<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR974572.21	1	AGTTATATATTTTTTCTAGATTTGTTTCCCTTACAGGTTATGATAAAATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	153836	AGTTATATATTTTTTCTAGATTTGTTTCCCTTACAGGTTATGATAAAATG	153885

CR974572.21	51	GGGAGCATATTTTCCTGAGCTGTGCAGAGGGGAGCTCGTTATCTAGGTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	153886	GGGAGCATATTTTCCTGAGCTGTGCAGAGGGGAGCTCGTTATCTAGGTTA	153935

CR974572.21	101	TGTCTGTTCATCTCAAACTAATTGATCCTTCCCCAGCTTTTCGCTCCGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	153936	TGTCTGTTCATCTCAAACTAATTGATCCTTCCCCAGCTTTTCGCTCCGGT	153985

CR974572.21	151	AACCATAAGTTTGTTTTCTGTGGCTGGGGGTCTACTTCTGCTTTGTCAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	153986	AACCATAAGTTTGTTTTCTGTGGCTGGGGGTCTACTTCTGCTTTGTCAAT	154035

CR974572.21	201	AAGTTCATTGCCTGCTGTGCTGAGGGCCGAGATGAAATTTTGCACCTTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154036	AAGTTCATTGCCTGCTGTGCTGAGGGCCGAGATGAAATTTTGCACCTTCC	154085

CR974572.21	251	CACTCCATCCTGCCCGGATGTGAGTTGACCCTTTGATGCTCTGCCCCCTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154086	CACTCCATCCTGCCCGGATGTGAGTTGACCCTTTGATGCTCTGCCCCCTG	154135

CR974572.21	301	CCCCCTGGTCCAGGAAAATCACGGTACCCGGAGGGCTCGCAGGGCTTGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154136	CCCCCTGGTCCAGGAAAATCACGGTACCCGGAGGGCTCGCAGGGCTTGTG	154185

CR974572.21	351	CCGTCAGCATCCCTGGCGGGGGTGCTCTGGGAACGTGCCCCCGCAGACCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154186	CCGTCAGCATCCCTGGCGGGGGTGCTCTGGGAACGTGCCCCCGCAGACCC	154235

CR974572.21	401	CTGCACACCCTCTCCAGGGAAGTACATGTGAGGGAAAAACGTGTACTTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154236	CTGCACACCCTCTCCAGGGAAGTACATGTGAGGGAAAAACGTGTACTTCT	154285

CR974572.21	451	GAAGTGCTTCTGCCTCTGGCCTTTTTTCCGTGGAAGCTAAAAAATACATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154286	GAAGTGCTTCTGCCTCTGGCCTTTTTTCCGTGGAAGCTAAAAAATACATC	154335

CR974572.21	501	TGTGGGGTTTTTTCCAGGAAATTAAAAAAAAAAAAATCTCTCCATCTCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154336	TGTGGGGTTTTTTCCAGGAAATTAAAAAAAAAAAAATCTCTCCATCTCTC	154385

CR974572.21	551	TTTGTCTGTGTCTCTCTCATACGCACACACGCAGAAAGTTCTATTAGATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154386	TTTGTCTGTGTCTCTCTCATACGCACACACGCAGAAAGTTCTATTAGATT	154435

CR974572.21	601	TCAAACTGGACAAAAATTACTTCCTTTATTTAGAGAAGTATCATTTGTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154436	TCAAACTGGACAAAAATTACTTCCTTTATTTAGAGAAGTATCATTTGTGA	154485

CR974572.21	651	AAAAAAAACCCATGATTTTTAAGCATACAGAAAAGTGTGTGTGTGTATCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154486	AAAAAAAACCCATGATTTTTAAGCATACAGAAAAGTGTGTGTGTGTATCA	154535

CR974572.21	701	GGGAAAACACTTCCTCTCTGATTCTCCTTCTCAAGCTCGTCCTCACCAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154536	GGGAAAACACTTCCTCTCTGATTCTCCTTCTCAAGCTCGTCCTCACCAGG	154585

CR974572.21	751	CAGAGATGCTGGCTGCCTTGAGAAAATACGTACCGGAGAGAAAAACATAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154586	CAGAGATGCTGGCTGCCTTGAGAAAATACGTACCGGAGAGAAAAACATAC	154635

CR974572.21	801	ACGTAAATTCTCTGTCCCAGAAGAAAACTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154636	ACGTAAATTCTCTGTCCCAGAAGAAAACTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	154685

CR974572.21	851	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT----CT	896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||
CR956624.6	154686	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCT	154735

CR974572.21	897	AGCAGATACATGTCTTTCTGGGTTGATTTCTCTCTCCTGCAATGAGGGAA	946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154736	AGCAGATACATGTCTTTCTGGGTTGATTTCTCTCTCCTGCAATGAGGGAA	154785

CR974572.21	947	AAAATATGGCCTTTATTCATGAAGAAAAACATACCCCTTCTGTCTCACAC	996
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154786	AAAATATGGCCTTTATTCATGAAGAAAAACATACCCCTTCTGTCTCACAC	154835

CR974572.21	997	ACACACAAAACTGCCTTCCCTTCTCTCTCTGACTCTGAACCACTGGCTAA	1046
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154836	ACACACAAAACTGCCTTCCCTTCTCTCTCTGACTCTGAACCACTGGCTAA	154885

CR974572.21	1047	ACCAACCCTCTCCTCCTGGGGCAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1096
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154886	ACCAACCCTCTCCTCCTGGGGCAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	154935

CR974572.21	1097	TGTCTCCTTCCTTCTACCGTTTTAAATCTTTTTTCTTTTTTCTTTCTTTT	1146
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154936	TGTCTCCTTCCTTCTACCGTTTTAAATCTTTTTTCTTTTTTCTTTCTTTT	154985

