<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009689.5	1	TGCATGTACCTGGTTTCAGTTCTGCCATGTGACCAGTGCCCTTCCATGCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175074	TGCATGTACCTGGTTTCAGTTCTGCCATGTGACCAGTGCCCTTCCATGCG	175123

CT009689.5	51	CCGTCCTTCTTGGGTTAGATGGATGAGCTGGAGGGAGGAGGCTGCAGTCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175124	CCGTCCTTCTTGGGTTAGATGGATGAGCTGGAGGGAGGAGGCTGCAGTCG	175173

CT009689.5	101	GCAGCCCTGGTGTGGGGGTCCGTCGCCCTGATGGCACTTCCCAGCCGCGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175174	GCAGCCCTGGTGTGGGGGTCCGTCGCCCTGATGGCACTTCCCAGCCGCGG	175223

CT009689.5	151	CTGAGCACTCCAGCCAAGCATCCTCCAACTCTCCTAAGAGTCACATGCGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175224	CTGAGCACTCCAGCCAAGCATCCTCCAACTCTCCTAAGAGTCACATGCGG	175273

CT009689.5	201	ACTGCACTTTACAGTTTGCACGTGTTCTCATTAGAGCCACAGGCACAGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175274	ACTGCACTTTACAGTTTGCACGTGTTCTCATTAGAGCCACAGGCACAGAA	175323

CT009689.5	251	TGAAGCGGAGGGCACTGAGCCCTGCTTTAGGAACAGGTGAGCTACAGCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175324	TGAAGCGGAGGGCACTGAGCCCTGCTTTAGGAACAGGTGAGCTACAGCTC	175373

CT009689.5	301	AGAGAGGGGCCAGCAGTCGTCCAAGGTCACCCAGGGAGCCAGGGTCAGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175374	AGAGAGGGGCCAGCAGTCGTCCAAGGTCACCCAGGGAGCCAGGGTCAGAG	175423

CT009689.5	351	CCCGGACTCAAACCCAGGACTCCTGCTGCAGGTCCCACGTTCTCTCCAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175424	CCCGGACTCAAACCCAGGACTCCTGCTGCAGGTCCCACGTTCTCTCCAGC	175473

CT009689.5	401	CCCCACCACACATCCTTCTTTGGCGTTGAGTCCACCACGTGGTGAGATGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175474	CCCCACCACACATCCTTCTTTGGCGTTGAGTCCACCACGTGGTGAGATGC	175523

CT009689.5	451	CTGAGCTCCGTGGGGGAGGGCGTGCCCAGCCTCTCCCACATCTCTGCCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175524	CTGAGCTCCGTGGGGGAGGGCGTGCCCAGCCTCTCCCACATCTCTGCCCC	175573

CT009689.5	501	GGATTCAGGACAAGTGAGCCCTTCCAGGGGCGCAGTCTCAGCAGGGCGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175574	GGATTCAGGACAAGTGAGCCCTTCCAGGGGCGCAGTCTCAGCAGGGCGGG	175623

CT009689.5	551	AGCAGGGGGTCAAGCCCAGAGCAGGTGACAGCACAGAGGCCAAAGGGGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175624	AGCAGGGGGTCAAGCCCAGAGCAGGTGACAGCACAGAGGCCAAAGGGGCA	175673

CT009689.5	601	CCCAGGGCAAGTGTGGGGGGTGGCATTTGCCATAAGCCTGGAAAGGGAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175674	CCCAGGGCAAGTGTGGGGGGTGGCATTTGCCATAAGCCTGGAAAGGGAGG	175723

CT009689.5	651	TGGAGAGGCCAGCGCCCAGGTAGGGCCATGCTCAGGGGTCAGGGGCGGGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175724	TGGAGAGGCCAGCGCCCAGGTAGGGCCATGCTCAGGGGTCAGGGGCGGGG	175773

CT009689.5	701	CTTCTCCGTGGGGCTAGAGAGCTTTGGGGCTTGAACAAGGCAGCTCCACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175774	CTTCTCCGTGGGGCTAGAGAGCTTTGGGGCTTGAACAAGGCAGCTCCACT	175823

CT009689.5	751	GGGACATCCCTTCATGGCCACATGTTGGCAAAGCCACCTTTCCTGCGGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175824	GGGACATCCCTTCATGGCCACATGTTGGCAAAGCCACCTTTCCTGCGGAC	175873

CT009689.5	801	TCAGCAACTGCCCTGGTCCCACCAGGGTTCTGGGGAGGCTGTGCCCCCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175874	TCAGCAACTGCCCTGGTCCCACCAGGGTTCTGGGGAGGCTGTGCCCCCTG	175923

CT009689.5	851	CCCTCTCTTGGGCATCCAGCTCCTGCCTGTGGGCCCCATCTGTGGATGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175924	CCCTCTCTTGGGCATCCAGCTCCTGCCTGTGGGCCCCATCTGTGGATGGC	175973

CT009689.5	901	CTCAGCCACTGTCTCCACGCGCTGTCAGGCTTGGACCCCAGACCCTCTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	175974	CTCAGCCACTGTCTCCACGCGCTGTCAGGCTTGGACCCCAGACCCTCTCC	176023

CT009689.5	951	TGACATCCAGTTAAAAGATCAAACATTCGGAGTTCCCGCTGTGGCTCAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176024	TGACATCCAGTTAAAAGATCAAACATTCGGAGTTCCCGCTGTGGCTCAGT	176073

CT009689.5	1001	GGTAACAAAACCAACTAGTATCCATGAGGATGTGGGTTCGACCCCTGGCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176074	GGTAACAAAACCAACTAGTATCCATGAGGATGTGGGTTCGACCCCTGGCC	176123

