<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2003 bps / non-identical: 350 bps

Full alignment

C  CR956425.14	2003	CTCAAGCTTACCAATGGCTTGAAAATTGGATAGACATACCTTTATGGGGA	1954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	28	CTCAAGCTTACCAATGGCTTGAAAATTGGATAGACATACCTTTATGGGGA	77

C  CR956425.14	1953	TTAGTCATCATCTCTCTTATTAGAAGATTCACAGAAATGAATTCCTTTCC	1904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	78	TTAGTCATCATCTCTCTTATTAGAAGATTCACAGAAATGAATTCCTTTCC	127

C  CR956425.14	1903	TGATACTTTTCCAAAGTGATGTCATTACAGAACATGGCAAACACACCCTC	1854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	128	TGATACTTTTCCAAAGTGATGTCATTACAGAACATGGCAAACACACCCTC	177

C  CR956425.14	1853	CATGCTAACTCTTGGGGCACAGGTCTCACCATGTTAGTGGCCAGGGCTTC	1804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	178	CATGCTAACTCTTGGGGCACAGGTCTCACCATGTTAGTGGCCAGGGCTTC	227

C  CR956425.14	1803	CTGGATGACTCCTGATGACAGAGATGCCACCTGCTCCTCTTCCAGGTTGT	1754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	228	CTGGATGACTCCTGATGACAGAGATGCCACCTGCTCCTCTTCCAGGTTGT	277

C  CR956425.14	1753	TTTCAACTTCCCTGATGGACTGCAACAGGCTGTCCAGGCTTTCCTGCACG	1704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	278	TTTCAACTTCCCTGATGGACTGCAACAGGCTGTCCAGGCTTTCCTGCACG	327

C  CR956425.14	1703	CTCTGAGACTGGGCAATTGCCTTCTGCAGGAGAGCAGAGCGCTCAGCCAG	1654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	328	CTCTGAGACTGGGCAATTGCCTTCTGCAGGAGAGCAGAGCGCTCAGCCAG	377

C  CR956425.14	1653	TCTGCTGGAGAGGCTTTGGAAATGGCTGAGCATGGAATCTGGAAAATCAA	1604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	378	TCTGCTGGAGAGGCTTTGGAAATGGCTGAGCATGGAATCTGGAAAATCAA	427

C  CR956425.14	1603	GGCCATGAGAAGAGAGAGTGGAGACTATTTTTGTGTCGTGCTTTCTACAA	1554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	428	GGCCATGAGAAGAGAGAGTGGAGACTATTTTTGTGTCGTGCTTTCTACAA	477

C  CR956425.14	1553	AAAAGAATTTTTTTTTAGGGGATTCCCATTGTGGTGCAGCAGAAGTGAAT	1504
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  CR956422.6	478	AAAAGAATTTTTTTTTAGGGGATTCCCATTGTGGTGCAGCAGAAATGAAT	527

C  CR956425.14	1503	CTGCCTAGTATCCATGAGGATGCCGGTTCGGGTCAGGGGATCCGGTGTTG	1454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	528	CTGCCTAGTATCCATGAGGATGCCGGTTCGGGTCAGGGGATCCGGTGTTG	577

C  CR956425.14	1453	CCGCGAGCTGTGGTGTAGGTCGCAGATTCAGCTTGGATCCCACATTGCTG	1404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	578	CCGCGAGCTGTGGTGTAGGTCGCAGATTCAGCTTGGATCCCACATTGCTG	627

C  CR956425.14	1403	TGGCTGTGGTACAGGGTGGCAGCTATAGCTCTGATTCGACCCCTAGCCTG	1354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	628	TGGCTGTGGTACAGGGTGGCAGCTATAGCTCTGATTCGACCCCTAGCCTG	677

C  CR956425.14	1353	GGAACTTCCATATGCCATGGACCACCCCCCCCCCCC-AAAAAAAAACCAA	1305
			||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||
  CR956422.6	678	GGAACTTTCATATGCCATGGA-CACCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAACCAA	726

C  CR956425.14	1304	AGTCCTTCAAGAGAGCACAAGTAGAGGAAGGCACATCATAACTAATGATG	1255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	727	AGTCCTTCAAGAGAGCACAAGTAGAGGAAGGCACATCATAACTAATGATG	776

C  CR956425.14	1254	AAAATAAATTCCCAAGTTCTCTATTTGTACTAGGAGTACTATAGTAGAGA	1205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	777	AAAATAAATTCCCAAGTTCTCTATTTGTACTAGGAGTACTATAGTAGAGA	826

C  CR956425.14	1204	AGCCCAGAGGAAGATTGATTTATCTTTTGCTTCTTTTGGGGGCCAGTGGT	1155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	827	AGCCCAGAGGAAGATTGATTTATCTTTTGCTTCTTTTGGGGGCCAGTGGT	876

