<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2003 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

CR956418.10	1	AAGCTTTAGGAGAACAGTGATATTATTCTGCCATGGTCACTGTTATATTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	125960	AAGCTTTAGGAGAACAGTGATATTATTCTGCCATGGTCACTGTTATATTC	126009

CR956418.10	51	CATTTGGTGCCTTGTACAATGTCTGGTACATGGTAGGGGCTCAATAAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126010	CATTTGGTGCCTTGTACAATGTCTGGTACATGGTAGGGGCTCAATAAAAT	126059

CR956418.10	101	GTTTTTTGGACAAATAATTTACATAATTCTTATTGGTAAATATGATCTAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126060	GTTTTTTGGACAAATAATTTACATAATTCTTATTGGTAAATATGATCTAC	126109

CR956418.10	151	CTTATAATAACTCATTCTGTAATTCTTCTAGGGACTTGTATAGAAAAGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126110	CTTATAATAACTCATTCTGTAATTCTTCTAGGGACTTGTATAGAAAAGGG	126159

CR956418.10	201	GAACTTTTTCATATTTAAATTGCAAAGGAAAAGAAATATAATTTTTCTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126160	GAACTTTTTCATATTTAAATTGCAAAGGAAAAGAAATATAATTTTTCTAA	126209

CR956418.10	251	ATTCAAGTCTTTACTTTGTTAAGCAATATTTCTAAGGAGGAGTTTTAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126210	ATTCAAGTCTTTACTTTGTTAAGCAATATTTCTAAGGAGGAGTTTTAATA	126259

CR956418.10	301	ATTTACTTTAATTAGTAGGCAAACCTATCTATAATTAGAATATCAGTTAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126260	ATTTACTTTAATTAGTAGGCAAACCTATCTATAATTAGAATATCAGTTAT	126309

CR956418.10	351	ATGCAAATTACCCTGCCAATATCCTTGGATATGTTTTGTCCCCTTAAGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126310	ATGCAAATTACCCTGCCAATATCCTTGGATATGTTTTGTCCCCTTAAGCT	126359

CR956418.10	401	GTTGAAAGCGGACAACAAAGTTGTCCTGCCATGTAATTTTGTTTATAGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126360	GTTGAAAGCGGACAACAAAGTTGTCCTGCCATGTAATTTTGTTTATAGGA	126409

CR956418.10	451	CTATTTTGTTTAGAAGCCTCTTAATTTATTAACTGTATAAAAATAAATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126410	CTATTTTGTTTAGAAGCCTCTTAATTTATTAACTGTATAAAAATAAATAT	126459

CR956418.10	501	CAGTCTTGCCCCAGCTGAATTATCACACATCCCAAATCACTGAAAACCCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126460	CAGTCTTGCCCCAGCTGAATTATCACACATCCCAAATCACTGAAAACCCA	126509

CR956418.10	551	GTTATTAAGGGGTGGAATCACATTTGAATATATGACAAGGGTAGGATAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126510	GTTATTAAGGGGTGGAATCACATTTGAATATATGACAAGGGTAGGATAGA	126559

CR956418.10	601	TTAGCCACCATCCCAAATGACACTTGGGAATCATAAAGCTATTTCGAGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126560	TTAGCCACCATCCCAAATGACACTTGGGAATCATAAAGCTATTTCGAGGC	126609

CR956418.10	651	CATGCTTTTATTCCAAGAAACTAGCACCTTCTTCAGGTATTGGTGAGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |
CR956421.19	126610	CATGCTTTTATTCCAAGAAACTAGCACCTTCTTCAGGTATTGGTG-G-TA	126657

CR956418.10	701	GACATTGAGAAAGACTTCTTAAAGAATGACTATAAATAGGTGATCACCAG	750
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126658	G-CATTGAGAAAGACTTCTTAAAGAATGACTATAAATAGGTGATCACCAG	126706

CR956418.10	751	GTAGGAGATAACTTCTGACTCTGAAGTTAAATATCAGCTCTCACCAACGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CR956421.19	126707	GTAGGAGATAACTTCTGACTCTGAAGTTAAATATCAGCTCTCACCAATGA	126756

