<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956389.6	1	CGGCCTCGCTGAGCACAAAATTTTACTCATCGGTGGAAGCCAGCACGCTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204279	CGGCCTCGCTGAGCACAAAATTTTACTCATCGGTGGAAGCCAGCACGCTC	204328

CR956389.6	51	TGCCAAGTGCCAGAGAAGCGCAGCGCCCTGCCACAGCTTCAGGTTCGCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204329	TGCCAAGTGCCAGAGAAGCGCAGCGCCCTGCCACAGCTTCAGGTTCGCCT	204378

CR956389.6	101	GGTAAGGAGAAAACCCCACCTGGCTTCTTTCTCCCCTGTCTGAGATATCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204379	GGTAAGGAGAAAACCCCACCTGGCTTCTTTCTCCCCTGTCTGAGATATCA	204428

CR956389.6	151	TTTAAAGTGAGTCGCAGATAGTATAAATGCTGAGATCCAACAGGCTGAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204429	TTTAAAGTGAGTCGCAGATAGTATAAATGCTGAGATCCAACAGGCTGAGC	204478

CR956389.6	201	AGCACTGCCCCACAATCTGTTTTACGAGATGAAAGCTGGAGGACTTTACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204479	AGCACTGCCCCACAATCTGTTTTACGAGATGAAAGCTGGAGGACTTTACT	204528

CR956389.6	251	GGCCTCCTCCGGGCCGGGCAGGCGGCACCCCAGACAGGTGCGCCGCCACC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204529	GGCCTCCTCCGGGCCGGGCAGGCGGCACCCCAGACAGGTGCGCCGCCACC	204578

CR956389.6	301	CCCACCCGCCTTGTCCCCATGAAGCTCACGACTGGTACCCAGGATGAAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204579	CCCACCCGCCTTGTCCCCATGAAGCTCACGACTGGTACCCAGGATGAAAT	204628

CR956389.6	351	TGAGCTCAGGTTTCCGCATCTGCAAGGAATTTCTCCTCAAGGAACTGCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204629	TGAGCTCAGGTTTCCGCATCTGCAAGGAATTTCTCCTCAAGGAACTGCCC	204678

CR956389.6	401	ATGTTTTTTCCATATGTCTGAACATCTGTGTGAAAGAATCAGGAATATTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204679	ATGTTTTTTCCATATGTCTGAACATCTGTGTGAAAGAATCAGGAATATTG	204728

CR956389.6	451	TCTTTGGAGGTGTGTACTGCGGTTAAACAAGCCATGTTTTGATTACTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204729	TCTTTGGAGGTGTGTACTGCGGTTAAACAAGCCATGTTTTGATTACTTTA	204778

CR956389.6	501	TAACTAAAAGGATGGCTTTCCAATCTTTCTTTGAGTTGAAAACATGTCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204779	TAACTAAAAGGATGGCTTTCCAATCTTTCTTTGAGTTGAAAACATGTCCC	204828

CR956389.6	551	AGAGAGTGGTAAAAATAACATTTATTGAAAGCCTCAGCACAAAGATGGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204829	AGAGAGTGGTAAAAATAACATTTATTGAAAGCCTCAGCACAAAGATGGAT	204878

CR956389.6	601	GAAGAAAATAACCAAGTGTCCTCCCTGGGGAATTTCTACCCAGGATTCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204879	GAAGAAAATAACCAAGTGTCCTCCCTGGGGAATTTCTACCCAGGATTCTG	204928

CR956389.6	651	GTTGAAGGGTCTGGAAGCAGGCAGGGGAAGGATTAAATGACAATGGCATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204929	GTTGAAGGGTCTGGAAGCAGGCAGGGGAAGGATTAAATGACAATGGCATG	204978

CR956389.6	701	ATACAGGCAACTCTCAACCGGAGTATAATTAGATCCCATAAGCTGAAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	204979	ATACAGGCAACTCTCAACCGGAGTATAATTAGATCCCATAAGCTGAAGAG	205028

CR956389.6	751	CTATGGAAACGCTTAAAGCCCAACTTTGCAAAGCCGCCTTTAAATGGAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205029	CTATGGAAACGCTTAAAGCCCAACTTTGCAAAGCCGCCTTTAAATGGAAG	205078

CR956389.6	801	TTTTTGTCCAAAGGACCACTGCTTGCTGCCCTGAAATAGAACCAGGAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205079	TTTTTGTCCAAAGGACCACTGCTTGCTGCCCTGAAATAGAACCAGGAAAT	205128

CR956389.6	851	GATGGCGGGGTTCCACCAAAGGCATGTGGCTTTTTCGAGGTGAATCGCGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205129	GATGGCGGGGTTCCACCAAAGGCATGTGGCTTTTTCGAGGTGAATCGCGT	205178

CR956389.6	901	AGTTCCCTTTCTCTGATCCCCACAGGTCAAACTCACGTCAAAGAATTAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205179	AGTTCCCTTTCTCTGATCCCCACAGGTCAAACTCACGTCAAAGAATTAAG	205228

CR956389.6	951	GTTCCCAGGCTCCTCGGAAAGAATCATGAATGTGCTCCAGTCCCAGGGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205229	GTTCCCAGGCTCCTCGGAAAGAATCATGAATGTGCTCCAGTCCCAGGGAC	205278

CR956389.6	1001	TTGGAGCTTTATGGGACACCGCCCGGCCTGGCTGCTAACAGTGCTCCTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205279	TTGGAGCTTTATGGGACACCGCCCGGCCTGGCTGCTAACAGTGCTCCTTC	205328

