<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974426.13	1	CACTCCCTCCACTAGAGGTGAGCCCCTGGAGGCCAGAACCTACATCAGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67320	CACTCCCTCCACTAGAGGTGAGCCCCTGGAGGCCAGAACCTACATCAGCC	67369

CR974426.13	51	TTATGCACCAGTGTATCAGTGTAGAGCACAGAATAGGGACTCATTCAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67370	TTATGCACCAGTGTATCAGTGTAGAGCACAGAATAGGGACTCATTCAACA	67419

CR974426.13	101	TGTGTTGGGAATTTGATTCTGTCCTGCAGATTGGAGAGAGGGGTTGAGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67420	TGTGTTGGGAATTTGATTCTGTCCTGCAGATTGGAGAGAGGGGTTGAGCA	67469

CR974426.13	151	GGGAATTAAATAACAATAATATACTAGCAAATACTTTTACAGCATTCAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67470	GGGAATTAAATAACAATAATATACTAGCAAATACTTTTACAGCATTCAGT	67519

CR974426.13	201	ATGTGCCAGAAATTGTTCTAAGCGTTTTATACAAAATCACTTGTGGAGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67520	ATGTGCCAGAAATTGTTCTAAGCGTTTTATACAAAATCACTTGTGGAGGA	67569

CR974426.13	251	GTTCCCGTGGCTGCTCAGTGGGTTAAGACATAGTTTCCATGAAGATGCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67570	GTTCCCGTGGCTGCTCAGTGGGTTAAGACATAGTTTCCATGAAGATGCAG	67619

CR974426.13	301	GTTTGACCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAGAGATCTGGCATTGCTGCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67620	GTTTGACCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAGAGATCTGGCATTGCTGCAA	67669

CR974426.13	351	GCTGCTGAGAGATCAAGTGTAGGTCGCAGATGTGGCTTAGATCCCATGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67670	GCTGCTGAGAGATCAAGTGTAGGTCGCAGATGTGGCTTAGATCCCATGTT	67719

CR974426.13	401	GCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCGGCAGCTGCAGCTCTGATTCAACCCCTAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67720	GCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCGGCAGCTGCAGCTCTGATTCAACCCCTAG	67769

CR974426.13	451	CCCAGGAACTTCCATATGCCACATTTGCTGCAGCCTTAAAAAGAGAGAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67770	CCCAGGAACTTCCATATGCCACATTTGCTGCAGCCTTAAAAAGAGAGAGA	67819

CR974426.13	501	GAAAAAAAAGTCATTTGTTGAATACTCACAACAATTCTGGGAGGTAGGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67820	GAAAAAAAAGTCATTTGTTGAATACTCACAACAATTCTGGGAGGTAGGTA	67869

CR974426.13	551	CCAGTATCACCCCCATTTTACAGATGTTGAAATTGACTGCCATGAGGTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67870	CCAGTATCACCCCCATTTTACAGATGTTGAAATTGACTGCCATGAGGTTG	67919

CR974426.13	601	GGTAACTTACCTGAGGTGACACCGCTAATGAATGGCAGAGCTAAGATTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67920	GGTAACTTACCTGAGGTGACACCGCTAATGAATGGCAGAGCTAAGATTAG	67969

CR974426.13	651	AACCCCAATAGTCTGGCTTCAGGTCAAGGCTCTTGTTTCTGAACCTTGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	67970	AACCCCAATAGTCTGGCTTCAGGTCAAGGCTCTTGTTTCTGAACCTTGTT	68019

CR974426.13	701	GCCAGGGGCAGAAGGCCAAGTCCAACAGCTTCATCTAAAAGGGATTTATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68020	GCCAGGGGCAGAAGGCCAAGTCCAACAGCTTCATCTAAAAGGGATTTATT	68069

CR974426.13	751	GGCTCAATAAATAGTGACTGGGTGGTTCTGGGTGGGATCTGGTTCTGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68070	GGCTCAATAAATAGTGACTGGGTGGTTCTGGGTGGGATCTGGTTCTGAAT	68119

CR974426.13	801	GATGTCAACAGGATAGCATTTGTTCTGCTTCCTTCTGTGAGTTGGCTTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68120	GATGTCAACAGGATAGCATTTGTTCTGCTTCCTTCTGTGAGTTGGCTTGT	68169

CR974426.13	851	GCCCACTCTCCGGCCACAGGGACCAGGAGCCGGGTTTGGCCGCCCCATCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68170	GCCCACTCTCCGGCCACAGGGACCAGGAGCCGGGTTTGGCCGCCCCATCA	68219

CR974426.13	901	GACCCATGTGTTGTGGAGAAGGGCTGGGTCAGTGTAGGAAGGCAGTGATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68220	GACCCATGTGTTGTGGAGAAGGGCTGGGTCAGTGTAGGAAGGCAGTGATG	68269

CR974426.13	951	AGACCAGAAGAGGAAGGCCAAGGATGCTTAGCAGACAAATAGCACAGATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68270	AGACCAGAAGAGGAAGGCCAAGGATGCTTAGCAGACAAATAGCACAGATG	68319

CR974426.13	1001	TCACTCCCAGCTTTTTTCCTGTGCCAGGGGCTTTACACCTTTTAATTTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68320	TCACTCCCAGCTTTTTTCCTGTGCCAGGGGCTTTACACCTTTTAATTTAT	68369

CR974426.13	1051	TCATCTCTTACTATAAGCTGTAAGCTGGGGATTACTATGCCCATTTATAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68370	TCATCTCTTACTATAAGCTGTAAGCTGGGGATTACTATGCCCATTTATAA	68419

