<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR956646.4	171329	GATCATAGCCTTGTGAAAAGGCAAGAGAAGGAGGAATGCTTTGCTCTCTG	171280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71062	GATCATAGCCTTGTGAAAAGGCAAGAGAAGGAGGAATGCTTTGCTCTCTG	71111

C  CR956646.4	171279	GGCAGTAAAATAAAACAATTAATAAAATTAAAAGTGGAAAAAAAGGGGGG	171230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71112	GGCAGTAAAATAAAACAATTAATAAAATTAAAAGTGGAAAAAAAGGGGGG	71161

C  CR956646.4	171229	GGGCTAAAAACCCAAACAGGTTTGTGTGGGAGGAGGGGAAAAAAAAATGG	171180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71162	GGGCTAAAAACCCAAACAGGTTTGTGTGGGAGGAGGGGAAAAAAAAATGG	71211

C  CR956646.4	171179	TCCCCTCAGGATAATTTGTTAGCGTTATCTATTTGCAACTGAGAAACTAG	171130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71212	TCCCCTCAGGATAATTTGTTAGCGTTATCTATTTGCAACTGAGAAACTAG	71261

C  CR956646.4	171129	CATCCTCCTTCTAACTGGGTGAAACTGTTTGTTTGTTTGTTTTACAGAAA	171080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71262	CATCCTCCTTCTAACTGGGTGAAACTGTTTGTTTGTTTGTTTTACAGAAA	71311

C  CR956646.4	171079	ATACATGTTTTTACAAATGAAAGGTGATTTAAAATGGGGGCACGTGCTTC	171030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71312	ATACATGTTTTTACAAATGAAAGGTGATTTAAAATGGGGGCACGTGCTTC	71361

C  CR956646.4	171029	TCTTTGCTCTTTTAGTTGAGAAAGGTTTGGAATCTTTGGAAATTAAGTGG	170980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71362	TCTTTGCTCTTTTAGTTGAGAAAGGTTTGGAATCTTTGGAAATTAAGTGG	71411

C  CR956646.4	170979	TTTCCAGGAATATTCTTCCCTGTGATTAAAACATGCTAATATGGGTGTTC	170930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71412	TTTCCAGGAATATTCTTCCCTGTGATTAAAACATGCTAATATGGGTGTTC	71461

C  CR956646.4	170929	TCAAGTGCTGTATTTAATGTTTATGTTTTTCGAGATGACAGAAAATTGAT	170880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71462	TCAAGTGCTGTATTTAATGTTTATGTTTTTCGAGATGACAGAAAATTGAT	71511

C  CR956646.4	170879	GGGTTTTATGCCCCCCCCACCATGTTTGCTGTATCCAGAGAGTTCATCTT	170830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71512	GGGTTTTATGCCCCCCCCACCATGTTTGCTGTATCCAGAGAGTTCATCTT	71561

C  CR956646.4	170829	CAGAAAGACAAAGTTTGCAGGAAGGGGGGGTGAATAATAAAATGTGATTT	170780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71562	CAGAAAGACAAAGTTTGCAGGAAGGGGGGGTGAATAATAAAATGTGATTT	71611

C  CR956646.4	170779	TGTTGGGTTTAGGGGTTGACTTTTAAGTAGCCCCCCCCTGCGGGGGGGGG	170730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71612	TGTTGGGTTTAGGGGTTGACTTTTAAGTAGCCCCCCCCTGCGGGGGGGGG	71661

C  CR956646.4	170729	GAGAAACCTGCAAAGAAGCTGCGTTCCTGCATCCGTGTGATCTTCTGGGC	170680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71662	GAGAAACCTGCAAAGAAGCTGCGTTCCTGCATCCGTGTGATCTTCTGGGC	71711

C  CR956646.4	170679	ATTGTTTGTGAATCCTGGGGTATTTTAACCATGAAACGTCTGACAAACAA	170630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71712	ATTGTTTGTGAATCCTGGGGTATTTTAACCATGAAACGTCTGACAAACAA	71761

