<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR956648.9	1	GATCCTCAACCCACAGAGCGAGGCCAGGGATCGAACCCGAGTCCTCATGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48644	GATCCTCAACCCACAGAGCGAGGCCAGGGATCGAACCCGAGTCCTCATGG	48693

CR956648.9	51	ATACTAGTCAAGTTCATGACTGCTGAGCTATGACAGGAGCTCCCTTAACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48694	ATACTAGTCAAGTTCATGACTGCTGAGCTATGACAGGAGCTCCCTTAACC	48743

CR956648.9	101	AGTCTTTACATGTATCTCAGCAGAACATGTTCGCAGGGTTTCATGGGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48744	AGTCTTTACATGTATCTCAGCAGAACATGTTCGCAGGGTTTCATGGGTTT	48793

CR956648.9	151	ATGGAAGCAAGAACATGTTGTTAAGCTCTCTCAGAAGCTTCAAAGGAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48794	ATGGAAGCAAGAACATGTTGTTAAGCTCTCTCAGAAGCTTCAAAGGAAAA	48843

CR956648.9	201	AGCTAGAAATTTCTAAGCAATCATTCTTCCTGTAACAGACCTGGGAGCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48844	AGCTAGAAATTTCTAAGCAATCATTCTTCCTGTAACAGACCTGGGAGCTC	48893

CR956648.9	251	ACCTGTCCAGCAGGTGAGGGAAAGGTGGACACCAGGGCTGCTGGCCAGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48894	ACCTGTCCAGCAGGTGAGGGAAAGGTGGACACCAGGGCTGCTGGCCAGAC	48943

CR956648.9	301	CTCTGTATACCTTGAGACTGATTTACCTCCTCTCATCAACCCAAAGTGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48944	CTCTGTATACCTTGAGACTGATTTACCTCCTCTCATCAACCCAAAGTGAC	48993

CR956648.9	351	TACTAAACCTGCCCCACAATGATGCCAAAACTTGTTCAACAGCATTTGCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	48994	TACTAAACCTGCCCCACAATGATGCCAAAACTTGTTCAACAGCATTTGCG	49043

CR956648.9	401	TCTCAGTTCCAGAGGATTTGGTTACCGCCACTTAGCATAGCAATTAGCAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49044	TCTCAGTTCCAGAGGATTTGGTTACCGCCACTTAGCATAGCAATTAGCAT	49093

CR956648.9	451	TTTAAGCAGCTCGTATTGATTAAATGAACCTGCCTCATCCAGCGGAAAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49094	TTTAAGCAGCTCGTATTGATTAAATGAACCTGCCTCATCCAGCGGAAAGA	49143

CR956648.9	501	ACCCCAAAGAATGCAGCACATGTAGTTATCTCAATGAATTATTCCCAGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49144	ACCCCAAAGAATGCAGCACATGTAGTTATCTCAATGAATTATTCCCAGCA	49193

CR956648.9	551	CCAAACCGTGCAAGATATAGTTGCCAGAAACTCAACAAGGGTGTAAACCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49194	CCAAACCGTGCAAGATATAGTTGCCAGAAACTCAACAAGGGTGTAAACCT	49243

CR956648.9	601	CAGAAATAATAGATTTGTTGAACCGGGTAAATAGATCTCATGCTGCATAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49244	CAGAAATAATAGATTTGTTGAACCGGGTAAATAGATCTCATGCTGCATAA	49293

CR956648.9	651	ACACATGCTTGATTTGCATGTCTTTTTAAAGAAAGTATATATGTATGTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49294	ACACATGCTTGATTTGCATGTCTTTTTAAAGAAAGTATATATGTATGTGC	49343

CR956648.9	701	GACCGGGTCATCTTGCTGTGCAGTAGAAAATCGACAGAACACTATAAACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49344	GACCGGGTCATCTTGCTGTGCAGTAGAAAATCGACAGAACACTATAAACC	49393

CR956648.9	751	AGCTATGATGGAAAAAATAAAAATCGTTGAAAAAAAAAAGGTATTGTCTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49394	AGCTATGATGGAAAAAATAAAAATCGTTGAAAAAAAAAAGGTATTGTCTA	49443

