<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009551.8	1	GATCCAGCATTGCCATGAGTTGTGGTGTAGGTCACAGACTTGCCTCGGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	88760	GATCCAGCATTGCCATGAGTTGTGGTGTAGGTCACAGACTTGCCTCGGAT	88809

CT009551.8	51	CCATCGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCTGGCAGCACAGCTCCGATTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	88810	CCATCGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCTGGCAGCACAGCTCCGATTTGA	88859

CT009551.8	101	ACCCTAGCCTGGGAACTTCCATGTGCCAAGGGTGTGGCCCCCAAAACAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	88860	ACCCTAGCCTGGGAACTTCCATGTGCCAAGGGTGTGGCCCCCAAAACAAC	88909

CT009551.8	151	AACAACAACAACAACAACAAAAAACCCCATACACATTCTGGCAAAGGACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	88910	AACAACAACAACAACAACAAAAAACCCCATACACATTCTGGCAAAGGACT	88959

CT009551.8	201	CCAAATCAAAAAACCCCCACCCCCACCCCTACCCCCACCCCCAGGCCCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	88960	CCAAATCAAAAAACCCCCACCCCCACCCCTACCCCCACCCCCAGGCCCCA	89009

CT009551.8	251	GAGTTCTGAACTAACATCGAACTGTATCTAGGTAAATAGCCTCCTACCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89010	GAGTTCTGAACTAACATCGAACTGTATCTAGGTAAATAGCCTCCTACCCA	89059

CT009551.8	301	TGGCTCAGAAGTGACTGCCTGAAAAATCCAGTGTTAGGAGCCCACCTCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89060	TGGCTCAGAAGTGACTGCCTGAAAAATCCAGTGTTAGGAGCCCACCTCCT	89109

CT009551.8	351	GTTTTAGTTAAGGTTGGTATAAGAAGGACCTCTTTCCACTTTCTATCACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89110	GTTTTAGTTAAGGTTGGTATAAGAAGGACCTCTTTCCACTTTCTATCACT	89159

CT009551.8	401	CATATTTTATTTTCCAACTTTGCTCTAGAAGTGAACTTTAGAATCTGGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89160	CATATTTTATTTTCCAACTTTGCTCTAGAAGTGAACTTTAGAATCTGGAA	89209

CT009551.8	451	TACTGCTGCATTATGAGTTTCCAAACAACTGCTATTAAAGAGTGATCTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89210	TACTGCTGCATTATGAGTTTCCAAACAACTGCTATTAAAGAGTGATCTAT	89259

CT009551.8	501	GTTGGCACACACAAGGGATCACGGATTTTTCTTTGGCTGTCAGCTCTTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89260	GTTGGCACACACAAGGGATCACGGATTTTTCTTTGGCTGTCAGCTCTTGA	89309

CT009551.8	551	AATTACCCAGCAATCCCAAAATGAATTTCCTCTAATCTGACAGTTTTGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89310	AATTACCCAGCAATCCCAAAATGAATTTCCTCTAATCTGACAGTTTTGCC	89359

CT009551.8	601	TCTCCTGACATGATGTACTGTATATTCAGTGGTCAGCAGGGACTACTTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89360	TCTCCTGACATGATGTACTGTATATTCAGTGGTCAGCAGGGACTACTTAA	89409

CT009551.8	651	TTGCAGTTAAGCCTGTGCTGTTCATTGTGGCATTTAAAATAGAGCAGTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89410	TTGCAGTTAAGCCTGTGCTGTTCATTGTGGCATTTAAAATAGAGCAGTGT	89459

CT009551.8	701	GTAATGTGGTTAAATTTTCTGACTCTCCAGGCCCAGATGGGTGGGTGGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89460	GTAATGTGGTTAAATTTTCTGACTCTCCAGGCCCAGATGGGTGGGTGGAA	89509

CT009551.8	751	CTCAATGTTTTTTGGAAACTTTCTACCTGGTAGTGCTTATACTGAATTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89510	CTCAATGTTTTTTGGAAACTTTCTACCTGGTAGTGCTTATACTGAATTAA	89559

CT009551.8	801	GTTTTACAGGCTAGCAGCTTTAATTCATTCACTTTCAAGATTTGTAAAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89560	GTTTTACAGGCTAGCAGCTTTAATTCATTCACTTTCAAGATTTGTAAAGG	89609

CT009551.8	851	TTAGAATCAAAATTAAAATGGAATCCTCCTAGAAGGTGGAAAGGACTGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89610	TTAGAATCAAAATTAAAATGGAATCCTCCTAGAAGGTGGAAAGGACTGGA	89659

CT009551.8	901	CTATCAGATAAAACTGATGTTGAGTTAAAGATGCTTCAAACTCCAGAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89660	CTATCAGATAAAACTGATGTTGAGTTAAAGATGCTTCAAACTCCAGAAAG	89709

CT009551.8	951	GAAAAATACAATGATATAATACATAACACTTTTTGAGTAGTTACTTTATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89710	GAAAAATACAATGATATAATACATAACACTTTTTGAGTAGTTACTTTATG	89759

CT009551.8	1001	CTTGACAGTTTTCAGGGATAATCTCATTTTGTTCTTAAAACATTCTAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89760	CTTGACAGTTTTCAGGGATAATCTCATTTTGTTCTTAAAACATTCTAAAG	89809

CT009551.8	1051	AAGCACTAGCAAATTTTTGCAGCTAGTTTACAGATGTGGAAATTGAGGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89810	AAGCACTAGCAAATTTTTGCAGCTAGTTTACAGATGTGGAAATTGAGGCT	89859

