<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CU012061.2	1	CTATAAGATGTTAGACTTATAATCTTCTAGATTGTGTGATCTGGAGAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	2000	CTATAAGATGTTAGACTTATAATCTTCTAGATTGTGTGATCTGGAGAAAA	1951

  CU012061.2	51	TCAAAATTAGCAAACAAAAAACAAATGATTTTGGAGGCTTTTGAAAAATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1950	TCAAAATTAGCAAACAAAAAACAAATGATTTTGGAGGCTTTTGAAAAATG	1901

  CU012061.2	101	AAGGGGGGGGGATTTTCTTTTATTTGAAGGACCATTGTGGCCAGTGACCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1900	AAGGGGGGGGGATTTTCTTTTATTTGAAGGACCATTGTGGCCAGTGACCA	1851

  CU012061.2	151	CCAATATGCAGGGTCCATTAACCTCTAAAATAAATTCTAGTTACTCTGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1850	CCAATATGCAGGGTCCATTAACCTCTAAAATAAATTCTAGTTACTCTGAG	1801

  CU012061.2	201	GAATTAATCTTCACAGTTGTGCCTAAAAATACCTTGATTCCCTATCAGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1800	GAATTAATCTTCACAGTTGTGCCTAAAAATACCTTGATTCCCTATCAGCA	1751

  CU012061.2	251	TTAAAAAAAAAATTAAAACAGGAGAACCTGGATTCTACTCAATAGGGACG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1750	TTAAAAAAAAAATTAAAACAGGAGAACCTGGATTCTACTCAATAGGGACG	1701

  CU012061.2	301	AGCACCAAGGAATTTATATAGGTCTACCAAAACAACAATGGGTGTGTTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1700	AGCACCAAGGAATTTATATAGGTCTACCAAAACAACAATGGGTGTGTTTC	1651

  CU012061.2	351	TGTGTAGGTCTACCAAAACAACAATGGGTGTGTTTCTGTGTGTTGCGTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1650	TGTGTAGGTCTACCAAAACAACAATGGGTGTGTTTCTGTGTGTTGCGTTG	1601

  CU012061.2	401	CGGTATTGCCTGTGGTATATAATGCCAAATATGATGCCTGAATACACATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1600	CGGTATTGCCTGTGGTATATAATGCCAAATATGATGCCTGAATACACATT	1551

  CU012061.2	451	AAAATAACAACTGACCATTTTATTTTATAATACACAACAACTCCCTGCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1550	AAAATAACAACTGACCATTTTATTTTATAATACACAACAACTCCCTGCTT	1501

  CU012061.2	501	GAGAAAGAAAGGGCGGCGCACTCCTACCGACGTGGGATTTACGACAGATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1500	GAGAAAGAAAGGGCGGCGCACTCCTACCGACGTGGGATTTACGACAGATC	1451

  CU012061.2	551	AAAACTCAATGTTACAATGCCACAGCCTAATTCCCAAGATCATGAAAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1450	AAAACTCAATGTTACAATGCCACAGCCTAATTCCCAAGATCATGAAAATT	1401

  CU012061.2	601	CTAACAAAAAAATTCTAGATTTAACAGCCAGGCCTCGTCTAAAATTTTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1400	CTAACAAAAAAATTCTAGATTTAACAGCCAGGCCTCGTCTAAAATTTTGA	1351

  CU012061.2	651	ATCCAAAAGCAAATTCTCCATCAGATAGAGTTCATCTGAGCAGCATCAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1350	ATCCAAAAGCAAATTCTCCATCAGATAGAGTTCATCTGAGCAGCATCAAA	1301

  CU012061.2	701	CTTCACAACAAAGAAATACAATACCAGTCAGCACGAGTCTGTCATACTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1300	CTTCACAACAAAGAAATACAATACCAGTCAGCACGAGTCTGTCATACTAA	1251

  CU012061.2	751	TATGCTTATTGTCCGTCATCAGTTGGTGGGCGGAAAGGAAAGTGTGCAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1250	TATGCTTATTGTCCGTCATCAGTTGGTGGGCGGAAAGGAAAGTGTGCAAA	1201

  CU012061.2	801	CTTGATTTTTAAGGTTGGTGAATCGGGCTTTTTATCATCAAACTTGTAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1200	CTTGATTTTTAAGGTTGGTGAATCGGGCTTTTTATCATCAAACTTGTAGC	1151

  CU012061.2	851	CTGCATAAAGTTACACATGAGATTGTATTTTCCACACATTCATAACATGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1150	CTGCATAAAGTTACACATGAGATTGTATTTTCCACACATTCATAACATGA	1101

  CU012061.2	901	CTACGCATCTACTGATTTAAATTTGGCTTACATAACAATTTTGTTCCTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1100	CTACGCATCTACTGATTTAAATTTGGCTTACATAACAATTTTGTTCCTCT	1051

  CU012061.2	951	AAATATACCATTTTCTTTATTTTACCAATATATTTTTTCAAAAACATCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1050	AAATATACCATTTTCTTTATTTTACCAATATATTTTTTCAAAAACATCCC	1001

