<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C CR974574.10 2000 GATCCAGCGTTGCTGTGAGCTGTGGTATAGGTAGCAGACATGGCTCGGAT 1951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1 GATCCAGCGTTGCTGTGAGCTGTGGTATAGGTAGCAGACATGGCTCGGAT 50 C CR974574.10 1950 CCTGTGTTGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCCGGTGGCTACTGTTCCGATTGG 1901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 51 CCTGTGTTGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCCGGTGGCTACTGTTCCGATTGG 100 C CR974574.10 1900 ACCCCTAGCCTGGGAACCCCCATACGCTGGGGAAGCGGCCCAAGAAATAG 1851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 101 ACCCCTAGCCTGGGAACCCCCATACGCTGGGGAAGCGGCCCAAGAAATAG 150 C CR974574.10 1850 CAAAAAGACAAGAACAAAAACAAAACTGACAGATGAAATATAAGACGAAT 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 151 CAAAAAGACAAGAACAAAAACAAAACTGACAGATGAAATATAAGACGAAT 200 C CR974574.10 1800 TAGAGTTAATAGTCTTATCACACAAAGAAGAGAAAAACACCTGCGCTTGA 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 201 TAGAGTTAATAGTCTTATCACACAAAGAAGAGAAAAACACCTGCGCTTGA 250 C CR974574.10 1750 AACCAGTGATAGAACCTTGATGTGTCTTAAATCTGGCTATAAATCAACTA 1701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 251 AACCAGTGATAGAACCTTGATGTGTCTTAAATCTGGCTATAAATCAACTA 300 C CR974574.10 1700 AAGCAACCAAGAGGTAGAAAACTTTTACCAATTAGATGGCTCACACATAT 1651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 301 AAGCAACCAAGAGGTAGAAAACTTTTACCAATTAGATGGCTCACACATAT 350 C CR974574.10 1650 TTAAAGAATATAAAATCAAAGTTGCTGTTTTGCTGAAAACTAATAATTTT 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 351 TTAAAGAATATAAAATCAAAGTTGCTGTTTTGCTGAAAACTAATAATTTT 400 C CR974574.10 1600 AAATAATTATTATGTTCAAACCTAGCTGTATTAAAGTTAATTTGAGGAAT 1551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 401 AAATAATTATTATGTTCAAACCTAGCTGTATTAAAGTTAATTTGAGGAAT 450 C CR974574.10 1550 TATAATCAAAATGATTAAAACTAAGTGTGAGCAAATACAAAGAATAAATG 1501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 451 TATAATCAAAATGATTAAAACTAAGTGTGAGCAAATACAAAGAATAAATG 500 C CR974574.10 1500 GGTTATACTTACACCATCTCCAAATCTGGTGGCAATTCACTTTCTTTTTC 1451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 501 GGTTATACTTACACCATCTCCAAATCTGGTGGCAATTCACTTTCTTTTTC 550 C CR974574.10 1450 CCAGGTTAATATCTCTACTGCATACCGAAACATAATAGCAAAAATGTTGT 1401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 551 CCAGGTTAATATCTCTACTGCATACCGAAACATAATAGCAAAAATGTTGT 600 C CR974574.10 1400 AAGTTCTGGCTATCACATCTTCTGATAAATGCACAAGAGGATCCTGAAAG 1351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 601 AAGTTCTGGCTATCACATCTTCTGATAAATGCACAAGAGGATCCTGAAAG 650 C CR974574.10 1350 AACAGAAAAAACATGTAACCACGTTAAATGCACATCAATTCTCCTTTTTC 1301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 651 AACAGAAAAAACATGTAACCACGTTAAATGCACATCAATTCTCCTTTTTC 700 C CR974574.10 1300 CAATTTTGCCTCCAGTCCTCAAAATATTACTGTAAAAAGCTGAGTGGGAG 1251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 701 CAATTTTGCCTCCAGTCCTCAAAATATTACTGTAAAAAGCTGAGTGGGAG 750 C CR974574.10 1250 TTTCCATTGTGGCTTGGCAGTAACAAACCTGACTAGTATCCATGAGGACA 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 751 