CT009689.5	1051	TTGCTCAGTGGGTTAAGACTCTGGCGTTGCTGTGAGCTGTGATGTAGGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176124	TTGCTCAGTGGGTTAAGACTCTGGCGTTGCTGTGAGCTGTGATGTAGGTG	176173

CT009689.5	1101	GCAGATGCAACTCGGACATGGCGTTGCTGGGGCTGTGGTGTAGGCTGGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176174	GCAGATGCAACTCGGACATGGCGTTGCTGGGGCTGTGGTGTAGGCTGGCA	176223

CT009689.5	1151	GCTGCAGCTCTGATTCGACCCCCCACCTGGGAACTTCCATATGCCACAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176224	GCTGCAGCTCTGATTCGACCCCCCACCTGGGAACTTCCATATGCCACAGG	176273

CT009689.5	1201	GGCAGCCAGAGGAAAAAAAAATCAAACACTCCCTCGAGCCCACTGCAGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176274	GGCAGCCAGAGGAAAAAAAAATCAAACACTCCCTCGAGCCCACTGCAGGC	176323

CT009689.5	1251	AGCACTTTTCCCCTGAAGATTTAGGAAAATGCAAGCAGCTTATAATAGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176324	AGCACTTTTCCCCTGAAGATTTAGGAAAATGCAAGCAGCTTATAATAGAG	176373

CT009689.5	1301	GGATTTTCTTGGTAAGATATTCTTTGCCATTTGCACCGGTTGAGCCCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176374	GGATTTTCTTGGTAAGATATTCTTTGCCATTTGCACCGGTTGAGCCCCAG	176423

CT009689.5	1351	CTTCTCACCTCCGTTCCTCTCCCGCTTTCTCTGCCCCCTTAGTTCATGCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176424	CTTCTCACCTCCGTTCCTCTCCCGCTTTCTCTGCCCCCTTAGTTCATGCG	176473

CT009689.5	1401	TAGTCATCTCCCTGTGCTGTCTTTTTCTAACTCTCCTTAAGGTATTTCCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176474	TAGTCATCTCCCTGTGCTGTCTTTTTCTAACTCTCCTTAAGGTATTTCCT	176523

CT009689.5	1451	CGCCGCCTCGTCCCTGGACAATTAGGACAACGTTTTCCTATTCATGCTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176524	CGCCGCCTCGTCCCTGGACAATTAGGACAACGTTTTCCTATTCATGCTTG	176573

CT009689.5	1501	GAAAATGCAGCCACCAGGAGGGCGAGATGATTTTATTCACTTTTCTTATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176574	GAAAATGCAGCCACCAGGAGGGCGAGATGATTTTATTCACTTTTCTTATC	176623

CT009689.5	1551	AGGGGATGGGAAGCTTTAGGATCAGAGAGAAAATACGTCAAGCTTGAGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176624	AGGGGATGGGAAGCTTTAGGATCAGAGAGAAAATACGTCAAGCTTGAGGG	176673

CT009689.5	1601	CCCTACAGCCTCAGCCTCGACTCACCCTGTCTTTGTAGCATGAGAGCAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176674	CCCTACAGCCTCAGCCTCGACTCACCCTGTCTTTGTAGCATGAGAGCAGC	176723

CT009689.5	1651	TGCAGACATGTCTGTGAACAGACGGGGGGGCTCTTTTCCGGTTAAAAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176724	TGCAGACATGTCTGTGAACAGACGGGGGGGCTCTTTTCCGGTTAAAAAAA	176773

CT009689.5	1701	AAAAACCAAAAAACCCCCCCAAACCCCCAGAGCCTCAGTTTGCAAATCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176774	AAAAACCAAAAAACCCCCCCAAACCCCCAGAGCCTCAGTTTGCAAATCCC	176823

CT009689.5	1751	TGTTCTAATCATCAGTTCCTGAGCTGAGGGAGAGTCACTGGGCACACATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176824	TGTTCTAATCATCAGTTCCTGAGCTGAGGGAGAGTCACTGGGCACACATG	176873

CT009689.5	1801	TACCCTGTTTTCCGAAACCACAGACTCACACGCCAGGTCTTTTCTGAGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176874	TACCCTGTTTTCCGAAACCACAGACTCACACGCCAGGTCTTTTCTGAGCC	176923

CT009689.5	1851	CGGCCCTGTGCTAAGTGCCGTGGGAGGCTGGAGGTCAGTTCTCAGAAATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176924	CGGCCCTGTGCTAAGTGCCGTGGGAGGCTGGAGGTCAGTTCTCAGAAATC	176973

CT009689.5	1901	TGTTCGTGGAGTTCCCGTCACGGGGCAGTAGAAACGAATCTGACTAGGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	176974	TGTTCGTGGAGTTCCCGTCACGGGGCAGTAGAAACGAATCTGACTAGGAA	177023

CT009689.5	1951	CCATGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTCACTCAGTGGGTTAAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956406.10	177024	CCATGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTCACTCAGTGGGTTAAGGATC	177073

Overview

Query
CT009689.5 - 38080 bps
Hit
CR956406.10 - 177073 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720001200011750741770731
280.879224311183114251908993391
385.1911221419432156-114220144351
482.871192532421324465-127721279711
585.19951831121211394-136355365431
686.893886772832529001144836455141
781.961032481118411431-159203594571
883.779719119332123169314695041
980792142705627269-176228764321
1079.44661803455334732177485776641
1177.13672229791200188339885611
1279.26772179791195-11083431085591
1382.76681452935229496-11104531105971
1487.04165270242012447011146061148751
1583.81052192421324431-11318491320641
1686.7711820619072112-11318741320771
1780.15912632840228664-11427081429691
1885.3410419119332123-11439901441801
1978.99882542324423497-11444391446951
2084.99342674283252899811632061638711
Short-link