<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956381.6	1	CAATGCCGGATCCTTAACCCACTGAACAAGGGCAGGGATCAAACCTTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174005	CAATGCCGGATCCTTAACCCACTGAACAAGGGCAGGGATCAAACCTTCAA	174054

CR956381.6	51	CCTCATGGTTCCTAGTCGGATGCATTAACCACTGCGCCATGACAGAAACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174055	CCTCATGGTTCCTAGTCGGATGCATTAACCACTGCGCCATGACAGAAACT	174104

CR956381.6	101	CCCAGAAATTTTTTTTATTCTAAAAATTAACTTACTAAATTTAAAAATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174105	CCCAGAAATTTTTTTTATTCTAAAAATTAACTTACTAAATTTAAAAATTA	174154

CR956381.6	151	ATGAGTGCTACTGCATGTGTTGTAATAAGTAACATCCTGGAGTGTGTATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174155	ATGAGTGCTACTGCATGTGTTGTAATAAGTAACATCCTGGAGTGTGTATA	174204

CR956381.6	201	AAAGCCCCGGTTCTCTTCATTCCCAATGTTCTGAGAACATCGGTATTAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174205	AAAGCCCCGGTTCTCTTCATTCCCAATGTTCTGAGAACATCGGTATTAAA	174254

CR956381.6	251	AGCTTGATGGTTATGGGGCTGTATGAGTCTGGACTCATACAAAGATACAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174255	AGCTTGATGGTTATGGGGCTGTATGAGTCTGGACTCATACAAAGATACAC	174304

CR956381.6	301	AGACATATCTATACGTACCTCACTTCTCTGTGCCTCAGTATCATCCTCTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174305	AGACATATCTATACGTACCTCACTTCTCTGTGCCTCAGTATCATCCTCTG	174354

CR956381.6	351	TAAAGCAGGGGACAGATAGATAGATCTCCAGTCTCTTTCTCATACTTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174355	TAAAGCAGGGGACAGATAGATAGATCTCCAGTCTCTTTCTCATACTTTTG	174404

CR956381.6	401	AGCCTCAAGAGGCTCTGAAAACCAAAAGTGGTTGAATGGTTTTCATCATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174405	AGCCTCAAGAGGCTCTGAAAACCAAAAGTGGTTGAATGGTTTTCATCATT	174454

CR956381.6	451	CATCTGGAAGCAAAACCTGCCCGAAATGGACAGGAGGCTATTTATAGTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174455	CATCTGGAAGCAAAACCTGCCCGAAATGGACAGGAGGCTATTTATAGTTA	174504

CR956381.6	501	TTGTTTATTCCATTTAGCACTAGTGTTGGAAGGTTCAGGTGCAGAGGCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174505	TTGTTTATTCCATTTAGCACTAGTGTTGGAAGGTTCAGGTGCAGAGGCAT	174554

CR956381.6	551	CAATTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTTAGGGCCGCGCCTGCGGCATATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174555	CAATTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTTAGGGCCGCGCCTGCGGCATATG	174604

CR956381.6	601	GAGGTTCCCAGGCTAAGGATTGAATTGGAGCCAGAGCCACAGCAACGAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174605	GAGGTTCCCAGGCTAAGGATTGAATTGGAGCCAGAGCCACAGCAACGAGG	174654

CR956381.6	651	GATCTGAGCCGTGTCTGTGACCTATACCACTGCTCACAGCAACGCCCAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174655	GATCTGAGCCGTGTCTGTGACCTATACCACTGCTCACAGCAACGCCCAAC	174704

CR956381.6	701	ACCGGATCCCCAGCCCACTGTGCAAGGCCAGGGATCGAACCTGCCTCCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174705	ACCGGATCCCCAGCCCACTGTGCAAGGCCAGGGATCGAACCTGCCTCCTC	174754

CR956381.6	751	ATGGATACTAGTCCAATTCATTTCTGCTGAGCCACAACGGGAACGCCTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174755	ATGGATACTAGTCCAATTCATTTCTGCTGAGCCACAACGGGAACGCCTCA	174804

CR956381.6	801	ATTTAAAAAAAAATTGAAAAAGATGCTATCTCAGACCCCACTGCCAGTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174805	ATTTAAAAAAAAATTGAAAAAGATGCTATCTCAGACCCCACTGCCAGTGT	174854

CR956381.6	851	TAGGCAAAACATGACATGTGGTTCTGGGGGTGGCAGCCTCCAGGTGGCCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174855	TAGGCAAAACATGACATGTGGTTCTGGGGGTGGCAGCCTCCAGGTGGCCC	174904

CR956381.6	901	CTGATAACCCCCCGTCTCCTGGTGATCACGCCCTTGTGCATACTCTCTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174905	CTGATAACCCCCCGTCTCCTGGTGATCACGCCCTTGTGCATACTCTCTCC	174954

CR956381.6	951	TTGAATGAGGGCTGGACTTAGGGACTTGCTTCTAACAAGTGGACTGTAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	174955	TTGAATGAGGGCTGGACTTAGGGACTTGCTTCTAACAAGTGGACTGTAGC	175004

CR956381.6	1001	AGAGGTGAAGGATGGCCCTTCCGAGATTAGATGAGAAAGGACGTGACTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175005	AGAGGTGAAGGATGGCCCTTCCGAGATTAGATGAGAAAGGACGTGACTTC	175054

CR956381.6	1051	GGTTTGGGGTGCTCTCTTCCGTTCCCTCTTGGATTGAGGGGAGCTGGCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175055	GGTTTGGGGTGCTCTCTTCCGTTCCCTCTTGGATTGAGGGGAGCTGGCTG	175104