C  CR956425.14	1154	GGTCAGCACTTTACAAAAGAAGTAACTTCCTGGTTCCATCTCCGCCACAA	1105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CR956422.6	877	GGTCAGCACTTTACAAAAGAAGTAACTTCCTGGTTCCATCTCCACCACAA	926

C  CR956425.14	1104	GCAAAATTTCATCATGCATGGTAAGCACTCAATAAAAGGTTAGCAGCTAA	1055
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	927	GCAAAATTTCATCATGCATGATAAGCACTCAATAAAAGGTTAGCAGCTAA	976

C  CR956425.14	1054	TAAGGAGCATGAAAAACTTCAGGGGTAAAGTAATGAGGAAATGACTAGAT	1005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	977	TAAGGAGCATGAAAAACTTCAGGGGTAAAGTAATGAGGAAATGACTAGAT	1026

C  CR956425.14	1004	TACTTGGGAAAGGAAAAAAGTCGAGTGTGGCTAGAAGGCCACAAAAAACG	955
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  CR956422.6	1027	TACTTGGGAAAGGAAAAAAGTCGAGTGTGGCTAGAAGGCCACCAAAAACG	1076

C  CR956425.14	954	GGTTGAAGCCAGACCAAGAAGGCCTTCTATGGTGAAAGAATAAAATCCAT	905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1077	GGTTGAAGCCAGACCAAGAAGGCCTTCTATGGTGAAAGAATAAAATCCAT	1126

C  CR956425.14	904	TAGAGGGTAAACTATATTCTCAGCCCCTAGCCATCGCCACAGACACTTGT	855
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  CR956422.6	1127	TAGAGGGTAAACTATATTCTCAGCCCCTAGCCATGGCCACAGACACTTGT	1176

C  CR956425.14	854	ACAACACAACATGATACATGACAGAATCAGGAATTAGGGGAGGACTCTGG	805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1177	ACAACACAACATGATACATGACAGAATCAGGAATTAGGGGAGGACTCTGG	1226

C  CR956425.14	804	CTATTGCTGCTTCATACCTGTAGTTTCTTGAACATGCTTGCAATCTGGGG	755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1227	CTATTGCTGCTTCATACCTGTAGTTTCTTGAACATGCTTGCAATCTGGGG	1276

C  CR956425.14	754	CTGGCTCCCCTTCAATTTCCATGAGGTCATGAGCAACTTTTTGGAGCTTT	705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1277	CTGGCTCCCCTTCAATTTCCATGAGGTCATGAGCAACTTTTTGGAGCTTT	1326

C  CR956425.14	704	TCTACAGGTACTTCGTGCTCAGCTAGTTCCTCCTGCAACTGCTGCTTGTC	655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1327	TCTACAGGTACTTCGTGCTCAGCTAGTTCCTCCTGCAACTGCTGCTTGTC	1376

C  CR956425.14	654	CATGAAAAAGGATAGAAGAAAAACATCAGAGTGTGTAATCAAAGCTGGTT	605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1377	CATGAAAAAGGATAGAAGAAAAACATCAGAGTGTGTAATCAAAGCTGGTT	1426

C  CR956425.14	604	CTAGGAGTTAAGAGCTACTGAGTGGGATAATAATAGAATAATTATGTGTA	555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1427	CTAGGAGTTAAGAGCTACTGAGTGGGATAATAATAGAATAATTATGTGTA	1476

C  CR956425.14	554	TCCAGAGCTGCAGACATTAGAACACAGTGTCTAGGAATCAGATCTTGTCC	505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1477	TCCAGAGCTGCAGACATTAGAACACAGTGTCTAGGAATCAGATCTTGTCC	1526

C  CR956425.14	504	AAGGCCCCCCAATCGCTGCCTTTAACCTATGCAAGCATTTGGTTTGCTTT	455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1527	AAGGCCCCCCAATCGCTGCCTTTAACCTATGCAAGCATTTGGTTTGCTTT	1576

C  CR956425.14	454	GAGGGTACTCTAAGCCATGCAGGCCAACAGCTGTGCCCTGGCTCACCTTT	405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
  CR956422.6	1577	GAGGGTACTCTAAGCCATGCAGGCCAACAGCTGTGCCCTGGCTCACCTTC	1626

C  CR956425.14	404	GTTGTTGCAAGCTGCTGTTGTAGGACCCCAGGGTCAGAGGCAATGGTATC	355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1627	GTTGTTGCAAGCTGCTGTTGTAGGACCCCAGGGTCAGAGGCAATGGTATC	1676

C  CR956425.14	354	TGAGAGGAGCTTCTCCACACTGGCCTCACAAGCTTTCATCCAGGCCTGCA	305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1677	TGAGAGGAGCTTCTCCACACTGGCCTCACAAGCTTTCATCCAGGCCTGCA	1726

C  CR956425.14	304	GGCTATCAGCGCTGCTCTGGAACTGCTGGTACTGGCCCAGCAACGTATTC	255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1727	GGCTATCAGCGCTGCTCTGGAACTGCTGGTACTGGCCCAGCAACGTATTC	1776

