<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1580 bps / non-identical: 130 bps

Full alignment

CR956622.12	4	CTTAAGACAGTGCTGCTCCTGTATTGCCAGCCAAAGTTTTCCACTTCCAG	53
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75666	CTTAAGACAGTGCTGCTCCTGTATTGCCAGCCAAAGTTTTCCACTTCCAG	75715

CR956622.12	54	TGCTGGAAGTTCCGACGTTAGAATTTCTGCTCTGCTTGCCATGTTTTTCA	103
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75716	TGCTGGAAGTTCCGACGTTGGAATTTCTGCTCTGCTTGCCATGTTTTTCA	75765

CR956622.12	104	TCATGTTCTCATAATATTTATCCTCACAGTGGCTATACAGTGAGGCTGGC	153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75766	TCATGTTCTCATAATATTTATCCTCACAGTGGCTATACAGTGAGGCTGGC	75815

CR956622.12	154	CTGGCTGTCAAAGTCGTTGCTTTAGGAGGTTCCAAACCAGGTTATCTTGA	203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75816	CTGGCTGTCAAAGTCGTTGCTTTAGGAGGTTCCAAACCAGGTTATCTTGA	75865

CR956622.12	204	AGCACAGCTTGGCACAGGACCCAGGGCACACCCTGACCTTGCTAGCTAGC	253
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75866	AGCACAGCTTGGCACAGGACCCAGGGTACACCCTGACCTTGCTAGCTAGC	75915

CR956622.12	254	CATGAAAATATAACTTTTTTTTCATATTTAGTTTTTCCAGATTGTAGTTT	303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75916	CATGAAAATATAACTTTTTTTTCATATTTAGTTTTTCCAGATTGTAGTTT	75965

CR956622.12	304	ATTTTGGACAGTATTCATCTCTGCTTGTATTAGCAGAGATCATGCTAATG	353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75966	ATTTTGGACAGTATTCATCTCTGCTTGTATTAGCAGAGATCATGCTAATG	76015

CR956622.12	354	GTCTCCAGAGTCCTCGTGTGTTTGTTCTTTGACTGTTTATCTGTATTTTT	403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76016	GTCTCCAGAGTCCTCGTGTGTTTGTTCTTTGACTGTTTATCTGTATTTTT	76065

CR956622.12	404	ATTTTAGGCTATGTTCGACTGGCTAGATAACACTGTGATTAAACTCTGCA	453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76066	ATTTTAGGCTATGTTCGACTGGCTAGATAACACTGTGATTAAACTCTGCA	76115

CR956622.12	454	CAATGCCTCCTGTCGGCACTGACCTCAACACTGTTAAAGATCAGTTAAAT	503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76116	CAATGCCTCCTGTCGGCACTGACCTCAACACTGTTAAAGATCAGTTAAAT	76165

CR956622.12	504	GAAATGAAGGTTTGTACCTGGGAGTGGTTTTTGAAGAAGGGTTGCTTCTC	553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76166	GAAATGAAGGTTTGTACCTGGGAGTGGTTTTTGAAGAAGGGTTGCTTCTC	76215

CR956622.12	554	TTTAGTTTTTAAAGACTTGGCTTGATGTTAACATTCAGTATGTCTTTGCC	603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76216	TTTAGTTTTTAAAGACTTGGCTTGATGTTAACATTCAGTATGTCTTTGCC	76265

CR956622.12	604	AGGAATTCAAAGTGGAAGTTTACCAGCAGCAAATTGAGATGGAGAAACTC	653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76266	AGGAATTCAAAGTGGAAGTTTACCAGCAGCAAATTGAGATGGAGAAACTC	76315

CR956622.12	654	AATCACCAGGGTGAACTGATGTTAAAGAAAGCTACCGATGAAACGGACAG	703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76316	AATCACCAGGGTGAACTGATGTTAAAGAAAGCTACCGATGAAACGGACAG	76365

CR956622.12	704	AGACATTATACGAGAACCCTTGACGGAACTCAAACACCTCTGGGAGAACC	753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76366	AGACATTATACGAGAACCCTTGACGGAACTCAAACACCTCTGGGAGAACC	76415

CR956622.12	754	TGGGTGAGAAAATTGCTCACAGACAGGTAAGGCACGTGGGAGGGGACATG	803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76416	TGGGTGAGAAAATTGCTCACAGACAGGTAAGGCACGTGGGAGGGGACATG	76465

CR956622.12	804	AGTGGACTACTGTCTGCCGTTTTCTCATTTCCTAACAAGCGTTCCCTTTA	853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76466	AGTGGACTACTGTCTGCCGTTTTCTCATTTCCTAACAAGCGTTCCCTTTA	76515

CR956622.12	854	TTTCATTTTCTGAGCAGCATAAGCTGGAAGGTGCTCTCTTGGCCCTTGGC	903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76516	TTTCATTTTCTGAGCAGCATAAGCTGGAAGGTGCTCTCTTGGCCCTTGGC	76565

CR956622.12	904	CAGTTCCAGCATGCCTTAGAGGAGCTAATGAGTTGGCTGACTCACACTGA	953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76566	CAGTTCCAGCATGCCTTAGAGGAGCTAATGAGTTGGCTGACTCACACTGA	76615