CT009551.8	1101	TAGCATAGTTTAGTAACTTCCTAAGATTTGTGTGTGTGTAGGCAGAGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89860	TAGCATAGTTTAGTAACTTCCTAAGATTTGTGTGTGTGTAGGCAGAGATT	89909

CT009551.8	1151	TGAGACCAGGTCTGTCTAATAATAAGCTATATTCTTTAGCACTACACGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89910	TGAGACCAGGTCTGTCTAATAATAAGCTATATTCTTTAGCACTACACGCA	89959

CT009551.8	1201	ATTCCCTGAAGGTGTTAGACACCGTTGAGTTTACACTGCTTATTCTGCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	89960	ATTCCCTGAAGGTGTTAGACACCGTTGAGTTTACACTGCTTATTCTGCAT	90009

CT009551.8	1251	GTGGATAAACTGAGATTCAGATAGTTTCAAGTGAATTTCTCAGTGTTAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90010	GTGGATAAACTGAGATTCAGATAGTTTCAAGTGAATTTCTCAGTGTTAAG	90059

CT009551.8	1301	TTACCCTAGACTTGGAAAATTAGCCTGGGGTTATTCACAAGTCTTATTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90060	TTACCCTAGACTTGGAAAATTAGCCTGGGGTTATTCACAAGTCTTATTTT	90109

CT009551.8	1351	TAGTAATAATGTAGTACTTTGCATCTTTAAAGTGCTCTACACGCATTATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90110	TAGTAATAATGTAGTACTTTGCATCTTTAAAGTGCTCTACACGCATTATC	90159

CT009551.8	1401	TCATATTTAGTTTCCAAAAAGTTTTGTTACATGAACTGATAACTCAAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90160	TCATATTTAGTTTCCAAAAAGTTTTGTTACATGAACTGATAACTCAAAAA	90209

CT009551.8	1451	CAAAAGAATTTTGGCCAATACCTTTTTTATTCTATGGTTGAATCTAATGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90210	CAAAAGAATTTTGGCCAATACCTTTTTTATTCTATGGTTGAATCTAATGA	90259

CT009551.8	1501	TATGTATCTATAGTATAGGCACAAAACTGCTCCTATGGTGCCTGTGAACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90260	TATGTATCTATAGTATAGGCACAAAACTGCTCCTATGGTGCCTGTGAACA	90309

CT009551.8	1551	CATGAAAAGTAAGGACTTAAATGGATCAGTTCTATTTCAGCAAATGCAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90310	CATGAAAAGTAAGGACTTAAATGGATCAGTTCTATTTCAGCAAATGCAGT	90359

CT009551.8	1601	GAAGTTTCTAATGTATACCAGGCATCATTCCAGGTGCTGGAAATATAGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90360	GAAGTTTCTAATGTATACCAGGCATCATTCCAGGTGCTGGAAATATAGCA	90409

CT009551.8	1651	GGGAGTAAAAACAGTCAAAAATTCCCTGTTCTAAGAGAGCATACATTCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90410	GGGAGTAAAAACAGTCAAAAATTCCCTGTTCTAAGAGAGCATACATTCTA	90459

CT009551.8	1701	GAAGGCAGAGGCAAATAAACAAAATATATACTACATCAGATGTTATGTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90460	GAAGGCAGAGGCAAATAAACAAAATATATACTACATCAGATGTTATGTGA	90509

CT009551.8	1751	GAAGCCATGAAGTAAAGCTGAGAAAAGGAAAAGGGAACCCTGGGGAAAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90510	GAAGCCATGAAGTAAAGCTGAGAAAAGGAAAAGGGAACCCTGGGGAAAGG	90559

CT009551.8	1801	AATTAAGCTTATAGGTAGACAAGGTGATATATGAACAAAGACACAGAAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90560	AATTAAGCTTATAGGTAGACAAGGTGATATATGAACAAAGACACAGAAGT	90609

CT009551.8	1851	CACAATGAACAAGCTTTTTGAATATGTGAGGAACATTCTGGGCAGAGGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90610	CACAATGAACAAGCTTTTTGAATATGTGAGGAACATTCTGGGCAGAGGGA	90659

CT009551.8	1901	ACAACAAATGCAAAGCCTTTGAGCAGTAGAAATAGGATGTATTGTGTTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90660	ACAACAAATGCAAAGCCTTTGAGCAGTAGAAATAGGATGTATTGTGTTTA	90709

CT009551.8	1951	AGGAACAGTAAGGAGGCCAAATGGATGAGAAATTTGAATATTTTTCTTAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956419.6	90710	AGGAACAGTAAGGAGGCCAAATGGATGAGAAATTTGAATATTTTTCTTAT	90759

Overview

Query
CT009551.8 - 239237 bps
Hit
CR956419.6 - 90759 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001961200012000188760907591
284.141272479955599801-1314533901
393.8124530816372166791592162271
491.7219299188972189270-1592562251
593.0723730364719650211592562271
693.93237297117355117651-1593062261
793.7323128788800890861594162271
892.5819625619325195801596862231
993.4419124423251234941598462271
1081.82282714221730222443118632193461
1179.46219711202834203544118636193461
1282.29151365132657133021-118980193461
1390.222153081637616683-142672429781
1492.621872442325123494-142676429191
1593.072333026472065021-142676429781
1692.632202868880189086-142676429601
1793.58238296117355117650142677429721
1891.52212291188972189262142678429721
1991.631962631931819580-142680429421
2085.3213408221798222205148701491151
2184.36186376230159230534148701490711
2285.64217409202902203310148705491151
2384.34129250135148135397-164339645871
Short-link