CR956418.10	801	GAACAAACCTCTCACCTCTTGAAGGGCAGGGATTAACTAAAGAAAATTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126757	GAACAAACCTCTCACCTCTTGAAGGGCAGGGATTAACTAAAGAAAATTTT	126806

CR956418.10	851	CAGAGCCTCCAAATTTCTAGACATAGAGGAGTGAGCTGCAGGCAAATGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126807	CAGAGCCTCCAAATTTCTAGACATAGAGGAGTGAGCTGCAGGCAAATGGA	126856

CR956418.10	901	ACCATGTGCTTTCTCAAAGAGGATCCGAAGCATTATAACATAGCTTTATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126857	ACCATGTGCTTTCTCAAAGAGGATCCGAAGCATTATAACATAGCTTTATG	126906

CR956418.10	951	TCAAAGAGACAGCTGCACATCTATGTCCATAACAACATTATATACAATAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126907	TCAAAGAGACAGCTGCACATCTATGTCCATAACAACATTATATACAATAG	126956

CR956418.10	1001	CCAAGAGGTGAGAGCACCCAACTGTCTATCAGTGGATGAGTGGATAAATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126957	CCAAGAGGTGAGAGCACCCAACTGTCTATCAGTGGATGAGTGGATAAATA	127006

CR956418.10	1051	AAATGTGGTATATATCCAAAGGAATAATATTCAACTTTAAAAAGGAAAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127007	AAATGTGGTATATATCCAAAGGAATAATATTCAACTTTAAAAAGGAAAGA	127056

CR956418.10	1101	AATTCTGACGCATGCTACAACATTGATGAACTTTGAGGACTTTATATTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127057	AATTCTGACGCATGCTACAACATTGATGAACTTTGAGGACTTTATATTAA	127106

CR956418.10	1151	GTGAAATAAACCAGTTACAAATACACTGTATCTAAAGTTGTCAATTTTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127107	GTGAAATAAACCAGTTACAAATACACTGTATCTAAAGTTGTCAATTTTAT	127156

CR956418.10	1201	AGAAACAGAAAATAGAGTAGTAGTAGCCAGGGGCTGCAGGGGTGGGGCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127157	AGAAACAGAAAATAGAGTAGTAGTAGCCAGGGGCTGCAGGGGTGGGGCAA	127206

CR956418.10	1251	TGGTGAGCTATTGTTTAGGGAGCAAAGAGTTTCAGTTTTGCAAGATGAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127207	TGGTGAGCTATTGTTTAGGGAGCAAAGAGTTTCAGTTTTGCAAGATGAAA	127256

CR956418.10	1301	AAGTTCTGGACATCCATTGTACAATGTGTGAATGTAACTTAACACTAGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127257	AAGTTCTGGACATCCATTGTACAATGTGTGAATGTAACTTAACACTAGTG	127306

CR956418.10	1351	AACTTAAAAATGTGTAAAGATAGTAAATTTTATGTTTTTAAACCACAATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127307	AACTTAAAAATGTGTAAAGATAGTAAATTTTATGTTTTTAAACCACAATT	127356

CR956418.10	1401	AAAACTAAAATTATATATAAAGAATAACTTTAAATACAAGGAAAACAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127357	AAAACTAAAATTATATATAAAGAATAACTTTAAATACAAGGAAAACAAAT	127406

CR956418.10	1451	TATAACCAAGATTTTATAGGATCAGTACTACCTACCATAAAACAGTCATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127407	TATAACCAAGATTTTATAGGATCAGTACTACCTACCATAAAACAGTCATA	127456

CR956418.10	1501	CAACTCTCTATATTAAAACTACACTTTTAGACATCCAGAAGACATATTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127457	CAACTCTCTATATTAAAACTACACTTTTAGACATCCAGAAGACATATTTT	127506

CR956418.10	1551	CATATTTGATTCCTACCATTATTCTAGTTATGATGACTTTTCTCAACCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127507	CATATTTGATTCCTACCATTATTCTAGTTATGATGACTTTTCTCAACCAA	127556