CR956648.9	801	GGACTACTGTTCTCTTTTAAGAGAGACCTTAGGTCTGGCTTTTGTAGGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49444	GGACTACTGTTCTCTTTTAAGAGAGACCTTAGGTCTGGCTTTTGTAGGAA	49493

CR956648.9	851	GAAAACTCACATGTTTAGGATTCGGTTCAAAACATGTTTACTCTTCATGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49494	GAAAACTCACATGTTTAGGATTCGGTTCAAAACATGTTTACTCTTCATGA	49543

CR956648.9	901	GATATATGCAGTACTTCTCTCTGGTGAGAAATTTGCGATTCTGTTGAAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49544	GATATATGCAGTACTTCTCTCTGGTGAGAAATTTGCGATTCTGTTGAAGC	49593

CR956648.9	951	CTCTTTGAGAACTCTCTTCTAGTCTCCTTTTAATTTCCCCCTTGTTTTCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49594	CTCTTTGAGAACTCTCTTCTAGTCTCCTTTTAATTTCCCCCTTGTTTTCG	49643

CR956648.9	1001	TTTTCCGGTAAATGCCATCTGTTGATGATCAAGGGGGTTAGGGCTGGAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49644	TTTTCCGGTAAATGCCATCTGTTGATGATCAAGGGGGTTAGGGCTGGAAG	49693

CR956648.9	1051	GGAAGGGTTGATGAAACTACAGTGCAGGAAGTGGGAAGATATTCCCTCTC	1100
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49694	GGAAGGGTTGATGAAACTACAGTGCGGGAAGTGGGAAGATATTCCCTCTC	49743

CR956648.9	1101	CCCCCGAGAGCCTGTTCTTGGAGGAGTGAGGGGTACTTAGATATATTCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49744	CCCCCGAGAGCCTGTTCTTGGAGGAGTGAGGGGTACTTAGATATATTCCC	49793

CR956648.9	1151	CGGGGGCCTTATTCATAGTTTGAACATTCTCCCATAGTGCCTGGAATGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49794	CGGGGGCCTTATTCATAGTTTGAACATTCTCCCATAGTGCCTGGAATGGG	49843

CR956648.9	1201	ATGCAGTGGAGGGAAGGGGCTGTGTTCCTTTTGAGGTTTCAGAAGAAGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49844	ATGCAGTGGAGGGAAGGGGCTGTGTTCCTTTTGAGGTTTCAGAAGAAGGC	49893

CR956648.9	1251	TCTGGGGTTAAAGATGCGATTTGCACGTGATGTAAAATGCAAATTGTGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49894	TCTGGGGTTAAAGATGCGATTTGCACGTGATGTAAAATGCAAATTGTGCT	49943

CR956648.9	1301	GAAGCACGTACCGTATGACACAAGTCTCTTTCCCTTGCTTAATCATCTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49944	GAAGCACGTACCGTATGACACAAGTCTCTTTCCCTTGCTTAATCATCTCA	49993

CR956648.9	1351	GATCCCCACTTGACTTTCTCAGAGGCAAATCCTTTATCAGATTCTTTTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49994	GATCCCCACTTGACTTTCTCAGAGGCAAATCCTTTATCAGATTCTTTTGC	50043

CR956648.9	1401	ATCCTTCCAGAATGTCATATCACTTAATAGCTGTAAAACATGTCTCTTTG	1450
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
CR956639.4	50044	ATCCTTCCAGAATGTCATATCACTTAATAGTTGTAAAACATGTCTTTTTG	50093

CR956648.9	1451	TGAATCAGTTCATTCACGTTATGGGGACCGACTTTGTGTCAGACCCTGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50094	TGAATCAGTTCATTCACGTTATGGGGACCGACTTTGTGTCAGACCCTGCT	50143

CR956648.9	1501	CTAGGAAGCAGGAGCAGAGCAGAGAATCAGAAAGGGGCCTTGTCTTCACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50144	CTAGGAAGCAGGAGCAGAGCAGAGAATCAGAAAGGGGCCTTGTCTTCACT	50193

