<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009506.5	1	AATTAAAAAAAATAAAATAAATAAATAAATGTTGGCTCTCATGTTTTCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	209742	AATTAAAAAAAATAAAATAAATAAATAAATGTTGGCTCTCATGTTTTCAT	209791

CT009506.5	51	CATGTTTTGGGCACACCCCTGCTCTTATCCTTTCTTTCATCAAAATCAGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	209792	CATGTTTTGGGCACACCCCTGCTCTTATCCTTTCTTTCATCAAAATCAGC	209841

CT009506.5	101	CCTTAGAAAAAGATCTGATAGTGCTTATAGATCTCATTGTGAATTGCTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	209842	CCTTAGAAAAAGATCTGATAGTGCTTATAGATCTCATTGTGAATTGCTTT	209891

CT009506.5	151	CTCTCCCCAGGGTATCCTCAAACAAGCCCTTTCTCTAATTGTGGGCCTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	209892	CTCTCCCCAGGGTATCCTCAAACAAGCCCTTTCTCTAATTGTGGGCCTCC	209941

CT009506.5	201	TGGTAAGGGGATTTGAGGCGTTCATAGAAGCTCGGGGGATGTTTTCAGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	209942	TGGTAAGGGGATTTGAGGCGTTCATAGAAGCTCGGGGGATGTTTTCAGGG	209991

CT009506.5	251	CCAGCAGAGTCTCTACTCATTAGAACTCAATGAGAATTCCACTATGCAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	209992	CCAGCAGAGTCTCTACTCATTAGAACTCAATGAGAATTCCACTATGCAAG	210041

CT009506.5	301	CTCGAGGCTGCCTGTGCCTGGAGAGAAATTAAATTCAGACTTGAAAGGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210042	CTCGAGGCTGCCTGTGCCTGGAGAGAAATTAAATTCAGACTTGAAAGGTA	210091

CT009506.5	351	TTCAAGGGGGTGGGGATGGAGGGAAATTATTTGTTATTGAAATAAATAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210092	TTCAAGGGGGTGGGGATGGAGGGAAATTATTTGTTATTGAAATAAATAGC	210141

CT009506.5	401	CATTTTGTGAAATGAACAAGAGACCCCCCACCCCCTCCCCACCACCCTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210142	CATTTTGTGAAATGAACAAGAGACCCCCCACCCCCTCCCCACCACCCTGC	210191

CT009506.5	451	TCTGTGACTTGTGATCACTGAGCCCTTGAGTGTTTCACCATTGGCAGTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210192	TCTGTGACTTGTGATCACTGAGCCCTTGAGTGTTTCACCATTGGCAGTGT	210241

CT009506.5	501	CCCCGGGAGGGGAAGGTCTGTCCATTCACTTTTACTCACATAACACTCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210242	CCCCGGGAGGGGAAGGTCTGTCCATTCACTTTTACTCACATAACACTCCC	210291

CT009506.5	551	ACTCTGTTCATCTCGCCAACATAAATAAATACATTATCCTGCTGCCTGCG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210292	ACTCTGTTCATCTCGCCAACATAAATAAATACATTATCCTGCTGCCTGCG	210341

CT009506.5	601	CCGGTGACTCAGCTTCAAAACCATTCAATCCCAACGAGAGCGCCTCCTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210342	CCGGTGACTCAGCTTCAAAACCATTCAATCCCAACGAGAGCGCCTCCTGT	210391

CT009506.5	651	GCTTTTTCTACATGAAGCTTAAGTGATTCAGATATTTTGTTATTCAACAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210392	GCTTTTTCTACATGAAGCTTAAGTGATTCAGATATTTTGTTATTCAACAG	210441

CT009506.5	701	AATAAGTAGATGACTCGGGCCACAGGGCAACTGACTTCCTCTGAAGTCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210442	AATAAGTAGATGACTCGGGCCACAGGGCAACTGACTTCCTCTGAAGTCTC	210491

