<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

C  CU207400.5	2000	AAGCTTTGCCGGGGCAGGTCCCCCCTGAGTGGGGATGGGATGAGTCCGTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1	AAGCTTTGCCGGGGCAGGTCCCCCCTGAGTGGGGATGGGATGAGTCCGTC	50

C  CU207400.5	1950	TGTTGGTGAGCCTCCTGCTCTAGCTCCAGGGTCTCCACAGGAGGGGCCAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	51	TGTTGGTGAGCCTCCTGCTCTAGCTCCAGGGTCTCCACAGGAGGGGCCAT	100

C  CU207400.5	1900	CCAGCCTGTGACCTGGCCCCCGCCAGCGGGAGGGGCT---GGGGGGGGGG	1854
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
  CR956404.10	101	CCAGCCTGTGACCTGGCCCCCGCCAGCGGGAGGGGCTCGGGGGGGGGGGG	150

C  CU207400.5	1853	CTCCCCACGTTCCAAGGTCTGGGAGGTGAGCCCCTCCTGACTGGTCAAGG	1804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	151	CTCCCCACGTTCCAAGGTCTGGGAGGTGAGCCCCTCCTGACTGGTCAAGG	200

C  CU207400.5	1803	TGACTTCAAAGCTCAAGTCACACCTCTTGGTATTTTCTTTTAAATCAGGA	1754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	201	TGACTTCAAAGCTCAAGTCACACCTCTTGGTATTTTCTTTTAAATCAGGA	250

C  CU207400.5	1753	ATTTCACAGACAAACCACAGCCAGAAACTTGTAAATGGGCCAGTTCTTTA	1704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	251	ATTTCACAGACAAACCACAGCCAGAAACTTGTAAATGGGCCAGTTCTTTA	300

C  CU207400.5	1703	GAGGAGGAAGTGAAAATGACATTTTATTTTGGCACGGGCTCTGAGTTTGC	1654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	301	GAGGAGGAAGTGAAAATGACATTTTATTTTGGCACGGGCTCTGAGTTTGC	350

C  CU207400.5	1653	AAATACAGAGCTTTGTGTGTGCAAAAAACAGAGGCGCCATTTGAAAAATG	1604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	351	AAATACAGAGCTTTGTGTGTGCAAAAAACAGAGGCGCCATTTGAAAAATG	400

C  CU207400.5	1603	TTATGCTACTTACATATGTATGGTGCATATGCTACACACACACACACACA	1554
			|||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||
  CR956404.10	401	TTATGCTACTTACATATGTATGGTGCATATGCT----ACACACACACACA	446

C  CU207400.5	1553	CACACACACACACACAACACACACAGAGCTTGTTTTCAAATTAATGTGAA	1504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	447	CACACACACACACACAACACACACAGAGCTTGTTTTCAAATTAATGTGAA	496

C  CU207400.5	1503	AGGCTATTTGGCTCTGAGCTAGCACCACATTCAGTTATATCTGACTCAAC	1454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	497	AGGCTATTTGGCTCTGAGCTAGCACCACATTCAGTTATATCTGACTCAAC	546

C  CU207400.5	1453	ACAGCCTCCAAGTCCGGCACTGATATCTTTCGATAGCAATTCTATTCCTG	1404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	547	ACAGCCTCCAAGTCCGGCACTGATATCTTTCGATAGCAATTCTATTCCTG	596

C  CU207400.5	1403	GGATTTGTTTGAAAGCGTTTAGGTTTTCACGGATCACTGGAAGTTCTTCA	1354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	597	GGATTTGTTTGAAAGCGTTTAGGTTTTCACGGATCACTGGAAGTTCTTCA	646

C  CU207400.5	1353	TTTTCCCCCCTTCTGTGTTATGTATAAGCCGCCTCTCTAGGCATAAACTG	1304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	647	TTTTCCCCCCTTCTGTGTTATGTATAAGCCGCCTCTCTAGGCATAAACTG	696

C  CU207400.5	1303	TCCACTGGTAAAAATCAATTTTGATTTTATCGGTATTTATTACTGCTGGT	1254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	697	TCCACTGGTAAAAATCAATTTTGATTTTATCGGTATTTATTACTGCTGGT	746

C  CU207400.5	1253	GCCAGCCGTTTAGAAGACTAGGGAAGGAAAACATGCAAACTAGGACGAGG	1204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	747	GCCAGCCGTTTAGAAGACTAGGGAAGGAAAACATGCAAACTAGGACGAGG	796

