<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR956423.7	1	TCTGACCCACCCTGTAGGCCTCCCTGGGCCCCGCCCCTTTGCCCTTGGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	116732	TCTGACCCACCCTGTAGGCCTCCCTGGGCCCCGCCCCTTTGCCCTTGGTT	116781

CR956423.7	51	TTGGAGGGGACCCCTTCCCAGCCCTGGCCAGGGCAGAGGAGCCCTGCTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	116782	TTGGAGGGGACCCCTTCCCAGCCCTGGCCAGGGCAGAGGAGCCCTGCTGA	116831

CR956423.7	101	GAGCCACAGATAGGCTCACGAACTCAAGGAAGGATCGTGGCAGGAGCAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	116832	GAGCCACAGATAGGCTCACGAACTCAAGGAAGGATCGTGGCAGGAGCAAC	116881

CR956423.7	151	GGGTTCCTCTTTGTCCCCGCAGCACGCACCCGCCGCAGGACAGAGGGGCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	116882	GGGTTCCTCTTTGTCCCCGCAGCACGCACCCGCCGCAGGACAGAGGGGCC	116931

CR956423.7	201	TTGGCAGCCTCTAGCCTGGTTATCTGATTTGGGGGCTGATGGGGTTTCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	116932	TTGGCAGCCTCTAGCCTGGTTATCTGATTTGGGGGCTGATGGGGTTTCTA	116981

CR956423.7	251	ATGGAAAACAATATGGTAATTTCAGAATGTTCCTGATTAGATGAAAATGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	116982	ATGGAAAACAATATGGTAATTTCAGAATGTTCCTGATTAGATGAAAATGA	117031

CR956423.7	301	TATTGCATCAAAGTTACTTCCTTAATTTATTCAGAAAATAACAAGAGAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117032	TATTGCATCAAAGTTACTTCCTTAATTTATTCAGAAAATAACAAGAGAGA	117081

CR956423.7	351	ATTCTCTCCTAAGATCCTTAATTAAACCCGAGCTTCCACCGAGCAGGCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117082	ATTCTCTCCTAAGATCCTTAATTAAACCCGAGCTTCCACCGAGCAGGCAA	117131

CR956423.7	401	AGCAGGCACTGAGCTCCAGGTGTGGGGGACAAAGGCCATCCCTGGCCTAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117132	AGCAGGCACTGAGCTCCAGGTGTGGGGGACAAAGGCCATCCCTGGCCTAG	117181

CR956423.7	451	TCTTCCAGGGACTGCCCTCAGGCTGAGGCCCTGGGCAGATCTCTACCCAG	500
			|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
CR956424.18	117182	TCTTCCAGGGACTGCCCTCAGGCTGAGGGCCTGGGCAGGTCTCTACCCAG	117231

CR956423.7	501	ACAGGTGGCTGGCTCTGCCTAGGGGCAGCGCTGGCATCAAGAAGGCACAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117232	ACAGGTGGCTGGCTCTGCCTAGGGGCAGCGCTGGCATCAAGAAGGCACAG	117281

CR956423.7	551	GATGAGGCTCCTTCTGCTGCAGGAACCAAGGGGACAGTCATCCTAGAATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117282	GATGAGGCTCCTTCTGCTGCAGGAACCAAGGGGACAGTCATCCTAGAATC	117331

CR956423.7	601	ATTCCTGTCCCTTCTTGTCTCTTCCGACTTCATCCTGAGAGTCCCCAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117332	ATTCCTGTCCCTTCTTGTCTCTTCCGACTTCATCCTGAGAGTCCCCAGTG	117381

CR956423.7	651	ACCCAAAGCCACAGAGACTCAGCAATCAGGGGTAGCAGAACTAGGTGACC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117382	ACCCAAAGCCACAGAGACTCAGCAATCAGGGGTAGCAGAACTAGGTGACC	117431

CR956423.7	701	AGGGTGTCTTTAGGACACAGAAGAGCAGGGTGAGCATGGAAGATGCTGGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117432	AGGGTGTCTTTAGGACACAGAAGAGCAGGGTGAGCATGGAAGATGCTGGT	117481

