<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956406.10	1	GATCCTGCGTTGCTGTGGCTCTAGCATAGGCCGGTGGCTACAGCTCCGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92294	GATCCTGCGTTGCTGTGGCTCTAGCATAGGCCGGTGGCTACAGCTCCGAT	92343

CR956406.10	51	TCGACCCCTAGCCTGGGAACCTCCATATGCCGCGGAAGCGGCCCAAGAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92344	TCGACCCCTAGCCTGGGAACCTCCATATGCCGCGGAAGCGGCCCAAGAAA	92393

CR956406.10	101	TAGCAAAAAGACAACAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92394	TAGCAAAAAGACAACAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAG	92443

CR956406.10	151	AAAAGAAAACAAACCGTTGCTTTCCCTATGGGCTTTCTCGTCAGTTGTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92444	AAAAGAAAACAAACCGTTGCTTTCCCTATGGGCTTTCTCGTCAGTTGTGA	92493

CR956406.10	201	ATTTCAGCAACGCCACCTGCGTTGGGCTGACCCTTTTGAAGGAAGGCGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92494	ATTTCAGCAACGCCACCTGCGTTGGGCTGACCCTTTTGAAGGAAGGCGGA	92543

CR956406.10	251	AATGCTAGGTTTGGTCCCCAGAATTAAATGAAGAGAAGCCAACCGGTGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92544	AATGCTAGGTTTGGTCCCCAGAATTAAATGAAGAGAAGCCAACCGGTGGA	92593

CR956406.10	301	TGTCCTGATGTGGTGTCTCACGCTGTTTTCCAGCGTGATTTCCTGTGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92594	TGTCCTGATGTGGTGTCTCACGCTGTTTTCCAGCGTGATTTCCTGTGGCT	92643

CR956406.10	351	GTCACTTCTCGCCATGGTGACGGGAACCTGGGGGTTCCTGGGGGGAGATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92644	GTCACTTCTCGCCATGGTGACGGGAACCTGGGGGTTCCTGGGGGGAGATT	92693

CR956406.10	401	AGGAGCTGCGGGGACCTTCATGGCACGCAGGTTTTGTTTCCCCTGGCTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92694	AGGAGCTGCGGGGACCTTCATGGCACGCAGGTTTTGTTTCCCCTGGCTGT	92743

CR956406.10	451	GTTTCTGGCAGTTAAAAAAAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAAAGCCTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92744	GTTTCTGGCAGTTAAAAAAAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAAAGCCTGG	92793

CR956406.10	501	TCATTTTTTCTCTTTGGTTACAAACGTCTTTCATTTCTCCCGAAAGAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92794	TCATTTTTTCTCTTTGGTTACAAACGTCTTTCATTTCTCCCGAAAGAAAT	92843

CR956406.10	551	GAAAACACACATTGCCGTGTAATGATGTTTACTGGAAAAAAAAAAAATCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92844	GAAAACACACATTGCCGTGTAATGATGTTTACTGGAAAAAAAAAAAATCT	92893

CR956406.10	601	CCGAGTAAAATCAACAGACACAATCTGGATAAAATAGATCATTCAGCGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92894	CCGAGTAAAATCAACAGACACAATCTGGATAAAATAGATCATTCAGCGGC	92943

CR956406.10	651	TTCCTTGCGAACTATGCCCCTTAATCCCGGCCAGCAGCCCGCGCACCCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92944	TTCCTTGCGAACTATGCCCCTTAATCCCGGCCAGCAGCCCGCGCACCCTG	92993

CR956406.10	701	AGCTCGCTGGCATTTATTTGTTTTCCTTTCCTGGGAGTGCGCGGTGGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	92994	AGCTCGCTGGCATTTATTTGTTTTCCTTTCCTGGGAGTGCGCGGTGGGCA	93043

CR956406.10	751	GGGGCGGGGCCGGCCGGGTGAATAGCGAGGACACATTCTCCGCATAGCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93044	GGGGCGGGGCCGGCCGGGTGAATAGCGAGGACACATTCTCCGCATAGCTG	93093

CR956406.10	801	GTCAGAATCGCATCCATCAGGAGAGGTTTTTCTCCTCGGTTCATGGCAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93094	GTCAGAATCGCATCCATCAGGAGAGGTTTTTCTCCTCGGTTCATGGCAGC	93143

CR956406.10	851	GAATCAAATATTTAAATGTGATTTTTAGACTTAAAGGTACATGAAGAGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93144	GAATCAAATATTTAAATGTGATTTTTAGACTTAAAGGTACATGAAGAGAT	93193

CR956406.10	901	TTGTTTGACGAAGGAGGGGTGAACAAGAAAACGCTGCTCCAATGATGGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93194	TTGTTTGACGAAGGAGGGGTGAACAAGAAAACGCTGCTCCAATGATGGGG	93243

CR956406.10	951	AAGAATTTTCCGCTGGGATGAGGCTGACTCACCAGCAACAAGTTTAGCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93244	AAGAATTTTCCGCTGGGATGAGGCTGACTCACCAGCAACAAGTTTAGCCT	93293

CR956406.10	1001	GAAAACGTACTAACCCTTTCATGTTTTCCCAAAGGAAAAGCCCCCACTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93294	GAAAACGTACTAACCCTTTCATGTTTTCCCAAAGGAAAAGCCCCCACTGG	93343

CR956406.10	1051	CCAGACCCTTTGTTGGGGACTCGGGCTGGGCCCCAGCGGTGGGTGAGGGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93344	CCAGACCCTTTGTTGGGGACTCGGGCTGGGCCCCAGCGGTGGGTGAGGGG	93393