CR974426.13	1101	ATAAGGAATTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTACAGTTGCACCTGTGGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68420	ATAAGGAATTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTACAGTTGCACCTGTGGCTT	68469

CR974426.13	1151	ATGGACGTTCCCAGTCTAGGGGTCAAAACGGAGCTGGTGCTGCTGGCCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68470	ATGGACGTTCCCAGTCTAGGGGTCAAAACGGAGCTGGTGCTGCTGGCCAC	68519

CR974426.13	1201	AGGCACAGCCACAGCAATGTTGGCTCTGAGCCGCGTATGCGATCTACACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68520	AGGCACAGCCACAGCAATGTTGGCTCTGAGCCGCGTATGCGATCTACACC	68569

CR974426.13	1251	ACAGCTCACGGCAATGCTGGATTCTTAAGCCACTAAGCAAGGCCAGGGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68570	ACAGCTCACGGCAATGCTGGATTCTTAAGCCACTAAGCAAGGCCAGGGAT	68619

CR974426.13	1301	CAAACTTGCATCCTCATGGATGCTAGTCAGGTTCATAACCTGCTGAGCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68620	CAAACTTGCATCCTCATGGATGCTAGTCAGGTTCATAACCTGCTGAGCCA	68669

CR974426.13	1351	CAACGGGAACTCCTAAATGAGGAAATGAAGGCACAGAGTGATTTCTCTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68670	CAACGGGAACTCCTAAATGAGGAAATGAAGGCACAGAGTGATTTCTCTAA	68719

CR974426.13	1401	GTTCTCACAATTTGAAGGTTTGCCTAATTTTGAAACTCCATGTTGCCTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68720	GTTCTCACAATTTGAAGGTTTGCCTAATTTTGAAACTCCATGTTGCCTGG	68769

CR974426.13	1451	AGCTTCTCAAGCAGATCCCCTGGGGGAGTCCACTGACCATGACTCAGCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68770	AGCTTCTCAAGCAGATCCCCTGGGGGAGTCCACTGACCATGACTCAGCTT	68819

CR974426.13	1501	GGGGCCCCAAGTCCTTTGAGCCGTTCTGTGGTCAGAGGACGGAGGCTGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68820	GGGGCCCCAAGTCCTTTGAGCCGTTCTGTGGTCAGAGGACGGAGGCTGAC	68869

CR974426.13	1551	AAGCACTAGGTGGGAGAAAAGCCAGGTCTCACCAGGGCCAGGGTCAGGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68870	AAGCACTAGGTGGGAGAAAAGCCAGGTCTCACCAGGGCCAGGGTCAGGGT	68919

CR974426.13	1601	CAGGGCTGGAGGGAATCACTGCTTAGGTGACCTCGGAGCCCTGGGGCTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68920	CAGGGCTGGAGGGAATCACTGCTTAGGTGACCTCGGAGCCCTGGGGCTGG	68969

CR974426.13	1651	CGATGGTGGGGGGGGGTCCCTGCCCTTCCCCGGCCTTGCCTGGCCTGCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	68970	CGATGGTGGGGGGGGGTCCCTGCCCTTCCCCGGCCTTGCCTGGCCTGCTG	69019

CR974426.13	1701	GGCTGTGAGCCTGGGGAGTGGGCACCTCCTCTGGGCCCCTGGCAGGGAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	69020	GGCTGTGAGCCTGGGGAGTGGGCACCTCCTCTGGGCCCCTGGCAGGGAGC	69069

CR974426.13	1751	GAGCAGTGCCTGAGGCAGGAGGCAGGCAGGCATGGTGCGGTCCCTGCCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	69070	GAGCAGTGCCTGAGGCAGGAGGCAGGCAGGCATGGTGCGGTCCCTGCCCA	69119

CR974426.13	1801	TCTGGGGAGTGCTTGGTGGCTGGCTGGAACTGAGCAGTGGACGGCTTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	69120	TCTGGGGAGTGCTTGGTGGCTGGCTGGAACTGAGCAGTGGACGGCTTTTG	69169

CR974426.13	1851	GACTCGGCAGCGCCAGCCCAGCTCGGAGGCTGCGAGGCAGAGCCGTGAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	69170	GACTCGGCAGCGCCAGCCCAGCTCGGAGGCTGCGAGGCAGAGCCGTGAAC	69219

CR974426.13	1901	GCCAACAGTCTGGAGGCAGGCTCCGGAGGGAGACGGGCTCGGGCCCATTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	69220	GCCAACAGTCTGGAGGCAGGCTCCGGAGGGAGACGGGCTCGGGCCCATTC	69269

CR974426.13	1951	GCTGAGCTCGGTTCCCACAACAGCTCAGCAGACAGATGGACTTGGGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956423.7	69270	GCTGAGCTCGGTTCCCACAACAGCTCAGCAGACAGATGGACTTGGGGATC	69319

Overview

Query
CR974426.13 - 117538 bps
Hit
CR956423.7 - 69319 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001994200012000167320693191
289.372473911901319403130434308281
386.811382372577426010133762339961
484.9813925365306782-136772370241
585.31352469550495749136784370281
692.552172827134571626138788390691
793.942142642211722380-138805390681
888.641712656103661300138805390681
989.7318026371647426138807390691
1088.72166264102824103087138812390681
1187.0816427171567426-143075433451
1292.452132787134971626-143075433521
1386.77149264102824103087-143076433321
1491.731982662211722382143076433411
1587.6916226065306789143081433401
1692.22052767135371628-156145564261
1788.231682676103461300-156148564191
1886.72152265101023101287-156148564181
1987.07150264102824103087-156148564101
2091.171892662211722382156148564191
Short-link