CR956423.7	751	AGGTTCAGTTAGGATGTGCATGGGGACCAGCTTGGGAAAGTTAGCACACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117482	AGGTTCAGTTAGGATGTGCATGGGGACCAGCTTGGGAAAGTTAGCACACT	117531

CR956423.7	801	CCAAAAGGCTTAACTGAGGAGTTCCCATTGTGGCTCAGCAGGTTAGGAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117532	CCAAAAGGCTTAACTGAGGAGTTCCCATTGTGGCTCAGCAGGTTAGGAAC	117581

CR956423.7	851	CCAACAAATATCCATGAGGATGTGGGTTTGATCCCTGGCCTTGCTCAGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117582	CCAACAAATATCCATGAGGATGTGGGTTTGATCCCTGGCCTTGCTCAGTG	117631

CR956423.7	901	GGTTAAGGATCTGGCATTGTGGCAAGCTGGGGCTTAGGTCACAGACTCGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117632	GGTTAAGGATCTGGCATTGTGGCAAGCTGGGGCTTAGGTCACAGACTCGG	117681

CR956423.7	951	CTTGGATCTGGTGTTTCTGTGGTGGTGGTGTAGGCCGGCAGTTGTAGTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117682	CTTGGATCTGGTGTTTCTGTGGTGGTGGTGTAGGCCGGCAGTTGTAGTTC	117731

CR956423.7	1001	CAACTCAACCCCTTGATTGGGAACTTCCATATGCTGCACATGTGGCCCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117732	CAACTCAACCCCTTGATTGGGAACTTCCATATGCTGCACATGTGGCCCTA	117781

CR956423.7	1051	AAAAGAAAAAAACAAAAAAAGGCTTAACTGAGGATACTTTGATCTGAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117782	AAAAGAAAAAAACAAAAAAAGGCTTAACTGAGGATACTTTGATCTGAGAG	117831

CR956423.7	1101	GAAGAGGTAGGCTTAAGAGAAACAGCAAAGGATGGTGAGGCATCTGGACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117832	GAAGAGGTAGGCTTAAGAGAAACAGCAAAGGATGGTGAGGCATCTGGACA	117881

CR956423.7	1151	AGAATAATAGAGAGAGGACGCGGTGGCTGCTCTTAAGGCAGAAGAGCCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117882	AGAATAATAGAGAGAGGACGCGGTGGCTGCTCTTAAGGCAGAAGAGCCAA	117931

CR956423.7	1201	GAGAAGAAGGGACAGAACCAGGGGCCACTTGACGGAGCTGTGGCCATGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117932	GAGAAGAAGGGACAGAACCAGGGGCCACTTGACGGAGCTGTGGCCATGGC	117981

CR956423.7	1251	CATGGACTATCACAGCCGGTGCCAAGAGGCAGTGAATCCAGGGAGAAACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	117982	CATGGACTATCACAGCCGGTGCCAAGAGGCAGTGAATCCAGGGAGAAACA	118031

CR956423.7	1301	GGATGCTGTCCCAACCTCTCTCTTTTCCTGGCCTCCATCTCCTGCAGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118032	GGATGCTGTCCCAACCTCTCTCTTTTCCTGGCCTCCATCTCCTGCAGGTG	118081

CR956423.7	1351	CCACTGGGCTGGACTGGAAACCACCAGGGGGAGGGGGAGCCTGGGTGACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118082	CCACTGGGCTGGACTGGAAACCACCAGGGGGAGGGGGAGCCTGGGTGACA	118131

CR956423.7	1401	TCCTTCATGTTGGAGAGGGTCTGGTGGCACAGAGCAGGGCAGAAAATGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118132	TCCTTCATGTTGGAGAGGGTCTGGTGGCACAGAGCAGGGCAGAAAATGGA	118181

