<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

CR974479.17	1	AGGAGCTTGTTTCTCTGTCTGTAAGGTGGCAGTGGTTTAAATGGGAGGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	79701	AGGAGCTTGTTTCTCTGTCTGTAAGGTGGCAGTGGTTTAAATGGGAGGTT	79750

CR974479.17	51	CTGCTTATTTTATTTTATTTTATTTCATTTCATTTCATTTTTTTTTGCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	79751	CTGCTTATTTTATTTTATTTTATTTCATTTCATTTCATTTTTTTTTGCTT	79800

CR974479.17	101	TCTAGGGCTGCACCCTCGGCATATGGAAGTTCCCAGGTTAGGGGCTGAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	79801	TCTAGGGCTGCACCCTCGGCATATGGAAGTTCCCAGGTTAGGGGCTGAAT	79850

CR974479.17	151	CAGAGCTACAGCTGCTGGCCTACACCACAGCCACAGCAACACAAGATCCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	79851	CAGAGCTACAGCTGCTGGCCTACACCACAGCCACAGCAACACAAGATCCG	79900

CR974479.17	201	AGCCTCATCTGCGACCTACACTGCCACTCATGACAACGCTGGATCCTTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	79901	AGCCTCATCTGCGACCTACACTGCCACTCATGACAACGCTGGATCCTTAA	79950

CR974479.17	251	CCCAATGAGCAAGGCCAGGGATCGAACCCTCATCCTCGTGGATCCTAGTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	79951	CCCAATGAGCAAGGCCAGGGATCGAACCCTCATCCTCGTGGATCCTAGTC	80000

CR974479.17	301	AGGTTCATTCCTGCTGAGCCACGACAGGCACGCTTGGAGGTTCTACTTAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80001	AGGTTCATTCCTGCTGAGCCACGACAGGCACGCTTGGAGGTTCTACTTAT	80050

CR974479.17	351	AATGAGTACTGTGCAGCGACAGCCTCCTTGGTTGAAACCACTGAGTGTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80051	AATGAGTACTGTGCAGCGACAGCCTCCTTGGTTGAAACCACTGAGTGTGT	80100

CR974479.17	401	GTGACAGTTGGGGGGATGCTGCTCTGGCCTCCTCCTTGAGCCTCTCTCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CR956433.5	80101	GTGACAGTTGGGGGGATGCTGCTCTGGCCTCCTCCTTGAGCCTTTCTCCC	80150

CR974479.17	451	TCTTGGCACCTCTTTCTCCCTGGGACCTTTGACCCCTGAAAACCCCTAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80151	TCTTGGCACCTCTTTCTCCCTGGGACCTTTGACCCCTGAAAACCCCTAAA	80200

CR974479.17	501	CCAGAAGATCCCTTCTTAAAGAAACTGCTCTGTGCTGGGTGCTGGCTGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80201	CCAGAAGATCCCTTCTTAAAGAAACTGCTCTGTGCTGGGTGCTGGCTGGG	80250

CR974479.17	551	ATTCTAGACCAGAAGTTCCTTGGAGTTCCCTGGTAGCTCAAAAGGCTAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80251	ATTCTAGACCAGAAGTTCCTTGGAGTTCCCTGGTAGCTCAAAAGGCTAAG	80300

CR974479.17	601	GGTCTGGCGTTGTCACTGCTGTGGCTCGGGTTCAGTGCCTGGCCTGGGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80301	GGTCTGGCGTTGTCACTGCTGTGGCTCGGGTTCAGTGCCTGGCCTGGGAA	80350

CR974479.17	651	CTTCTGCATGCTGTGGGCTCAGCAAACAAACAAACAAACAAACCAGAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80351	CTTCTGCATGCTGTGGGCTCAGCAAACAAACAAACAAACAAACCAGAAAT	80400

CR974479.17	701	TCCCAGATGTAGCTCCTCCAGACTGACAGTATCAAGTCACTTAGAAACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80401	TCCCAGATGTAGCTCCTCCAGACTGACAGTATCAAGTCACTTAGAAACCT	80450

CR974479.17	751	CATTAACAAACAGTGTGGGAGTTCCCATTGTGGCGCAGCAGAAATGAATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80451	CATTAACAAACAGTGTGGGAGTTCCCATTGTGGCGCAGCAGAAATGAATC	80500

CR974479.17	801	CAGCTAGTATCCATGAAGATGCGGATCTCGATCAGTGGGTCAGGGATCCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80501	CAGCTAGTATCCATGAAGATGCGGATCTCGATCAGTGGGTCAGGGATCCG	80550