CR956418.10	1601	ATGGTTTGGTCACATAACTGACTGAGATTTTTTTTTCCACTGGGGCCTCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127557	ATGGTTTGGTCACATAACTGACTGAGATTTTTTTTTCCACTGGGGCCTCC	127606

CR956418.10	1651	AAATCCTATTGGTTTAGCCCGAAGACATTGTGTTTACTCTTTTTTTCCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127607	AAATCCTATTGGTTTAGCCCGAAGACATTGTGTTTACTCTTTTTTTCCTT	127656

CR956418.10	1701	TTTAGGGTTGCACCTGTGGCATGTGGAAGTTTCTAGGCTAGGGGTCGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127657	TTTAGGGTTGCACCTGTGGCATGTGGAAGTTTCTAGGCTAGGGGTCGAAT	127706

CR956418.10	1751	AAAGCCGCAGCCACCAGCTGATGCCACAGCCATAGCAGTGCCAGATCTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127707	AAAGCCGCAGCCACCAGCTGATGCCACAGCCATAGCAGTGCCAGATCTGA	127756

CR956418.10	1801	GCCACATCTGCAAACTATGCTGCATCTTGTGGCAATGCTGTATCCTTAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127757	GCCACATCTGCAAACTATGCTGCATCTTGTGGCAATGCTGTATCCTTAAT	127806

CR956418.10	1851	TCACTGAGCAAGGCCAAGGTTCAAACCCTCATCCTCATGGATACTAGTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127807	TCACTGAGCAAGGCCAAGGTTCAAACCCTCATCCTCATGGATACTAGTCA	127856

CR956418.10	1901	GGTTCTTAATCTACTGAGCCACAATAGGAAATTTCATTGTGTTTATTCTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127857	GGTTCTTAATCTACTGAGCCACAATAGGAAATTTCATTGTGTTTATTCTT	127906

CR956418.10	1951	TTGTTTCCAAGAAAATTCTTGATTTTAAAAAGCCCACTCTTTCTTGGGAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	127907	TTGTTTCCAAGAAAATTCTTGATTTTAAAAAGCCCACTCTTTCTTGGGAG	127956

CR956418.10	2001	TTC	2003
			|||
CR956421.19	127957	TTC	127959

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

CR956418.10	651	CATGCTTTTATTCCAAGAAACTAGCACCTTCTTCAGGTATTGGTGAGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |
CR956421.19	126610	CATGCTTTTATTCCAAGAAACTAGCACCTTCTTCAGGTATTGGTG-G-TA	126657

CR956418.10	701	GACATTGAGAAAGACTTCTTAAAGAATGACTATAAATAGGTGATCACCAG	750
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956421.19	126658	G-CATTGAGAAAGACTTCTTAAAGAATGACTATAAATAGGTGATCACCAG	126706

CR956418.10	751	GTAGGAGATAACTTCTGACTCTGAAGTTAAATATCAGCTCTCACCAACGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CR956421.19	126707	GTAGGAGATAACTTCTGACTCTGAAGTTAAATATCAGCTCTCACCAATGA	126756

skip 1203 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956418.10 - 173652 bps
Hit
CR956421.19 - 127959 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2003 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.75191520031200311259601279591
296.152492851278713071-175798760831
395.772462843171631999175798760811
493.332242842920229485-175797760811
592.282082722921229483179608798791
695.872072423171531956118972192131
793.182062631280913071-118973192361
890.882062852920029484-11147771150611
993.412052592922529483172113723701
1091.12042812920429484-118973192531
1192.7520326229225294861183220931
1294.6720224412828130711184820911
1391.372022775681157087175798760751
1495.062022433171731959-179637798791
1594.632002433171731959-172129723701
1694.261992443171631959-1184820911
1789.31983011278813088-11147601150581
1894.241962431282813070179637798791
1988.921922902919429483-173820741081
2090.441922745681257085-179608798791
2191.291912635681157073118973192361
2289.12190286317163200111147771150611
2393.331892403172031959-11205611208001
2489.86186274124352124625175799760741
2592.571852433171731959173820740611
2689.42185277568115708711147771150501
Short-link