<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1994 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

CR956417.1	1	GATCTCCCAGGTCAGAGCTGCCTATGTGCCTAAACCACCTGCTTGCTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33097	GATCTCCCAGGTCAGAGCTGCCTATGTGCCTAAACCACCTGCTTGCTTCT	33146

CR956417.1	51	GACAGTTATGTGAGACAGACATAAACCCCAGCCTTGTGTGAGCTGCCATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33147	GACAGTTATGTGAGACAGACATAAACCCCAGCCTTGTGTGAGCTGCCATT	33196

CR956417.1	101	TGGGCTTCCTTGTTACAGCAGCTTAATCTGTACTCAACAACACACGTCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33197	TGGGCTTCCTTGTTACAGCAGCTTAATCTGTACTCAACAACACACGTCAA	33246

CR956417.1	151	TTTGCCACCCATGAACAACTGCTAATTTTTTGATATATATGTATATATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
CR956414.4	33247	TTTGCCACCCATGAACAACTGCTAATTTTTTGATATATAT--ATATATAT	33294

CR956417.1	201	ATATATATACATATATATTTTTTTTTTGTCTTTTGTCTTTTTAGGGCCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33295	ATATATATACATATATATTTTTTTTTTGTCTTTTGTCTTTTTAGGGCCAC	33344

CR956417.1	251	ACCCACAGTACATGGAAGCTCCCAGGCTAGGGGTCAGAATCAGAGTTGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33345	ACCCACAGTACATGGAAGCTCCCAGGCTAGGGGTCAGAATCAGAGTTGTA	33394

CR956417.1	301	GCTACTGGCCTATACCACAGCCACAGCAACGTGGGATCCGAGCCGTGTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33395	GCTACTGGCCTATACCACAGCCACAGCAACGTGGGATCCGAGCCGTGTCT	33444

CR956417.1	351	GTGACCTACACCACAGCTCACGGCAAGGCCTGATCCCTAAACCGCTGAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33445	GTGACCTACACCACAGCTCACGGCAAGGCCTGATCCCTAAACCGCTGAGC	33494

CR956417.1	401	AAGGCCAGAGATCGAACCGGCATCCTCATGGATCCTAGTCGGGTTCGTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33495	AAGGCCAGAGATCGAACCGGCATCCTCATGGATCCTAGTCGGGTTCGTTA	33544

CR956417.1	451	ACCACTGAGCCACAACGGGAACTCCTTGATGTATATCGTCCAATTATTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33545	ACCACTGAGCCACAACGGGAACTCCTTGATGTATATCGTCCAATTATTTT	33594

CR956417.1	501	TGTATGTGTATGTATATGTGTACAAAAACCTCCTTGACAAACATCAAAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33595	TGTATGTGTATGTATATGTGTACAAAAACCTCCTTGACAAACATCAAAAC	33644

CR956417.1	551	ACATATTTTTTGAAAGGTACTCCGCCTCTGAATGATTGTGTTTAATCTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33645	ACATATTTTTTGAAAGGTACTCCGCCTCTGAATGATTGTGTTTAATCTTC	33694

CR956417.1	601	TTAACAATTGGGATTAGAACCCAGGACTGTCTTACTTTCTTAGCCAAACG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33695	TTAACAATTGGGATTAGAACCCAGGACTGTCTTACTTTCTTAGCCAAACG	33744

CR956417.1	651	CTGCACTGCCTCCCTGTTGACTACTTTCTTGAGCTTAAAATAATTTCAAT	700
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33745	TTGCACTGCCTCCCTGTTGACTACTTTCTTGAGCTTAAAATAATTTCAAT	33794

CR956417.1	701	CATTTTCACATCATTACATTTTAACAGCATAATTTTTAAGGCTGAAGTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33795	CATTTTCACATCATTACATTTTAACAGCATAATTTTTAAGGCTGAAGTAT	33844

CR956417.1	751	TCCACTGAATGCATGTACTGTAAATTACCGAACCAGTTTCCTACTTGGTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33845	TCCACTGAATGCATGTACTGTAAATTACCGAACCAGTTTCCTACTTGGTC	33894

CR956417.1	801	ACTGCAAAGAATGAAGGAGATACACACATATGAAAGTGTAAAGACATCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33895	ACTGCAAAGAATGAAGGAGATACACACATATGAAAGTGTAAAGACATCCA	33944