C  CR956425.14	254	AGGTGAGCGCCCAATCGTGCACACTGTGCCAGAGAAGGAAGGAAAAGCAG	205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1777	AGGTGAGCGCCCAATCGTGCACACTGTGCCAGAGAAGGAAGGAAAAGCAG	1826

C  CR956425.14	204	GCTTCAGCAGGTCAGGTCAGAGGCAGCAGCTTCCTAGGCATAGTTCAAAG	155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1827	GCTTCAGCAGGTCAGGTCAGAGGCAGCAGCTTCCTAGGCATAGTTCAAAG	1876

C  CR956425.14	154	AGGCCTGGCTCTGCTACTGACTGTAACAAAGTCAAGGGCAGTGCTGGCCT	105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1877	AGGCCTGGCTCTGCTACTGACTGTAACAAAGTCAAGGGCAGTGCTGGCCT	1926

C  CR956425.14	104	CCGAGGACAGATAACAATCATTTTCTACAAGCAGGGTCCTGATTGCTTAA	55
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1927	CCGAGGACAGATAACAATCATTTTCTACAAGCAGGGTCCTGATTGCTTAA	1976

C  CR956425.14	54	TCCATACTATTCACCCCAACTTTATTATATACCCAGGAAGACTTAGTAAA	5
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	1977	TCCATACTATTCACCCCAACTTTATTATATACCCAGGAAGACTTAGTAAA	2026

C  CR956425.14	4	AGTT	1
			||||
  CR956422.6	2027	AGTT	2030

Compact alignment

skip 450 bps 100% identity alignment

C  CR956425.14	1553	AAAAGAATTTTTTTTTAGGGGATTCCCATTGTGGTGCAGCAGAAGTGAAT	1504
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  CR956422.6	478	AAAAGAATTTTTTTTTAGGGGATTCCCATTGTGGTGCAGCAGAAATGAAT	527

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CR956425.14	1353	GGAACTTCCATATGCCATGGACCACCCCCCCCCCCC-AAAAAAAAACCAA	1305
			||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||
  CR956422.6	678	GGAACTTTCATATGCCATGGA-CACCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAACCAA	726

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CR956425.14	1154	GGTCAGCACTTTACAAAAGAAGTAACTTCCTGGTTCCATCTCCGCCACAA	1105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CR956422.6	877	GGTCAGCACTTTACAAAAGAAGTAACTTCCTGGTTCCATCTCCACCACAA	926

C  CR956425.14	1104	GCAAAATTTCATCATGCATGGTAAGCACTCAATAAAAGGTTAGCAGCTAA	1055
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CR956422.6	927	GCAAAATTTCATCATGCATGATAAGCACTCAATAAAAGGTTAGCAGCTAA	976

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR956425.14	1004	TACTTGGGAAAGGAAAAAAGTCGAGTGTGGCTAGAAGGCCACAAAAAACG	955
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  CR956422.6	1027	TACTTGGGAAAGGAAAAAAGTCGAGTGTGGCTAGAAGGCCACCAAAAACG	1076

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR956425.14	904	TAGAGGGTAAACTATATTCTCAGCCCCTAGCCATCGCCACAGACACTTGT	855
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  CR956422.6	1127	TAGAGGGTAAACTATATTCTCAGCCCCTAGCCATGGCCACAGACACTTGT	1176

skip 400 bps 100% identity alignment

C  CR956425.14	454	GAGGGTACTCTAAGCCATGCAGGCCAACAGCTGTGCCCTGGCTCACCTTT	405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
  CR956422.6	1577	GAGGGTACTCTAAGCCATGCAGGCCAACAGCTGTGCCCTGGCTCACCTTC	1626

skip 404 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956425.14 - 77662 bps
Hit
CR956422.6 - 184430 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2003 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.451963200312003-12820301
291.1920729968525688231736976631
393.142162771800618282-1738876641
491.642022753218432458-1738876621
592.921972553836638620-1739176441
691.511992702044620715-1739276621
792.472022667442574690-1739776621
892.2819725937594017-1740476621
992.241932581800918266-126910271671
1094.241952426858068821126925271671
1192.372102763218432459-149493497671
1295.172292696855468822149499497671
1391.642012751800818282-194570948441
1492.11982667442574690-194579948441
1591.8919425937594017-194586948441
1695.782032376858668822194608948441
1794.582442956853768831-11070961073901
1893.581962486824568492-11070991073471
1994.27229279180071828511071041073821
2092.98220287321843247011071051073891
2192.37198263744257468711071051073661
2290.84199280685436882211237741240571
2391.11972781800818285-11237771240571
2490.811962813834438624-11597711600531
2596.17203235685886882211598151600491
2693.42227288685356882211806541809421
2793.532222781800818285-11806651809421
2893.162172803218432463-11806651809421
Short-link