C  CU207400.5	1203	GAAAAAAAAAAAATTAAAGCCAGGTCCTCACACCTACAAATAACATAGGC	1154
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	797	G-AAAAAAAAAAATTAAAGCCAGGTCCTCACACCTACAAATAACATAGGC	845

C  CU207400.5	1153	TGCTGTCTTTAAGAGGGGTTCTGTATCACGCCAGGGCATCTTAAATTATC	1104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	846	TGCTGTCTTTAAGAGGGGTTCTGTATCACGCCAGGGCATCTTAAATTATC	895

C  CU207400.5	1103	GATTTAAAAATCCAATCGATAAAAACGTACACGGATCCGTCACTGCTCAC	1054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	896	GATTTAAAAATCCAATCGATAAAAACGTACACGGATCCGTCACTGCTCAC	945

C  CU207400.5	1053	TCGCTTTCATATTTGCGAGCTTGGCGGCGGCGGGTATTTCTAAAACGAGG	1004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	946	TCGCTTTCATATTTGCGAGCTTGGCGGCGGCGGGTATTTCTAAAACGAGG	995

C  CU207400.5	1003	GCTCCGCTCTCAGGGGTGCGGTGAACCAGTAACGACAGCAGCAGGCAGCC	954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	996	GCTCCGCTCTCAGGGGTGCGGTGAACCAGTAACGACAGCAGCAGGCAGCC	1045

C  CU207400.5	953	TGGGCGAGCTCGGCCAGGCTCCTTTCCCGGCTGGCACCCTCACCAGCTTC	904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1046	TGGGCGAGCTCGGCCAGGCTCCTTTCCCGGCTGGCACCCTCACCAGCTTC	1095

C  CU207400.5	903	AGCCTGGCTCCCTCTAAGCCAGCCGACCCCAATGACTTGACTCTCCCCGC	854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1096	AGCCTGGCTCCCTCTAAGCCAGCCGACCCCAATGACTTGACTCTCCCCGC	1145

C  CU207400.5	853	TCGGGACAGGAGATGCCGGAGGGAGGACCACACACCCACCTCCCTGCCTT	804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1146	TCGGGACAGGAGATGCCGGAGGGAGGACCACACACCCACCTCCCTGCCTT	1195

C  CU207400.5	803	TTTTCAGACACCCCAAATGGATGTGCTTCTCCAGGTTCGAGATCTTGAGT	754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1196	TTTTCAGACACCCCAAATGGATGTGCTTCTCCAGGTTCGAGATCTTGAGT	1245

C  CU207400.5	753	GTTTGTGGCTCTGCAAGTGGGCCCCGAGCCCGAGCGCGCCTGCTCCACTC	704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1246	GTTTGTGGCTCTGCAAGTGGGCCCCGAGCCCGAGCGCGCCTGCTCCACTC	1295

C  CU207400.5	703	TGCCGCCGGCAGCGTTACCCACCAGGGCCACTCCCACGACGTCCGCGCAC	654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1296	TGCCGCCGGCAGCGTTACCCACCAGGGCCACTCCCACGACGTCCGCGCAC	1345

C  CU207400.5	653	CCCACCACCAGCCTCCTGTCCCCGGGGGCTTCCCTGCTTCCGCTCAGCCA	604
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1346	CCCACCACCAGCCTCCTGTCTCCGGGGGCTTCCCTGCTTCCGCTCAGCCA	1395

C  CU207400.5	603	AGAAGCTCAACAAACGAACGGGTGTTCCCCCAGTCTTACCCCTAAGCCAG	554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1396	AGAAGCTCAACAAACGAACGGGTGTTCCCCCAGTCTTACCCCTAAGCCAG	1445

C  CU207400.5	553	AAAGAGATTTGACAGAGCCATTAGTGAGAAACGAGAACGTTGGCTTTTAA	504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1446	AAAGAGATTTGACAGAGCCATTAGTGAGAAACGAGAACGTTGGCTTTTAA	1495

C  CU207400.5	503	GCTTGGATGTTTAGCTACACACAAAATGTTCACCTCCCCAGAGAAGCTGA	454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1496	GCTTGGATGTTTAGCTACACACAAAATGTTCACCTCCCCAGAGAAGCTGA	1545

C  CU207400.5	453	ATTCCTTCTTCCCTAAGATGTACACAAAACACCACGTCCCTTTCTGAGAA	404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1546	ATTCCTTCTTCCCTAAGATGTACACAAAACACCACGTCCCTTTCTGAGAA	1595

C  CU207400.5	403	CTCAAGTGACTCTAGTGCAGGTGCCAGCAACCCCCAGCATCACAGGCCAA	354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1596	CTCAAGTGACTCTAGTGCAGGTGCCAGCAACCCCCAGCATCACAGGCCAA	1645

