<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956411.6	1	GATCCTATGCATATTTTGTTAGATTTATGTCTAAGTATTTCTCTTTTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133275	GATCCTATGCATATTTTGTTAGATTTATGTCTAAGTATTTCTCTTTTTTT	133324

CR956411.6	51	TGGTGTTAATATAAATGGGATTGTATGATGTATTAATTTCAAATTTCAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133325	TGGTGTTAATATAAATGGGATTGTATGATGTATTAATTTCAAATTTCAGT	133374

CR956411.6	101	TGTTCGTTTCTTTTATATAGGAAAACAGTTGACTTTTGTGTATTAGCCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133375	TGTTCGTTTCTTTTATATAGGAAAACAGTTGACTTTTGTGTATTAGCCTT	133424

CR956411.6	151	GTATCCTTTCTATAACTCTTGTTTTATTCTATAAATTATTTTCATGGATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133425	GTATCCTTTCTATAACTCTTGTTTTATTCTATAAATTATTTTCATGGATT	133474

CR956411.6	201	CTTAGGATTTCCCTCATAGACAATAATGTCTCCTAGTTTTCAGATTTTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133475	CTTAGGATTTCCCTCATAGACAATAATGTCTCCTAGTTTTCAGATTTTTT	133524

CR956411.6	251	TCTATCCTGTTCTTGGGTTTCCTTAAGAACGCCTATTTAAATTGAGTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133525	TCTATCCTGTTCTTGGGTTTCCTTAAGAACGCCTATTTAAATTGAGTCTT	133574

CR956411.6	301	TGTCTTGCAGCTCTCTCAGTTGGAACCCTGTGGACCTGGTAATAAGGTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133575	TGTCTTGCAGCTCTCTCAGTTGGAACCCTGTGGACCTGGTAATAAGGTGA	133624

CR956411.6	351	TGAGGAAAGTCTTCTGTAGTTTTATTATTAAATCTCAGATATTTTTAGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133625	TGAGGAAAGTCTTCTGTAGTTTTATTATTAAATCTCAGATATTTTTAGTG	133674

CR956411.6	401	GGCTTGAATCCTTGAGCTGTGACTTTCTGAAGTGTTTCTCAGTCTTTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133675	GGCTTGAATCCTTGAGCTGTGACTTTCTGAAGTGTTTCTCAGTCTTTTAA	133724

CR956411.6	451	AATTCTATATACCTGTTTTAAAAATTCTTCCCTTTCATGGGTTGGAGAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133725	AATTCTATATACCTGTTTTAAAAATTCTTCCCTTTCATGGGTTGGAGAGG	133774

CR956411.6	501	CTATGGGAGCCTGGAATTTGTTTACTTTCCCTTCCTGCAGTGAGCTAGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133775	CTATGGGAGCCTGGAATTTGTTTACTTTCCCTTCCTGCAGTGAGCTAGGG	133824

CR956411.6	551	GCCAGTGAAGTTTCCTTTAAGGATGGAAACTAAGTTATAGAGCTCTGGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133825	GCCAGTGAAGTTTCCTTTAAGGATGGAAACTAAGTTATAGAGCTCTGGGA	133874

CR956411.6	601	GTTTTCGAGAATGGTTACGTCCCCTCTCCCCTTTGCCGAGTCGAGCATGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133875	GTTTTCGAGAATGGTTACGTCCCCTCTCCCCTTTGCCGAGTCGAGCATGA	133924

CR956411.6	651	AGAGGCTGTTCTGTGATCTTTACCACTGATGGGACTCCTGGAGTTTAAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133925	AGAGGCTGTTCTGTGATCTTTACCACTGATGGGACTCCTGGAGTTTAAAC	133974

CR956411.6	701	ACGTGAAAGGTGGGGCCCCTCCTAAGACTGCGCCTCCTGGAGGTAATAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	133975	ACGTGAAAGGTGGGGCCCCTCCTAAGACTGCGCCTCCTGGAGGTAATAAC	134024

CR956411.6	751	TCTCAAGCCAGTCCACACTCAGCCCCCAATACATTTTCATTTACCTTTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134025	TCTCAAGCCAGTCCACACTCAGCCCCCAATACATTTTCATTTACCTTTTA	134074

CR956411.6	801	AGTGTTCCTGCCAACAACTGTATCTGTGGCCTCTGCTCCTGGCAAAGTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134075	AGTGTTCCTGCCAACAACTGTATCTGTGGCCTCTGCTCCTGGCAAAGTGT	134124

CR956411.6	851	GATTCTCTGAATTCACCTGTCTCACGAGGTTTAGAGGTGCCAGTGTGTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134125	GATTCTCTGAATTCACCTGTCTCACGAGGTTTAGAGGTGCCAGTGTGTCC	134174

CR956411.6	901	TGTGACCTCACTTATCTGCTAGATCTAAGAAAAGGGGTTGATTTCCAGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134175	TGTGACCTCACTTATCTGCTAGATCTAAGAAAAGGGGTTGATTTCCAGTT	134224

CR956411.6	951	AGCTTCTTTCTTGTAAAGAGTATGAGGGGAATGAGGTGCAGGCTCTTTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134225	AGCTTCTTTCTTGTAAAGAGTATGAGGGGAATGAGGTGCAGGCTCTTTTC	134274

CR956411.6	1001	CAAGCTGACACTGTGGCCTGTGTTTTTTTGTTTGTTTTACATCTTTGAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134275	CAAGCTGACACTGTGGCCTGTGTTTTTTTGTTTGTTTTACATCTTTGAGA	134324

