<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR974574.10	2000	GATCCAGCGTTGCTGTGAGCTGTGGTATAGGTAGCAGACATGGCTCGGAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1	GATCCAGCGTTGCTGTGAGCTGTGGTATAGGTAGCAGACATGGCTCGGAT	50

C  CR974574.10	1950	CCTGTGTTGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCCGGTGGCTACTGTTCCGATTGG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	51	CCTGTGTTGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCCGGTGGCTACTGTTCCGATTGG	100

C  CR974574.10	1900	ACCCCTAGCCTGGGAACCCCCATACGCTGGGGAAGCGGCCCAAGAAATAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	101	ACCCCTAGCCTGGGAACCCCCATACGCTGGGGAAGCGGCCCAAGAAATAG	150

C  CR974574.10	1850	CAAAAAGACAAGAACAAAAACAAAACTGACAGATGAAATATAAGACGAAT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	151	CAAAAAGACAAGAACAAAAACAAAACTGACAGATGAAATATAAGACGAAT	200

C  CR974574.10	1800	TAGAGTTAATAGTCTTATCACACAAAGAAGAGAAAAACACCTGCGCTTGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	201	TAGAGTTAATAGTCTTATCACACAAAGAAGAGAAAAACACCTGCGCTTGA	250

C  CR974574.10	1750	AACCAGTGATAGAACCTTGATGTGTCTTAAATCTGGCTATAAATCAACTA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	251	AACCAGTGATAGAACCTTGATGTGTCTTAAATCTGGCTATAAATCAACTA	300

C  CR974574.10	1700	AAGCAACCAAGAGGTAGAAAACTTTTACCAATTAGATGGCTCACACATAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	301	AAGCAACCAAGAGGTAGAAAACTTTTACCAATTAGATGGCTCACACATAT	350

C  CR974574.10	1650	TTAAAGAATATAAAATCAAAGTTGCTGTTTTGCTGAAAACTAATAATTTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	351	TTAAAGAATATAAAATCAAAGTTGCTGTTTTGCTGAAAACTAATAATTTT	400

C  CR974574.10	1600	AAATAATTATTATGTTCAAACCTAGCTGTATTAAAGTTAATTTGAGGAAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	401	AAATAATTATTATGTTCAAACCTAGCTGTATTAAAGTTAATTTGAGGAAT	450

C  CR974574.10	1550	TATAATCAAAATGATTAAAACTAAGTGTGAGCAAATACAAAGAATAAATG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	451	TATAATCAAAATGATTAAAACTAAGTGTGAGCAAATACAAAGAATAAATG	500

C  CR974574.10	1500	GGTTATACTTACACCATCTCCAAATCTGGTGGCAATTCACTTTCTTTTTC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	501	GGTTATACTTACACCATCTCCAAATCTGGTGGCAATTCACTTTCTTTTTC	550

C  CR974574.10	1450	CCAGGTTAATATCTCTACTGCATACCGAAACATAATAGCAAAAATGTTGT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	551	CCAGGTTAATATCTCTACTGCATACCGAAACATAATAGCAAAAATGTTGT	600

C  CR974574.10	1400	AAGTTCTGGCTATCACATCTTCTGATAAATGCACAAGAGGATCCTGAAAG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	601	AAGTTCTGGCTATCACATCTTCTGATAAATGCACAAGAGGATCCTGAAAG	650

C  CR974574.10	1350	AACAGAAAAAACATGTAACCACGTTAAATGCACATCAATTCTCCTTTTTC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	651	AACAGAAAAAACATGTAACCACGTTAAATGCACATCAATTCTCCTTTTTC	700

C  CR974574.10	1300	CAATTTTGCCTCCAGTCCTCAAAATATTACTGTAAAAAGCTGAGTGGGAG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	701	CAATTTTGCCTCCAGTCCTCAAAATATTACTGTAAAAAGCTGAGTGGGAG	750

C  CR974574.10	1250	TTTCCATTGTGGCTTGGCAGTAACAAACCTGACTAGTATCCATGAGGACA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	751	TTTCCATTGTGGCTTGGCAGTAACAAACCTGACTAGTATCCATGAGGACA	800

C  CR974574.10	1200	AGGGTTTGTTTCGATACCTGGCCCCGCACAGTGGGTTAAGAATCCAGCAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	801	AGGGTTTGTTTCGATACCTGGCCCCGCACAGTGGGTTAAGAATCCAGCAT	850

C  CR974574.10	1150	TGCCATGAGCTGTGGTATAGGTCGCAGACACTGCTCGGATCCTGTGTTGC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	851	TGCCATGAGCTGTGGTATAGGTCGCAGACACTGCTCGGATCCTGTGTTGC	900

C  CR974574.10	1100	TGTGGCTGTGGTGTAGGTCGGCAGCTGCAGCTCAGATTGAACCCCTAGCC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	901	TGTGGCTGTGGTGTAGGTCGGCAGCTGCAGCTCAGATTGAACCCCTAGCC	950

C  CR974574.10	1050	AGGAACTTCCAAATGCCGCACGCGTGGCCCTAAAAAAAAGAAACAAAAAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	951	AGGAACTTCCAAATGCCGCACGCGTGGCCCTAAAAAAAAGAAACAAAAAC	1000

C  CR974574.10	1000	AACAACAAAAACAAACCTAACATTAAACTATGTTTACAGCTTCATATTCC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1001	AACAACAAAAACAAACCTAACATTAAACTATGTTTACAGCTTCATATTCC	1050

C  CR974574.10	950	TCTAATCCAAGATTTCCAGAATAAACAAAGGAATGTTATCTAAGGAATGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1051	TCTAATCCAAGATTTCCAGAATAAACAAAGGAATGTTATCTAAGGAATGT	1100

