<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956394.6	1	TGGCAAGTGTCTTGATTCAACAATTATATAATACAAAAAAAATGCTTAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	219713	TGGCAAGTGTCTTGATTCAACAATTATATAATACAAAAAAAATGCTTAAA	219762

CR956394.6	51	TGCTTCAGTTCCTGCTGAATGACTTTCTATTGTGACAGCTGGTGACACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	219763	TGCTTCAGTTCCTGCTGAATGACTTTCTATTGTGACAGCTGGTGACACCA	219812

CR956394.6	101	CAGGAATAAGATAGACATGAGTTCATCATTAAGCGGCCTTATCCAGTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	219813	CAGGAATAAGATAGACATGAGTTCATCATTAAGCGGCCTTATCCAGTTGA	219862

CR956394.6	151	GTCTAAAGACATAGAATAAGTAACTATTAGGAGGGCACGTGTACAAAGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	219863	GTCTAAAGACATAGAATAAGTAACTATTAGGAGGGCACGTGTACAAAGAA	219912

CR956394.6	201	ATACGCAGTTTGCACATGTTGGAAATAAGATAGCAGACCTGAATTTGTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	219913	ATACGCAGTTTGCACATGTTGGAAATAAGATAGCAGACCTGAATTTGTCT	219962

CR956394.6	251	TCTGAATTGGGCCACTCTCCCTTGAAGGTCTACTTAGAAATTTCAGAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	219963	TCTGAATTGGGCCACTCTCCCTTGAAGGTCTACTTAGAAATTTCAGAAAA	220012

CR956394.6	301	TGTAGGGAACTTGTACAGTTGTTGTTCTTTTCATCCCGCCCAAAGAGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220013	TGTAGGGAACTTGTACAGTTGTTGTTCTTTTCATCCCGCCCAAAGAGAAA	220062

CR956394.6	351	GGTGAGGGAATGGCCTTGCCAGGCCCTTCCTGATGGAATCTGACAGTCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220063	GGTGAGGGAATGGCCTTGCCAGGCCCTTCCTGATGGAATCTGACAGTCTC	220112

CR956394.6	401	CTCCGTGATGGCTGCCTGAAGGCATGGCTATTTCTCCAGGGATAAGGACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220113	CTCCGTGATGGCTGCCTGAAGGCATGGCTATTTCTCCAGGGATAAGGACC	220162

CR956394.6	451	AGAAGCTTCCGGGGGGTGGGGGGCGGCAGATTATTCTAAGGGCTAGACGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220163	AGAAGCTTCCGGGGGGTGGGGGGCGGCAGATTATTCTAAGGGCTAGACGA	220212

CR956394.6	501	GGATGTCCAGGACCTCACCCGCCTTGGCTCCTCACCAGAGTAAGCCGAGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220213	GGATGTCCAGGACCTCACCCGCCTTGGCTCCTCACCAGAGTAAGCCGAGC	220262

CR956394.6	551	CACACCCTTCCCTGAGGTCAGAGGGCAAGACTCATCCTCCTGAGGACAGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220263	CACACCCTTCCCTGAGGTCAGAGGGCAAGACTCATCCTCCTGAGGACAGG	220312

CR956394.6	601	GAGTGATCGACATCTCTGAGGTTGTAAAGGCTGTGAATGTTGCACGTTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220313	GAGTGATCGACATCTCTGAGGTTGTAAAGGCTGTGAATGTTGCACGTTCC	220362

CR956394.6	651	TGACTGCGAGCAATGAAAACTCTTTCATCTGGCTGAGCTGAAAAGGAGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220363	TGACTGCGAGCAATGAAAACTCTTTCATCTGGCTGAGCTGAAAAGGAGGC	220412

CR956394.6	701	TTTTCTTTGTGGCAACAGGGATATTTCAAGGGACCAAAGGCAGGAAGACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220413	TTTTCTTTGTGGCAACAGGGATATTTCAAGGGACCAAAGGCAGGAAGACA	220462

CR956394.6	751	CTTGGGACCAAGTAAATGATAGAGTCAGGAAGTGGCCCCAAAGACGACAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220463	CTTGGGACCAAGTAAATGATAGAGTCAGGAAGTGGCCCCAAAGACGACAG	220512

CR956394.6	801	TCTTCTCTCTCTTCATCTCTGGTCCTCTTCTCATACGGACCTAATTCGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220513	TCTTCTCTCTCTTCATCTCTGGTCCTCTTCTCATACGGACCTAATTCGTG	220562

CR956394.6	851	TTTGTTTCGTGTGATCCCCAGGCTGAGGACAGGATGGATACCCTATACTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220563	TTTGTTTCGTGTGATCCCCAGGCTGAGGACAGGATGGATACCCTATACTT	220612

CR956394.6	901	TCTTTGAGGCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTATCCCTCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220613	TCTTTGAGGCTCTCTCTCCCTCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTATCCCTCTC	220662

CR956394.6	951	CCTCCCTCCCTCCCTTCTTCCATCCCTCCCTCCCCAAAGCTGCCTAACTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220663	CCTCCCTCCCTCCCTTCTTCCATCCCTCCCTCCCCAAAGCTGCCTAACTC	220712