CR974479.17	851	GCATTGCTATGAGCTGTGGTGTAGGTCTCAGATGAGGCTCGGATCTGGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80551	GCATTGCTATGAGCTGTGGTGTAGGTCTCAGATGAGGCTCGGATCTGGCG	80600

CR974479.17	901	TTGCTATGGCTGTGGCGTAGGCCAGCAGCTGCACCTCCAATTGGACCCGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80601	TTGCTATGGCTGTGGCGTAGGCCAGCAGCTGCACCTCCAATTGGACCCGT	80650

CR974479.17	951	AGCCTGGAAATTTCCGTATGCCCTGGGTGTGGCCCTTAAAAAAAAAAAAG	1000
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR956433.5	80651	AGCCTGGAAATTTCCGTATGCCCTGGGTGTGGCCCTTAAAAAAAAAAAGG	80700

CR974479.17	1001	GGTGGGTTTGTGGTGGTGCGGACAGGTGTTTTCTCATGCGTGTTCTCAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80701	GGTGGGTTTGTGGTGGTGCGGACAGGTGTTTTCTCATGCGTGTTCTCAGT	80750

CR974479.17	1051	TGCATGCCTAGCCAGCTAGGGGATCACTGGCCTCACTCAACTCTTGCAGA	1100
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80751	TGCATGCCTAGCCAGCTTGGGGATCACTGGCCTCACTCAACTCTTGCAGA	80800

CR974479.17	1101	GTTCCTTCCGGCCTCAGTGGGCCCGGAGGACCTGGCCCTGGTTGAAGCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80801	GTTCCTTCCGGCCTCAGTGGGCCCGGAGGACCTGGCCCTGGTTGAAGCCA	80850

CR974479.17	1151	GTGATGGTGGTGACCCTCTGGGAGTGGTCAGGCCCTCAAGTGTCTGAGAG	1200
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80851	GTGATGGTGGTGACCCTCCGGGAGTGGTCAGGCCCTCAAGTGTCTGAGAG	80900

CR974479.17	1201	TTTGTCGTGGGGGTGGGGTGGGGTTGGGGCTCTGGAAGAGAAGTGGGGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80901	TTTGTCGTGGGGGTGGGGTGGGGTTGGGGCTCTGGAAGAGAAGTGGGGCT	80950

CR974479.17	1251	GGGTTTGCCTCAGCGGCCCCTGCTCACCCCTGTCTGTGTGTGTCTCAGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80951	GGGTTTGCCTCAGCGGCCCCTGCTCACCCCTGTCTGTGTGTGTCTCAGAC	81000

CR974479.17	1301	AAGCCAGTGCCTGAGGAGTCAGAGGGCCCAGGCAGCCCTCCCCCGTACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81001	AAGCCAGTGCCTGAGGAGTCAGAGGGCCCAGGCAGCCCTCCCCCGTACAA	81050

CR974479.17	1351	GATGATCCAGACCATCGGGCTGTCGGTGGGCGCCGCTGTGGCCTACATCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81051	GATGATCCAGACCATCGGGCTGTCGGTGGGCGCCGCTGTGGCCTACATCA	81100

CR974479.17	1401	TTGCCGTGCTGGGCCTCATGTTCTACTGCAAGAAGCGCTGCAAGGCCAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81101	TTGCCGTGCTGGGCCTCATGTTCTACTGCAAGAAGCGCTGCAAGGCCAAG	81150

CR974479.17	1451	CGGCTTCAGAAGCAGCCCGAGGGCGAAGAGCCGGAGATGGAGTGCCTCAA	1500
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81151	CGGCTTCAGAAGCAGCCCGAGGGCGAGGAGCCGGAGATGGAGTGCCTCAA	81200

CR974479.17	1501	CGGTGAGGGGCCCTGGGAGGGAGGCCCGGTCTGCGCACGGGTGCTGAGCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81201	CGGTGAGGGGCCCTGGGAGGGAGGCCCGGTCTGCGCACGGGTGCTGAGCG	81250

CR974479.17	1551	CCCCCGCGTGGCCGCGGAGGAGAGCGCTGCGGCGCTGAGAGCTGGAGCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81251	CCCCCGCGTGGCCGCGGAGGAGAGCGCTGCGGCGCTGAGAGCTGGAGCCA	81300

CR974479.17	1601	GGGCAGAGCTGCAATCCCCCACCCGCCGCAGGAAACCTGATTCCCAGGGC	1650
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81301	GGGCAGAGCTGCAATCCCCCAACCGCCGCAGGAAACCTGATTCCCAGGGC	81350

CR974479.17	1651	CTGGGCTTCTGATCAACCTGGCTCAAGTCTCCCTCATTGGAGCCTCTTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81351	CTGGGCTTCTGATCAACCTGGCTCAAGTCTCCCTCATTGGAGCCTCTTGG	81400

