCCAGGTAAGGTCAGAGTTACAAGTACTGGGAGTCAG	180743

CR974569.7	701	GATGTCACCTTGTCACCTCGGGAGACACAATTCAACTCACGATGTATTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180744	GATGTCACCTTGTCACCTCGGGAGACACAATTCAACTCACGATGTATTCT	180793

CR974569.7	751	CTCCAAGAAAAAAAATCTTAGGAGTTCCCCTTGTGGCTCATCAGGTTAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180794	CTCCAAGAAAAAAAATCTTAGGAGTTCCCCTTGTGGCTCATCAGGTTAAT	180843

CR974569.7	801	AATCTGACTAGTATCCCTGAGGATGTGGGTTCAATCCCTGGCCTTGCTCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180844	AATCTGACTAGTATCCCTGAGGATGTGGGTTCAATCCCTGGCCTTGCTCG	180893

CR974569.7	851	GTGGGTTAAGGCCCCGGCGTTGCGGCACAGGGGAAGCGGGGGCACTGGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180894	GTGGGTTAAGGCCCCGGCGTTGCGGCACAGGGGAAGCGGGGGCACTGGTT	180943

CR974569.7	901	TCCAGTGGAAGAACAATGGGAAGTGGGGAAGGAACACACAACACCGTCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180944	TCCAGTGGAAGAACAATGGGAAGTGGGGAAGGAACACACAACACCGTCTT	180993

CR974569.7	951	TATGGGACCGTGAAGTGATAGCCTAGAGCGGTGGGGTCCAGGCGCGTGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	180994	TATGGGACCGTGAAGTGATAGCCTAGAGCGGTGGGGTCCAGGCGCGTGGG	181043

CR974569.7	1001	TAAGTGGGGCATCTACGGGAGGTCACATCCAGGGGCTGCCTGGCCCAGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181044	TAAGTGGGGCATCTACGGGAGGTCACATCCAGGGGCTGCCTGGCCCAGGC	181093

CR974569.7	1051	ACTGGTGGCGGCCAGTCGTTTCCATCTTTGAGTCAGTTCTCTCACTTGAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181094	ACTGGTGGCGGCCAGTCGTTTCCATCTTTGAGTCAGTTCTCTCACTTGAC	181143

CR974569.7	1101	AGCGACGAAAGAGAAGGAATGCTGCCTCTTCTGCGTTCCTTCGTTCACCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181144	AGCGACGAAAGAGAAGGAATGCTGCCTCTTCTGCGTTCCTTCGTTCACCG	181193

CR974569.7	1151	GCTTGTAATCCACCCAGCAGACTCCGAGGTCCTCACACGTCTTCTGCAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181194	GCTTGTAATCCACCCAGCAGACTCCGAGGTCCTCACACGTCTTCTGCAAC	181243

CR974569.7	1201	TGGCTGGAATTAGTACACTATGGGGCTCGCAAGGCCGTCTGGCCTCTGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181244	TGGCTGGAATTAGTACACTATGGGGCTCGCAAGGCCGTCTGGCCTCTGTC	181293

CR974569.7	1251	ATGTCAGCTCGACTTCACTTGGTGCAGTGACAGCAGTCTTATTACTCATC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181294	ATGTCAGCTCGACTTCACTTGGTGCAGTGACAGCAGTCTTATTACTCATC	181343

CR974569.7	1301	TCTTGCCCGGGGTTGCTTTTGAGACCACAGGGACCACAGAGCCCGAGTCG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181344	TCTTGCCCGGGGTTGCTTTTGAGACCACAGGGACCACAGAGCCCGAGTCG	181393

CR974569.7	1351	CCTCTCTGGCCACTTACAGAAACTCTCTTCTAAGCCTGTCGCAAACGGCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181394	CCTCTCTGGCCACTTACAGAAACTCTCTTCTAAGCCTGTCGCAAACGGCG	181443

CR974569.7	1401	AACGTCTCCCAGGTCAGTGATCCCCCTTCCTCGCCACGGGTCTCAGTGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181444	AACGTCTCCCAGGTCAGTGATCCCCCTTCCTCGCCACGGGTCTCAGTGAC	181493