C  CR956646.4	170629	TGAATTATGTGGCTTCATATCTTAATGTGTACATTTAACCAGAGAAGGCT	170580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71762	TGAATTATGTGGCTTCATATCTTAATGTGTACATTTAACCAGAGAAGGCT	71811

C  CR956646.4	170579	CATTTCAAAAATCCAGTTTCACAATTTCAACTTCAATTTTCTCCCCCCCA	170530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71812	CATTTCAAAAATCCAGTTTCACAATTTCAACTTCAATTTTCTCCCCCCCA	71861

C  CR956646.4	170529	CCCCATGACAAAATTGCGTCATTGTCTCTTTGCCCCTTTGCCCACCCCAC	170480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71862	CCCCATGACAAAATTGCGTCATTGTCTCTTTGCCCCTTTGCCCACCCCAC	71911

C  CR956646.4	170479	CAATTTTGAAACCACCAAAAGAAAAAAAGAAAGGGAAAAAACACCTCCGC	170430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71912	CAATTTTGAAACCACCAAAAGAAAAAAAGAAAGGGAAAAAACACCTCCGC	71961

C  CR956646.4	170429	ATAGCAAAACCTTTAATTCTTGTTTGTTGTTCTGATGGTGAAATACTGCA	170380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	71962	ATAGCAAAACCTTTAATTCTTGTTTGTTGTTCTGATGGTGAAATACTGCA	72011

C  CR956646.4	170379	GGTCGACACAAAGTTGGCTGTTTGTTTCCTTTGCTCGGCGTCGCGGCAAT	170330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72012	GGTCGACACAAAGTTGGCTGTTTGTTTCCTTTGCTCGGCGTCGCGGCAAT	72061

C  CR956646.4	170329	GTCAAGGAAAATTGCAAGTCTCTTACTTGGTTTGCTTTTTGCGTGTTGCT	170280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72062	GTCAAGGAAAATTGCAAGTCTCTTACTTGGTTTGCTTTTTGCGTGTTGCT	72111

C  CR956646.4	170279	TCTGTGGAGAAAACAGCAGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTGCCCA	170230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72112	TCTGTGGAGAAAACAGCAGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTGCCCA	72161

C  CR956646.4	170229	AGTGTGTGACATGCCTCCTTCTTAACCTGAGACTTACTTTCATTTTCTAG	170180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72162	AGTGTGTGACATGCCTCCTTCTTAACCTGAGACTTACTTTCATTTTCTAG	72211

C  CR956646.4	170179	GTGCTGGAGAATCTGGTAAAAGCACCATTGTGAAGCAGATGAGGATCCTG	170130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72212	GTGCTGGAGAATCTGGTAAAAGCACCATTGTGAAGCAGATGAGGATCCTG	72261

C  CR956646.4	170129	CATGTTAATGGGTTTAATGGAGAGTAAGTGTCCAGGCTGTGACAGGCGGA	170080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72262	CATGTTAATGGGTTTAATGGAGAGTAAGTGTCCAGGCTGTGACAGGCGGA	72311

C  CR956646.4	170079	GTTCCACGTTGTATACTAACCTTTAGGAAGTTTAGGTAGCTGGGGGGGGG	170030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72312	GTTCCACGTTGTATACTAACCTTTAGGAAGTTTAGGTAGCTGGGGGGGGG	72361

C  CR956646.4	170029	GGGGCTGGACAGCCCATGTCCACTTAATTTTTTCACCTTACATAGAGAAA	169980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72362	GGGGCTGGACAGCCCATGTCCACTTAATTTTTTCACCTTACATAGAGAAA	72411

C  CR956646.4	169979	ATACAGGGAAGCGCCCCTGAGGGTCCCCCCCGCTCCACCCCGTCCTTTTC	169930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72412	ATACAGGGAAGCGCCCCTGAGGGTCCCCCCCGCTCCACCCCGTCCTTTTC	72461