CR974479.17	1701	GCCAGGCTCCTGGTTTCCCTGTCTTCTCAGCACTAAACCACAGACGTAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81401	GCCAGGCTCCTGGTTTCCCTGTCTTCTCAGCACTAAACCACAGACGTAAT	81450

CR974479.17	1751	TGAAGTATTATATGGTATTCATGCCGCTTTGCACATCTTGTACCTCCCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81451	TGAAGTATTATATGGTATTCATGCCGCTTTGCACATCTTGTACCTCCCCA	81500

CR974479.17	1801	CATCCCCATTAGTCTTAGAGTTCCCCCAAGGGCCATCTATCTGCCTGTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81501	CATCCCCATTAGTCTTAGAGTTCCCCCAAGGGCCATCTATCTGCCTGTTC	81550

CR974479.17	1851	CCCCCCTGCTCCCCTCTCTCTCCTCCGACTGGAGCCCCCCGGGACATTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81551	CCCCCCTGCTCCCCTCTCTCTCCTCCGACTGGAGCCCCCCGGGACATTGC	81600

CR974479.17	1901	TGGTCTCCCCCACCAGTTTAGGAGTTCAGGAGCAGAGCCTGGGTCTCCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81601	TGGTCTCCCCCACCAGTTTAGGAGTTCAGGAGCAGAGCCTGGGTCTCCCT	81650

CR974479.17	1951	TGTTGTGGTTTTCCCTTTGTGCCTGTTTAGAGCTTTGCACATGGGAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81651	TGTTGTGGTTTTCCCTTTGTGCCTGTTTAGAGCTTTGCACATGGGAGATC	81700

Compact alignment

skip 400 bps 100% identity alignment

CR974479.17	401	GTGACAGTTGGGGGGATGCTGCTCTGGCCTCCTCCTTGAGCCTCTCTCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CR956433.5	80101	GTGACAGTTGGGGGGATGCTGCTCTGGCCTCCTCCTTGAGCCTTTCTCCC	80150

skip 500 bps 100% identity alignment

CR974479.17	951	AGCCTGGAAATTTCCGTATGCCCTGGGTGTGGCCCTTAAAAAAAAAAAAG	1000
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR956433.5	80651	AGCCTGGAAATTTCCGTATGCCCTGGGTGTGGCCCTTAAAAAAAAAAAGG	80700

skip 50 bps 100% identity alignment

CR974479.17	1051	TGCATGCCTAGCCAGCTAGGGGATCACTGGCCTCACTCAACTCTTGCAGA	1100
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80751	TGCATGCCTAGCCAGCTTGGGGATCACTGGCCTCACTCAACTCTTGCAGA	80800

skip 50 bps 100% identity alignment

CR974479.17	1151	GTGATGGTGGTGACCCTCTGGGAGTGGTCAGGCCCTCAAGTGTCTGAGAG	1200
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	80851	GTGATGGTGGTGACCCTCCGGGAGTGGTCAGGCCCTCAAGTGTCTGAGAG	80900

skip 250 bps 100% identity alignment

CR974479.17	1451	CGGCTTCAGAAGCAGCCCGAGGGCGAAGAGCCGGAGATGGAGTGCCTCAA	1500
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81151	CGGCTTCAGAAGCAGCCCGAGGGCGAGGAGCCGGAGATGGAGTGCCTCAA	81200

skip 100 bps 100% identity alignment

CR974479.17	1601	GGGCAGAGCTGCAATCCCCCACCCGCCGCAGGAAACCTGATTCCCAGGGC	1650
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CR956433.5	81301	GGGCAGAGCTGCAATCCCCCAACCGCCGCAGGAAACCTGATTCCCAGGGC	81350

skip 350 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR974479.17 - 152730 bps
Hit
CR956433.5 - 81700 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.71967200012000179701817001
292.622242941143411727178510821
394.78205248149429149676-178810361
492.892212894274743035178810821
593.421912438348083722178810301
692.83219287134644134930178810801
795.561842253974739971-1279430181
889.518527811436117131858588601
990.11183264149410149673-1858988511
1090.781852643635836621-144731450011
1192.88219288134643134930144751450451
1292.97188248149429149676-144752450071
1392.082122911143711727144752450541
1493.922292894274743035144752450471
1590.071832738348083752144752450331
1695.192422894274743035-152272525621
1793.662272851143711721-152279525621
1896.13247283134644134926-152279525621
1989.931922788198082257152286525631
2093.312092678348083746-152294525621
2192.211822459211592359152320525631
2296.72216244149434149677152320525631
2393.282002533636336615152325525771
Short-link