C  CR974574.10	900	CATCTAAGCAATATTTAGTTTTATAGGTATAAAAGAGAGCCTGATTTTTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1101	CATCTAAGCAATATTTAGTTTTATAGGTATAAAAGAGAGCCTGATTTTTG	1150

C  CR974574.10	850	AGGATTCTAAAGACAAACATCAACAAGAACAGAAAACTGCTCCACAATGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1151	AGGATTCTAAAGACAAACATCAACAAGAACAGAAAACTGCTCCACAATGT	1200

C  CR974574.10	800	TGTTAAGAATCACTCGTTTTCTCTCAGTGAGACAAGTCGTGTATGCACAC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1201	TGTTAAGAATCACTCGTTTTCTCTCAGTGAGACAAGTCGTGTATGCACAC	1250

C  CR974574.10	750	AACAGGGAACTTTGCATCAGACTTAACAGTGAATAAGTCAATATATTTCA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1251	AACAGGGAACTTTGCATCAGACTTAACAGTGAATAAGTCAATATATTTCA	1300

C  CR974574.10	700	AGGTTAATGTAAAAAAGTATTACCAACACACACTGAGGTTATCATAGTAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1301	AGGTTAATGTAAAAAAGTATTACCAACACACACTGAGGTTATCATAGTAT	1350

C  CR974574.10	650	CTTCAAGGTTAGCAAAATGTTTTCTACAATTTTTGATCTTAAAGCTTTAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1351	CTTCAAGGTTAGCAAAATGTTTTCTACAATTTTTGATCTTAAAGCTTTAT	1400

C  CR974574.10	600	CTTATATTTAAATGTTATTTAGCTTAATTGCTAAATAGTGTTATATCCAC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1401	CTTATATTTAAATGTTATTTAGCTTAATTGCTAAATAGTGTTATATCCAC	1450

C  CR974574.10	550	CTCTCAGTAAGAAAATCCACATATTCTAACATCATGGAATGGGAACCAGC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1451	CTCTCAGTAAGAAAATCCACATATTCTAACATCATGGAATGGGAACCAGC	1500

C  CR974574.10	500	ACATTCATTCAAATATACATAAGGATACAGAGCATTTCTATACATTCTCA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1501	ACATTCATTCAAATATACATAAGGATACAGAGCATTTCTATACATTCTCA	1550

C  CR974574.10	450	TCAAGGATCAGCTTAGTGGAACTGATACAAAACAAATGGAGGAAGAGAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1551	TCAAGGATCAGCTTAGTGGAACTGATACAAAACAAATGGAGGAAGAGAAT	1600

C  CR974574.10	400	AAAAACAAGAATGAAGGGACAAGGACAAAGATTCCTAAAGGAGACAGGTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1601	AAAAACAAGAATGAAGGGACAAGGACAAAGATTCCTAAAGGAGACAGGTT	1650

C  CR974574.10	350	TAGGGCTTAAAGAATGTGAGAAAAAGTAAAGTAAGACAAACATTTTTCAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1651	TAGGGCTTAAAGAATGTGAGAAAAAGTAAAGTAAGACAAACATTTTTCAA	1700

C  CR974574.10	300	AGTCTTATGGGGCTTTGTACTTACAACTTTTTTTCAATAAACTGCTTTGT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1701	AGTCTTATGGGGCTTTGTACTTACAACTTTTTTTCAATAAACTGCTTTGT	1750

C  CR974574.10	250	ATGATCCATCAAAATTTTTTTCTTTGTCCTGCTAGATTTGCTCCTATTTC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1751	ATGATCCATCAAAATTTTTTTCTTTGTCCTGCTAGATTTGCTCCTATTTC	1800

C  CR974574.10	200	TTGTGGAGACTTTAGAAGTTAACATGGGAAAACCACCTGTTACAAAGAAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1801	TTGTGGAGACTTTAGAAGTTAACATGGGAAAACCACCTGTTACAAAGAAG	1850

C  CR974574.10	150	GTACTGGAACTGGTACCTTCTCAGGATTCATAAAAGAATAGCTATTAATC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1851	GTACTGGAACTGGTACCTTCTCAGGATTCATAAAAGAATAGCTATTAATC	1900

C  CR974574.10	100	ACAGTCAAACCTCACACTGTTCTAAAACAGAAAGGAGAACCAAAACTCAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1901	ACAGTCAAACCTCACACTGTTCTAAAACAGAAAGGAGAACCAAAACTCAC	1950

C  CR974574.10	50	AGTTTTCTTGGTGATGTTATCTCACTTTACAGTCACACAACTTCCTACAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956632.4	1951	AGTTTTCTTGGTGATGTTATCTCACTTTACAGTCACACAACTTCCTACAA	2000

Overview

Query
CR974574.10 - 66478 bps
Hit
CR956632.4 - 186089 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001941200012000-1120001
295.322342762128021555-1928895651
394.92432952126621560-113569138621
493.272212855086251146-115220155011
593.922122635752057782-115236154981
693.972142672129821564-137780380441
796.972362632128021542-140962412251
895.473284036108261484150182505791
996.952853311561615946150253505791
1093.382172724452544796153513537841
1194.692182646053060793-153519537821
1286.063025786547866055167061676341
1396.095085886109561682170725713121
1497.354755301561616145170784713121
1585.612264256530865732170896713121
1683.3543910151578816802-11090451100471
1783.4544310146132662339-11090451100471
1888.194548066537166176-11092581100441
1998.52502682127921546-11267481270131
2094.59212260508705112911267541270121
2194.62212259575255778311267541270131
2285.14291627655506617611758441764691
Short-link