C  CR956646.4	169929	CTCTTTGGTGCAACAACAAACAGTAATAGGAATAATAATACAGCACCCGT	169880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72462	CTCTTTGGTGCAACAACAAACAGTAATAGGAATAATAATACAGCACCCGT	72511

C  CR956646.4	169879	GTTGGCCCCGTGACAGGGCTGCAGCAGCACTGCTGGCAGGTTTTGGTGCA	169830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72512	GTTGGCCCCGTGACAGGGCTGCAGCAGCACTGCTGGCAGGTTTTGGTGCA	72561

C  CR956646.4	169829	GTGGGTCTCCAACCGTGGCTGGCACTGGGCGCAGCCACCCCCTTTGCCTG	169780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72562	GTGGGTCTCCAACCGTGGCTGGCACTGGGCGCAGCCACCCCCTTTGCCTG	72611

C  CR956646.4	169779	GCGACGCTGACCACTGCAGCGACAACGCCCCCCCCCCCCCCCCGCGCGCC	169730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72612	GCGACGCTGACCACTGCAGCGACAACGCCCCCCCCCCCCCCCCGCGCGCC	72661

C  CR956646.4	169729	CCCAGCGGATTTCAGCGCAATGCACCAGTGCAGCAGGGTTTCAACTATTA	169680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72662	CCCAGCGGATTTCAGCGCAATGCACCAGTGCAGCAGGGTTTCAACTATTA	72711

C  CR956646.4	169679	GGGAAACAATGTTTCAAAAATATTCTCACGTTAGACAAGGTCGGAAAAGT	169630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72712	GGGAAACAATGTTTCAAAAATATTCTCACGTTAGACAAGGTCGGAAAAGT	72761

C  CR956646.4	169629	CCGCCTTTATTAATTCCTCATGCCCTCTCCCCCCCTTTGGAATTACCAGG	169580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72762	CCGCCTTTATTAATTCCTCATGCCCTCTCCCCCCCTTTGGAATTACCAGG	72811

C  CR956646.4	169579	GTCAAATCATAGTTTCTCTTTGTAAAAACTGATAATCTCACCTAAAGAAA	169530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72812	GTCAAATCATAGTTTCTCTTTGTAAAAACTGATAATCTCACCTAAAGAAA	72861

C  CR956646.4	169529	AGAAAAAGGAGCCCTTTTAAGTTAGCTACTTCCGGCCAGATCAAGGGGCA	169480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72862	AGAAAAAGGAGCCCTTTTAAGTTAGCTACTTCCGGCCAGATCAAGGGGCA	72911

C  CR956646.4	169479	TTTTTGCCTTTGAAAAGTCCTTCCAGGCCTCTTGGTACAGGACAACGTGA	169430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72912	TTTTTGCCTTTGAAAAGTCCTTCCAGGCCTCTTGGTACAGGACAACGTGA	72961

C  CR956646.4	169429	CAATGCCGCAGTGAGAATAAAGATGCAAAGAGAGGGCCGGTGTGCGGGGC	169380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	72962	CAATGCCGCAGTGAGAATAAAGATGCAAAGAGAGGGCCGGTGTGCGGGGC	73011

C  CR956646.4	169379	GTAAAGGCCTGGGAGCGGGGTCCTGCTGGTCGTGAACGCAGACCCCAGGG	169330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956413.12	73012	GTAAAGGCCTGGGAGCGGGGTCCTGCTGGTCGTGAACGCAGACCCCAGGG	73061

Overview

Query
CR956646.4 - 171329 bps
Hit
CR956413.12 - 73061 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019962000169330171329-171062730611
286.6742757548075554-1871611
393.613446116031164812152611
410035364762047655-12272621
581.724194145978146071111861119531
691.35169116288116356111887119551
787.933758111490111547-111897119541
887.933758119304119361111897119541
91003940113394113433-111915119541
101003940120122120161111915119541
1197.333372506225098111918119541
Short-link