CR956389.6	1051	TCTAACTGGACGAGTCTTAGAATTCGTATAAATATAGCCTCTCTCTTATC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205329	TCTAACTGGACGAGTCTTAGAATTCGTATAAATATAGCCTCTCTCTTATC	205378

CR956389.6	1101	TCCCTTTCTTTTGATAAACCTTGAAGCAGTACAGTCCTTATTAACCCCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205379	TCCCTTTCTTTTGATAAACCTTGAAGCAGTACAGTCCTTATTAACCCCCA	205428

CR956389.6	1151	GAAGATATGAACGTAAGGGTATTTGCCCTAAGCCAAATCTAACCCAAACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205429	GAAGATATGAACGTAAGGGTATTTGCCCTAAGCCAAATCTAACCCAAACT	205478

CR956389.6	1201	TTGCTTTAGTAGCCAAAACATAAACAATTCTATTTCACATAAGAACTCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205479	TTGCTTTAGTAGCCAAAACATAAACAATTCTATTTCACATAAGAACTCAG	205528

CR956389.6	1251	ATTCCCAGCTCCCCTTAAAAAAATAAATAAATAAACTGTAAAACCTGGCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205529	ATTCCCAGCTCCCCTTAAAAAAATAAATAAATAAACTGTAAAACCTGGCA	205578

CR956389.6	1301	ACTTTGGACCCACATTCCCACACGGCATAACCAAGGGGGGGCTGAGCAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205579	ACTTTGGACCCACATTCCCACACGGCATAACCAAGGGGGGGCTGAGCAGT	205628

CR956389.6	1351	TGCTGTCTCCTTAGGACAAGGTACATACTGTGCTGTGCCCTACTCCCCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205629	TGCTGTCTCCTTAGGACAAGGTACATACTGTGCTGTGCCCTACTCCCCAC	205678

CR956389.6	1401	CATTCCCTATCGCACCCTGTCTGGCCAGTGCAGTTGTTTCCTTTCACTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205679	CATTCCCTATCGCACCCTGTCTGGCCAGTGCAGTTGTTTCCTTTCACTGT	205728

CR956389.6	1451	CCGGCCCCCATGAGCTGTCAGTGTGTAATCCTGTTTCTCCAAACTCTGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205729	CCGGCCCCCATGAGCTGTCAGTGTGTAATCCTGTTTCTCCAAACTCTGCT	205778

CR956389.6	1501	TTGGTTCTCTCCTTGGTCCACTGCTTCTGGAGAGATGCAGCTTGCTGTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205779	TTGGTTCTCTCCTTGGTCCACTGCTTCTGGAGAGATGCAGCTTGCTGTTG	205828

CR956389.6	1551	AGGGTGTGGGAAGTAAATTCTTACACGTGGATACGTGCTAAGCCCTGTAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205829	AGGGTGTGGGAAGTAAATTCTTACACGTGGATACGTGCTAAGCCCTGTAG	205878

CR956389.6	1601	TGATGGTGTGTGTGGTCCTGGGCTGTTCCACAGGCCTGTGAGTTAGACAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205879	TGATGGTGTGTGTGGTCCTGGGCTGTTCCACAGGCCTGTGAGTTAGACAG	205928

CR956389.6	1651	TCTAGGGCTTTGCTTCTGAGCTCCAGGCTCATATACCCAGCTGCCTACTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205929	TCTAGGGCTTTGCTTCTGAGCTCCAGGCTCATATACCCAGCTGCCTACTT	205978

CR956389.6	1701	GCCATCCTTGCCTGGATGCCTCACAGGCCCTTCCTAACTCCTGCACCCAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	205979	GCCATCCTTGCCTGGATGCCTCACAGGCCCTTCCTAACTCCTGCACCCAA	206028

CR956389.6	1751	ACTGAACTCGTTATCCTCTGCAAGTCTCACCACGTGGCATATGACCCCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	206029	ACTGAACTCGTTATCCTCTGCAAGTCTCACCACGTGGCATATGACCCCAT	206078

CR956389.6	1801	CCTCTGCCCAGGGGTTCCTCGGCCTCCCGCATCTAGGCCAGACCATGTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	206079	CCTCTGCCCAGGGGTTCCTCGGCCTCCCGCATCTAGGCCAGACCATGTGC	206128

CR956389.6	1851	TGGAGATCACACCATGGAATCCGTCCTCACTGCCACTTCCTTGGCCTCGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	206129	TGGAGATCACACCATGGAATCCGTCCTCACTGCCACTTCCTTGGCCTCGC	206178

CR956389.6	1901	CACCTGGATCTTCTACCTGGCGTTGCCACAGCCTATCAAATTCATCTCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	206179	CACCTGGATCTTCTACCTGGCGTTGCCACAGCCTATCAAATTCATCTCCT	206228

CR956389.6	1951	TGCTTCCTCCCTCTTAGGTACCCATGCCTTAGAAGGAAGCCCAAGTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956634.3	206229	TGCTTCCTCCCTCTTAGGTACCCATGCCTTAGAAGGAAGCCCAAGTGATC	206278

Overview

Query
CR956389.6 - 46861 bps
Hit
CR956634.3 - 206278 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200012042792062781
285.21382502614326392114841150901
382.46801713822838398-114886150561
488.561752702614526414118619188891
588.151742702614026409-141950422191
686.131382382614426381145077453141
788.681742652614426408155150554141
882.09601352614426278-156956570891
986.521582672614326409-186224864901
1087.44115192228812307211512751514651
1187.51001682288123048-11648091649761
1289.01178271261442641411872811875531
1382.23144364435774394011875571879331
Short-link