CR974569.7	1451	GTCATTTTGCTTCCCCTCCCCAGACGTTTCCAAGGCTGCTCTGCTGAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181494	GTCATTTTGCTTCCCCTCCCCAGACGTTTCCAAGGCTGCTCTGCTGAGGA	181543

CR974569.7	1501	TGCTTGTGTCCCAGCAGACGTTGTCACCGACGAGGTTGCCAGGGAAAGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181544	TGCTTGTGTCCCAGCAGACGTTGTCACCGACGAGGTTGCCAGGGAAAGAC	181593

CR974569.7	1551	CCCTTCTGAACGTGTGACAAATATCCACAACCCCCTGGCTGATGTTTGTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181594	CCCTTCTGAACGTGTGACAAATATCCACAACCCCCTGGCTGATGTTTGTC	181643

CR974569.7	1601	CCAGCCCAGGTCTGGTGGCGAAGCTCTCAAGGGCTAAACAATGGACATTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181644	CCAGCCCAGGTCTGGTGGCGAAGCTCTCAAGGGCTAAACAATGGACATTT	181693

CR974569.7	1651	TCTAAGCTGTGTCTCCTGACCCAAGATCTTGCAACTTGGCAAACCCACAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181694	TCTAAGCTGTGTCTCCTGACCCAAGATCTTGCAACTTGGCAAACCCACAC	181743

CR974569.7	1701	ATTAAGCCACCGGCTCAGGAATCCCACGGGGAGCGCAGGACAGCCCCGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181744	ATTAAGCCACCGGCTCAGGAATCCCACGGGGAGCGCAGGACAGCCCCGAT	181793

CR974569.7	1751	TGTTCCCTGGAACCTGGCCCCAATCCCATCAGGCTCCTTGAAATTCTCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181794	TGTTCCCTGGAACCTGGCCCCAATCCCATCAGGCTCCTTGAAATTCTCCC	181843

CR974569.7	1801	CCCTGCGTTGGAGTGGAAGCCTTGCTTACTGGGCCTGGGGTCCTCCTGCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181844	CCCTGCGTTGGAGTGGAAGCCTTGCTTACTGGGCCTGGGGTCCTCCTGCG	181893

CR974569.7	1851	CTGACTTGAGGAGGAAGATTTAAGACAGAAGCTTGAACAAGCTTTTCCTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181894	CTGACTTGAGGAGGAAGATTTAAGACAGAAGCTTGAACAAGCTTTTCCTG	181943

CR974569.7	1901	TCCCCAGGCACGCCCCAGATGCTTCTCTGGGTTTCCTTTTCTTGGGTAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181944	TCCCCAGGCACGCCCCAGATGCTTCTCTGGGTTTCCTTTTCTTGGGTAGA	181993

CR974569.7	1951	AACCCTACCTGGATTTGCAAAGGACCCGGGGCTCTTTGTCACCCAAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956640.5	181994	AACCCTACCTGGATTTGCAAAGGACCCGGGGCTCTTTGTCACCCAAGATC	182043

Overview

Query
CR974569.7 - 104107 bps
Hit
CR956640.5 - 182043 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199120001200011800441820431
292.281842461960319848-111977122221
392.131912545120551458111978122311
492.681882462088621131-111980122251
591.271822549568595938-111980122311
691.971852492786628114111980122281
791.441862589229592552-139391396471
894.532102552087721131139392396471
995.12032441960319846139404396481
1089.381822749566295935147288475601
1192.611962562087721132147308475641
1291.982112911955619846-154230545161
1393.671872432088921131-154231544671
1492.161912552087721131-184619848731
1591.81892569229592550184619848741
1693.53053962361924014185065854641
1779.221835814299943579191851924421
1891.771892562087721132192027922811
1992.741922482088621133-11022401024871
2092.181842431960319845-11022421024841
2190.53187265278662813011022421025051
2290.56187264512075147011422221424861
2394.25241297195511984711456511459461
2491.251902625120551466-11456841459461
2595.47205243208892113111457021459441
2698.197748302600126830-11514021522291
2791.051852572087721133-11586481589041
2890.73185259512075146511586501589081
Short-link