CR956394.6	1001	AGGTGTCTGCACACCTCAAGCTCTGCTGCAGCTACCTGTGACATACAACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220713	AGGTGTCTGCACACCTCAAGCTCTGCTGCAGCTACCTGTGACATACAACT	220762

CR956394.6	1051	GTCAACTGAGCTATAAGAAGAAGGAAACAAGTGTAATTTACAAGAGGTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220763	GTCAACTGAGCTATAAGAAGAAGGAAACAAGTGTAATTTACAAGAGGTCT	220812

CR956394.6	1101	TCTTAAAGGAAGTCACATGGGAGAGAGCCTTAACTTTTAGTCCGTCTTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220813	TCTTAAAGGAAGTCACATGGGAGAGAGCCTTAACTTTTAGTCCGTCTTGC	220862

CR956394.6	1151	TGCAGGATTGATATCTGTAACTGAAGCAGCCATGGCGTAAAAAGAACCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220863	TGCAGGATTGATATCTGTAACTGAAGCAGCCATGGCGTAAAAAGAACCAC	220912

CR956394.6	1201	AGGAAAGTTGATAAACCTGGAGAGACCCATGGGGTAAGATAGTAAATGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220913	AGGAAAGTTGATAAACCTGGAGAGACCCATGGGGTAAGATAGTAAATGGA	220962

CR956394.6	1251	CAGTGAAAGATGAGGAACCTGGGACTCCGATGCCATTACAGCACAGTACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	220963	CAGTGAAAGATGAGGAACCTGGGACTCCGATGCCATTACAGCACAGTACC	221012

CR956394.6	1301	AATGCTGCAGTGCCAATTCCTGGAACCTGATGTGAGAGTTAAGTCCTGTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221013	AATGCTGCAGTGCCAATTCCTGGAACCTGATGTGAGAGTTAAGTCCTGTC	221062

CR956394.6	1351	TTTTGTGAACAGTTCTTAATTTGAGTTTTTTCCTGTATTAGCATCTTAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221063	TTTTGTGAACAGTTCTTAATTTGAGTTTTTTCCTGTATTAGCATCTTAAT	221112

CR956394.6	1401	TTAATCCTAACTGATAGATATACTTTCTTTTCCCCTATCTTCGTAATGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221113	TTAATCCTAACTGATAGATATACTTTCTTTTCCCCTATCTTCGTAATGTT	221162

CR956394.6	1451	CTTTTTCTCTTAGGTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTACCTTCTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221163	CTTTTTCTCTTAGGTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTACCTTCTCA	221212

CR956394.6	1501	TTATTTTCCAAAGACCTTTGTCCCTGATCCTGTGCCTGGTCATGAAGCTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221213	TTATTTTCCAAAGACCTTTGTCCCTGATCCTGTGCCTGGTCATGAAGCTC	221262

CR956394.6	1551	TTTCACAGTAAAATAAAATGGCTAACGCTCCAGCTCCCACCTTGTGAGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221263	TTTCACAGTAAAATAAAATGGCTAACGCTCCAGCTCCCACCTTGTGAGAG	221312

CR956394.6	1601	AGCGAGCTAAGGGGTCTTGGTGACAAAGATGGACTTTCTAAAGATTCGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221313	AGCGAGCTAAGGGGTCTTGGTGACAAAGATGGACTTTCTAAAGATTCGAG	221362

CR956394.6	1651	TAGAGAGCAAATGGGGGAGGCTGAGGCCTCCGAGGGGAGTCTTGGAATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221363	TAGAGAGCAAATGGGGGAGGCTGAGGCCTCCGAGGGGAGTCTTGGAATTG	221412

CR956394.6	1701	TTCACTGCTTCTCAGGGAATATCCTTTGAAGCCTGAATAGGATATTCTGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221413	TTCACTGCTTCTCAGGGAATATCCTTTGAAGCCTGAATAGGATATTCTGC	221462

CR956394.6	1751	AAAGACAGATAAACCCAAGCATCTTGTTACCAAAAAAATATTGCACTTAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221463	AAAGACAGATAAACCCAAGCATCTTGTTACCAAAAAAATATTGCACTTAC	221512

CR956394.6	1801	AGAGCTCATCATTCCAAGAAATAAAGTTGCTTCCAAGTGTCAACAGGTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221513	AGAGCTCATCATTCCAAGAAATAAAGTTGCTTCCAAGTGTCAACAGGTTC	221562

CR956394.6	1851	AGAAACAGTTTAGTGAATATCTCAGAGCAGGATCAATAAGACATGTTTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221563	AGAAACAGTTTAGTGAATATCTCAGAGCAGGATCAATAAGACATGTTTAA	221612

CR956394.6	1901	GGGCTCTCTGGGGCACAACCTTAATCTTGAAGGTGAGACTAAGGAATGGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221613	GGGCTCTCTGGGGCACAACCTTAATCTTGAAGGTGAGACTAAGGAATGGC	221662

CR956394.6	1951	CACGAGGTCTTTCATAGTATCTCCCTTCTGGTTGCCACAGAGGAAAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956411.6	221663	CACGAGGTCTTTCATAGTATCTCCCTTCTGGTTGCCACAGAGGAAAGATC	221712

Overview

Query
CR956394.6 - 12807 bps
Hit
CR956411.6 - 221712 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199320001200012197132217121
283.4910221578698083192603928141
382.799821478698082-11125711127851
Short-link