CR956381.6	1101	CCAGCTTGGGAGGGGACTCTCCGGAACGGGCTGCTGGTGAGGAACCGAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175105	CCAGCTTGGGAGGGGACTCTCCGGAACGGGCTGCTGGTGAGGAACCGAGG	175154

CR956381.6	1151	CAAGACCCAGCTGCACGAGTGGGGCTGGAAGCAGATCCCCCTTCCCTACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175155	CAAGACCCAGCTGCACGAGTGGGGCTGGAAGCAGATCCCCCTTCCCTACT	175204

CR956381.6	1201	CTGTAGACTTTCTAGGACACGTGTGATGCTCTTAGAGTCATGCCTGACAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175205	CTGTAGACTTTCTAGGACACGTGTGATGCTCTTAGAGTCATGCCTGACAC	175254

CR956381.6	1251	GCTGACGTGATCAACAAATATTAGTGACTGATAGTCTTCCCAGGATGGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175255	GCTGACGTGATCAACAAATATTAGTGACTGATAGTCTTCCCAGGATGGTT	175304

CR956381.6	1301	TCTCGTTTATTTATTAAAGGAAATTATACTACTACTTCAGCTATTGTCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175305	TCTCGTTTATTTATTAAAGGAAATTATACTACTACTTCAGCTATTGTCAA	175354

CR956381.6	1351	TATTATTTCTTTCAGGGGCACATTATTTTGCAGCTTGCCTTTTTTTTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175355	TATTATTTCTTTCAGGGGCACATTATTTTGCAGCTTGCCTTTTTTTTTTT	175404

CR956381.6	1401	TTTTCTCCAGTTTAACAATGTTTTACATAGAGTGTTCCAGGTCAAGATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175405	TTTTCTCCAGTTTAACAATGTTTTACATAGAGTGTTCCAGGTCAAGATAT	175454

CR956381.6	1451	ATATATATTTAAGTCATTAAAAAAATCAGTTCTCATCTGATCAAGATATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175455	ATATATATTTAAGTCATTAAAAAAATCAGTTCTCATCTGATCAAGATATT	175504

CR956381.6	1501	TGTTTCTAGTTCTTTTCTCTTTGTTTTGGTACAGACAAGGCTTAAAAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175505	TGTTTCTAGTTCTTTTCTCTTTGTTTTGGTACAGACAAGGCTTAAAAAAA	175554

CR956381.6	1551	TCTCAAGAATAGATTTCAACTTAGCTGAGTCCTCAGAATCCAGTTTTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175555	TCTCAAGAATAGATTTCAACTTAGCTGAGTCCTCAGAATCCAGTTTTTTA	175604

CR956381.6	1601	AAAAGTTAGGTTTATAGAGGAATAATTTACATATAGTAAAATTTGGCTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175605	AAAAGTTAGGTTTATAGAGGAATAATTTACATATAGTAAAATTTGGCTCT	175654

CR956381.6	1651	ATTCATGTTCAGTGCTATGTGTTCTGACAAATGTATACAGTTGTGTTAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175655	ATTCATGTTCAGTGCTATGTGTTCTGACAAATGTATACAGTTGTGTTAAC	175704

CR956381.6	1701	TACCACTGTAATGAAGCTGTGTAACAAATCCATCATTCCCCAAATTCAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175705	TACCACTGTAATGAAGCTGTGTAACAAATCCATCATTCCCCAAATTCAAT	175754

CR956381.6	1751	TTTGCCTAATATCTTTTGTTTAAAAAAGTAGCAACCAAAAAATAATATCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175755	TTTGCCTAATATCTTTTGTTTAAAAAAGTAGCAACCAAAAAATAATATCA	175804

CR956381.6	1801	GTGCAATATTTTAGGCTGTAACCATATAAACTACACCCCCCCCAACGTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175805	GTGCAATATTTTAGGCTGTAACCATATAAACTACACCCCCCCCAACGTTA	175854

CR956381.6	1851	AAAGAAAATTCCAGCCAAATTGGAATGGCTCTTCAATTACTCTGAAGTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175855	AAAGAAAATTCCAGCCAAATTGGAATGGCTCTTCAATTACTCTGAAGTTT	175904

CR956381.6	1901	TTAAACCTTTGCCAAAAGTGTTTGAGCTTAATTAAGTTAAAATATTTCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175905	TTAAACCTTTGCCAAAAGTGTTTGAGCTTAATTAAGTTAAAATATTTCAA	175954

CR956381.6	1951	AGGGAGCCCAGTTGTAATAATTTGTTTATAATACAAGCTTCTCTTTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956417.1	175955	AGGGAGCCCAGTTGTAATAATTTGTTTATAATACAAGCTTCTCTTTGATC	176004

Overview

Query
CR956381.6 - 58781 bps
Hit
CR956417.1 - 176004 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197820001200011740051760041
289.719228961176405-117468177581
389.861892765738157656-117474177491
489.811792645466054923117494177581
593.271732244782548048117516177381
687.4517228061176396-118979192571
789.131832755464954923118982192571
889.8319328561166400-134948352321
990.471912725738157652-134950352221
1089.931882765464954924134955352321
1191.7717824795519797134989352311
1293.721772244782548048134989352111
1391.4519727061176386-175400756681
1491.081952695465554923175400756681
1593.3821627261176388-11331781334491
1689.71832759523979711331781334491
1791.91202271546535492311331781334491
1892.95177227478224804811332031334291
1990.911742434780648048-11493971496381
2089.46183272546525492311525441528181
219018026495399802-11629631632221
2291.482002705465454923-11629681632371
2391.042012806117639611629681632461
Short-link