  CU012061.2	1001	TTAGTATATCTTTGTTAGATGTATTGGTCTTGCTGTTAAGTAGTGACATC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	1000	TTAGTATATCTTTGTTAGATGTATTGGTCTTGCTGTTAAGTAGTGACATC	951

  CU012061.2	1051	AGACAAGTAACCCTATCAACTTGCAGTCATCACATGCCCAAAACTTATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	950	AGACAAGTAACCCTATCAACTTGCAGTCATCACATGCCCAAAACTTATCC	901

  CU012061.2	1101	CGTTTGTCAATCAATGTACCAACTCAATCACTTATCCCCATCTCTCCTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	900	CGTTTGTCAATCAATGTACCAACTCAATCACTTATCCCCATCTCTCCTCT	851

  CU012061.2	1151	CCCAACCATATCCATCTTCCCCTCCCCTACCCTACTCCCCCAACCCTCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	850	CCCAACCATATCCATCTTCCCCTCCCCTACCCTACTCCCCCAACCCTCAC	801

  CU012061.2	1201	TCAATCTTACCCAGTCTCTCATACGAAGGAAGTCATTTGCAAAGCACATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	800	TCAATCTTACCCAGTCTCTCATACGAAGGAAGTCATTTGCAAAGCACATA	751

  CU012061.2	1251	GCCAATCATAGTCTAAAAGGAGGCTTCACAATACATCATAAAGGAAACAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	750	GCCAATCATAGTCTAAAAGGAGGCTTCACAATACATCATAAAGGAAACAC	701

  CU012061.2	1301	TTTCGGTTAATAACAAACCCGAAAGAATCACTGTTATTGCAACAAAACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	700	TTTCGGTTAATAACAAACCCGAAAGAATCACTGTTATTGCAACAAAACAA	651

  CU012061.2	1351	AAAAAAACTACAAAAGCAGCTTTTATTCACCCTCTCAATGTGTCCAGAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	650	AAAAAAACTACAAAAGCAGCTTTTATTCACCCTCTCAATGTGTCCAGAAC	601

  CU012061.2	1401	CGGTTATGTAGCACTTCTGAGTTCATGTCCAGAAATAAATTGTTTTAGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	600	CGGTTATGTAGCACTTCTGAGTTCATGTCCAGAAATAAATTGTTTTAGTA	551

  CU012061.2	1451	ACTAATTGCAGATGAGTATTGTAGTCTATGTACAGGACTGAAATCTCATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	550	ACTAATTGCAGATGAGTATTGTAGTCTATGTACAGGACTGAAATCTCATG	501

  CU012061.2	1501	GTAAACACATTTTGCCATGTTTGCATATGAAGTACACAATTTTATTGTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	500	GTAAACACATTTTGCCATGTTTGCATATGAAGTACACAATTTTATTGTCT	451

  CU012061.2	1551	AAGGTAATAAAATACTATATCCCATTAATAAATAGTAACACTATAAAAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	450	AAGGTAATAAAATACTATATCCCATTAATAAATAGTAACACTATAAAAGT	401

  CU012061.2	1601	GATAGATTATTGAAATGAAAGTGCCAAAATCAAGTGGTGGATCTCATTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	400	GATAGATTATTGAAATGAAAGTGCCAAAATCAAGTGGTGGATCTCATTAT	351

  CU012061.2	1651	CTCACATTTAAACACGCATGAACAAAATGTTTCGGACGGTGGGCGTGAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	350	CTCACATTTAAACACGCATGAACAAAATGTTTCGGACGGTGGGCGTGAGG	301

  CU012061.2	1701	GAGGGGATGAGGCCAGAGGGTAGGGTTGGAGGAGAGGGGGGAAGAGTAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	300	GAGGGGATGAGGCCAGAGGGTAGGGTTGGAGGAGAGGGGGGAAGAGTAAG	251

  CU012061.2	1751	ATGATGGGCCGCATATCACTTGACATGTGGGATGTTTTAGACAGGTGGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	250	ATGATGGGCCGCATATCACTTGACATGTGGGATGTTTTAGACAGGTGGCA	201

  CU012061.2	1801	AGGACGAGTTCACATTTCAGGTTTCACATCACCACTAAGAGAATTTAGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	200	AGGACGAGTTCACATTTCAGGTTTCACATCACCACTAAGAGAATTTAGAT	151

  CU012061.2	1851	GTGCTGACCAAAACAACCGAAAGAGATATACTAAGGGATGCTCTGAAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	150	GTGCTGACCAAAACAACCGAAAGAGATATACTAAGGGATGCTCTGAAAAA	101

  CU012061.2	1901	ATTGGAGATGACTAAAAGAGATATACTGAGGGATGTGCTGAAAAAATTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	100	ATTGGAGATGACTAAAAGAGATATACTGAGGGATGTGCTGAAAAAATTGG	51

  CU012061.2	1951	AGAGTAAAATAAAAAATAGGTATAGAGTGATGGAAATGTTATTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR956434.13	50	AGAGTAAAATAAAAAATAGGTATAGAGTGATGGAAATGTTATTTAAGCTT	1

Overview

Query
CU012061.2 - 17462 bps
Hit
CR956434.13 - 113074 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001947200012000112000-1
21003737319355116101646-1
31003737355391116461682-1
489.294288031295213754161137619271
Short-link