<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956413.12	1	GGTAATTCATCACTGCCAATAAGCCAATATCGATACATTATTGTTAACTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133682	GGTAATTCATCACTGCCAATAAGCCAATATCGATACATTATTGTTAACTG	133731

CR956413.12	51	AGCTCCAGGGGTTAATCTGGTCTCACTAGTTGTTTTTTTATTTCTTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133732	AGCTCCAGGGGTTAATCTGGTCTCACTAGTTGTTTTTTTATTTCTTTTTT	133781

CR956413.12	101	TCTTTTTAGGGCTGCACCCGTGGCACATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133782	TCTTTTTAGGGCTGCACCCGTGGCACATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTC	133831

CR956413.12	151	TGATCAGAGCTGTCACAGCAACATGGGATCTGAGCCATGTCTGCGACCTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133832	TGATCAGAGCTGTCACAGCAACATGGGATCTGAGCCATGTCTGCGACCTA	133881

CR956413.12	201	TACCCCAGCTCATGGCAACGCCCGGCTCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133882	TACCCCAGCTCATGGCAACGCCCGGCTCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCA	133931

CR956413.12	251	GGGATCGAACCCTCCCTCATCCTCGTGGATACTCGTCGGGTTTGTTTCCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133932	GGGATCGAACCCTCCCTCATCCTCGTGGATACTCGTCGGGTTTGTTTCCG	133981

CR956413.12	301	CTGCCCCACGAGGGGAACTCCATCTCACTTGTGTTCGAGGACCTTTCTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	133982	CTGCCCCACGAGGGGAACTCCATCTCACTTGTGTTCGAGGACCTTTCTGG	134031

CR956413.12	351	GGAGTGCTAGCAGGTGTTCTGCAGGGTGCCCCTGGCGTCTGGGTCACGGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134032	GGAGTGCTAGCAGGTGTTCTGCAGGGTGCCCCTGGCGTCTGGGTCACGGG	134081

CR956413.12	401	CACGGAGGAAGCCCAGCACATGCGGGCCCCCTCACTGCGTCCGTTCAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134082	CACGGAGGAAGCCCAGCACATGCGGGCCCCCTCACTGCGTCCGTTCAGGT	134131

CR956413.12	451	CCAAGCTCTCAGCACGACCGGGCAGTCGTGGTTCGGGGCCATGACCTCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134132	CCAAGCTCTCAGCACGACCGGGCAGTCGTGGTTCGGGGCCATGACCTCTA	134181

CR956413.12	501	TTCTCCGCCTTTCCACCCTTGACCCTGGGAGCAGGTCCCCACGTGCTGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134182	TTCTCCGCCTTTCCACCCTTGACCCTGGGAGCAGGTCCCCACGTGCTGCC	134231

CR956413.12	551	GACGTCAGGGTGTGGAAGTTACAGTCCTGCCTTGAGGGAGCATCTGTGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134232	GACGTCAGGGTGTGGAAGTTACAGTCCTGCCTTGAGGGAGCATCTGTGGG	134281

CR956413.12	601	AGGCTTTGTAGCTCCTGACTTCAGTGGCTCATGGATGTTTATTCTAAATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134282	AGGCTTTGTAGCTCCTGACTTCAGTGGCTCATGGATGTTTATTCTAAATG	134331

CR956413.12	651	TGGGGTTATGATCCCCTATTTCCTGGGTAGTCATATTGTGGGGCTCCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134332	TGGGGTTATGATCCCCTATTTCCTGGGTAGTCATATTGTGGGGCTCCAGG	134381

CR956413.12	701	CTCATCCCACAGACCTCGTCCCAGCCCAGGAATAAGCTCTTTTTGCAAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134382	CTCATCCCACAGACCTCGTCCCAGCCCAGGAATAAGCTCTTTTTGCAAGG	134431

CR956413.12	751	AACCTGGTTCCTTTTATCGGGAAATGGTGTTAGGAACCAAAATCTGAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134432	AACCTGGTTCCTTTTATCGGGAAATGGTGTTAGGAACCAAAATCTGAGTG	134481

CR956413.12	801	TGGGGTGTGCTTATCACGACGGGGTGTCATTGCTTCTCAGAGCTGTGGCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134482	TGGGGTGTGCTTATCACGACGGGGTGTCATTGCTTCTCAGAGCTGTGGCG	134531

CR956413.12	851	AGAGCCAGGAAACACATACACTAGCCACTGTACATAAACTGCTCCAGGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134532	AGAGCCAGGAAACACATACACTAGCCACTGTACATAAACTGCTCCAGGAC	134581

CR956413.12	901	CCCCCGTCAGGTGTGACGTTAAGCTAAACACCCTCAATTCCAGGACCCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134582	CCCCCGTCAGGTGTGACGTTAAGCTAAACACCCTCAATTCCAGGACCCTG	134631

CR956413.12	951	GAAGGGCAGTCTCTTTACAGCTCAGCTGCCCTGGGGCATTAGAGTCCGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134632	GAAGGGCAGTCTCTTTACAGCTCAGCTGCCCTGGGGCATTAGAGTCCGGG	134681

CR956413.12	1001	TCAGGTTCAAACGGGGTAACAGGAGATGTGCTGAATTTTTCTTTTCTTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134682	TCAGGTTCAAACGGGGTAACAGGAGATGTGCTGAATTTTTCTTTTCTTCC	134731