TTTCCATTGTGGCTTGGCAGTAACAAACCTGACTAGTATCCATGAGGACA 800 C CR974574.10 1200 AGGGTTTGTTTCGATACCTGGCCCCGCACAGTGGGTTAAGAATCCAGCAT 1151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 801 AGGGTTTGTTTCGATACCTGGCCCCGCACAGTGGGTTAAGAATCCAGCAT 850 C CR974574.10 1150 TGCCATGAGCTGTGGTATAGGTCGCAGACACTGCTCGGATCCTGTGTTGC 1101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 851 TGCCATGAGCTGTGGTATAGGTCGCAGACACTGCTCGGATCCTGTGTTGC 900 C CR974574.10 1100 TGTGGCTGTGGTGTAGGTCGGCAGCTGCAGCTCAGATTGAACCCCTAGCC 1051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 901 TGTGGCTGTGGTGTAGGTCGGCAGCTGCAGCTCAGATTGAACCCCTAGCC 950 C CR974574.10 1050 AGGAACTTCCAAATGCCGCACGCGTGGCCCTAAAAAAAAGAAACAAAAAC 1001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 951 AGGAACTTCCAAATGCCGCACGCGTGGCCCTAAAAAAAAGAAACAAAAAC 1000 C CR974574.10 1000 AACAACAAAAACAAACCTAACATTAAACTATGTTTACAGCTTCATATTCC 951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1001 AACAACAAAAACAAACCTAACATTAAACTATGTTTACAGCTTCATATTCC 1050 C CR974574.10 950 TCTAATCCAAGATTTCCAGAATAAACAAAGGAATGTTATCTAAGGAATGT 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1051 TCTAATCCAAGATTTCCAGAATAAACAAAGGAATGTTATCTAAGGAATGT 1100 C CR974574.10 900 CATCTAAGCAATATTTAGTTTTATAGGTATAAAAGAGAGCCTGATTTTTG 851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1101 CATCTAAGCAATATTTAGTTTTATAGGTATAAAAGAGAGCCTGATTTTTG 1150 C CR974574.10 850 AGGATTCTAAAGACAAACATCAACAAGAACAGAAAACTGCTCCACAATGT 801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1151 AGGATTCTAAAGACAAACATCAACAAGAACAGAAAACTGCTCCACAATGT 1200 C CR974574.10 800 TGTTAAGAATCACTCGTTTTCTCTCAGTGAGACAAGTCGTGTATGCACAC 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1201 TGTTAAGAATCACTCGTTTTCTCTCAGTGAGACAAGTCGTGTATGCACAC 1250 C CR974574.10 750 AACAGGGAACTTTGCATCAGACTTAACAGTGAATAAGTCAATATATTTCA 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1251 AACAGGGAACTTTGCATCAGACTTAACAGTGAATAAGTCAATATATTTCA 1300 C CR974574.10 700 AGGTTAATGTAAAAAAGTATTACCAACACACACTGAGGTTATCATAGTAT 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1301 AGGTTAATGTAAAAAAGTATTACCAACACACACTGAGGTTATCATAGTAT 1350 C CR974574.10 650 CTTCAAGGTTAGCAAAATGTTTTCTACAATTTTTGATCTTAAAGCTTTAT 601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1351 CTTCAAGGTTAGCAAAATGTTTTCTACAATTTTTGATCTTAAAGCTTTAT 1400 C CR974574.10 600 CTTATATTTAAATGTTATTTAGCTTAATTGCTAAATAGTGTTATATCCAC 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1401 CTTATATTTAAATGTTATTTAGCTTAATTGCTAAATAGTGTTATATCCAC 1450 C CR974574.10 550 CTCTCAGTAAGAAAATCCACATATTCTAACATCATGGAATGGGAACCAGC 501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1451 CTCTCAGTAAGAAAATCCACATATTCTAACATCATGGAATGGGAACCAGC 1500 C CR974574.10 500 ACATTCATTCAAATATACATAAGGATACAGAGCATTTCTATACATTCTCA 451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1501 ACATTCATTCAAATATACATAAGGATACAGAGCATTTCTATACATTCTCA 1550 C CR974574.10 450 TCAAGGATCAGCTTAGTGGAACTGATACAAAACAAATGGAGGAAGAGAAT 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1551 TCAAGGATCAGCTTAGTGGAACTGATACAAAACAAATGGAGGAAGAGAAT 1600 C CR974574.10 400 AAAAACAAGAATGAAGGGACAAGGACAAAGATTCCTAAAGGAGACAGGTT 