CT009506.5	751	AAGTCTGGAGTCGAAAACGCAAAATGAGTAGTTAAATAAAAATATCTCTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210492	AAGTCTGGAGTCGAAAACGCAAAATGAGTAGTTAAATAAAAATATCTCTT	210541

CT009506.5	801	CTCTAAAATGAAAACATGTGTATCGCTTGGCTGTCAACACCGTTGTCTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210542	CTCTAAAATGAAAACATGTGTATCGCTTGGCTGTCAACACCGTTGTCTGA	210591

CT009506.5	851	ACTTAAAGGAGAAAAGTAATTGTCTGGCAGGTAGGCTTGGGCATCTGATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210592	ACTTAAAGGAGAAAAGTAATTGTCTGGCAGGTAGGCTTGGGCATCTGATG	210641

CT009506.5	901	TTCTCGGGTAGAAACCCCAGCTCCAGAATTCATTACGCTGTCTGACTACG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210642	TTCTCGGGTAGAAACCCCAGCTCCAGAATTCATTACGCTGTCTGACTACG	210691

CT009506.5	951	GGCAGGTGGCTTTACGGCTCCCAGCCTCAGCTTCCTCGTCAGTGAAAAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210692	GGCAGGTGGCTTTACGGCTCCCAGCCTCAGCTTCCTCGTCAGTGAAAAGG	210741

CT009506.5	1001	GAGACATGGCCAAGATCATGGGTGGTTGTTTGGATGCCACTTAGAGTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210742	GAGACATGGCCAAGATCATGGGTGGTTGTTTGGATGCCACTTAGAGTGTT	210791

CT009506.5	1051	ATTGGCACATGACATATGGCGCATGGCAGGTAGGTAGTTTGGGGCGCTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210792	ATTGGCACATGACATATGGCGCATGGCAGGTAGGTAGTTTGGGGCGCTGT	210841

CT009506.5	1101	TCGGCTTCTGGCTAGAACTTCATACACAGGAAGACATTGCATTCAGGTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210842	TCGGCTTCTGGCTAGAACTTCATACACAGGAAGACATTGCATTCAGGTGG	210891

CT009506.5	1151	GGGAACACGTTCTCTTCCGCAGAAAACCGAGGTTGCAGGAGGAAAGAATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210892	GGGAACACGTTCTCTTCCGCAGAAAACCGAGGTTGCAGGAGGAAAGAATC	210941

CT009506.5	1201	CCAAGGGAACTGGTGTCCTTTGGTCTCTTTTAAAAACCTACACTCGGAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210942	CCAAGGGAACTGGTGTCCTTTGGTCTCTTTTAAAAACCTACACTCGGAGT	210991

CT009506.5	1251	TCCCGTCATGGCGCAGCAGGAACGAATCTGACTAGGAACCATGAGGTTGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	210992	TCCCGTCATGGCGCAGCAGGAACGAATCTGACTAGGAACCATGAGGTTGC	211041

CT009506.5	1301	AGGTTCGATCCCCAGCCTCATTCAGTGGGTTAAGGATCCGGTGTTGCTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211042	AGGTTCGATCCCCAGCCTCATTCAGTGGGTTAAGGATCCGGTGTTGCTGT	211091

CT009506.5	1351	GAGCTGTGGTGTAGGTTGCATTTGCAGCTCGAATCTGATGCTGCTGTGAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211092	GAGCTGTGGTGTAGGTTGCATTTGCAGCTCGAATCTGATGCTGCTGTGAC	211141

CT009506.5	1401	TGTGGTGTAGGCTGGCAGCTACAGCTCCAATTCAACCCCTAGCCTGGGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211142	TGTGGTGTAGGCTGGCAGCTACAGCTCCAATTCAACCCCTAGCCTGGGAA	211191