CR956413.12	1051	TGCCAAGCAGGTGAAGGTAAAATTTATGTAAGCTAATAGTGCCTCAGGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134732	TGCCAAGCAGGTGAAGGTAAAATTTATGTAAGCTAATAGTGCCTCAGGAG	134781

CR956413.12	1101	TTCTCAGCCGGGGTGAACTGCCCTTGGGAAGACACTGGGCAGCACCTGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134782	TTCTCAGCCGGGGTGAACTGCCCTTGGGAAGACACTGGGCAGCACCTGGA	134831

CR956413.12	1151	GACAATTTTGGGGGTGACAACTGGTGGCATCTCATGGTGGGGGGGCAGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134832	GACAATTTTGGGGGTGACAACTGGTGGCATCTCATGGTGGGGGGGCAGAG	134881

CR956413.12	1201	ATGCTGCTCAACACCCTGCAGTGCCCAAGACGGCCCCACGGCAGAGAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134882	ATGCTGCTCAACACCCTGCAGTGCCCAAGACGGCCCCACGGCAGAGAATG	134931

CR956413.12	1251	GTCCAGCCCCAAATGTCAGCATTGCTAAAGATGGAGAAGCCTCAGGCACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134932	GTCCAGCCCCAAATGTCAGCATTGCTAAAGATGGAGAAGCCTCAGGCACA	134981

CR956413.12	1301	AGATACAAAGGGGAGGGAACACTTGAGGGGGCCCCCACTTAAAATCCTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	134982	AGATACAAAGGGGAGGGAACACTTGAGGGGGCCCCCACTTAAAATCCTGA	135031

CR956413.12	1351	CACTTTTAAAAATTCTCATAAAGGTGCTTAATAGAAGGGATGCATTACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135032	CACTTTTAAAAATTCTCATAAAGGTGCTTAATAGAAGGGATGCATTACAT	135081

CR956413.12	1401	TCTCATCATATTCTAATCCTTTATTTAAAAAAATCCAAACTATAGCTGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135082	TCTCATCATATTCTAATCCTTTATTTAAAAAAATCCAAACTATAGCTGAT	135131

CR956413.12	1451	TTATAGTATTGTGTTGGTCTCACACGTTCAGCTTCAGATTCTTTTCCATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135132	TTATAGTATTGTGTTGGTCTCACACGTTCAGCTTCAGATTCTTTTCCATT	135181

CR956413.12	1501	ACAGGCTATTACAAAGTGTTGAGTACAGTTCCCTGTGCTATGCAGCAGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135182	ACAGGCTATTACAAAGTGTTGAGTACAGTTCCCTGTGCTATGCAGCAGCT	135231

CR956413.12	1551	CCTTGTTGTGTATCTATTTTGTGCGTAGCGGCAGGTAGCTGTCAATCCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135232	CCTTGTTGTGTATCTATTTTGTGCGTAGCGGCAGGTAGCTGTCAATCCCA	135281

CR956413.12	1601	TGCTCCCCATTCCTCCCCCGCCCCCCCCAGGTAACCCTACATTTTCTCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135282	TGCTCCCCATTCCTCCCCCGCCCCCCCCAGGTAACCCTACATTTTCTCCT	135331

CR956413.12	1651	ATGCCTAGGAGTCCATTTGTTTTGTAAATAAATTCATTTGCATTTTTTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135332	ATGCCTAGGAGTCCATTTGTTTTGTAAATAAATTCATTTGCATTTTTTTT	135381

CR956413.12	1701	TTTTTAAGATTCCACATAGAGGTGACAGTATATATTTATCTTCATCTGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135382	TTTTTAAGATTCCACATAGAGGTGACAGTATATATTTATCTTCATCTGGC	135431

CR956413.12	1751	TTACTTGGTATAATCTCTAGATCCATCCATCTTGCTGCAAATGGCATTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135432	TTACTTGGTATAATCTCTAGATCCATCCATCTTGCTGCAAATGGCATTAT	135481

CR956413.12	1801	GTATTTTTTTTTTTTTTTGGCTGAGTTATATGGTGCTGTGTGTATGTACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135482	GTATTTTTTTTTTTTTTTGGCTGAGTTATATGGTGCTGTGTGTATGTACC	135531

CR956413.12	1851	ACATCTTTATCCATTCACCTGTTGATGGACATTTAGCTTGATTCTATGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135532	ACATCTTTATCCATTCACCTGTTGATGGACATTTAGCTTGATTCTATGTC	135581

CR956413.12	1901	TTGGCTGTTGTGAATAGTGCTGCAGTGAACATTATGTGCCTGTATCTTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135582	TTGGCTGTTGTGAATAGTGCTGCAGTGAACATTATGTGCCTGTATCTTTT	135631

CR956413.12	1951	TAAATTGTGGTTTTGTCCAGATATACGCCTAGGGCCGGAATTGCTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956405.10	135632	TAAATTGTGGTTTTGTCCAGATATACGCCTAGGGCCGGAATTGCTGGATC	135681

Overview

Query
CR956413.12 - 73061 bps
Hit
CR956405.10 - 135681 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199320001200011336821356811
285.7136631189011952165065651271
379.3441125197321-180711808311
487.933658118971195411081261081831
589.551953111681217122-11155311158361
Short-link