C  CU207400.5	353	ATGCCACCAGCGGTTCTTGCGAATAAAGTTTTATTGGCACACACACAGAG	304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1646	ATGCCACCAGCGGTTCTTGCGAATAAAGTTTTATTGGCACACACACAGAG	1695

C  CU207400.5	303	CACAGCCCCCTGCTCTAAAGGGGAGGCCCTCCCAGGCCCTCTGGTCAAGG	254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1696	CACAGCCCCCTGCTCTAAAGGGGAGGCCCTCCCAGGCCCTCTGGTCAAGG	1745

C  CU207400.5	253	CCAGGAGGGATCAGACGCTACATAAAGATGAACCAGCTGCGCCTCCTCCA	204
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
  CR956404.10	1746	CCAGGAGGGATCAGACGCTACATAAAGATGAACCAGCTCCGCCTCCTCCA	1795

C  CU207400.5	203	CTCAGACTCTTGTCCACGTACAGCAGTTACCAGCAGAAAGCAGATGCTTC	154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1796	CTCAGACTCTTGTCCACGTACAGCAGTTACCAGCAGAAAGCAGATGCTTC	1845

C  CU207400.5	153	CCAGCTCCGTCTTCTCCGTTCCTAAACACCCAGATCCACGTGGCACAGAG	104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1846	CCAGCTCCGTCTTCTCCGTTCCTAAACACCCAGATCCACGTGGCACAGAG	1895

C  CU207400.5	103	ACCGGGGAGGAGTCTATGCCCGGGAGGGCGGCCTCCCCGCTTGGCGCACG	54
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1896	ACCGGGGAGGAGTCTATGCCCGGGAGGGCGGCCTCCCCGCTTGGCGCACG	1945

C  CU207400.5	53	GCAACGAGGGAGACAGGCGTGTGGCCGAGAACTAGGTCTAGTCAAGGTTC	4
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
  CR956404.10	1946	GCAACGAGGGAGACAGGCGTGTGGCCGAGAACCAGGTCTAGTCAAGGTTC	1995

C  CU207400.5	3	ATG	1
			|||
  CR956404.10	1996	ATG	1998

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CU207400.5	1900	CCAGCCTGTGACCTGGCCCCCGCCAGCGGGAGGGGCT---GGGGGGGGGG	1854
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
  CR956404.10	101	CCAGCCTGTGACCTGGCCCCCGCCAGCGGGAGGGGCTCGGGGGGGGGGGG	150

skip 250 bps 100% identity alignment

C  CU207400.5	1603	TTATGCTACTTACATATGTATGGTGCATATGCTACACACACACACACACA	1554
			|||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||
  CR956404.10	401	TTATGCTACTTACATATGTATGGTGCATATGCT----ACACACACACACA	446

skip 350 bps 100% identity alignment

C  CU207400.5	1203	GAAAAAAAAAAAATTAAAGCCAGGTCCTCACACCTACAAATAACATAGGC	1154
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	797	G-AAAAAAAAAAATTAAAGCCAGGTCCTCACACCTACAAATAACATAGGC	845

skip 500 bps 100% identity alignment

C  CU207400.5	653	CCCACCACCAGCCTCCTGTCCCCGGGGGCTTCCCTGCTTCCGCTCAGCCA	604
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CR956404.10	1346	CCCACCACCAGCCTCCTGTCTCCGGGGGCTTCCCTGCTTCCGCTCAGCCA	1395

skip 350 bps 100% identity alignment

C  CU207400.5	253	CCAGGAGGGATCAGACGCTACATAAAGATGAACCAGCTGCGCCTCCTCCA	204
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
  CR956404.10	1746	CCAGGAGGGATCAGACGCTACATAAAGATGAACCAGCTCCGCCTCCTCCA	1795

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CU207400.5	53	GCAACGAGGGAGACAGGCGTGTGGCCGAGAACTAGGTCTAGTCAAGGTTC	4
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
  CR956404.10	1946	GCAACGAGGGAGACAGGCGTGTGGCCGAGAACCAGGTCTAGTCAAGGTTC	1995

skip 3 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU207400.5 - 36661 bps
Hit
CR956404.10 - 135396 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.451953200012000-1119981
283.746012233683489154101542231
393.4173912552625616-154130542201
484.21479433673460160135602291
579.34431202552625645-160135602551
680.319325333703622-181077813351
787.29721182550525622181198813151
881.7511226333683630-11147761150381
982.6183183254622564411148551150381
1089.7454783386346311185121185891
1188.0458922553025621-11185171186081
Short-link