CR956423.7	1451	TTTGGGGGAGAACAAATGGAGAAGGGCCAGCAGAGGTGATGCTAAGCAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118182	TTTGGGGGAGAACAAATGGAGAAGGGCCAGCAGAGGTGATGCTAAGCAAC	118231

CR956423.7	1501	CTTTCATGGTCTGATGCTTCAGAATTTCTCTAGCACATTCTTACTCATTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118232	CTTTCATGGTCTGATGCTTCAGAATTTCTCTAGCACATTCTTACTCATTT	118281

CR956423.7	1551	TCCTGGTCACTCCTCACAACAGCCCTAATACAGATTCTTCTTCTTTTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118282	TCCTGGTCACTCCTCACAACAGCCCTAATACAGATTCTTCTTCTTTTTTT	118331

CR956423.7	1601	TAATTTAATTTTTTAATTTTAATTTTTTGTATTTTATTTTATTTTTTCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118332	TAATTTAATTTTTTAATTTTAATTTTTTGTATTTTATTTTATTTTTTCCC	118381

CR956423.7	1651	GCTGTACAGCATGGGGACCAAGTTACACATACATGTACACACACTTTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118382	GCTGTACAGCATGGGGACCAAGTTACACATACATGTACACACACTTTTTC	118431

CR956423.7	1701	CTCCCATTGTTGTGTTGTGATGTAAGTATCTAGACATAGTTCTCAATGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118432	CTCCCATTGTTGTGTTGTGATGTAAGTATCTAGACATAGTTCTCAATGCT	118481

CR956423.7	1751	ACACAGCAGGATCTCATTGTAAATCCATAGCCCTAATACAGATTCTTATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118482	ACACAGCAGGATCTCATTGTAAATCCATAGCCCTAATACAGATTCTTATT	118531

CR956423.7	1801	TCCAAGAGGAAACAGGCTCAGAGAAGTCAAGTGATGTCCTGGAAATCACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118532	TCCAAGAGGAAACAGGCTCAGAGAAGTCAAGTGATGTCCTGGAAATCACA	118581

CR956423.7	1851	CAGTAGGGAGGGTATGGATTTGAATTCAGTTCTGCCTCATCACAAATCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118582	CAGTAGGGAGGGTATGGATTTGAATTCAGTTCTGCCTCATCACAAATCCC	118631

CR956423.7	1901	CCTCTTTCTCCCTGAAATAGAGGCTTGGATACATTAAAGTGATAGACTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118632	CCTCTTTCTCCCTGAAATAGAGGCTTGGATACATTAAAGTGATAGACTGA	118681

CR956423.7	1951	GCTGGGTTTATGAAAGGTTCCTGGTGTGAAAAGGCTCTGTCTAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956424.18	118682	GCTGGGTTTATGAAAGGTTCCTGGTGTGAAAAGGCTCTGTCTAGAAGCTT	118731

Compact alignment

skip 450 bps 100% identity alignment

CR956423.7	451	TCTTCCAGGGACTGCCCTCAGGCTGAGGCCCTGGGCAGATCTCTACCCAG	500
			|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
CR956424.18	117182	TCTTCCAGGGACTGCCCTCAGGCTGAGGGCCTGGGCAGGTCTCTACCCAG	117231

skip 1500 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956423.7 - 69319 bps
Hit
CR956424.18 - 118731 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9199220001200011167321187311
291.492082823878739068146814470951
391.762022753879439068182015822931
490.5199283387873906911095261098091
590.681952774307643352-182015822931
689.971872823878739068-193873941611
790.151852785614856425-182020822931
888.961842804307543354-11095291098091
988.931832794307643354-146816470951
1089.741832794307543353196064963361
1188.571802794307643354193873941521
1288.411772764307543350-161753620281
1388.451752855614756431-11095331098091
1488.191682765614856423193873941431
1586.941622684307643343172452727191
1686.771532573677237028161770620261
1785.371382543677537028-158113583651
1886.861372363679337028146859470941
1986.021332363679337028-193874941091
2083.981272705614856417-189370896251
2184.98125234388393907211027541029861
2285.9212321344746449581330235141
Short-link