CT009506.5	1451	CTTCCGTGTGTCACGGGTGTGGCCATAAAAAGCAAAAAGTTAATAAATAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211192	CTTCCGTGTGTCACGGGTGTGGCCATAAAAAGCAAAAAGTTAATAAATAA	211241

CT009506.5	1501	AAATAAACTAAAAAAATGAAAACCTGCACTCTGGAAAAGTAGACTGTGTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211242	AAATAAACTAAAAAAATGAAAACCTGCACTCTGGAAAAGTAGACTGTGTC	211291

CT009506.5	1551	CTACAGTGGATTCCACATGCAGGTTCACTGGAAAGATTTACTTCAGTGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211292	CTACAGTGGATTCCACATGCAGGTTCACTGGAAAGATTTACTTCAGTGCC	211341

CT009506.5	1601	CTGGGATTTTGAAAAACTGAAACAAGTTTATCAACCCTACTTTCTTGGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211342	CTGGGATTTTGAAAAACTGAAACAAGTTTATCAACCCTACTTTCTTGGGA	211391

CT009506.5	1651	AGGATTTTTTTTTATTCTGTTTCTGCTCTTTTCTTTTTTATGGCAGAGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211392	AGGATTTTTTTTTATTCTGTTTCTGCTCTTTTCTTTTTTATGGCAGAGTC	211441

CT009506.5	1701	TGCTTTTACGTTTTTGATTTTACATTTAGGCTTCCTTGGTTTCGTGTCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211442	TGCTTTTACGTTTTTGATTTTACATTTAGGCTTCCTTGGTTTCGTGTCCT	211491

CT009506.5	1751	TCCTCCACCAAATAAAAAGCTGGCATCTCTCTAATGCACCACGATCCACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211492	TCCTCCACCAAATAAAAAGCTGGCATCTCTCTAATGCACCACGATCCACA	211541

CT009506.5	1801	CTTTGAAAAATTTACTGGGATGTGAAATTCAAATGTTTAAGAACTACCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211542	CTTTGAAAAATTTACTGGGATGTGAAATTCAAATGTTTAAGAACTACCTG	211591

CT009506.5	1851	TATCAGTATCGAACGAATTTCCTTTTTTAAAAAAAAAAAAATCTTTAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211592	TATCAGTATCGAACGAATTTCCTTTTTTAAAAAAAAAAAAATCTTTAAAT	211641

CT009506.5	1901	CTTTTTAGGGACATACCTGCGGCATATAGAAGTTCCCAGACTGGAGCCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211642	CTTTTTAGGGACATACCTGCGGCATATAGAAGTTCCCAGACTGGAGCCAA	211691

CT009506.5	1951	ATCAGAGTTGTAGCCACTGGCCTATACCACAGCCACAGCCACGTGGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956635.11	211692	ATCAGAGTTGTAGCCACTGGCCTATACCACAGCCACAGCCACGTGGGATC	211741

Overview

Query
CT009506.5 - 108192 bps
Hit
CR956635.11 - 211741 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199020001200012097422117411
288.811762685260352870-1939996661
392.642092738322783499-1939996701
491.48197269418844561939996681
590.652203108320483513110516108251
690.9719026541664430-110569108341
790.691752475262852874110569108151
891.0819526941884456-118474187421
989.181792685260352870118475187421
1093.471922458325783501118500187441
1191.4819426941884456-133494337631
1289.631842705260552874133498337671
1394.241972438325783499133521337631
1491.351892618320383463144956452211
1594.671972438325783499-182809830521
1692.8819325241884439182809830611
1789.971952938320783499195990962781
1890.1918526541884452-196014962781
1989.921712485261452861196022962691
2091.8181244832578350011284061286491
2188.811892998320283500-11381381384321
2288.481752694188445611381391384071
2387.34179304831978350011462431465421
2488.117226941884456-11462731465411
2593.281872388326283499-11925701928071
2688.971742634188445011925701928321
Short-link