CR956411.6	1051	AACGCATTTCCAAGTTCAATGTTACCCAGCTGATTGACTTTTTCCTTTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134325	AACGCATTTCCAAGTTCAATGTTACCCAGCTGATTGACTTTTTCCTTTAT	134374

CR956411.6	1101	CCTTATACAATACTTTTTAAGTTCTAAGTTCATGAATATCTTCTCCCCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134375	CCTTATACAATACTTTTTAAGTTCTAAGTTCATGAATATCTTCTCCCCAG	134424

CR956411.6	1151	GTTATTTTCTAGCAAACTTCTTGATTTTTACCTTTCACATTTGTAATCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134425	GTTATTTTCTAGCAAACTTCTTGATTTTTACCTTTCACATTTGTAATCCT	134474

CR956411.6	1201	CTTGGAATAGTATCTCTATTGGGATGAGGTAGGGATGCAAAAATAGATTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134475	CTTGGAATAGTATCTCTATTGGGATGAGGTAGGGATGCAAAAATAGATTT	134524

CR956411.6	1251	TTATTTCCTTACAGATACCTGATTTTTTTCCCTGTTGATTTACTGGGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134525	TTATTTCCTTACAGATACCTGATTTTTTTCCCTGTTGATTTACTGGGGAA	134574

CR956411.6	1301	AAAAAATCTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTGGTCTTTGTAGGGCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134575	AAAAAATCTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTGGTCTTTGTAGGGCTG	134624

CR956411.6	1351	CACTCGTGGCATATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGGTTGAATTGGAGCTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134625	CACTCGTGGCATATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGGTTGAATTGGAGCTGC	134674

CR956411.6	1401	AGCTGCCAGCCTACACCACAGCCACAGCAATGCGGATCAGAGCTTTGTCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134675	AGCTGCCAGCCTACACCACAGCCACAGCAATGCGGATCAGAGCTTTGTCG	134724

CR956411.6	1451	GCAACCTACACCACAGCTCATGGTAACGCCAGATCCTTAACCTACTGAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134725	GCAACCTACACCACAGCTCATGGTAACGCCAGATCCTTAACCTACTGAGT	134774

CR956411.6	1501	GAGGCCAGGGATCTAACCCACATCCTCATGAATACTAGTCAGGTTTGTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134775	GAGGCCAGGGATCTAACCCACATCCTCATGAATACTAGTCAGGTTTGTTA	134824

CR956411.6	1551	CTGCTGAGCTATAATGGGACCTCTGAAGCAATTCTTTTTCACACTACTCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134825	CTGCTGAGCTATAATGGGACCTCTGAAGCAATTCTTTTTCACACTACTCC	134874

CR956411.6	1601	AGGTTGCTTCTTTTGTTCATACGTGTATATGACAACGTGTATATTTGTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134875	AGGTTGCTTCTTTTGTTCATACGTGTATATGACAACGTGTATATTTGTTT	134924

CR956411.6	1651	CTGGAGTCTCTTTTCCACTGTTCTGTCTGTTTTTAAGCTGGTACCACACT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134925	CTGGAGTCTCTTTTCCACTGTTCTGTCTGTTTTTAAGCTGGTACCACACT	134974

CR956411.6	1701	TTCAGAATAACAGGTGCTTTAGGGTAAGCCCATTAATATGGTACTATAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	134975	TTCAGAATAACAGGTGCTTTAGGGTAAGCCCATTAATATGGTACTATAAA	135024

CR956411.6	1751	TTCTCTAGCTTTGTTATATCTTTCCAAGATTATAGTGAATATTTTCGATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	135025	TTCTCTAGCTTTGTTATATCTTTCCAAGATTATAGTGAATATTTTCGATC	135074

CR956411.6	1801	CTTTGTATTTCTCTATAAAGTTTAGAATCAGCTTGTAACTTTCTCCAAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	135075	CTTTGTATTTCTCTATAAAGTTTAGAATCAGCTTGTAACTTTCTCCAAAG	135124

CR956411.6	1851	AAGACATGTTAGAATTTTTATTGGGATTGCAGAAGTTGCACTGTCTGAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	135125	AAGACATGTTAGAATTTTTATTGGGATTGCAGAAGTTGCACTGTCTGAAG	135174

CR956411.6	1901	ATGAAATTTGAGATGGGCAAATTTAAAATAGCAACAAACACATGAAATTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	135175	ATGAAATTTGAGATGGGCAAATTTAAAATAGCAACAAACACATGAAATTC	135224

CR956411.6	1951	TAGCTTAGGTCTTACATCAAATCAATGATGAAGAAAATAAAGAAGCTAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956426.6	135225	TAGCTTAGGTCTTACATCAAATCAATGATGAAGAAAATAAAGAAGCTAAA	135274

Overview

Query
CR956411.6 - 221712 bps
Hit
CR956426.6 - 135274 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194120001200011332751352741
284.763647382080021537-19507102411
387.54555954302593121219516104621
485.873396476286363509-19591102341
588.952263713025630626-120707210771
685.142274661163512100120707211771
788.11212361190723191083-120813211821
894.77219266160265160530-133483337501
988.91267427190660191086134391348231
1082.962355382115521692-134395349341
1182.282275496320563753-134395349361
1290.322573833025630638134555349361
1379.782808896288363771-141421422951
1481.32787682082921596-141537422951
1586.65219502078521734-11098871108341
1685.9853810211118512205-11098911109021
1785.674869436284763789-11098931108271
1889.8826641219067519108611099401103541
1990.67639957302563121211100891110411
2090.52215307160266160572-11191671194721
2194.2521326110838110864111192121194721
Short-link