CR956648.9	1551	GAGTCTGCTCCATTTTTAGGGGGGATGAGACAGCCATCCGTTGGTAATAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50194	GAGTCTGCTCCATTTTTAGGGGGGATGAGACAGCCATCCGTTGGTAATAA	50243

CR956648.9	1601	ACTTAAATCTGTATCCAAGGTCGGGGGTGCTGAGAAGGAGACGGCCGTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50244	ACTTAAATCTGTATCCAAGGTCGGGGGTGCTGAGAAGGAGACGGCCGTGT	50293

CR956648.9	1651	AAAGGCGGAGAGGATGAAGGAGGTTTGTTGCTCTGATAAGGTGATGCTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50294	AAAGGCGGAGAGGATGAAGGAGGTTTGTTGCTCTGATAAGGTGATGCTCT	50343

CR956648.9	1701	GGCAGAGAGAGGAGGGAGGGAAGAGGTGAGCCCTGAAGATGTCTAAGGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50344	GGCAGAGAGAGGAGGGAGGGAAGAGGTGAGCCCTGAAGATGTCTAAGGGT	50393

CR956648.9	1751	CAGTTGCGCCAGGCGGCGTGGACTGTAAGTGCAAAGGCCCTGAGGCAGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50394	CAGTTGCGCCAGGCGGCGTGGACTGTAAGTGCAAAGGCCCTGAGGCAGCT	50443

CR956648.9	1801	CTGTGCTTTGTATGGTCATGTACATGGCCATGACTCTGAAGCAGATTAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50444	CTGTGCTTTGTATGGTCATGTACATGGCCATGACTCTGAAGCAGATTAAA	50493

CR956648.9	1851	TGAGAGAAGGGGGAGGAGGTGGTGTCAGAAGTAAGTAGGAACCAGGTCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50494	TGAGAGAAGGGGGAGGAGGTGGTGTCAGAAGTAAGTAGGAACCAGGTCCC	50543

CR956648.9	1901	ACCTGACTTTGCAGTTGTGCCCAAGACTGGATTTTGCAAGGGGTGAATTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50544	ACCTGACTTTGCAGTTGTGCCCAAGACTGGATTTTGCAAGGGGTGAATTG	50593

CR956648.9	1951	GGAAGTCATGGGAGGGGTTGGAGAAGAGGTGAGATGTGCTGCCTTTGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	50594	GGAAGTCATGGGAGGGGTTGGAGAAGAGGTGAGATGTGCTGCCTTTGCTT	50643

Compact alignment

skip 1050 bps 100% identity alignment

CR956648.9	1051	GGAAGGGTTGATGAAACTACAGTGCAGGAAGTGGGAAGATATTCCCTCTC	1100
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CR956639.4	49694	GGAAGGGTTGATGAAACTACAGTGCGGGAAGTGGGAAGATATTCCCTCTC	49743

skip 300 bps 100% identity alignment

CR956648.9	1401	ATCCTTCCAGAATGTCATATCACTTAATAGCTGTAAAACATGTCTCTTTG	1450
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
CR956639.4	50044	ATCCTTCCAGAATGTCATATCACTTAATAGTTGTAAAACATGTCTTTTTG	50093

skip 550 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956648.9 - 168798 bps
Hit
CR956639.4 - 50643 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.851980200012000148644506431
285.59125222367583697912865071
387.451662729829398564-1911893881
489.661832741382211384941911893881
589.331802721449851452561912193921
689.4147217119749119965-1912293381
790.641902671044261046921912293881
891.051862571315313409-1913193871
984.511062126123861449-1917693881
1088.821091716861868788128511286801
1191.14112158159649159806-128742288991
1291.771151586862068777128742288991
1386.34156269104424104692130050303201
1488.891432236861968841-130097303211
1591.84210288159519159806133090333831
1689.6186281138214138494133105333831
1786.11124216119749119964-133118333331
1892.48199265144988145252133118333831
1993.732042556862068874-133129333831
2092.051772393538735625-133145333831
2183.84134268118617118884146957472221
Short-link