CR956417.1	851	GTATTAAATGAAAAATAGCAAGTTGCAGTGCTAGTGTATATAATAGTAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33945	GTATTAAATGAAAAATAGCAAGTTGCAGTGCTAGTGTATATAATAGTAAC	33994

CR956417.1	901	TTTATAAGAGATGGAAAAAGTAAATTGCACATGTGTTTAGGCCTAGTATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33995	TTTATAAGAGATGGAAAAAGTAAATTGCACATGTGTTTAGGCCTAGTATA	34044

CR956417.1	951	GGCATGCCAAAAGTTAAGAACGAGACACACTGGACTATTAAGACTAGTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34045	GGCATGCCAAAAGTTAAGAACGAGACACACTGGACTATTAAGACTAGTGA	34094

CR956417.1	1001	TTTGGGGGCATGTGTCAGATGGAGGTGGGCCCTAAGCCACAATTTTCACG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34095	TTTGGGGGCATGTGTCAGATGGAGGTGGGCCCTAAGCCACAATTTTCACG	34144

CR956417.1	1051	TTTTACTTTATACATCAAACATGTATTTTGGCCAAATCCTAAATAGCCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34145	TTTTACTTTATACATCAAACATGTATTTTGGCCAAATCCTAAATAGCCAA	34194

CR956417.1	1101	GCACTAAAATCCATTGTCAGCCAAAATTTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34195	GCACTAAAATCCATTGTCAGCCAAAATTTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	34244

CR956417.1	1151	TTTTTTTT-GTCTTTTTAGGGCCACACCTGTGGCATATGGAGGTTCCCAG	1199
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34245	TTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCCACACCTGTGGCATATGGAGGTTCCCAG	34294

CR956417.1	1200	GCTAGGGGGTGAATTGGAGCTATAGCTGCTAGCCTACACTGCAGCCACAG	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34295	GCTAGGGGGTGAATTGGAGCTATAGCTGCTAGCCTACACTGCAGCCACAG	34344

CR956417.1	1250	CAATGCCAGATCCAAGCCACTTCTGCGACTCATACCACAGCTCACAACAA	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34345	CAATGCCAGATCCAAGCCACTTCTGCGACTCATACCACAGCTCACAACAA	34394

CR956417.1	1300	CACCGGATCCTTAACCCGGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGAATC	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34395	CACCGGATCCTTAACCCGGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGAATC	34444

CR956417.1	1350	GAACCTGCACCTTTATGGATGCTAGTTGGATTTGTTTCCACTGAGCCACA	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34445	GAACCTGCACCTTTATGGATGCTAGTTGGATTTGTTTCCACTGAGCCACA	34494

CR956417.1	1400	ATGGGAACGCCATTGTCAGCCAAAATTGATCCCTATCCTCATAGAATAAA	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34495	ATGGGAACGCCATTGTCAGCCAAAATTGATCCCTATCCTCATAGAATAAA	34544

CR956417.1	1450	CATCTGGGATTCAGAAATACATCTAAAAGTGTATTAAAGATCATCAACTT	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34545	CATCTGGGATTCAGAAATACATCTAAAAGTGTATTAAAGATCATCAACTT	34594

CR956417.1	1500	ATGATTAAAAATGTTCATAGTCAAGCTAAGAAATCAGCAACAATTGTTTC	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34595	ATGATTAAAAATGTTCATAGTCAAGCTAAGAAATCAGCAACAATTGTTTC	34644

CR956417.1	1550	TCATTGTTGTCAGCTACTCAGCAGCTTCTGTGGTTGCCATCCTGTGTATC	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34645	TCATTGTTGTCAGCTACTCAGCAGCTTCTGTGGTTGCCATCCTGTGTATC	34694

CR956417.1	1600	TGCAATGCTGAGCAGATGCTGGATGCTGGGGGAGATAGATGGTTTTTGGC	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34695	TGCAATGCTGAGCAGATGCTGGATGCTGGGGGAGATAGATGGTTTTTGGC	34744

CR956417.1	1650	CAGCTCTCCTGGTAAAGGAGCCTGCTCTTGCTGCGGCTGGCAACACCCTC	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34745	CAGCTCTCCTGGTAAAGGAGCCTGCTCTTGCTGCGGCTGGCAACACCCTC	34794