CR956406.10	1101	ACTGGGGTGCCTTCGCCTCATGGCATCTGCCTCCGGTGGATGGTCCCCCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93394	ACTGGGGTGCCTTCGCCTCATGGCATCTGCCTCCGGTGGATGGTCCCCCG	93443

CR956406.10	1151	GGCAGCTTTCTGAGCTGAGTGCTGACAGCTCCGATTTGCCAGCGAGGTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93444	GGCAGCTTTCTGAGCTGAGTGCTGACAGCTCCGATTTGCCAGCGAGGTGG	93493

CR956406.10	1201	GGAGAAATCAGAAGTGATTCATCCTCCTGCTCGGTGTGGTGGGGAAGGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93494	GGAGAAATCAGAAGTGATTCATCCTCCTGCTCGGTGTGGTGGGGAAGGCC	93543

CR956406.10	1251	GGACGGGGCCTTCAGCCCGCTCTGGTGTCACAGCAGCAGAAGGAAACACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93544	GGACGGGGCCTTCAGCCCGCTCTGGTGTCACAGCAGCAGAAGGAAACACT	93593

CR956406.10	1301	AATGGGAGCCGACAGCTCGGGGTGGGGGTGGCCCAGGAGGAGGAGGAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93594	AATGGGAGCCGACAGCTCGGGGTGGGGGTGGCCCAGGAGGAGGAGGAAGC	93643

CR956406.10	1351	ACTGGGACAGGGTCTGACGAGGGCACGTCACGCGGAGTCAGGCAGGACCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93644	ACTGGGACAGGGTCTGACGAGGGCACGTCACGCGGAGTCAGGCAGGACCG	93693

CR956406.10	1401	AGGGTGGGTGGCGCAGCCAGAGCATCCTCTTGGCAGCTGGGCACCTGCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93694	AGGGTGGGTGGCGCAGCCAGAGCATCCTCTTGGCAGCTGGGCACCTGCTC	93743

CR956406.10	1451	CTGGGTGGATGGTTCCAAGAGAGGCCCGACCCCAGGGATGGCAACTGCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93744	CTGGGTGGATGGTTCCAAGAGAGGCCCGACCCCAGGGATGGCAACTGCAG	93793

CR956406.10	1501	TGTAATTTCAGGTGGTCCCCGGGTGGACATTTTCCCGTTAGAAAAATGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93794	TGTAATTTCAGGTGGTCCCCGGGTGGACATTTTCCCGTTAGAAAAATGCT	93843

CR956406.10	1551	TATTAGTGAAAATACCATTAGCACTCCGAACCCATGATTTGGGGTGCTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93844	TATTAGTGAAAATACCATTAGCACTCCGAACCCATGATTTGGGGTGCTGG	93893

CR956406.10	1601	TTATATTTTTTCCTAATGGAAATATCAATCATTGCTAATTGTGGTGGCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93894	TTATATTTTTTCCTAATGGAAATATCAATCATTGCTAATTGTGGTGGCTT	93943

CR956406.10	1651	TGCGGCAAGCCGGGCACGGTGCTAGGTGGTAAAGAGGTGTATGTAGGCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93944	TGCGGCAAGCCGGGCACGGTGCTAGGTGGTAAAGAGGTGTATGTAGGCTT	93993

CR956406.10	1701	GATGCATAGGTGCACACATCTATCCTTTTAGGACTCAAAATAGCCGCATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	93994	GATGCATAGGTGCACACATCTATCCTTTTAGGACTCAAAATAGCCGCATG	94043

CR956406.10	1751	AAGAGGTAGCAGCATCCTCATGTTACAGATGAGGAAACCAGTGCCAAGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	94044	AAGAGGTAGCAGCATCCTCATGTTACAGATGAGGAAACCAGTGCCAAGGA	94093

CR956406.10	1801	GCCTAAATCTGTCACCCAACACTCATCAGCCCCATGGTTGGTTTTCATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	94094	GCCTAAATCTGTCACCCAACACTCATCAGCCCCATGGTTGGTTTTCATAA	94143

CR956406.10	1851	CCCAGTAATAATAAAACAGCTCCTTTCTCCCTGCAAATACCATCCCTGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	94144	CCCAGTAATAATAAAACAGCTCCTTTCTCCCTGCAAATACCATCCCTGTA	94193

CR956406.10	1901	GGTGCTCAGTGGAAACCTGTTGATGAATTGCTCCGTCAACCCATGACCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	94194	GGTGCTCAGTGGAAACCTGTTGATGAATTGCTCCGTCAACCCATGACCCT	94243

CR956406.10	1951	TGTGTTTTTTCAGTCCTTTTTCTTGGACCTGTTCTGTGATTTTGCTTATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956638.22	94244	TGTGTTTTTTCAGTCCTTTTTCTTGGACCTGTTCTGTGATTTTGCTTATT	94293

Overview

Query
CR956406.10 - 177073 bps
Hit
CR956638.22 - 94293 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001998200012000192294942931
290.7119728036293365721763679151
390.5618726655709559741765179151
491.731972671294231296891765179161
593.312112713630236572113860141281
692.832032645571155974113864141281
790.111852745598456257113864141361
895.45222264129425129688113865141281
991.961942628452784788113868141281
1093.44190245129445129689-132224324671
1192.042022763629736572-132225325001
1290.851952753630036574134407346791
1393.42190244129445129688134435346771
1491.86189258129431129688145113453701
1592.221932583631736574145116453721
1691.421942675570955975-168461687281
1792.422102783629536572-168462687381
1894.32213264129425129688-168462687251
1993.552212813629336573-189425897031
2091.51200271114605114875189425896951
2191.291932645571155974-189426896891
2290.421832628452784788-189426896861
2392.51204268129421129688-189426896921
2489.491852803629336572-192159924341
2590.19184268129421129688-192159924231
Short-link