CR956622.12	954	AGAGTTGCTAGATGCTCAGAGACCGATAAGCGGAGACCCAAAAGTCATTG	1003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76616	AGAGTTGCTAGATGCTCAGAGACCGATAAGCGGAGACCCAAAAGTCATTG	76665

CR956622.12	1004	AAGTTGAGCTCGCAAAGCACCACGTAAGTATTTTGAGACCAGGTACTGCC	1053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76666	AAGTTGAGCTCGCAAAGCACCACGTAAGTATTTTGAGACCAGGTACTGCC	76715

CR956622.12	1054	ACCCAAAGTGTTTTGGTGGTGTGCACACCTTAGGGAACCAGGCTTAATGA	1103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76716	ACCCAAAGTGTTTTGGTGGTGTGCACACCTTAGGGAACCAGGCTTAATGA	76765

CR956622.12	1104	TATCTCTAAAGATAAATTATGTTGCCCAACATCTCTTAGGTTCTAAAAAA	1153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76766	TATCTCTAAAGATAAATTATGTTGCCCAACATCTCTTAGGTTCTAAAAAA	76815

CR956622.12	1154	TGATGTTTTGGCCCATCAAGCCACGGTGGAAACAGTCAATAAAGCTGGCA	1203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76816	TGATGTTTTGGCCCATCAAGCCACGGTGGAAACAGTCAATAAAGCTGGCA	76865

CR956622.12	1204	ATGAGCTTCTTGAATCTAGCGCTGGAGATGATGCCAGCAGCTTAAGGAGC	1253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76866	ATGAGCTTCTTGAATCTAGCGCTGGAGATGATGCCAGCAGCTTAAGGAGC	76915

CR956622.12	1254	CGTTTGGAAACAATGAACCAGTGCTGGGAGTCAGTATTACAAAAAACAGA	1303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76916	CGTTTGGAAACAATGAACCAGTGCTGGGAGTCAGTATTACAAAAAACAGA	76965

CR956622.12	1304	GGAGCGGGAGCAGCAGCTTCAGTCAACACTGCAGCAGGTACAAGCACGGT	1353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	76966	GGAGCGGGAGCAGCAGCTTCAGTCAACACTGCAGCAGGTACAAGCACGGT	77015

CR956622.12	1354	CCAAGATGGGTAGAGCTACGCACATGGCATTTTCGAAAGAAAGCCTGTCT	1403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	77016	CCAAGATGGGTAGAGCTACGCACATGGCATTTTCGAAAGAAAGCCTGTCT	77065

CR956622.12	1404	TAAGTCAACGAAAGGACAGTGGTTTAGGGTAGAACCCCCTCTGCATTGAG	1453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	77066	TAAGTCAACGAAAGGACAGTGGTTTAGGGTAGAACCCCCTCTGCATTGAG	77115

CR956622.12	1454	AGAAGGTCATTTCTGTGCTGGAACTTGTCTGGAAAGAACAGCTTTTGGTT	1503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	77116	AGAAGGTCATTTCTGTGCTGGAACTTGTCTGGAAAGAACAGCTTTTGGTT	77165

CR956622.12	1504	GGCTTGTTCTTTTTGGATTAGTTTGTCTTCTCTCTCGTGTGTGTGTGTGT	1553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	77166	GGCTTGTTCTTTTTGGATTAGTTTGTCTTCTCTCTCGTGTGTGTGTGTGT	77215

CR956622.12	1554	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1583
			|||||||||||||||||||||| ||| |||
CR956425.14	77216	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTTTGT	77245

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956622.12	54	TGCTGGAAGTTCCGACGTTAGAATTTCTGCTCTGCTTGCCATGTTTTTCA	103
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75716	TGCTGGAAGTTCCGACGTTGGAATTTCTGCTCTGCTTGCCATGTTTTTCA	75765

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956622.12	204	AGCACAGCTTGGCACAGGACCCAGGGCACACCCTGACCTTGCTAGCTAGC	253
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CR956425.14	75866	AGCACAGCTTGGCACAGGACCCAGGGTACACCCTGACCTTGCTAGCTAGC	75915

skip 1300 bps 100% identity alignment

CR956622.12	1554	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1583
			|||||||||||||||||||||| ||| |||
CR956425.14	77216	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTTTGT	77245

Overview

Query
CR956622.12 - 174170 bps
Hit
CR956425.14 - 77662 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1580 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.751556158041583175666772451
297.3943246917342202177202776621
384.23105795253353111168236688241
487.283074268062481049-168359688221
585.772894859420094684168352688221
680.832885476247163017-168223688221
787.12854268062481049118008184491
881.462655705254153110-118007185671
983.672584496247162919118008184421
1081.732554859420094684-118008184561
1176.382556525638757038168223688191
1293.382272888062480911132184324701
1389.632243139438894700-132172324701
1493.012222915281953109-132184324691
1597.532192434991050152-168580688221
1694.32162634991050172132184324461
1794.322162634991050172174425746881
1894.592142594991050168118008182661
1993.242132705638056649-174425746901
2091.112102706246962738132182324621
2193.232092659442094684-174425746901
2292.722072655638756651-1375740171
2392.642072725165151922-118008182791
2493.4920626049908501671375740171
2578.7620653099928100457118008185671
2677.92206554121196121749118009185651
Short-link