CR956417.1	1700	TTCTCTGAAAGTAACTAAGTTGAGGACACTGTGTCACCTCTCCAACTTGA	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34795	TTCTCTGAAAGTAACTAAGTTGAGGACACTGTGTCACCTCTCCAACTTGA	34844

CR956417.1	1750	AGATGCTGCAGGCAGGCAGAAACTAGTCTACACAGCAAAGCTTGGGTAAC	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34845	AGATGCTGCAGGCAGGCAGAAACTAGTCTACACAGCAAAGCTTGGGTAAC	34894

CR956417.1	1800	TGTCAGTAGAAAACGCTCCTGGAGATGTGCAGCAATGGACTTCAACTGTC	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34895	TGTCAGTAGAAAACGCTCCTGGAGATGTGCAGCAATGGACTTCAACTGTC	34944

CR956417.1	1850	CTCATTTATATTTTTATAATGCTT-------TATCATGACTAATTACATC	1892
			||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||
CR956414.4	34945	CTCATTTATATTTTTATAATGCTTCCCCAATTATCATGACTAATTACATC	34994

CR956417.1	1893	CCTTTACTCTTGCCCTGATGAATATGGTATGTGCGATCCTCAACACAGGA	1942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34995	CCTTTACTCTTGCCCTGATGAATATGGTATGTGCGATCCTCAACACAGGA	35044

CR956417.1	1943	AACAGACCAGGAGCGGTTCATTGCTTGTTACATTGAGAGAGTTTACCGAC	1992
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
CR956414.4	35045	AACAGACCAGGAGCGGTTCATTGCTTGTTACATTGAGAAAGTTTACCGAC	35094

CR956417.1	1993	AC	1994
			||
CR956414.4	35095	AC	35096

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

CR956417.1	151	TTTGCCACCCATGAACAACTGCTAATTTTTTGATATATATGTATATATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
CR956414.4	33247	TTTGCCACCCATGAACAACTGCTAATTTTTTGATATATAT--ATATATAT	33294

skip 450 bps 100% identity alignment

CR956417.1	651	CTGCACTGCCTCCCTGTTGACTACTTTCTTGAGCTTAAAATAATTTCAAT	700
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	33745	TTGCACTGCCTCCCTGTTGACTACTTTCTTGAGCTTAAAATAATTTCAAT	33794

skip 450 bps 100% identity alignment

CR956417.1	1151	TTTTTTTT-GTCTTTTTAGGGCCACACCTGTGGCATATGGAGGTTCCCAG	1199
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956414.4	34245	TTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCCACACCTGTGGCATATGGAGGTTCCCAG	34294

skip 650 bps 100% identity alignment

CR956417.1	1850	CTCATTTATATTTTTATAATGCTT-------TATCATGACTAATTACATC	1892
			||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||
CR956414.4	34945	CTCATTTATATTTTTATAATGCTTCCCCAATTATCATGACTAATTACATC	34994

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956417.1	1943	AACAGACCAGGAGCGGTTCATTGCTTGTTACATTGAGAGAGTTTACCGAC	1992
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
CR956414.4	35045	AACAGACCAGGAGCGGTTCATTGCTTGTTACATTGAGAAAGTTTACCGAC	35094

skip 2 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956417.1 - 176004 bps
Hit
CR956414.4 - 35096 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1994 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.41933199411994133097350961
287.861642681331821334491642366941
391.43176248152573152820-113794140381
488.391702661899319258-113795140611
5942292841747517758-113796140781
689.212734163481635231-113796142121
793.56208264133186133449-113796140591
888.591712633174032002113796140581
989.811832653173832002115639159031
1091.81822443498935232-115640158831
1188.261692651749417758-115641159041
1288.591722631899519257-115641159031
1388.97173266152553152818-115641159031
1489.66179261149377149637115641159011
1589.69180262162968163229115641159021
1689.191732594952549783123007232651
1789.091832751898419258-123008232821
1888.64176276152544152819-123008232801
1989.46184274173834174107-123008232821
2089.69179262149376149637123008232691
2189.531882773495535231-123009232851
2287.961732746397764250-123009232821
2389.731802633174032002123009232711
2487.981822911747517765-128419287091
2590.181972843494935232-128425287091
2688.761762677540275668-128426286921
2788.8168262152557152818-128426286841
2888.12166261149377149637128426286861
Short-link