CR974572.21	1147	TCTATTTTTTTTTACTAACTGTCTTTCTCTTTCTCTCTGTCGGTCTCTTT	1196
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	154986	TCTATTTTTTTTTACTAACTGTCTTTCTCTTTCTCTCTGTCGGTCTCTTT	155035

CR974572.21	1197	CTGCTTCAGAAAAGTCTCTCTCTAAAGACACACTCCCACATACAATCACA	1246
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155036	CTGCTTCAGAAAAGTCTCTCTCTAAAGACACACTCCCACATACAATCACA	155085

CR974572.21	1247	CGAAGAAAGCATCCATGGAAGAGAAATGCTTAGCCTCACTCTGACAGCCC	1296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155086	CGAAGAAAGCATCCATGGAAGAGAAATGCTTAGCCTCACTCTGACAGCCC	155135

CR974572.21	1297	GAGGAAGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGCAC	1346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155136	GAGGAAGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGCAC	155185

CR974572.21	1347	GCGCAGCAAAGAACCTCTGTCCACAGATGGCTGGTCTCTCCCCACAGGCA	1396
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155186	GCGCAGCAAAGAACCTCTGTCCACAGATGGCTGGTCTCTCCCCACAGGCA	155235

CR974572.21	1397	GGAAAATCTACATGTCTTCTCTTCAGGCAGAAAAACCTGACTTGAAAACA	1446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155236	GGAAAATCTACATGTCTTCTCTTCAGGCAGAAAAACCTGACTTGAAAACA	155285

CR974572.21	1447	CACACACACACACTCACACACACACACAAATTTAGGCAGAAAGTTCTCTC	1496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155286	CACACACACACACTCACACACACACACAAATTTAGGCAGAAAGTTCTCTC	155335

CR974572.21	1497	TATTCATCATTAAAACTAGACAGAAATTACTTCTCTTTAGAGAGTCATCA	1546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155336	TATTCATCATTAAAACTAGACAGAAATTACTTCTCTTTAGAGAGTCATCA	155385

CR974572.21	1547	CCGACAAATAAACACTCTGTCTCTCGGCTTGCAGAAAAGTAAATGCGTGT	1596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155386	CCGACAAATAAACACTCTGTCTCTCGGCTTGCAGAAAAGTAAATGCGTGT	155435

CR974572.21	1597	GTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGTGTGTTAGACAAAAAAT	1646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155436	GTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGTGTGTTAGACAAAAAAT	155485

CR974572.21	1647	ATTCTCTGAGAGTCTATCCTGTAGGTTGTTCTCACCGGGCAGAGATGCTG	1696
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155486	ATTCTCTGAGAGTCTATCCTGTAGGTTGTTCTCACCGGGCAGAGATGCTG	155535

CR974572.21	1697	GTTCCTTTGAGAAAATAGGTACCAGAGAGAGAAAAACACACATACATTCT	1746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155536	GTTCCTTTGAGAAAATAGGTACCAGAGAGAGAAAAACACACATACATTCT	155585

CR974572.21	1747	CTGAACAAGAAGAAAATTGTAGGGGGTGGGTGGGTGGGTGTGTGCATGTG	1796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155586	CTGAACAAGAAGAAAATTGTAGGGGGTGGGTGGGTGGGTGTGTGCATGTG	155635

CR974572.21	1797	TGTGTGTGTGCAGGAAAAAACAGACAAAACCAGTGGAAACCTCTGTCTCT	1846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155636	TGTGTGTGTGCAGGAAAAAACAGACAAAACCAGTGGAAACCTCTGTCTCT	155685

CR974572.21	1847	TGGCCTGAATGTCCCTATAGACGGAGATGGTTGCAGGAGGAATGTGCTGT	1896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155686	TGGCCTGAATGTCCCTATAGACGGAGATGGTTGCAGGAGGAATGTGCTGT	155735

CR974572.21	1897	TTTCCAGGCAGAAAAAAACCATGTTGGACACACACACACACACACACACA	1946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155736	TTTCCAGGCAGAAAAAAACCATGTTGGACACACACACACACACACACACA	155785

CR974572.21	1947	CACACACTCACTCGGCTGCAAGGCCTCACTCTGCCGCCCCAGAAAAGCCT	1996
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956624.6	155786	CACACACTCACTCGGCTGCAAGGCCTCACTCTGCCGCCCCAGAAAAGCCT	155835

CR974572.21	1997	GATC	2000
			||||
CR956624.6	155836	GATC	155839

Compact alignment

skip 850 bps 100% identity alignment

CR974572.21	851	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT----CT	896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||
CR956624.6	154686	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCT	154735

skip 1104 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR974572.21 - 137431 bps
Hit
CR956624.6 - 155839 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.8197920001200011538361558391
285.2361811897913980327-122724239011
382.121062346097061203153660538941
484.981232335828458516-153686539181
584.06103208101762101969-153686538921
685.8710118487428925153686538691
784.331122175828058496155915561311
884.3511522887488975-155916561451
982.721142426096461205-155941561831
1084.199195101760101954155943561371
1185.41127233126872127104157093573251
1282.04861999025790455-164826650311
1385.79951775834158517-167892680741
1482.5810423487418974167892681321
1582.46992226099561216167893681201
1680872349762097853167893681321
1781.571062534230042552182725829791
1885.571081948741893411046311048241
1987.04128215101737101951-11046491048641
2079.8290239582795851711142681145001
2178.11872646096661229-11210421213061
2277.26202833714327226411358491366571
2381.44972356099561229-11368101370461
Short-link