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1601 AAAAACAAGAATGAAGGGACAAGGACAAAGATTCCTAAAGGAGACAGGTT 1650 C CR974574.10 350 TAGGGCTTAAAGAATGTGAGAAAAAGTAAAGTAAGACAAACATTTTTCAA 301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1651 TAGGGCTTAAAGAATGTGAGAAAAAGTAAAGTAAGACAAACATTTTTCAA 1700 C CR974574.10 300 AGTCTTATGGGGCTTTGTACTTACAACTTTTTTTCAATAAACTGCTTTGT 251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1701 AGTCTTATGGGGCTTTGTACTTACAACTTTTTTTCAATAAACTGCTTTGT 1750 C CR974574.10 250 ATGATCCATCAAAATTTTTTTCTTTGTCCTGCTAGATTTGCTCCTATTTC 201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1751 ATGATCCATCAAAATTTTTTTCTTTGTCCTGCTAGATTTGCTCCTATTTC 1800 C CR974574.10 200 TTGTGGAGACTTTAGAAGTTAACATGGGAAAACCACCTGTTACAAAGAAG 151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1801 TTGTGGAGACTTTAGAAGTTAACATGGGAAAACCACCTGTTACAAAGAAG 1850 C CR974574.10 150 GTACTGGAACTGGTACCTTCTCAGGATTCATAAAAGAATAGCTATTAATC 101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1851 GTACTGGAACTGGTACCTTCTCAGGATTCATAAAAGAATAGCTATTAATC 1900 C CR974574.10 100 ACAGTCAAACCTCACACTGTTCTAAAACAGAAAGGAGAACCAAAACTCAC 51 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1901 ACAGTCAAACCTCACACTGTTCTAAAACAGAAAGGAGAACCAAAACTCAC 1950 C CR974574.10 50 AGTTTTCTTGGTGATGTTATCTCACTTTACAGTCACACAACTTCCTACAA 1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956632.4 1951 AGTTTTCTTGGTGATGTTATCTCACTTTACAGTCACACAACTTCCTACAA 2000
Overview
- Query
- CR974574.10 - 66478 bps
- Hit
- CR956632.4 - 186089 bps
- Total alignments
- 22
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1941 | 2000 | 1 | 2000 | -1 | 1 | 2000 | 1 |
| 2 | 95.32 | 234 | 276 | 21280 | 21555 | -1 | 9288 | 9565 | 1 |
| 3 | 94.9 | 243 | 295 | 21266 | 21560 | -1 | 13569 | 13862 | 1 |
| 4 | 93.27 | 221 | 285 | 50862 | 51146 | -1 | 15220 | 15501 | 1 |
| 5 | 93.92 | 212 | 263 | 57520 | 57782 | -1 | 15236 | 15498 | 1 |
| 6 | 93.97 | 214 | 267 | 21298 | 21564 | -1 | 37780 | 38044 | 1 |
| 7 | 96.97 | 236 | 263 | 21280 | 21542 | -1 | 40962 | 41225 | 1 |
| 8 | 95.47 | 328 | 403 | 61082 | 61484 | 1 | 50182 | 50579 | 1 |
| 9 | 96.95 | 285 | 331 | 15616 | 15946 | 1 | 50253 | 50579 | 1 |
| 10 | 93.38 | 217 | 272 | 44525 | 44796 | 1 | 53513 | 53784 | 1 |
| 11 | 94.69 | 218 | 264 | 60530 | 60793 | -1 | 53519 | 53782 | 1 |
| 12 | 86.06 | 302 | 578 | 65478 | 66055 | 1 | 67061 | 67634 | 1 |
| 13 | 96.09 | 508 | 588 | 61095 | 61682 | 1 | 70725 | 71312 | 1 |
| 14 | 97.35 | 475 | 530 | 15616 | 16145 | 1 | 70784 | 71312 | 1 |
| 15 | 85.61 | 226 | 425 | 65308 | 65732 | 1 | 70896 | 71312 | 1 |
| 16 | 83.35 | 439 | 1015 | 15788 | 16802 | -1 | 109045 | 110047 | 1 |
| 17 | 83.45 | 443 | 1014 | 61326 | 62339 | -1 | 109045 | 110047 | 1 |
| 18 | 88.19 | 454 | 806 | 65371 | 66176 | -1 | 109258 | 110044 | 1 |
| 19 | 98.5 | 250 | 268 | 21279 | 21546 | -1 | 126748 | 127013 | 1 |
| 20 | 94.59 | 212 | 260 | 50870 | 51129 | 1 | 126754 | 127012 | 1 |
| 21 | 94.62 | 212 | 259 | 57525 | 57783 | 1 | 126754 | 127013 | 1 |
| 22 | 85.14 | 291 | 627 | 65550 | 66176 | 1 | 175844 | 176469 | 1 |
